Un método para identificar el riesgo de un sujeto de desarrollar efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos,

que comprende determinar en una muestra del sujeto si el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo en un gen ABCB1, en el que el polimorfismo predictivo comprende uno o más de: a) 2677G>T (Ala893Ser); b) 2677G>A (Ala893Thr); o, c) 3435C>T (sinónimo), en el que si el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo, el sujeto está en riesgo aumentado de desarrollar efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos, en comparación con un sujeto que no tiene al menos un polimorfismo predictivo, en el que los efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos comprenden neutropenia, neuropatía periférica, o ambas

REMISIÓN A SOLICITUD RELACIONADA

Esta solicitud reivindica el beneficio de la solicitud provisional de Estados Unidos Nº 60/807.453 presentada el 14 de julio de 2006, incorporada en este documento por referencia.

CAMPO 5

Esta solicitud se refiere a métodos para identificar sujetos que tengan probabilidad de efectos adversos significativos por la administración de taxanos u otros agentes estabilizadores de microtúbulos, así como moléculas de ácido nucleico aisladas y kits que pueden usarse para poner en práctica estos métodos.

ANTECEDENTES

Los taxanos son una familia de compuestos que se identificaron originalmente en extractos de la corteza del 10 tejo (Taxus). El paclitaxel (Taxol®) y docetaxel (Taxotere®) son taxanos con amplia actividad antitumoral. Estos fármacos se aprobaron originalmente para su uso en sujetos con tumor de mama u ovario, pero tienen actividad contra diversos tumores incluyendo linfoma, carcinoma pulmonar macrocítico, de cabeza y cuello, gástrico, de vejiga, de próstata, y otros carcinomas. La dosificación y planificación de estos fármacos se han optimizado durante las últimas dos décadas. Los efectos adversos causados por el tratamiento con taxano incluyen reacción severa de 15 hipersensibilidad, neutropenia, neuropatía periférica, mialgia/artralgia, trastornos cutáneos y ungulares, y alopecia. La neutropenia es la principal toxicidad limitante de la dosis del tratamiento con paclitaxel, aunque parece que la frecuencia de neuropatía periférica aumenta con la dosis cumulativa. Aunque la incidencia de las reacciones severas de hipersensibilidad se ha reducido por el uso de premedicación, la neuropatía periférica cumulativa y la neutropenia persisten como problemas al tratamiento óptimo con taxanos. 20

Los taxanos son parte de la familia más grande de fármacos anti-cáncer cuyo mecanismo de acción está dirigido a los microtúbulos (MT). Tanto el paclitaxel como el docetaxel se unen a la subunidad -tubulina y estabilizan los MT. Esta estabilización de los MT conduce a una detención mitótica y a la posterior apoptosis. Otros compuestos con un mecanismo similar de acción incluyen las epotilonas, discodermolida, eleuterobina, las sarcodictinas, y las laulimalidas (He et al., (2001) Drug Discovery Today 6:1153-1164). 25

Una de las proteínas principales implicadas en la eliminación y distribución de los taxanos es ABCB1 (también conocida como resistencia a múltiples fármacos 1 (MDR1) o P-glucoproteína). ABCB1 es un miembro de la familiar del casete de unión a ATP de transportadores de evacuación que se expresan en varios tejidos, incluyendo tejidos con función excretora, células madre neurales, la barrera hemato-encefálica, y células precursoras hematopoyéticas. Aunque ABCB1 no se ha detectado en células nerviosas periféricas, la transferencia de fármacos a través de la 30 circulación sistémica a los nervios periféricos está regulada por la barrera hemato-nerviosa que consta de células endoteliales capilares. Las células que componen la barrera hemato-nerviosa expresan ABCB1 y se cree que protegen el tejido nervioso periférico transportando sustancias tóxicas desde el sistema nervioso de nuevo a la circulación sistémica.

Debido a la gravedad de los efectos adversos resultantes de la administración de taxanos y otros agentes 35 estabilizadores de MT, se necesitan métodos para identificar individuos con riesgo aumentado de estos efectos secundarios antes de comenzar el tratamiento.

