(15/07/2020) Un método para determinar una medida cuantitativa indicativa de una serie de moléculas de ácido desoxirribonucleico (ADN) de cadena doble individuales en una muestra, que comprende: (a) determinar una medida cuantitativa de moléculas de ADN individuales para las que se detectan ambas cadenas; (b) determinar una medida cuantitativa de moléculas de ADN individuales para las que solo se detecta una de las cadenas de ADN; (c) inferir de (a) y (b) anteriores una medida cuantitativa de moléculas de ADN individuales para las cuales no se detectó ninguna cadena; y (d) usar (a)-(c) para determinar la medida cuantitativa indicativa…

(03/06/2020) Un método que comprende: (a) realizar una pluralidad de ciclos de una secuenciación por reacción de síntesis, de tal forma que, en cada ciclo, se genera una señal indicativa de la incorporación del mismo nucleótido en una pluralidad de polinucleótidos idénticos, con lo que una porción de la señal es ruido asociado a ajuste o preajuste de fase; (b) detectar la señal en cada ciclo, en donde detectar la señal en cada ciclo incluye, detectar un valor de intensidad de la señal en un primer canal y detectar un valor de intensidad de la señal en un segundo canal; y (c) realizar correcciones de ajuste de fase ciclo a ciclo, aplicando una nueva corrección de ajuste de fase de primer orden en cada ciclo a los valores…

(03/06/2020) Un método para secuenciar una cadena de polinucleótidos mediante secuenciación por síntesis, comprendiendo el método las etapas de: a) proporcionar en una reacción una cadena de polinucleótidos a secuenciar, un cebador, y una enzima polimerasa; b) proporcionar a la reacción nucleótidos en un orden predeterminado, en donde el orden predeterminado se selecciona para correlacionarse con una secuencia prevista para la cadena de polinucleótidos; c) controlar la reacción para detectar la incorporación de un nucleótido en una cadena de polinucleótidos sintetizados; en donde, en el caso de que se detecte la incorporación de nucleótidos, proceder a proporcionar el nucleótido siguiente en el orden predeterminado; y en donde en…

(29/04/2020) Un método para determinar una secuencia de nucleótidos de al menos un polinucleótido, comprendiendo el método las etapas de: translocar al menos un polinucleótido de cadena sencilla a través de un nanoporo, en el que los nucleótidos del polinucleótido de cadena sencilla se marcan con marcadores fluorescentes a partir de un conjunto que se inactiva mutuamente, en el que el nanoporo obliga a los marcadores fluorescentes dentro del nanoporo a un estado restringido en el que no se genera prácticamente ninguna señal detectable, y en el que cada marcador fluorescente del conjunto que se inactiva mutuamente (i) inactiva la fluorescencia de cada marcador fluorescente del conjunto de tal manera que los marcadores…

(22/04/2020) Un método para preparar ADN genómico para el análisis de secuencias, por reacción homogénea sin el uso de compartimentación física tal como nanogotas, comprendiendo el método: (a) combinar una pluralidad de fragmentos largos que comprenden secuencias de ADN genómico en una sola mezcla con una población de perlas, en las que (i) los fragmentos largos son de 5 kilobases a 750 kilobases de longitud, (ii) cada perla comprende al menos 1000 copias del mismo oligonucleótido inmovilizado sobre la misma, comprendiendo dicho oligonucleótido una secuencia que contiene una etiqueta, (iii) cada secuencia que contiene una etiqueta comprende una secuencia de etiqueta, y (iv) la población de perlas comprende, en conjunto, al menos 10.000 secuencias de etiquetas…

(08/04/2020) Un procedimiento para secuenciar una muestra de ácido nucleico con la ayuda de un nanoporo en una membrana contigua a un electrodo sensor, comprendiendo el procedimiento: (a) proporcionar nucleótidos marcados en una cámara de reacción que comprende dicho nanoporo, en el que un nucleótido marcado individual de dichos nucleótidos marcados contiene una marca acoplada a un nucleótido, siendo dicha marca detectable con la ayuda de dicho nanoporo; (b) llevar a cabo una reacción de polimerización con la ayuda de una polimerasa, incorporando de este modo un nucleótido marcado individual de dichos nucleótidos marcados en una hebra en crecimiento complementaria a una molécula de ácido nucleico monocatenario de dicha muestra…

