Método para analizar ácido nucleico molde, método para analizar sustancia objetivo, kit de análisis para ácido nucleico molde o sustancia objetivo y analizador para ácido nucleico molde o sustancia objetivo.

Un método para analizar un ácido nucleico molde, que comprende las etapas de:

fraccionar una muestra que comprende un ácido nucleico molde en una pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde;

amplificar una secuencia objetivo y su secuencia complementaria en el ácido nucleico molde con respecto a cada fracción de la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde en presencia de un reactivo de amplificación de ácido nucleico; detectar la generación o interrupción de una señal que muestra una amplificación de la secuencia objetivo o la secuencia complementaria con respecto a cada fracción de la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde después de la etapa de amplificación; y

discriminar una fracción de ácido nucleico molde en la que la generación o interrupción de una señal que muestra la amplificación se ha detectado entre la pluralidad de fracciones de ácido nucleico molde como una fracción amplificada en la que la secuencia objetivo o la secuencia complementaria se ha amplificado, en donde el reactivo de amplificación de ácido nucleico comprende un conjunto de cebadores que amplifica la secuencia objetivo y la secuencia complementaria y una sustancia generadora de señales que genera o interrumpe una señal en respuesta a la amplificación, y

la sustancia generadora de señales genera una señal en un estado en el que se une de manera dependiente de la secuencia e interrumpe una señal en un estado en el que no se une o interrumpe una señal en un estado en el que se une de manera dependiente de la secuencia y genera una señal en un estado en el que no se une, y la generación y la interrupción de una señal son reversibles;

en donde la sustancia generadora de señales incluye una sonda fluorogénica que comprende al menos dos grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón como la sustancia generadora de señales por molécula y los al menos dos grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón están comprendidos en una base que comprende un par de grupos atómicos fluorescentes que presentan un efecto de excitón comprende una estructura representada por la siguiente fórmula (16), (16b), (17) o (17b):

**(Ver fórmula)**

en las fórmulas (16), (16b), (17), (17b),

B es un grupo atómico que tiene una cadena principal de nucleobases naturales (adenina, guanina, citosina, timina o uracilo) o una cadena principal de nucleobases artificiales,

E es:

(i) un grupo atómico que tiene una cadena principal de desoxirribosa, una cadena principal de ribosa o una estructura derivada de cualquiera de ellas, o

(ii) un grupo atómico que tiene una estructura peptídica o una estructura peptoide,

Z11 y Z12 son cada uno un grupo atómico que presenta fluorescencia, y pueden ser idénticos o diferentes entre sí,

L1, L2 y L3 son cada uno un enlazador (un átomo de unión o un grupo atómico), la longitud de la cadena principal (el número de átomos de la cadena principal) de los mismos es arbitraria, L1, L2 y L3 cada uno puede o no contener cada uno de entre C, N, O, S, P y Si en la cadena principal, L1, L2 y L3 cada uno puede o no contener cada uno de entre un enlace simple, un doble enlace, un triple enlace, un enlace amida, un enlace éster, un enlace disulfuro, un grupo imino, un enlace éter, un enlace tioéter y un enlace tioéster en la cadena principal, y L1, L2 y L3 pueden ser idénticos o diferentes entre sí,

D es CR, N, P, P=O, B o SiR donde R es un átomo de hidrógeno, un grupo alquilo o un sustituyente arbitrario, y b es un enlace simple, un doble enlace o un triple enlace,

o como alternativa,

en las fórmulas (16) y (16b), L1 y L2 son cada uno un enlazador, L3, D y b pueden no estar presentes, y L1 y L2 pueden unirse directamente a B, a condición de que:

en las fórmulas (16) y (17), E sea un grupo atómico descrito en el punto (i) y al menos un átomo O en un 30 enlace de ácido fosfórico puede estar sustituido con un átomo de S;

en las fórmulas (16b) y (17b), E sea un grupo atómico descrito en el punto (ii); y

en las fórmulas (17) y (17b), los respectivos B pueden ser idénticos o diferentes entre sí, y

los respectivos E pueden ser idénticos o diferentes entre sí.