Métodos para supervisar las condiciones por análisis de secuencia.

Un método para supervisar una enfermedad en un sujeto que comprende:

(a) generar uno o más perfiles de clonotipos de al menos una muestra obtenida del sujeto, en donde la al menos una muestra comprende linfocitos T y/o linfocitos B y está relacionada con un primer estado de la enfermedad y en donde cada perfil de clonotipo se determina mediante un método que comprende

i. aislar espacialmente moléculas individuales de ácido nucleico de dichas células;

ii. secuenciar dichas moléculas individuales aisladas espacialmente de ácido nucleico mediante secuenciación por síntesis usando nucleótidos marcados terminados de manera reversible, pirosecuenciación, secuenciación de 454, hibridación específica de alelo con una biblioteca de sondas oligonucleotídicas marcadas, secuenciación mediante síntesis usando hibridación específica de alelo con una biblioteca de clones marcados que se sigue de ligamiento, supervisión en tiempo real de la incorporación de nucleótidos marcados durante una etapa de polimerización, secuenciación por polonias o secuenciación SOLiD, y

iii. determinar los niveles de secuencias diferentes de dicha muestra para generar dicho perfil de clonotipos;

(b) determinar uno o más clonotipos correlacionados de la enfermedad en el sujeto en función del o los perfiles de clonotipos; y

(c) supervisar la enfermedad determinando los niveles del o los clonotipos correlacionados en una muestra posterior obtenida del sujeto, en donde los niveles del o los clonotipos correlacionados en la muestra posterior se determinan secuenciando mediante síntesis usando nucleótidos marcados terminados de manera reversible, pirosecuenciación, secuenciación de 454, hibridación específica de alelo con una biblioteca de sondas oligonucleotídicas marcadas, secuenciación mediante síntesis usando hibridación específica de alelo con una biblioteca de clones marcados que se sigue de ligamiento, supervisión en tiempo real de la incorporación de nucleótidos marcados durante una etapa de polimerización, secuenciación por polonias o secuenciación SOLiD.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E13195379.

Solicitante: Adaptive Biotechnologies Corporation.

Inventor/es: FAHAM,MALEK, WILLIS,THOMAS.

Fecha de Publicación: 18 de Marzo de 2020.

Clasificación Internacional de Patentes:

C12N15/10 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
C12Q1/6809 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › Métodos para la determinación o identificación de ácidos nucleicos que implican detección diferencial.
C12Q1/6827 C12Q 1/00 […] › para detección de mutaciones o polimorfismos.
C12Q1/6883 C12Q 1/00 […] › para enfermedades causadas por alteraciones del material genético.
C12Q1/6886 C12Q 1/00 […] › para el cáncer (ensayos inmunológicos para el cáncer G01N 33/574).

PDF original: ES-2781754_T3.pdf

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