Método para analizar ácido nucleico molde, método para analizar sustancia objetivo, kit de análisis para ácido nucleico molde o sustancia objetivo y analizador para ácido nucleico molde o sustancia objetivo.

Un método para analizar un ácido nucleico molde, que comprende las etapas de:



fraccionar una muestra que comprende un ácido nucleico molde en una pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde;

amplificar una secuencia objetivo y su secuencia complementaria en el ácido nucleico molde con respecto a cada fracción de la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde en presencia de un reactivo de amplificación de ácido nucleico; detectar la generación o interrupción de una señal que muestra una amplificación de la secuencia objetivo o la secuencia complementaria con respecto a cada fracción de la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde después de la etapa de amplificación; y

discriminar una fracción de ácido nucleico molde en la que la generación o interrupción de una señal que muestra la amplificación se ha detectado entre la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde como una fracción amplificada en la que la secuencia objetivo o la secuencia complementaria se ha amplificado, en donde el reactivo de amplificación de ácido nucleico comprende un conjunto de cebadores que amplifica la secuencia objetivo y la secuencia complementaria y una sustancia generadora de señales que genera o interrumpe una señal en respuesta a la amplificación, y

la sustancia generadora de señales genera una señal en un estado en el que se une de manera dependiente de la secuencia e interrumpe una señal en un estado en el que no se une o interrumpe una señal en un estado en el que se une de manera dependiente de la secuencia y genera una señal en un estado en el que no se une, y la generación y la interrupción de una señal son reversibles;

en donde la sustancia generadora de señales incluye una sonda fluorogénica que comprende al menos dos grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón como la sustancia generadora de señales por molécula y los al menos dos grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón están comprendidos en una base que comprende un par de grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón comprende una estructura representada por la siguiente fórmula (16), (16b), (17) o (17b):

**(Ver fórmula)**

en las fórmulas (16), (16b), (17), (17b),

B es un grupo atómico que tiene una cadena principal de nucleobases naturales (adenina, guanina, citosina, timina o uracilo) o una cadena principal de nucleobases artificiales,

E es:

(i) un grupo atómico que tiene una cadena principal de desoxirribosa, una cadena principal de ribosa o una estructura derivada de cualquiera de ellas, o

(ii) un grupo atómico que tiene una estructura peptídica o una estructura peptoide,

Z11 y Z12 son cada uno un grupo atómico que presenta fluorescencia, y pueden ser idénticos o diferentes entre sí,

L1, L2 y L3 son cada uno un enlazador (un átomo de unión o un grupo atómico), la longitud de la cadena principal (el número de átomos de la cadena principal) de los mismos es arbitraria, L1, L2 y L3 cada uno puede o no contener cada uno de entre C, N, O, S, P y Si en la cadena principal, L1, L2 y L3 cada uno puede o no contener cada uno de entre un enlace simple, un doble enlace, un triple enlace, un enlace amida, un enlace éster, un enlace disulfuro, un grupo imino, un enlace éter, un enlace tioéter y un enlace tioéster en la cadena principal, y L1, L2 y L3 pueden ser idénticos o diferentes entre sí,

D es CR, N, P, P=O, B o SiR donde R es un átomo de hidrógeno, un grupo alquilo o un sustituyente arbitrario, y b es un enlace simple, un doble enlace o un triple enlace,

o como alternativa,

en las fórmulas (16) y (16b), L1 y L2 son cada uno un enlazador, L3, D y b pueden no estar presentes, y L1 y L2 pueden unirse directamente a B, a condición de que:

en las fórmulas (16) y (17), E sea un grupo atómico descrito en el punto (i) y al menos un átomo O en un 30 enlace de ácido fosfórico puede estar sustituido con un átomo de S;

en las fórmulas (16b) y (17b), E sea un grupo atómico descrito en el punto (ii); y

en las fórmulas (17) y (17b), los respectivos B pueden ser idénticos o diferentes entre sí, y

los respectivos E pueden ser idénticos o diferentes entre sí.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/JP2016/074976.

Solicitante: Kabushiki Kaisha DNAFORM.

Inventor/es: TANAKA,YUJI, HAYASHIZAKI YOSHIHIDE, TSUJIMARU KOICHIRO.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12M1/00 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12M EQUIPOS PARA ENZIMOLOGIA O MICROBIOLOGIA (instalaciones para la fermentación de estiércoles A01C 3/02; conservación de partes vivas de cuerpos humanos o animales A01N 1/02; aparatos de cervecería C12C; equipos para la fermentación del vino C12G; aparatos para preparar el vinagre C12J 1/10). › Equipos para enzimología o microbiología.
  • C12N15/09 C12 […] › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Tecnología del ADN recombinante.
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • C12Q1/6818
  • C12Q1/6851
  • G01N21/64 SECCION G — FISICA.G01 METROLOGIA; ENSAYOS.G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 21/00 Investigación o análisis de los materiales por la utilización de medios ópticos, es decir, utilizando rayos infrarrojos, visibles o ultravioletas (G01N 3/00 - G01N 19/00 tienen prioridad). › Fluorescencia; Fosforescencia.

PDF original: ES-2821650_T3.pdf

 

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