SUMARIO

La presente invención se define en las reivindicaciones. Se han identificado polimorfismos en el gen ABCB1 que son predictivos de efectos adversos inducidos por el tratamiento con taxanos u otros agentes estabilizadores de 40 microtúbulos (MT). En base a estas observaciones, se proporcionan métodos para identificar un sujeto con riesgo aumentado de efectos adversos. En algunos ejemplos, los sujetos identificados como que tienen riesgo aumentado de efectos secundarios adversos por el agente estabilizador de MT reciben una terapia modificada diseñada para reducir dichos efectos secundarios indeseables.

En un ejemplo, el método incluye determinar el genotipo del sujeto para polimorfismos predictivos ABCB1, tales 45 como los que indican una probabilidad aumentada de un resultado clínico particular. Los polimorfismos predictivos ABCB1 ejemplares incluyen, aunque sin limitación, uno o más de 1236C>T, 2677G>T/A, y 3435C>T, tal como dos, tres o cuatro de dichos polimorfismos (por ejemplo 2677G>T/A y 3435C>T). En ejemplos particulares, la presencia de uno o más de estos polimorfismos, tales como dos o tres de estos polimorfismos, es predictiva de riesgo aumentado de efectos adversos, mientras que la ausencia de dichos polimorfismos predictivos indica que el sujeto probablemente no 50 experimentará efectos adversos. En un ejemplo particular, el agente estabilizador de MT es un taxano. En otro ejemplo particular, el agente estabilizador de MT es una epotilona.

También se proporcionan métodos para disminuir la aparición de efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de MT determinando el genotipo de un sujeto para polimorfismos ABCB1 y alterando el transcurso del tratamiento si el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo, tal como al menos dos o al menos tres de dichos 55 polimorfismos predictivos. En un ejemplo, la cantidad de agente estabilizador de MT administrada a un sujeto se disminuye, por ejemplo, donde la dosificación se disminuye en al menos un 20%. En otro ejemplo, se aumenta el intervalo entre tratamientos con agente estabilizador de MT o se aumenta la duración de infusión del agente estabilizador de MT (por ejemplo, administrando la misma dosis de un agente estabilizador de MT durante un periodo más grande de tiempo). En otro ejemplo más, se administra una cantidad terapéuticamente eficaz de factor estimulador 60 de colonias (CSF) después del tratamiento con agente estabilizador de MT para reducir la incidencia de neutropenia. También pueden usarse combinaciones de estos.

También se proporcionan moléculas de ácido nucleico aisladas, tales como las que constan de cualquiera de

las SEC ID Nº 1-12. Un especialista en la técnica apreciará que dichos cebadores pueden incluir un marcador detectable, tal como un fluoróforo o enzima. Se describen kits que pueden usarse para identificar un sujeto con riesgo aumentado de efectos adversos inducidos por agente estabilizador de MT. En un ejemplo, se incluyen dos o más cebadores mostrados en las SEC ID Nº 1-12 en el kit, por ejemplo, para detectar la presencia o ausencia de uno o más polimorfismos predictivos en el gen ABCB1. Dichos kits pueden incluir reactivos adicionales, tales como tampones y 5 reactivos que permiten la detección de una molécula de ácido nucleico, por ejemplo, por amplificación y/o hibridación específica.

Los objetos y características anteriores y otros de la descripción llegarán a ser más evidentes a partir de la siguiente descripción detallada, que procede con referencia a las figuras adjuntas.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS 10

La FIG. 1 es un diagrama que muestra la asociación entre el riesgo de desarrollar neuropatía periférica de grado 3 y el estado del genotipo ABCB1 en 22 sujetos que recibieron tratamiento con paclitaxel durante 12 semanas. CC, genotipo ABCB1 3435CC; CT, genotipo ABCB1 3435CT; TT, genotipo ABCB1 3435TT. El valor P se obtuvo a partir de un ensayo de rango logarítmico bilateral exacto.

La FIG. 2 es un diagrama que muestra la asociación entre el riesgo de neutropenia y el estado del genotipo 15 ABCB1 en 18 sujetos. Los datos se presentan como un porcentaje de disminución en el recuento absoluto de neutrófilos para cada genotipo después de 12 semanas de tratamiento con paclitaxel. Genotipo no doble variante, tipo silvestre en ambos, o heterocigótico en uno o ambos alelos ABCB1 2677 y ABCB1 3435; doble variante, ABCB1 2677TT y ABCB1 3435TT. El valor P no ajustado fue 0,0025.

