Composiciones y método para medir y calibrar el sesgo de la amplificación en reacciones de PCR multiplexadas.

Una composición para la normalización de la eficacia de la amplificación de un conjunto de cebadores oligonucleótidos para amplificar secuencias de ácidos nucleicos reordenadas que codifican uno o más receptores del sistema inmunitario adaptativo en una muestra biológica obtenida de células linfoides de un sujeto mamífero,

comprendiendo cada receptor del sistema inmunitario adaptativo una región variable y una región de unión, comprendiendo la composición:

una pluralidad de oligonucleótidos molde sintéticos, teniendo cada oligonucleótido molde sintético una concentración conocida antes de la amplificación y una secuencia de oligonucleótido de una fórmula general:

5'-U1-B1-V-B2-R-B3-J-B4-U2-3' (I)

en donde:

(a) V es una secuencia de oligonucleótido que comprende al menos 20 y como máximo 1000 nucleótidos contiguos de una región variable (V) de receptor del sistema inmunitario adaptativo, o su complementario, y comprendiendo cada V una secuencia de oligonucleótido de región V única;

(b) J es una secuencia de oligonucleótido que comprende al menos 15 y como máximo 600 nucleótidos contiguos de una región de unión (J) de receptor del sistema inmunitario adaptativo, o su complementario, y comprendiendo cada J una secuencia de oligonucleótido de región J única;

(c) U1 es nada o comprende una secuencia de oligonucleótido que se selecciona de (i) una primera secuencia de oligonucleótido adaptador universal, y (ii) una primera secuencia de oligonucleótido específico de plataforma de secuenciación, que está unida a y situada 5' respecto a una primera secuencia de oligonucleótido adaptador universal;

(d) U2 es nada o comprende una secuencia de oligonucleótido que se selecciona de (i) una segunda secuencia de oligonucleótido adaptador universal, y (ii) una segunda secuencia de oligonucleótido específico de plataforma de secuenciación, que está unida a y situada 5' respecto a una segunda secuencia de oligonucleótido adaptador universal;

(e) está presente al menos uno de B1, B2, B3 y B4 y cada uno de B1, B2, B3 y B4 comprende un oligonucleótido que comprende una secuencia de código de barras de 3-25 nucleótidos contiguos que identifica de forma única, como una combinación emparejada, (i) la secuencia de oligonucleótido de la región V única de (a), y (ii) la secuencia de oligonucleótido de la región J única de (b);

(f) R es nada o comprende un sitio de reconocimiento de enzima de restricción que comprende una secuencia de oligonucleótido que está ausente de (a)-(e),

y en donde:

(g) la pluralidad de oligonucleótidos molde sintéticos comprende una serie de al menos a o al menos b secuencias de oligonucleótidos únicas, la que sea mayor, en donde a es el número de segmentos génicos que codifican la región V de receptor del sistema inmunitario adaptativo única en el sujeto y b es el número de segmentos génicos que codifican la región J de receptor del sistema inmunitario adaptativo única en el sujeto.

y la composición comprende al menos un oligonucleótido molde sintético para la secuencia de oligonucleótido de región V única y al menos un oligonucleótido molde sintético para cada secuencia de oligonucleótido de región J única.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2013/040221.

Solicitante: Adaptive Biotechnologies Corporation.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1551 Eastlake Avenue East, Suite 200 Seattle, Washington 98102 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: ROBINS,HARLAN S, CARLSON,CHRISTOPHER S, LIVINGSTON,ROBERT J, EMERSON,RYAN O, SHERWOOD,ANNA.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2582554_T3.pdf

 

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