Procedimiento para seleccionar clonotipos raros.
Un procedimiento para seleccionar uno o más clonotipos específicos del paciente correlacionados con una neoplasia linfoide para controlar una enfermedad residual mínima de la misma,
comprendiendo el procedimiento las etapas de:
(a) amplificar moléculas de ácido nucleico de linfocitos T y/o linfocitos B de una muestra obtenida de un paciente, comprendiendo las moléculas de ácido nucleico secuencias de ADN recombinadas de genes del receptor de linfocitos T o genes de inmunoglobulina;
(b) secuenciar las moléculas amplificadas de ácido nucleico para formar un perfil de clonotipo;
(c) comparar clonotipos del perfil de clonotipo con los clonotipos de una base de datos de clonotipos, en el que la base de datos de clonotipos comprende clonotipos de perfiles de clonotipos de al menos 104 clonotipos de al menos 10 individuos distintos del paciente, para determinar una presencia, ausencia y/o nivel en la base de datos de clonotipos de cada clonotipo del perfil de clonotipo, en el que la etapa de comparación incluye contar un clonotipo como presente en la base de datos de clonotipos si un clonotipo en la base de datos de clonotipos es miembro del mismo clan que el clonotipo del perfil de clonotipo, y un clonotipo se considera miembro del mismo clan si
(i) el clonotipo de la base de datos de clonotipos es al menos noventa por ciento idéntico al clonotipo del perfil de clonotipo;
(ii) el clonotipo de la base de datos de clonotipos y el clonotipo del perfil de clonotipo comprenden secuencias recombinadas de la cadena pesada de inmunoglobulina y están relacionadas por un reemplazo de VH;
(iii) el clonotipo de la base de datos de clonotipos y el clonotipo del perfil de clonotipo tienen una región V y una región J mutadas idénticamente pero tienen una región NDN diferente;
(iv) el clonotipo de la base de datos de clonotipos y el clonotipo del perfil de clonotipo comprenden cada uno secuencias recombinadas de la cadena pesada de inmunoglobulina y están relacionados por hipermutación; o
(v) si los clonotipos han sufrido una o más inserciones y/o deleciones de 1-10 bases; y
(d) seleccionar uno o más clonotipos específicos del paciente para controlar la enfermedad residual mínima, cada uno de los cuales se correlaciona con la neoplasia linfoide y cada uno de ellos está:
i) ausente de la base de datos de clonotipos; o
ii) a un nivel en la base de datos de clonotipos por debajo de una frecuencia predeterminada.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2014/017416.
Solicitante: Adaptive Biotechnologies Corporation.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: 1551 Eastlake Avenue East, Suite 200 Seattle, Washington 98102 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.
Inventor/es: FAHAM,MALEK, MOORHEAD,MARTIN, PEPIN,FRANCOIS.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/6809 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › Métodos para la determinación o identificación de ácidos nucleicos que implican detección diferencial.
- C12Q1/6858 C12Q 1/00 […] › Amplificación específica de alelo.
- C12Q1/6869 C12Q 1/00 […] › Métodos de secuenciación.
PDF original: ES-2748204_T3.pdf
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