La FIG. 3 es un diagrama que muestra la asociación entre la aparición de neuropatía periférica inducida por 20 docetaxel y el estado del genotipo ABCB1 en 50 sujetos que recibieron docetaxel una vez a la semana durante 3 semanas consecutivas seguido de un periodo de descanso de 1 semana hasta el fallo del tratamiento. Los datos se presentan como un porcentaje de la disminución de sujetos que no tienen neuropatía para cada genotipo. El trazo superior muestra los sujetos que tienen el genotipo ABCB1 2677GG (tipo silvestre... [Seguir leyendo]

1. Un método para identificar el riesgo de un sujeto de desarrollar efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos, que comprende determinar en una muestra del sujeto si el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo en un gen ABCB1, en el que el polimorfismo predictivo comprende uno o más de:

a) 2677G>T (Ala893Ser); 5

b) 2677G>A (Ala893Thr); o,

c) 3435C>T (sinónimo),

en el que si el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo, el sujeto está en riesgo aumentado de desarrollar efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos, en comparación con un sujeto que no tiene al menos un polimorfismo predictivo, en el que los efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos 10 comprenden neutropenia, neuropatía periférica, o ambas.

2. El método de la reivindicación 1, en el que el agente estabilizador de microtúbulos comprende una epotilona.

3. El método de la reivindicación 2, en el que el agente estabilizador de microtúbulos comprende ixabepilona.

4. El método de la reivindicación 1, en el que el agente estabilizador de microtúbulos comprende un taxano.

5. El método de la reivindicación 4, en el que el agente estabilizador de microtúbulos comprende paclitaxel 15 (Taxol®), docetaxel (Taxotere®), o un análogo de paclitaxel.

6. El método de cualquier reivindicación precedente, en el que si el sujeto tiene al menos dos o al menos tres polimorfismos predictivos, el sujeto está en riesgo aumentado de desarrollar efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos, en comparación con un sujeto que no tiene al menos un polimorfismo predictivo.

7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el sujeto no está en riesgo aumentado de 20 efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos si el sujeto no tiene al menos un polimorfismo predictivo en el gen mABCB1.

8. El método de cualquier reivindicación precedente, en el que el efecto adverso inducido por un agente estabilizador de microtúbulos es neuropatía periférica, y el polimorfismo predictivo comprende 3435C>T.

9. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que el efecto adverso inducido por un agente 25 estabilizador de microtúbulos es neutropenia, y el polimorfismo predictivo comprende 3435C>T y 2677G>T/A.

10. El método de cualquier reivindicación precedente, en el que el sujeto tiene una enfermedad que es sensible a la administración de una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente estabilizador de microtúbulos.

11. Un método para determinar una terapia para disminuir la aparición de efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos en un sujeto que tiene un trastorno que puede tratarse con una cantidad 30 terapéuticamente eficaz de un agente estabilizador de microtúbulos, que comprende

identificar un sujeto de acuerdo con cualquier reivindicación precedente,

y, su el sujeto tiene al menos un polimorfismo predictivo, modificar el régimen terapéutico de administración de un agente estabilizador de microtúbulos, para disminuir los efectos adversos inducidos por un agente estabilizador de microtúbulos. 35

12. El método de la reivindicación 11, en el que la cantidad eficaz de un agente estabilizador de microtúbulos es de aproximadamente 200 mg/m2 si el sujeto no tiene un polimorfismo predictivo, y es menor de 100 mg/m2 si el sujeto tiene un polimorfismo predictivo.

13. El método de la reivindicación 12, en el que tiene que disminuirse la cantidad de agente estabilizador de microtúbulos administrada, tiene que aumentarse un intervalo entre la administración del agente estabilizador de 40 microtúbulos, tiene que aumentarse la planificación de dosificación de la administración del agente estabilizador de microtúbulos, tiene que administrarse una cantidad terapéuticamente eficaz de factor estimulador de colonias, o combinaciones de los mismos.

14. El método de la reivindicación 13, en el que el factor estimulador de colonias comprende el factor estimulador de colonias de granulocitos o el factor estimulador de colonias de macrófagos granulocitos. 45