(01/04/2020) Un método implementado por ordenador para analizar informaciones de secuencia semicuantitativas para identificar y caracterizar el inmunoperfil de un ser humano o animal como normal o como que es probable que indique la presencia de una enfermedad, comprendiendo el método las etapas de: (a) identificar una o más secuencias distintas de la región determinante de complementariedad 3 (CDR3) que se comparten entre el inmunoperfil del sujeto y un inmunoperfil acumulativo de una biblioteca de enfermedades que representa una enfermedad específica almacenada en una base de datos; (b) sumar un número total de las secuencias detectadas del sujeto que corresponden…

(25/03/2020) Un método para analizar al menos dos o más analitos de una pluralidad de células individuales, comprendiendo dicho método: (a) proporcionar una pluralidad de elementos de preservación de contigüidad (CE), en donde cada uno de los CE comprende una célula individual; (b) lisar dicha célula individual dentro de cada uno de los CE, en donde los analitos dentro de dicha célula individual se liberan dentro de cada uno de los CE; (c) proporcionar un primer resto informador a un primer analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (d) proporcionar un segundo resto indicador a un segundo analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (e) modificar dichos analitos de modo que al menos algunos de dichos primer…

(18/03/2020) Un método para secuenciar moléculas de ácido nucleico a partir de una muestra con el uso de índices moleculares únicos (UMI), en el que cada índice molecular único (UMI) es una secuencia oligonucleotídica que se puede usar para identificar una molécula individual de un fragmento de ADN bicatenario en la muestra, que comprende (a) aplicar adaptadores a ambos extremos de los fragmentos de ADN bicatenario en la muestra para obtener productos de adaptador unido a ADN, en donde cada adaptador comprende una región hibridada bicatenaria, un brazo 5' monocatenario, un brazo 3' monocatenario, y un UMI físico en una hebra o en cada hebra del adaptador,…

(19/02/2020) Un sistema para fotoescindir y explorar análogos de nucleótidos que comprende: a) un sustrato que comprende una pluralidad de pocillos que contienen cada uno, o están configurados para contener, una mezcla de reacción que comprende un ácido nucleico plantilla, una polimerasa, un cebador hibridado con dicha plantilla y un primer análogo de nucleótido, en donde dicho cebador comprende un análogo de nucleótido terminal 3' con un grupo de bloqueo fotolábil que termina la extensión de la cadena, y en donde dicho primer análogo de nucleótido comprende: i) una primera fracción detectable, y ii) un grupo de bloqueo fotolábil que termina la extensión de la cadena; y b) un componente de sistema de luz que comprende: i) una fuente de luz en comunicación óptica con…

(05/02/2020) Un método que comprende: (a) proporcionar una muestra que comprende un conjunto de moléculas de polinucleótidos de doble cadena, cada molécula de polinucleótidos de doble cadena incluyendo una primera y una segunda cadenas complementarias; (b) etiquetar dichas moléculas de polinucleótidos de cadena doble con un conjunto de etiquetas dúplex, en donde cada etiqueta dúplex etiqueta de manera diferente dichas primera y segunda cadenas complementarias de una molécula de polinucleótidos de doble cadena en dicho conjunto; (c) secuenciar por lo menos algunas de dichas cadenas etiquetadas para producir un conjunto…

(15/01/2020) Una sonda de secuenciación que comprende un dominio de unión diana y un dominio de código de barras; en el que dicho dominio de unión diana comprende al menos ocho nucleótidos y es capaz de unirse a un ácido nucleico diana, y en el que al menos dos nucleótidos en el dominio de unión diana son bases universales capaces de unirse a cualquier base dentro del ácido nucleico diana; en el que dicho dominio de código de barras comprende una cadena principal sintética, dicho dominio de código de barras comprende al menos seis posiciones de unión, cada posición de unión comprende al menos una región de unión, dicha región de unión comprende al menos una secuencia de ácido nucleico capaz de unirse por una molécula de ácido nucleico complementaria, en el que cada posición…

(01/01/2020) Un biochip que comprende: un sustrato; y una pluralidad de sitios diferenciados formados sobre el sustrato que tienen una densidad mayor que quinientos pocillos por milímetro cuadrado, en donde cada sitio diferenciado incluye: paredes laterales dispuestas sobre el sustrato para formar un pocillo, en donde el pocillo está formado al depositar sobre el sustrato un material que tiene grupos óxidos reactivos y grabar el pocillo en el material, y en donde las paredes laterales tienen una superficie superior plana dura para que se forme una membrana encima, en donde la membrana abarca todo el pocillo y lo sella; y un electrodo dispuesto en el fondo del pocillo; en donde…

