MÉTODOS Y SONDAS PARA LA DETECCIÓN DEL CÁNCER.

La invención se refiere a métodos y sondas para la detección del cáncer. Antecedentes de la invención El cáncer de pulmón es la causa de muerte principal debida al cáncer en los Estados Unidos, acabando cada año con la vida de aproximadamente 156.000 hombres y mujeres. Existen cuatro tipos principales de células de carcinoma broncogénico que representan más del 95% de cánceres de pulmón primarios: adenocarcinoma; carcinoma de células escamosas; carcinoma de células grandes y carcinoma de células pequeñas. Estos tipos de células se producen individualmente o en combinación. El 5% restante de tumores se compone de diversos tipos de tumoras inusuales. Cuando se desarrolla cáncer de pulmón, este tiende a extenderse desde el sitio original del cáncer hacia los nódulos linfáticos, y después, al mismo tiempo o secuencialmente, hacia otras zonas del cuerpo. Los sitios más comunes de extensión del cáncer de pulmón (metástasis) son el cerebro, los huesos, el hígado, las glándulas adrenales y cualquier otro órgano con una elevada tasa de flujo sanguíneo. Este es el proceso de metástasis que, en la mayoría de los pacientes, conduce a la muerte. Cuando en un primer reconocimiento médico o mediante ensayos diagnóstico (por ejemplo, rayos X o formación de imágenes de alta resolución tal como TC espiral), se descubre un cáncer, este tiene normalmente un tamaño de al menos 1 cm. Un cáncer que tiene un tamaño de 1 cm contiene al menos aproximadamente 1 billón de células. En el ADN cromosómico se han observado cambios que acompañan la conversión de células normales en células malignas. Debido a esto, la detección de modificaciones cromosómicas específicas proporciona una vía para detectar y diagnosticar cáncer de pulmón. Sumario de la invención La invención se basa en el descubrimiento de que, para detectar el cáncer de pulmón con altos niveles de sensibilidad, pueden usarse sondas y conjuntos de sondas específicas. Usando las sondas descritas en este documento, el cáncer de pulmón puede detectarse con una sensibilidad potenciada en comparación con los métodos convencionales. Por consiguiente, las sondas y los métodos de la invención facilitan la detección del cáncer de pulmón y/o permiten la detección del cáncer de pulmón en etapas precoces. La invención incluye conjuntos de sondas, métodos para el uso de sondas y conjuntos de sondas y métodos para seleccionar conjuntos de sondas para la detección del cáncer. En un aspecto, la descripción presenta conjuntos de sondas cromosómicas que incluyen cualquiera de las siguientes combinaciones de dos sondas: (a) una sonda del brazo del cromosoma 5p y una sonda seleccionada del grupo que consiste en una sonda específica del locus 8q24, una sonda del brazo del cromosoma 3q, una sonda del brazo del cromosoma 20q, una sonda específica del locus 7p12, una sonda de enumeración del cromosoma 16, una sonda de enumeración del cromosoma 4, una sonda de enumeración del cromosoma 12, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda específica del locus 17q21; (b) una sonda específica del locus 8q24 y una sonda seleccionada del grupo que consiste en una sonda de enumeración del cromosoma 17, una sonda de enumeración del cromosoma 1 y una sonda de enumeración del cromosoma 6; (c) una sonda específica del locus 7p12 y una sonda seleccionada del grupo que consiste en una sonda del brazo del cromosoma 3q y una sonda de enumeración del cromosoma 6; (d) una sonda del brazo del cromosoma 3q y una sonda de enumeración del cromosoma 7; o (e) una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 7. A las dos sondas puede incorporarse un resto de detección. El resto de detección puede contener una marca fluorescente. Las dos sondas pueden acoplarse opcionalmente a diferentes restos de detección. Por ejemplo, los restos de detección pueden contener marcas fluorescentes. En otro aspecto, la descripción presenta un conjunto de sondas cromosómicas que incluye cualquiera de las siguientes combinaciones de tres sondas: (a) una sonda específica del locus 5p15, una zona específica del locus 8q24 y una sonda seleccionada del grupo que consiste en una sonda específica del locus 9p21, una sonda de enumeración del cromosoma 1, una sonda de enumeración del cromosoma 6, una sonda específica del locus 7p12 y una sonda específica del locus 17q21; (b) una sonda específica del locus 5p15, una sonda de enumeración del cromosoma 12 y una sonda específica del locus 9p21; (c) una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 17 y una sonda específica del locus 9p21; (d) una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 1 y una sonda especifica del locus 9p21; o (e) una sonda específica del locus 5p15, una sonda del brazo del cromosoma 3q y una sonda de enumeración del cromosoma 12. En otro aspecto, la descripción presenta un conjunto de sondas cromosómicas que incluyen cualquiera de las siguientes 2   combinaciones de cuatro sondas: (a) una sonda específica del locus 5p15, una sonda de enumeración del cromosoma 6, una sonda específica del locus 17p13 y una sonda de enumeración del cromosoma 17; (b) una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 1 y una sonda específica del locus 7p12; (c) una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda del brazo del cromosoma 3q y una sonda específica del locus 7p12; (d) una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda del brazo del cromosoma 20q y una sonda específica del locus 7p12; (e) una sonda especifica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda específica del locus 7p12, y una sonda específica del locus 17q21; (f) una sonda específica del locus 5p115, una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda específica del locus 