BIOMARCADORES Y PROCEDIMIENTOS PARA DETERMINAR LA SENSIBILIDAD A MODULADORES DEL RECEPTOR DEL FACTOR DE CRECIMIENTO EPIDÉRMICO.

Biomarcadores y procedimientos para determinar la sensibilidad a moduladores del receptor del factor de crecimiento epidérmico Campo de la invención La presente invención se refiere en general al campo de la farmacogenómica y, más específicamente, a procedimientos para determinar la sensibilidad a fármacos en pacientes para permitir la identificación de perfiles genéticos individualizados que contribuirán al tratamiento de enfermedades y trastornos. Antecedentes de la invención El cáncer es una enfermedad con una heterogeneidad histoclínica amplia. Aunque las características histológicas y clínicas convencionales se han correlacionado con el pronóstico, el mismo tipo de pronóstico aparente de tumores varía ampliamente en su sensibilidad a terapia y posterior supervivencia del paciente. Son necesarios nuevos marcadores pronósticos y predictivos que facilitarían una individualización de la terapia para cada paciente para predecir con exactitud la respuesta del paciente a tratamientos, tales como fármacos de moléculas pequeñas o moléculas biológicas, en la clínica. El problema puede resolverse mediante la identificación de nuevos parámetros que predecirían mejor la sensibilidad del paciente al tratamiento. La clasificación de muestras de pacientes es un aspecto crucial del diagnóstico y tratamiento del cáncer. La asociación de una respuesta del paciente a un tratamiento con marcadores moleculares y genéticos puede abrir nuevas oportunidades para el desarrollo de tratamientos en pacientes que no responden, o distinguir una indicación de tratamiento entre otras elecciones de tratamiento debido a una mayor confianza en la eficacia. Además, la preselección de pacientes que es probable que respondan bien a una medicina, fármaco o terapia de combinación puede reducir el número de pacientes necesarios en un estudio clínico o acelerar el tiempo necesario para completar un programa de desarrollo clínico (Cockett y col., Current Opinion in Biotechnology, 11: 602-609 (2000)). La capacidad para predecir la sensibilidad a fármacos en pacientes es particularmente desafiante porque las respuestas a fármacos no sólo reflejan propiedades intrínsecas a las células diana, sino también las propiedades metabólicas del huésped. Los esfuerzos por usar información genética para predecir la sensibilidad a fármacos se han centrado principalmente en genes individuales que tienen amplios efectos, tales como los genes de multirresistencia a fármacos mdr1 y mrp1 (Sonneveld, J. Intern. Med., 247: 521-534 (2000)). El desarrollo de tecnologías de micromatrices para la caracterización a gran escala del patrón de expresión de ARNm de genes ha hecho posible buscar sistemáticamente marcadores moleculares y categorizar los cánceres en distintos subgrupos no evidentes por procedimientos histopatológicos tradicionales (Khan y col., Cancer Res., 58: 5009-5013 (1998); Alizadeh y col., Nature, 403: 503-511 (2000); Bittner y col., Nature, 406: 536-540 (2000); Khan y col., Nature Medicine, 7(6): 673-679 (2001); y Golub y col., Science, 286: 531-537 (1999); Alon y col., P. N. A. S. USA, 96: 6745-6750 (1999)). Dichas tecnologías y herramientas moleculares han hecho posible controlar el nivel de expresión de un gran número de transcritos dentro de una población celular en cualquier momento dado (véase, por ejemplo, Schena y col., Science, 270: 467-470 (1995); Lockhart y col., Nature Biotechnology, 14: 1675-1680 (1996); Blanchard y col., Nature Biotechnology, 14: 1649 (1996); Patente de Estados Unidos Nº 5.569.588). Estudios recientes demuestran que la información de la expresión génica generada por análisis de micromatrices de tumores humanos puede predecir el desenlace clínico (vant Veer y col., Nature, 415: 530-536 (2002); Sorlie y col., P. N. A. S. USA, 98: 10869-10874 (2001); M. Shipp y col., Nature Medicine, 8(1): 68-74 (2002): Glinsky y col., The Journal of Clin. Invest., 113(6): 913-923 (2004)). Estos descubrimientos traen la esperanza de que el tratamiento del cáncer se mejorará enormemente prediciendo mejor la respuesta de tumores individuales a terapia. El receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) y sus efectores de señalización aguas abajo, particularmente miembros de la ruta de Ras/Raf/MAP quinasa, desempeñan un papel importante en la biología de células epiteliales tanto normales como malignas (Normanno y col., Gene 366, 2-16 (2006)) y por lo tanto se han convertido en dianas establecidas para el desarrollo terapéutico. Mientras que el anticuerpo anti-EGFR cetuximab y los inhibidores de tirosina quinasa moleculares pequeños de EGFR (TKI) gefitinib y erlotinib han demostrado actividad en un subconjunto de pacientes (Baselga y Arteaga, J. Clin. Oncol. 23, 2445-2459 (2005)), su desarrollo clínico inicial no se ha beneficiado de una estrategia adjunta para identificar las poblaciones de pacientes que más probablemente obtendrían beneficio. La hipótesis de que sólo un número relativamente pequeño de tumores son dependientes de la ruta de EGFR y, por lo tanto, es probable que respondan a inhibidores de EGFR podría explicar la actividad clínica limitada que se observa con esta clase de agentes terapéuticos. Por ejemplo, en pacientes con cáncer colorrectal metastásico refractario los índices de respuesta clínica con cetuximab varían sistemáticamente del 11% en un entorno de monoterapia al 23% en un entorno de combinación con quimioterapia (Cunningham y col., N. Engl. J. Med 351, 337-345 (2004)). Hasta la fecha, esfuerzos significativos se han centrado en elucidar los mecanismos de sensibilidad o resistencia a la inhibición del EGFR, particularmente a través de la evaluación de la expresión de proteína EGFR, mutaciones de dominios quinasa y número de copias de genes. Aunque la expresión de proteína relativa del EGFR según se mide por inmunohistoquímica (IHC) se ha demostrado 2 E06813702 13-10-2011   en muchos tumores sólidos (Ciardiello y Tortora, Eur. J. Cancer 399, 1348-1354 (2003)), no se ha establecido una asociación uniforme entre la expresión de EGFR y la respuesta a inhibidores de EGFR. Estudios clínicos de cetuximab en un entorno de monoterapia y en combinación con irinotecán en pacientes con CCRm no pusieron de manifiesto ninguna asociación entre la respuesta radiográfica y la expresión de proteína EGFR según se midió por IHC (Cunningham y col., N. Engl. J. Med 351, 337-345 (2004); Saltz y col., J. Clin. Oncol. 22, 1201-1208 (2004)). Además, se han demostrado respuestas clínicas en pacientes con una expresión de proteína EGFR indetectable (Chung y col., J. Clin. Oncol., 23, 1803-1810 (2005); Lenz y col., Activity of cetuximab in patients with colorrectal cancer refractory to both irinotecan and oxaliplatin. Artículo presentado en: 2004 ASCO Annual Meeting Proceedings; Saltz, Clin Colorrectal Cancer, 5 Supl. 2, S98-100 (2005)). En comparación, los estudios clínicos de erlotinib en pacientes de CPNM y gefitinib en cáncer de ovario demostraron una asociación entre la expresión de EGRF, la respuesta y la supervivencia (Schilder y col., Clin. Cancer Res., 11, 5539-5548 (2005); Tsao y col., N. Engl. J. Med., 353, 133-144 (2005)). La presencia de mutaciones somáticas en el dominio tirosina quinasa, particularmente en el CPNM, se ha descrito ampliamente (Janne y col., J. Clin. Oncol., 23, 3227-3234 (2005)). En entornos tanto preclínicos como clínicos, se encuentra que estas mutaciones se correlacionan con la sensibilidad a gefitinib y erlotinib pero no con cetuximab (Janne y col., J. Clin. Oncol., 23, 3227-3234 (2005); Tsuchihashi y col., N. Engl. J. Med., 353, 208-209 (2005)). Además, la ausencia de mutaciones de dominio quinasa de EGFR en pacientes de CCR sugiere que dichas mutaciones no subyacen tras la respuesta al cetuximab. También se ha evaluado el número de copias de gen de EGFR como predictor potencial de la respuesta a inhibidores de EGFR. Los estudios clínicos de gefitinib demostraron una asociación entre un número de copias de EGFR