(04/12/2019) Método implementado por ordenador para detectar anomalías estructurales cromosómicas, que comprende: adquirir un resultado de secuenciación del genoma completo de un individuo objetivo o individuos objetivo, en el que el resultado de secuenciación incluye múltiples pares de lecturas, consistiendo cada par de lecturas en dos secuencias de lectura ubicadas respectivamente en dos extremos de un fragmento de cromosoma determinado, y cada par de lecturas se deriva por separado de las cadenas positiva y negativa del fragmento de cromosoma correspondiente, o tanto de la cadena positiva como de la negativa del fragmento de cromosoma correspondiente; alinear el resultado de secuenciación con una secuencia de referencia, para obtener…

(16/10/2019) Un procedimiento de análisis de una muestra biológica de un sujeto, incluyendo la muestra biológica ADN que se origina a partir de células normales y posiblemente de células asociadas con cáncer, en donde al menos algo del ADN está libre de células en la muestra biológica, comprendiendo el procedimiento: (a) secuenciar una pluralidad de fragmentos de ADN para obtener una pluralidad de lecturas de secuencia que comprenden los nucleótidos más externos en cada extremo de una pluralidad de fragmentos de ADN; (b) alinear las lecturas de secuencia de un genoma de referencia, obteniendo de este modo un conjunto de coordenadas…

(18/09/2019) Un procedimiento para seleccionar uno o más clonotipos específicos del paciente correlacionados con una neoplasia linfoide para controlar una enfermedad residual mínima de la misma, comprendiendo el procedimiento las etapas de: (a) amplificar moléculas de ácido nucleico de linfocitos T y/o linfocitos B de una muestra obtenida de un paciente, comprendiendo las moléculas de ácido nucleico secuencias de ADN recombinadas de genes del receptor de linfocitos T o genes de inmunoglobulina; (b) secuenciar las moléculas amplificadas de ácido nucleico para formar un perfil de clonotipo; (c) comparar clonotipos del perfil de clonotipo con los clonotipos de una base de datos de clonotipos, en el que la base de datos de clonotipos comprende clonotipos…

(07/08/2019) Método para identificar y cuantificar una impureza de ácido nucleico sobrerrepresentada en una composición que comprende un vector parvoviral y donde el método comprende las etapas de: a) someter la composición a secuenciación de ácido nucleico para obtener lecturas aleatorias de secuencias de nucleótidos, donde la secuenciación de ácido nucleico comprende la secuenciación de alto rendimiento; b) comparar las lecturas aleatorias de la etapa a) con una secuencia de nucleótidos de un componente biológico usado en el proceso de producción de la composición por la cual una correspondencia entre una lectura aleatoria y una secuencia de nucleótidos de un componente biológico identifica una impureza…

(31/07/2019) Un método implementado por ordenador para detectar la variación genética, que comprende las siguientes etapas: 1) adquirir lecturas de una muestra de prueba; 2) alinear las lecturas con una secuencia del genoma de referencia; 3) dividir la secuencia del genoma de referencia en ventanas, calcular el número de lecturas que alinean con cada ventana, y adquirir la estadística para cada ventana en función del número de las lecturas; 4) para un fragmento de la secuencia del genoma de referencia, sobre la base del cambio en las estadísticas de todas las ventanas contenidas en el fragmento de la secuencia del genoma de referencia, adquirir…

(31/07/2019) Un ácido nucleico dirigido a ácido nucleico guía sencillo diseñado capaz de formar un complejo con una proteína Cas9 de CRISPR de Tipo II, comprendiendo el ácido nucleico dirigido a ácido nucleico guía sencillo diseñado: una secuencia espaciadora, que comprende una secuencia que puede hibridarse con la secuencia de ácido nucleico diana; un dúplex que comprende una región de hibridación entre una secuencia de repetición CRISPR mínima y una secuencia de crtra mínima, en donde la secuencia espaciadora está en 5' del dúplex y una región de protuberancia que no está seguida por un primer tallo, en donde la región de protuberancia comprende una región de nucleótidos no emparejados, y en donde la región de protuberancia comprende una purina no emparejada en el lado de la secuencia de repetición CRISPR mínima de…

