Análisis multiplexado de loci polimórficos mediante consulta simultánea y detección mediada por enzimas.

Método de determinación simultánea de la composición de nucleótidos en sitios polimórficos designados ubicados dentro de una o más secuencias de nucleótidos diana,

comprendiendo dichas secuencias de nucleótidos diana un polimorfismo no designado, comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

(a) proporcionar un conjunto de pares de cebadores oligonucleotídicos, siendo capaz cada par de aparearse con cadenas de polinucleótidos complementarias para delinear una región de la diana correspondiente que incluye al menos un sitio polimórfico designado;

(b) poner en contacto dicho conjunto de cebadores oligonucleotídicos con dichas dianas en condiciones que permiten la formación de amplicones con sitios polimórficos designados correspondientes a los sitios polimórficos designados en dianas correspondientes, comprendiendo cada amplicón una cadena sentido de amplicón correspondiente a una cadena sentido diana y una cadena antisentido de amplicón correspondiente a una cadena antisentido diana;

(c) proporcionar uno o más conjuntos de sondas degeneradas, en el que el conjunto contiene sondas degeneradas capaces de aparearse con una subsecuencia de dicha una o más secuencias de cadena sentido y cadena antisentido de amplicón ubicadas dentro de un intervalo de proximidad a un sitio polimórfico designado en la cadena sentido o antisentido;

(d) poner en contacto el conjunto de sondas con dicha una o más secuencias de nucleótidos de amplicón para permitir la formación de complejos de hibridación colocando un sitio de consulta dentro de una secuencia de sonda en alineación directa con el sitio polimórfico designado en la cadena sentido y antisentido;

(e) incubar cada complejo de hibridación con un ADN polimerasa capaz de extender las sondas dentro del complejo:

(i) determinar la presencia de una coincidencia entre el sitio de consulta y un sitio polimórfico designado mediante elongación de sonda; y

(ii) determinar la presencia de una falta de coincidencia entre el sitio de consulta y un sitio polimórfico designado por la falta de elongación de sonda; determinando de ese modo la composición del sitio polimórfico designado;

en el que el uno o más conjuntos de sondas se inmovilizan sobre micropartículas codificadas, ensamblándose las micropartículas codificadas en un alineamiento codificado al azar.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2002/033012.

Solicitante: BIOARRAY SOLUTIONS LTD.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 35 TECHNOLOGY DRIVE, SUITE 100 WARREN, NEW JERSEY 07059 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: SEUL, MICHAEL, HASHMI,GHAZALA, LI,ALICE XIANG.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C07H21/02 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C07 QUIMICA ORGANICA.C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › C07H 21/00 Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos. › con ribosilo como radical sacárido.
  • C07H21/04 C07H 21/00 […] › con desoxirribosilo como radical sacárido.
  • C12N15/09 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Tecnología del ADN recombinante.
  • C12P19/34 C12 […] › C12P PROCESOS DE FERMENTACION O PROCESOS QUE UTILIZAN ENZIMAS PARA LA SINTESIS DE UN COMPUESTO QUIMICO DADO O DE UNA COMPOSICION DADA, O PARA LA SEPARACION DE ISOMEROS OPTICOS A PARTIR DE UNA MEZCLA RACEMICA.C12P 19/00 Preparación de compuestos que contienen radicales sacárido (ácido cetoaldónico C12P 7/58). › Polinucleótidos, p. ej. ácidos nucleicos, oligorribonucleótidos.
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2661167_T3.pdf

 

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