Método para detectar la expresión de SENP1 en una muestra biológica,

comprendiendo el método:

determinar la cantidad de SENP1 y de TERT o TERC en una muestra biológica procedente de un individuo que presenta, o que se sospecha que presenta, cáncer de vejiga

SENP1 como marcador de cáncer.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a un método para detectar células de cáncer mediante la detección de la cantidad de SENP1 y/o telomerasa en una muestra.

Antecedentes de la invención

La mayoría de células en el cuerpo humano adulto normal no se divide. Sin embargo, las células de cáncer escapan a la regulación del crecimiento y se dividen sin restricciones. Para ello, deben replicar sus cromosomas, incluyendo los extremos de estos cromosomas, denominados telómeros. La activación del enzima, la telomerasa, que añade secuencia telomérica a los extremos cromosómicos (revisado en Collins K., Curr. Opin. Cell Biol. 12:378-382, 2000) puede superar esta senescencia (ver BoADNr A.G. et al., Science 279:349-352, 1998; revisado en De Lange T., Science 279:334-335, 1998). Las líneas celulares con telomerasa activa se inmortalizan. In vivo, las células anteriormente senescentes con telomerasa activa crecen para convertirse en tumores. La actividad de telomerasa se ha detectado en esencialmente la totalidad de los tipos principales de cáncer (Shay J.W. y Bacchetti S., Eur. J. Cancer 33:787-791, 1997; Cong Y.S. et al., Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66:407-425, 2002). Hanahan y Weinberg consideran la expresión de la subunidad catalítica de la telomerasa como uno de los seis sucesos clave comunes al cáncer (Cell 100:57-70, 2000). La expresión de los genes codificantes de la telomerasa (TERT y TERC) se ha propuesto como marcador molecular para el diagnóstico, seguimiento y pronóstico del cáncer.

La patente WO nº 2004/031412 da a conocer SENP-1 como uno de entre 605 genes regulados en el cáncer pancreático.

La patente EP nº 1 108 789 da a conocer métodos para cuantificar la expresión de ARN de hTERT que resultan útiles para el diagnóstico y el pronóstico de cáncer.

Sin embargo, no todos los tumores de un tipo dado de cáncer contienen niveles detectables de actividad de telomerasa (ver, por ejemplo, Shay J.W. y Bacchetti S., Eur. J. Cancer 33:787-791, 1997; Yan P. et al., Cancer Res. 59:3166-3170, 1999). Por lo tanto, resulta importante identificar los marcadores moleculares que identifican los tumores inmortalizados por un mecanismo independiente de telomerasa.

Breve descripción resumida de la invención

La presente invención proporciona datos que demuestran que existe una asociación entre el cáncer de vejiga y la cantidad de expresión de SENP1. De esta manera, SENP1 proporciona un marcador útil para la detección del cáncer de vejiga.

En algunas realizaciones, el método comprende además la obtención de la muestra biológica a partir del individuo.

En algunas realizaciones se determina la secuencia del polinucleótido. En algunas realizaciones, la etapa de detección comprende amplificar el polinucleótido en una reacción de amplificación. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende por lo menos dos oligonucleótidos diferentes que comprenden una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de la secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, durante la reacción de amplificación, los oligonucleótidos ceban la amplificación de por lo menos un fragmento de la secuencia SEC ID nº 1. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción de amplificación cuantitativa. En algunas realizaciones, el producto de amplificación de la reacción de amplificación se detecta en una etapa que comprende hibridar con el producto un oligonucleótido detectablemente marcado. En algunas realizaciones, el oligonucleótido detectablemente marcado comprende un grupo fluorescente. En algunas realizaciones, el oligonucleótido detectablemente marcado comprende un grupo desactivador. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende una ácido nucleico polimerasa dependiente de molde que presenta actividad 5' a 3' exonucleasa bajo condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido detectablemente marcado. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción en cadena de polimerasa-transcriptasa inversa (RT-PCR). En algunas realizaciones, la reacción de RT-PCR es una reacción de RT-PCR cuantitativa. En algunas realizaciones, se normaliza la cantidad del polinucleótido.

En algunas realizaciones, se determina la cantidad de SENP1 mediante la detección de un polipéptido SENP1 en la muestra. En algunas realizaciones, el polipéptido se detecta mediante la puesta en contacto del polipéptido con un anticuerpo.

En algunas realizaciones, se detecta SENP1 mediante la detección de la actividad de SENP1.

En algunas realizaciones, el método comprende además determinar la cantidad de telomerasa en la muestra biológica. En algunas realizaciones, se detecta la telomerasa mediante la detección de la actividad de telomerasa. En algunas realizaciones, se detecta la actividad de telomerasa mediante la detección de alargamiento de un oligonucleótido que comprende dos o más repeticiones de TTAGG.

En algunas realizaciones, se detecta la telomerasa mediante la detección de un componente de la telomerasa en la muestra. En algunas realizaciones, el componente es ARN de telomerasa humana (TERC). En algunas realizaciones, el componente es proteína transcriptasa inversa de telomerasa humana (TERT). En algunas realizaciones, se detecta telomerasa mediante la detección de ARNm de proteína transcriptasa inversa de telomerasa inversa (TERT). En algunas realizaciones, el método comprende amplificar un polinucleótido SENP1 y un polinucleótido telomerasa en una reacción de amplificación multiplex. En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARN de telomerasa humana (TERC). En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARNm de proteína transcriptasa inversa de telomerasa humana (TERT). En algunas realizaciones, el método comprende además comparar la cantidad de SENP1 y telomerasa en la muestra con un estándar de SENP1 y una estándar de telomerasa, respectivamente, en la que el estándar de SENP1 representa SENP1 en células no de cáncer y el estándar de telomerasa representa cantidades de telomerasa en células no de cáncer. En algunas realizaciones, los estándares son valores predeterminados.

