METODO Y KIT PARA EL PRONOSTICO DEL LINFOMA DE CELULAS DEL MANTO.

Método y kit para el pronóstico del linfoma de células del manto. La presente invención está relacionada con métodos para el pronóstico del cáncer, particularmente para el pronóstico del linfoma de células del manto, y más particularmente para el pronóstico de un tipo indolente de linfoma de células del manto. Estado de la técnica El linfoma de células del manto (MCL, mantle cell lymphoma) es una neoplasia linfoide agresiva con una rápida evolución clínica, una débil respuesta a la terapia, frecuentes recaídas, y una supervivencia media de 3-4 años. El agresivo comportamiento biológico de este linfoma se atribuye a los peculiares mecanismos genéticos y moleculares implicados en su patogénesis que combinan la desregulación constitutiva de la proliferación celular debida a la t(11; 14) (q13; q32) y la sobreexpresión de ciclina D1, con un alto nivel de inestabilidad cromosómica relacionada con la desregulación de la respuesta al daño del ADN y la activación de los mecanismos de supervivencia de la célula. Los pacientes que padecen MCL son tratados con diferentes estrategias incluyendo regímenes intensos de quimioterapia, pero, desgraciadamente, pocos pacientes se pueden curar con las terapias actuales. Además de los bien conocidos distintivos moleculares para el diagnóstico del MCL, a saber la translocación de t (11; 14) y sobreexpresión de ciclina D1, algunos autores han asociado recientemente el MCL con otros marcadores moleculares. Wang et al. (cfr. The sub cellular Sox11 distribution pattern identifies subsets of mantle cell lymphoma: correlation to overall survival, British Journal of Haematology 2008, vol. 143, p. 248-252) describe la sobreexpresión de SOX11 en células MCL, mientras que Ortega-Paino et al. describe la sobreexpresión de HDGFRP3 en MCL (Functionally associated targets in mantle cell lymphoma as defined by ADN microarrays and RNA interference. Blood 2008. vol. 111, p. 1617-24). Estudios recientes han identificado a un grupo de pacientes diagnosticados con MCL que siguen un curso clínico muy indolente con una larga supervivencia de más de 7-10 años, algunos de ellos no necesitando tratamiento quimioterapéutico (cfr. Espinet B. et al., Clonal proliferation of cyclin D1-positive mantle lymphocytes in an asymptomatic patient: an early-stage event in the development or an indolent form of a mantle cell lymphoma?, Human Pathology 2005, vol. 36, p. 1232-1237; Swerdlow S.H. et al., From centrocytic to mantle cell lymphoma: a clinicopathologic and molecular review of 3 decades, Human Pathology 2002, vol. 33, p. 7-20). Se han reconocido también pequeños subconjuntos de pacientes con una larga evolución similar en la mayoría de estudios clínicos de este tumor (cfr. Orchard J. et al., A subset of t(11; 14) lymphoma with mantle cell features displays mutated IgVH genes and includes patients with good prognosis, nonnodal disease. Blood 2003. vol. 101, p. 4975-81; Martin P, et al., Outcome of deferred inicial therapy in mantle-cell lymphoma, J. Clin. Oncol. 2009, vol. 27, p. 1209-13). Hoy en día, las herramientas de diagnóstico disponibles permiten la identificación de pacientes que padecen el MCL, pero no pueden proporcionar información sobre si la enfermedad sigue su curso de manera indolente. Por esta razón, existe la necesidad de proporcionar medios para la identificación de un paciente que padece un cáncer indolente de linfoma de células del manto. Explicación de la invención Los inventores han encontrado que un conjunto de genes están poco expresados o no expresados en células tumorales de pacientes que padecen un linfoma de células del manto con un curso clínico indolente. Hay documentos recientes en el estado de la técnica que revelan una relación entre la expresión de ciertos genes y el MCL. Entre ellos, Wang et al. (supra) establece una relación directa de la sobreexpresión de SOX11 y el diagnóstico de MCL. De hecho, muchos autores han considerado SOX11 como un biomarcador altamente fidedigno para el diagnóstico de MCL. Similarmente, otros autores han establecido la sobreexpresión de HDGFRP3 en MCL (ver Ortega-Paino et al., supra) y que su supresión inhibiría la proliferación del tumor. Sorprendentemente, los Inventores de la presente invención han observado que SOX11 y HDGFRP3, entre otros genes, no están expresados en células MCL extraídas de pacientes diagnosticados con MCL con un curso indolente de la enfermedad. Así, el primer aspecto de la presente invención proporciona un método para el pronóstico de un linfoma de células del manto con un curso clínico indolente, que comprende los pasos de: a) proporcionar una muestra de un paciente que padezca linfoma de células del manto; b) determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3, FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11, SEMAR y CSNK1E en la muestra; y c) comparar el nivel de expresión de cada uno de los genes medidos con respecto al nivel de expresión de los mismos genes en una muestra control; donde la ausencia de expresión o la poca expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra control es indicativa del curso clínico indolente del linfoma de células del manto. 2 ES 2 352 777 A1 Tal como se muestra después, el conjunto de genes del método de la presente invención tiene un patrón de expresión diferencial diferente en una muestra de un paciente con linfoma de células del manto con un curso indolente cuando se compara con una muestra de un paciente que padece un MCL convencional. Particularmente, los inventores han encontrado que los genes mencionados están sobreexpresados en células derivadas de MCL convencional y poco expresados o no expresados en iMCL. Este patrón de expresión diferencial hace del método relacionado con el primer aspecto de la invención una valiosa herramienta que permite distinguir con alta precisión entre las dos formas de MCL, el convencional (cMCL, que está relacionado con una progresión rápida y agresiva de la enfermedad) y el indolente (iMCL, que está relacionado con una progresión menos agresiva de la enfermedad). Hasta ahora, las herramientas disponibles en el estado de la técnica han sido para el diagnóstico de MCL como un linfoma altamente agresivo. De esta manera, cuando se diagnosticaba al sujeto con MCL se le sometía a quimioterapia (que es el tratamiento más agresivo para evitar la progresión del tumor). Ventajosamente, se puede utilizar el método de la presente invención para identificar a aquellos pacientes con iM- CL, que se caracterizan por tener una evolución lenta, en comparación con pacientes con cMCL, que se caracterizan por un tumor altamente agresivo. En otras palabras, el método de la invención puede utilizarse como una herramienta para clasificar un paciente diagnosticado con MCL dentro de la categoría de indolente o convencional. Los pacientes que padecen de una forma indolente de MCL tienen una supervivencia más larga y no necesitan tratarse con una quimioterapia agresiva mientras que los pacientes con cMCL necesitan estar sujetos inmediatamente a una terapia intensiva. Hasta la fecha, no se podía predecir la forma indolente de la enfermedad de ninguna manera, resultando así en la administración de terapias agresivas en pacientes que no las necesitarían y causándoles un sufrimiento innecesario. Consecuentemente, el método de invención es de importancia para el campo de la terapia del cáncer porque permitirá a la comunidad médica la aplicación de estrategias de tratamiento adaptadas al riesgo en pacientes que padecen MCL. Como muestra de control de la etapa c), los inventores han utilizado células tumorales extraídas de pacientes a los que se les ha diagnosticado cMCL, es decir pacientes que necesitan terapia a causa de la rápida progresión (siguiendo los criterios estándar descritos por Cheson B.D. et al., Revised Response Criteria for Malignant Lymphoma, J. Clin. Oncol. 2007, vol. 25, p. 579-86). Por pronóstico se incluye el acto o proceso de predecir el curso y el resultado probables de un linfoma, p. ej. determinando la probabilidad de supervivencia. SOX11 (SRY (región Y determinante del sexo)- caja 11) codifica un miembro de la familia SOX de los factores de transcripción implicados en la regulación del desarrollo embrionario y en la determinación del destino de la célula. Las proteínas se agrupan dentro de esta familia si contienen un dominio HMG (del inglés High Mobility Group) de unión al ADN con una similitud alta en 25 aminoácidos (habitualmente >50%) respecto al dominio HMG de Sry, una proteína determinante del sexo. La secuencia del gen está disponible en la base de datos Genbank con el número de referencia NM_003108. La proteína codificada por SOX11 puede actuar como un regulador transcripcional después de formar un complejo de proteínas con otras...

1. Método para el pronóstico de un linfoma de células del manto con un curso clínico indolente, que comprende los pasos de: a) proporcionar una muestra de un paciente que padezca linfoma de células del manto; b) determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDG- FRP3, FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11, SEMAR y CSNK1E en la muestra; y c) comparar el nivel de expresión de cada uno de los genes medidos con respecto al nivel de expresión de los mismos genes en una muestra control; donde la ausencia de expresión o la poca expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra control es indicativa del curso clínico indolente del linfoma de células del manto. 2. Método según la reivindicación 1, donde el nivel de expresión se determina para al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3, CNN3, FARP1, PON2, DBN1 y HMGB3. 3. Método según la reivindicación 2, donde el nivel de expresión se determina para al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3 y CNN3. 4. Método según la reivindicación 3, donde se determina el nivel de expresión de SOX11. 5. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, donde la determinación del nivel de expresión del paso (b) se lleva a cabo determinando la cantidad de ARNm del gen o genes seleccionados. 6. Método según la reivindicación 5, donde la determinación se lleva a cabo por transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa. 7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-4, donde la determinación del nivel de expresión del paso (b) se lleva a cabo determinado la cantidad de proteína codificada por el gen o genes seleccionados. 8. Método según la reivindicación 7, donde la determinación se lleva a cabo por inmunohistoquímica. 9. Kit para llevar a cabo el método tal como se define en cualquiera de las reivindicaciones 1-8, que comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3, FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11, SEMAR y CSNK1E. 10. Kit según la reivindicación 9, que comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3, CNN3, FARP1, PON2, DBN1 y HMGB3. 11. Kit según la reivindicación 10, que comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consistente en: SOX11, HDGFRP3 y CNN3. 12. Kit según la reivindicación 11, que comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de SOX11. 13. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 9-12, que comprende medios adecuados para determinar la cantidad de proteína codificada por el gen o genes seleccionados. 14. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 9-12, que comprende medios adecuados para determinar la cantidad de ARNm del gen o genes seleccionados. 15. Kit según la reivindicación 14, que comprende sustancias requeridas para llevar a cabo una transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa. 16. Uso de SOX11 como un marcador para el pronóstico de un linfoma de células del manto con un curso clínico indolente. 13 ES 2 352 777 A1 14 OFICINA ESPAÑOLA DE PATENTES Y MARCAS ESPAÑA