aumentado, el estado de mutación y la respuesta clínica (Cappuzzo y col., J. Natl. Cancer Inst., 97, 643-655 (2005)). Una asociación similar se identificó en un pequeño número de pacientes tratados con los anticuerpos monoclonales anti-EGFR cetuximab y panitumumab (Moroni y col., Lancet Oncol., 6, 279-286 (2005)). También se han evaluado biomarcadores predictivos potenciales adicionales. Por ejemplo, en pacientes de glioblastoma, se encontró una asociación significativa entre la coexpresión de EGFRvIII y PTEN y la respuesta a inhibidores moleculares pequeños de EGFR (Mellinghoff y col., N. Engl. J. Med., 353, 2012-2024 (2005)). La actividad anti-tumoral del cetuximab se ha atribuido a su capacidad para bloquear la unión de ligando de EGFR y la activación de EGFR dependiente de ligando. La actividad clínica del cetuximab se ha demostrado en múltiples tipos de tumorales... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento in vitro para predecir la probabilidad de que un mamífero responda terapéuticamente a un procedimiento de tratamiento del cáncer colorrectal, que comprende administrar un modulador de EGFR que inhibe la unión de EGF a EGFR o la actividad quinasa de EGFR, en el que el procedimiento comprende medir el nivel de expresión de ARNm de los biomarcadores tanto epirregulina como anfirregulina en una muestra biológica de dicho mamífero, en el que un nivel de expresión elevado de dichos biomarcadores respecto a un nivel predeterminado indica una probabilidad aumentada de que el mamífero responda terapéuticamente a dicho procedimiento de tratamiento del cáncer colorrectal. 2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que dicha medición se realiza después de la exposición del mamífero al modulador de EGFR. 3. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el procedimiento comprende: (a) medir el nivel de expresión de ARNm de los biomarcadores tanto epirregulina como anfirregulina en una muestra biológica de dicho mamífero; (b) después de la exposición del mamífero al modulador de EGFR, medir en una muestra biológica de dicho mamífero el nivel de expresión de ARNm de dichos biomarcadores, en el que un nivel de expresión elevado de dichos biomarcadores medido en la etapa (b) respecto al nivel de dichos biomarcadores medido en la etapa (a) indica una probabilidad aumentada de que el mamífero responda terapéuticamente a dicho procedimiento de tratamiento del cáncer colorrectal. 4. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, que comprende además medir al menos un biomarcador adicional seleccionado de la Tabla 1. 5. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en la que dicha muestra biológica es una muestra de tejido que comprende células de cáncer y dicho tejido está fijado, embebido en parafina, fresco o congelado. 6. El procedimiento de la reivindicación 5, que comprende además la etapa de determinar si dichas células de cáncer tienen la presencia de un K-RAS mutado, en el que la detección de un K-RAS mutado indica una probabilidad disminuida de que el mamífero responda terapéuticamente a dicho procedimiento de tratamiento del cáncer colorrectal. 7. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que dicho mamífero es un ser humano. 8. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que dicho mamífero se selecciona del grupo que consiste en: rata, ratón, perro, conejo, cerdo, oveja, vaca, caballo, gato, primate y mono. 9. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicho modulador de EGFR es un anticuerpo monoclonal anti-EGFR. 10. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicho modulador de EGFR es un anticuerpo de cadena sencilla anti-EGFR. 11. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicho modulador de EGFR es un anticuerpo anti-EGFR humanizado o quimérico. 12. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicho modulador de EGFR es cetuximab. 13. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicho modulador de EGFR es panitumumab.   786   787   788   789     791   792   793   794     796   797