7p12; (g) una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 1; (h) una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 12; (i) una sonda específica del locus 5p15, una sonda de enumeración del cromosoma 1, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 12; (j) una sonda de enumeración del cromosoma 7, una sonda de enumeración del cromosoma 1, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 12; o (k) una sonda del brazo del cromosoma 5p, una sonda de enumeración del cromosoma 1, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda de enumeración del cromosoma 7. El conjunto de sondas que define la invención se detalla en la reivindicación 1 de las reivindicaciones adjuntas. En algunas realizaciones de los conjuntos de sondas descritos en este documento, un conjunto que contiene, por ejemplo, al menos dos, tres o cuatro sondas, puede usar una sonda del brazo de cromosoma 5p en lugar de una sonda específica del locus 5p15. En otras realizaciones el conjunto de sondas descrito en este documento, puede usarse una sonda del brazo del cromosoma 7p en lugar de una sonda específica del locus 7p12. En otro aspecto, la descripción presenta un método para explorar cáncer de pulmón en un sujeto, incluyendo el método las etapas de: (a) obtener una muestra biológica del sujeto; (b) obtener un conjunto de al menos dos sondas cromosómicas diferentes, por ejemplo, al menos dos, tres o cuatro sondas, de un conjunto descrito en el presente documento; (c) poner en contacto el conjunto de sondas con la muestra bilógica en condiciones suficientes para permitir la hibridación de las sondas en el conjunto con los cromosomas en la muestra, si hubiera; y (d) detectar el patrón de hibridación del conjunto de sondas cromosómicas para la muestra biológica para determinar si el sujeto presenta cáncer de pulmón. Las sondas usadas en los métodos descritos en el presente documento pueden seleccionarse del grupo que consiste en una sonda de enumeración del cromosoma 1, una sonda de enumeración del cromosoma 3, una sonda de enumeración del cromosoma 4, una sonda de enumeración del cromosoma 6, una sonda de enumeración del cromosoma 7, una sonda de enumeración del cromosoma 8, una sonda de enumeración del cromosoma 9, una sonda de enumeración del cromosoma 10, una sonda de enumeración del cromosoma 11, una sonda de enumeración del cromosoma 12, una sonda de enumeración del cromosoma 16, una sonda de enumeración del cromosoma 17, una sonda de enumeración del cromosoma 18, una sonda específica del locus 3p14, una sonda específica del locus 3q26, una sonda específica del locus 5p15,... [Seguir leyendo]

1. Un conjunto de sondas cromosómicas que comprende la siguiente combinación de cuatro sondas: una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda específica del locus 7p12 y una sonda de enumeración del cromosoma 6. 2. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 1, en el que se incorporan restos de detección a las sondas. 3. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 2, en el que los restos de detección comprenden marcadores fluorescentes. 4. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 1, en el que las sondas se acoplan a diferentes restos de detección. 5. El conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 4, en el que los restos de detección comprenden marcadores fluorescentes. 6. Un método para detectar cáncer de pulmón en un sujeto, comprendiendo el método: (a) obtener un conjunto de sondas cromosómicas de la reivindicación 1; (b) poner en contacto el conjunto de sondas con una muestra biológica del sujeto, conteniendo dicha muestra células o material celular derivado de estructuras pulmonares, en condiciones suficientes para permitir la hibridación de sondas en el conjunto de cromosomas en la muestra, si hubiese; y (c) detectar el patrón de hibridación del conjunto de sondas cromosómicas con la muestra biológica para determinar si el sujeto tiene cáncer de pulmón. 7. El método de la reivindicación 6, en el que la muestra biológica comprende un espécimen bronquial, una biopsia de pulmón o una muestra de esputo. 8. El método de la reivindicación 6, en el que las sondas cromosómicas se marcan con fluorescencia. 9. El método de la reivindicación 6 que comprende adicionalmente realizar análisis citológico en la muestra. 10. El método de la reivindicación 6, en el que el conjunto de sondas cromosómicas consiste en una sonda específica del locus 5p15, una sonda específica del locus 8q24, una sonda de enumeración del cromosoma 6 y una sonda específica del locus 7p12. 11. Un método de selección de una combinación de sondas para detección de cáncer, comprendiendo el método: proporcionar una primera pluralidad de sondas cromosómicas; determinar la capacidad de cada una de la primera pluralidad de sondas para diferenciar especímenes de cáncer de especímenes normales; seleccionar aquellas sondas dentro de la primera pluralidad de sondas que identifiquen los especímenes de cáncer en comparación con los especímenes normales para producir una segunda pluralidad de sondas, en la que cada sonda dentro de la segunda pluralidad de sondas identifica los especímenes de cáncer en comparación con los especímenes normales a un valor de p inferior a 0,01 o un valor de vector inferior a 0,500; determinar la capacidad de una combinación de sondas seleccionada de la segunda pluralidad de sondas para diferenciar los especímenes de cáncer de los especímenes normales; y seleccionar una combinación de sondas que identifique el espécimen de cáncer en comparación con el espécimen normal con un valor de vector inferior a 0,400; en el que el valor de vector se calcula de acuerdo con la siguiente ecuación: Vector = [(1 - especifidad) 2 + (1 - sensibilidad) 2 ] 0.5 66   67