En algunas realizaciones, el individuo es un ser humano. En algunas realizaciones, el método comprende además registrar un pronóstico para el tratamiento del cáncer y/o la supervivencia del individuo. En algunas realizaciones, el método comprende además registrar la progresión del cáncer en el individuo.

La presente exposición también proporciona métodos para identificar un antagonista de SENP1. En algunas realizaciones, los métodos comprenden poner en contacto una pluralidad de agentes con una célula que expresa SENP1, en donde la célula no expresa telomerasa y la célula expresa un fenotipo neoplásico, y seleccionar un agente que inhibe un fenotipo neoplásico, identificando de esta manera un antagonista de SENP1. En algunas realizaciones, la célula no expresa TERT. En algunas realizaciones, los métodos comprende además someter a ensayo el efecto del agente seleccionado sobre células de cáncer seleccionadas de entre el grupo que consiste de cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer de riñón, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer pancreático y cáncer de intestino delgado. En algunas realizaciones, el fenotipo neoplásico es crecimiento celular neoplásico. En algunas realizaciones, el fenotipo neoplásico es la expresión de un polipéptido o ARN asociado al crecimiento neoplásico. En algunas realizaciones, la célula expresa endógenamente SENP1. En algunas realizaciones, la célula comprende un casete de expresión exógena codificante de SENP1.

La presente exposición también proporciona métodos de tratar un individuo que presenta un cáncer. En algunas realizaciones, los métodos comprenden administrar en un ser humano una cantidad terapéutica de un antagonista de SENP1, en donde el individuo presenta un cáncer caracterizado por la expresión incrementada de SENP1 en comparación con las células no de cáncer. En algunas realizaciones, el cáncer se selecciona de entre el grupo que consiste de cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer de riñón, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer de páncreas y cáncer de intestino delgado. En algunas realizaciones, el antagonista se identifica mediante las etapas de: poner en contacto una pluralidad de agentes con una célula que expresa SENP1, en donde la célula no...

1. Método para detectar la expresión de SENP1 en una muestra biológica, comprendiendo el método:

determinar la cantidad de SENP1 y de TERT o TERC en una muestra biológica procedente de un individuo que presenta, o que se sospecha que presenta, cáncer de vejiga.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el método comprende además registrar un diagnóstico de cáncer de vejiga.

3. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 2, en el que la cantidad de SENP1 se determina mediante la detección de un polinucleótido codificante de SENP1 en la muestra.

4. Método según las reivindicaciones 1 a 3, en el que la etapa de detección comprende amplificar el polinucleótido en una reacción de amplificación.

5. Método según la reivindicación 4, en el que la reacción de amplificación comprende por lo menos dos oligonucleótidos diferentes que comprenden una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, durante la reacción de amplificación, los oligonucleótidos ceban la amplificación de por lo menos un fragmento de secuencia SEC ID nº 1.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 y/o 5, en el que el producto de amplificación de la reacción de amplificación se detecta en una etapa que comprende hibridar un oligonucleótido detectablemente marcado con el producto.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 6, en el que la reacción de amplificación comprende una ácido nucleico polimerasa dependiente de molde que presenta actividad 5' a 3' exonucleasa bajo condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido detectablemente marcado.

8. Método según las reivindicaciones 1 a 7, en el que la cantidad de SENP1 se estima mediante la detección de un ARN codificante de SENP1 en la muestra.

9. Método según las reivindicaciones 1 a 8, en el que el método comprende además comparar la cantidad de SENP1 y TERT o TERC en la muestra con un estándar de SENP1 y un estándar de TERT o TERC, respectivamente, en el que el estándar de SENP1 representa las cantidades de SENP1 en células normales y TERT o TERC representa las cantidades de TERT o TERC en células normales.

10. Método según las reivindicaciones 1 a 9, en el que la muestra biológica es orina.

11. Kit para detectar una célula de cáncer de vejiga en una muestra biológica procedente de un individuo, comprendiendo el kit:

a) por lo menos un oligonucleótido que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, al someter el oligonucleótido y un polinucleótido que comprende la secuencia SEC ID nº 1 a una reacción de amplificación, el oligonucleótido ceba la amplificación de por lo menos un fragmento de secuencia SEC ID nº 1,

b) un oligonucleótido detectablemente marcado que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma,

c) por lo menos un oligonucleótido que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de:

de manera que, al someter el oligonucleótido y el ARNm de TERC o de TERT a una reacción de amplificación, el oligonucleótido ceba la amplificación de por lo menos un fragmento de ARNm de TERC o TERT, y

d) un oligonucleótido detectablemente marcado que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de:

12. Mezcla de reacción que comprende:

a) por lo menos un oligonucleótido que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma, de manera que, al someter el oligonucleótido y un polinucleótido que comprende la secuencia SEC ID nº 1 a una reacción de amplificación, el oligonucleótido ceba la amplificación de por lo menos un fragmento de secuencia SEC ID nº 1,

b) un oligonucleótido detectablemente marcado que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de secuencia SEC ID nº 1, o un complemento de la misma,

c) por lo menos un oligonucleótido que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de:

de manera que, al someter el oligonucleótido y ARNm de TERC o de TERT a una reacción de amplificación, el oligonucleótido ceba la amplificación de por lo menos un fragmento de ARNm de TERC o de TERT, y

d) un oligonucleótido detectablemente marcado que comprende una secuencia por lo menos 90% idéntica a por lo menos 10 nucleótidos contiguos de: