Método de evaluación de la inmunodiversidad y su uso.

Un método para evaluar el nivel de diversidad de un inmunorrepertorio que comprende las etapas de:



(a) amplificar polinucleótidos de una población de glóbulos blancos de un sujeto humano o animal en una mezcla de reacción que comprende cebadores anidados específicos del objetivo para producir un conjunto de primeros amplicones, al menos una parte de los cebadores anidados específicos del objetivo que comprenden nucleótidos adicionales que, durante la amplificación, sirven como plantilla para incorporar en los primeros amplicones un sitio de unión para al menos un cebador común;

(b) transferir una porción de la primera mezcla de reacción que contiene los primeros amplicones a una segunda mezcla de reacción que comprende al menos un cebador común;

(c) amplificar, utilizando al menos un cebador común, los primeros amplicones para producir un conjunto de segundos amplicones;

(d) secuenciar los segundos amplicones para identificar secuencias de reordenamiento de V(D)J en la subpoblación de glóbulos blancos,

(e) usar las secuencias de reordenamiento de V(D)J identificadas para cuantificar tanto el número total de células en una población de células del sistema inmune como el número total de células dentro de cada clonotipo de CDR3 distinto identificados dentro de la población; y

(f) identificar el número de clonotipos de CDR3 distintos que comprende un porcentaje significativo (N) de un número total de células contadas dentro de esa población, en el que un estado normal se caracteriza por la presencia de una mayor variedad de clonotipos CDR3 distintos representados dentro del porcentaje significativo (N) del número total de células y un estado anormal se caracteriza por la presencia de un número menor de clonotipos CDR3 distintos representados dentro del porcentaje significativo (N) del número total de células,

en el que la diversidad de los clonotipos de CDR3 distintos se mide por el índice de diversidad (DN), en el que DN se determina por C/S x 100, en el que C es un número mínimo de clonotipos CDR3 distintos que representan un porcentaje mayor o igual a N de un total de lecturas de secuenciación obtenidas después de la amplificación y secuenciación de los polinucleótidos aislados de la población de células en el que S es el número de clonotipos de CDR3 distintos en configuración de dominancia clasificada.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2012/021594.

Solicitante: iRepertoire, Inc.

Inventor/es: HAN,JIAN.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/686
  • C12Q1/6869

PDF original: ES-2730980_T3.pdf

 

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