(10/07/2019) Un método para identificar el tipo de base en una posición en un ácido nucleico de plantilla, que comprende las etapas de: (a) poner en contacto un ácido nucleico de plantilla cebado con una polimerasa y una primera mezcla de nucleótidos en condiciones para estabilizar un complejo ternario en una posición de nucleótido en la plantilla, en donde la primera mezcla comprende un análogo de nucleótido de un primer tipo de base y un análogo de nucleótido de un segundo tipo de base, en donde dichos análogos de nucleótido están unidos a marcadores exógenos de la misma estructura química o a diferentes marcadores exógenos que producen…

(10/04/2019) Un método para evaluar el nivel de diversidad de un inmunorrepertorio que comprende las etapas de: (a) amplificar polinucleótidos de una población de glóbulos blancos de un sujeto humano o animal en una mezcla de reacción que comprende cebadores anidados específicos del objetivo para producir un conjunto de primeros amplicones, al menos una parte de los cebadores anidados específicos del objetivo que comprenden nucleótidos adicionales que, durante la amplificación, sirven como plantilla para incorporar en los primeros amplicones un sitio de unión para al menos un cebador común; (b) transferir una porción de la primera mezcla de reacción que contiene los primeros amplicones a una segunda mezcla de reacción que comprende al menos un cebador común; (c) amplificar, utilizando al menos un cebador común, los primeros…

(03/04/2019) Método de secuenciación libre de errores de ADN, que comprende las etapas de: (a) en una muestra que comprende ADN; (b) digerir el ADN con una endonucleasa de restricción en condiciones adecuadas para obtener fragmentos de ADN de longitud similar, en el que dicha endonucleasa de restricción puede proporcionar proyecciones en 5', en el que el nucleótido terminal de la proyección está fosforilado o, en el que dicha endonucleasa de restricción puede proporcionar proyecciones en 3', en el que el nucleótido terminal de la proyección está hidroxilado en dichos fragmentos de ADN; (c) aparear un primer oligonucleótido con dichos fragmentos de ADN, en el que una primera secuencia…

(15/03/2019) Un método para determinar la longitud y/o secuencia de un elemento de ADN repetitivo polimórfico que tiene una región de repetición situada entre una primera región flanqueante conservada y una segunda región flanqueante conservada, comprendiendo dicho método: (a) proporcionar un conjunto de datos que comprende al menos una lectura de secuencia del elemento de ADN repetitivo polimórfico; (b) proporcionar una secuencia de referencia que comprende la primera región flanqueante conservada y la segunda región flanqueante conservada; (c) alinear una porción de la primera región flanqueante de la secuencia de referencia con la lectura de secuencia; (d) alinear una porción de la segunda…

(25/02/2019) Un procedimiento para secuenciar un ácido nucleico, que comprende: someter una secuencia de bases nucleotídicas diana capturadas en un microtranspondedor a una pluralidad de reacciones de secuenciación para añadir una secuencia de bases nucleotídicas que son complementarias y unirlas a la secuencia de bases nucleotídicas diana, en la que al menos una de las bases nucleotídicas añadidas comprende un marcador; identificar cada base nucleotídica añadida después de cada reacción de secuenciación; y asociar cada base nucleotídica añadida de la secuencia con un número de identificación del microtranspondedor, en el que el procedimiento comprende el uso de un medidor de flujo que identifica tanto el número de identificación del microtranspondedor como el marcador asociado con una…

(20/02/2019) Un método de preparación de una biblioteca de ácidos nucleicos molde para obtener información de secuencia a partir de un ácido nucleico diana, comprendiendo dicho método: (a) compartimentar el ácido nucleico diana en una pluralidad de primeros recipientes proporcionando a cada primer recipiente una cantidad de ácido nucleico diana mayor que aproximadamente uno o más equivalentes haploides del ácido nucleico diana; (b) proporcionar un primer índice al ácido nucleico diana de cada primer recipiente, en donde el primer índice proporcionado al ácido nucleico diana de cada primer recipiente es distinto, en donde la etapa comprende poner…

(08/02/2019) Un método para preparar una biblioteca inmovilizada de fragmentos de ADN marcados que comprende: (a) proporcionar un soporte sólido que tiene una pluralidad de complejos de transposoma inmovilizados en el mismo, en donde cada complejo de transposoma comprende: una transposasa unida de manera no covalente a un primer polinucleótido de un ácido nucleico bicatenario que comprende el primer y un segundo polinucleótido, en donde dicho primer polinucleótido está inmovilizado en dicho soporte sólido, y en donde dicho primer polinucleótido comprende (i) una parte 3' que comprende una secuencia terminal de transposón y (ii) un primer marcador que comprende un primer dominio de marcador; …