Análisis multiplexado de loci polimórficos mediante consulta simultánea y detección mediada por enzimas.

Método

(A) de determinación simultánea de la composición de nucleótidos en sitios polimórficos designados correlacionados ubicados dentro de una o más secuencias de nucleótidos diana,

comprendiendo dicho método las etapas siguientes:

(a) proporcionar uno o más conjuntos de sondas, siendo capaz cada sonda de aparearse con una subsecuencia de dichas una o más secuencias de nucleótidos diana ubicadas dentro de un intervalo de proximidad a un primer sitio polimórfico designado, en el que cada sonda comprende una región de iniciación de elongación terminal capaz de aparearse con el primer sitio polimórfico designado, comprendiendo dicha región de iniciación de elongación terminal los 3-4 nucleótidos terminales del extremo 3' terminal de la sonda, y una región de anclaje dúplex, y en el que el uno o más conjuntos de sondas se inmovilizan sobre micropartículas codificadas, ensamblándose las micropartículas codificadas en un alineamiento codificado al azar;

(b) poner en contacto el conjunto de sondas con dichas una o más secuencias de nucleótidos diana para permitir la formación de complejos de hibridación colocando un sitio de consulta en la secuencia de iniciación de elongación terminal de una secuencia de sonda en alineación directa con el primer sitio polimórfico designado, en el que la región de iniciación de elongación terminal inicia una reacción de elongación catalizada por polimerasa para formar un producto de elongación si dicha secuencia de iniciación de elongación terminal coincide perfectamente con su sitio correspondiente en la secuencia de nucleótidos diana, comprendiendo dicho sitio correspondiente el primer sitio polimórfico designado, en el que la polimerasa carece de actividad exonucleasa 3' -> 5';

(c) poner en contacto el producto de elongación con una segunda sonda diseñada para hibridarse con un segundo sitio polimórfico designado;

(d) para cada complejo de hibridación, determinar la presencia del producto de elongación para indicar una coincidencia o ausencia del producto de elongación para indicar una falta de coincidencia entre el sitio de consulta y el primer sitio polimórfico designado, y para cada producto de elongación, determinar la hibridación de la segunda sonda con el segundo sitio polimórfico designado; y

(e) determinar la composición de los sitios polimórficos designados correlacionados primero y segundo, o

(B) de determinación de la composición de sitios polimórficos en un ácido nucleico diana, comprendiendo dicho método: proporcionar un ácido nucleico, teniendo dicho ácido nucleico sitios polimórficos;

elegir al menos dos sitios polimórficos como sitios designados;

proporcionar dos o más sondas capaces de consultar los sitios designados;

en el que dichas sondas comprenden una región de iniciación de elongación terminal ubicada en la posición terminal 3' de la secuencia de sonda;

consultar los sitios designados de modo que se establezca la presencia de dos o más de tales sitios designados y se determinen las composiciones en dichos dos o más sitios, en el que la etapa de consultar los sitios designados comprende formar un complejo de hibridación entre una primera sonda y dicho ácido nucleico e iniciar una elongación catalizada por polimerasa de la sonda si dicha región de iniciación de elongación terminal coincide perfectamente con la porción correspondiente de la secuencia de ácido nucleico diana en el que la polimerasa carece de actividad exonucleasa 3' -> 5';

formar un producto de elongación sometiendo a elongación dicha primera sonda; y

formar un complejo de hibridación apareando con el producto de elongación una segunda sonda diseñada para consultar un segundo sitio designado.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E13189483.

Solicitante: BIOARRAY SOLUTIONS LTD.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 35 TECHNOLOGY DRIVE, SUITE 100 WARREN, NJ 07059 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: SEUL, MICHAEL, HASHMI,GHAZALA, LI,ALICE XIANG.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C07H21/02 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C07 QUIMICA ORGANICA.C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › C07H 21/00 Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos. › con ribosilo como radical sacárido.
  • C07H21/04 C07H 21/00 […] › con desoxirribosilo como radical sacárido.
  • C12N15/09 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Tecnología del ADN recombinante.
  • C12P19/34 C12 […] › C12P PROCESOS DE FERMENTACION O PROCESOS QUE UTILIZAN ENZIMAS PARA LA SINTESIS DE UN COMPUESTO QUIMICO DADO O DE UNA COMPOSICION DADA, O PARA LA SEPARACION DE ISOMEROS OPTICOS A PARTIR DE UNA MEZCLA RACEMICA.C12P 19/00 Preparación de compuestos que contienen radicales sacárido (ácido cetoaldónico C12P 7/58). › Polinucleótidos, p. ej. ácidos nucleicos, oligorribonucleótidos.
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2712173_T3.pdf

 

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