POLIMORFISMOS EN EL GEN NOD2/CARD15.
Procedimiento para la predicción y/o el diagnóstico de enfermedades asociadas a,
al menos, uno de los polimorfismos SS 2978536, alelo T (Nod2-SNP8), SS 2978537, alelo C (Nod2-SNP12), SS 2978539, alelo inserción C (Nod2-SNP13) en el gen NOD2/CARD15, mediante la comprobación de, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD15, asimismo, en el caso de las enfermedades asociadas a los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD se trata de reacciones de rechazo en trasplantes, enfermedades de Graft-versus-Host, (GVHD, o enfermedad de injerto contra huésped, EICH), enfermedades de Host-versus-Graft (HVFD, o enfermedad de huésped contra injerto, EHCI) y bronquiolitis obliterante
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/DE2005/000550.
Solicitante: KLEIN, HANNS-GEORG.
Nacionalidad solicitante: Alemania.
Dirección: LABOR FUR MEDIZINISCHE GENETIK DR. KLEIN LOCHHAMER STR. 29,82152 MARTINSRIED.
Inventor/es: KLEIN,HANNS-GEORG.
Fecha de Publicación: .
Fecha Concesión Europea: 21 de Octubre de 2009.
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68M6
Clasificación PCT:
- C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
Clasificación antigua:
- C12Q1/68 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen ácidos nucleicos.
Fragmento de la descripción:
Polimorfismos en el gen NOD2/CARD15.
La presente invención comprende el procedimiento así como las secuencias de nucleótidos utilizadas en este procedimiento, para la predicción y/o diagnóstico de enfermedades asociadas a, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD15 y, especialmente, la selección de pares adecuados de donador-receptor para los trasplantes a partir de los polimorfismos Nod2-SNP8 (8), Nod2-SNP12 (12), Nod2-SNP13 (13) detectados en el gen NOD2/CARD15.
Los polimorfismos en un sólo nucleótido (SNP: single nucleotide polymorphism) 8, 12, 13 en el gen NOD2/CARD15 son los responsables del surgimiento de la enfermedad de Crohn (Hugot JP, Chamaillard M, Zouali H, Nature 2001, 411, 599-603; Ogura Y, Bonen DK, Inohara N Nature 2001, 411, 603-606). En el caso de la enfermedad de Crohn, se trata de una inflamación del tracto digestivo que, pese a ser muy rara, es crónica y hereditaria, y que afecta sobre todo al intestino delgado y al grueso. Se produce un engrosamiento de la pared intestinal y una formación de úlceras.
La memoria WO 02/44426 A describe una posibilidad para la predicción y/o el diagnóstico de pacientes con un factor de riesgo para la enfermedad de Crohn mediante la detección de la presencia de, al menos, un polimorfismo en el gen NOD2/CARD15. La memoria WO 03/060468 A publica la posibilidad de determinar la probabilidad de una reacción de rechazo en el caso de trasplantes a través de la detección de la presencia de, al menos, un polimorfismo en el gen promotor humano Mif. En Schürmann et al., European Respiratory Journal 2003, 22(5), 748-754 se publica la predicción y/o el diagnóstico de sarcoidosis mediante la detección de la presencia de un polimorfismo NOD2-SNP12 en el gen NOD2/CARD15. Sin embargo, ninguno de los documentos mencionados publica, individualmente o en combinación, la presente invención.
El objeto de la presente invención es presentar procedimientos para la predicción y el diagnóstico de enfermedades que son originadas o indicadas por las variantes de mutación Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD15. El objeto consiste, especialmente, en presentar procedimientos para la predicción de la probabilidad del surgimiento de reacciones del injerto contra el huésped, y otras afecciones que surgen tras trasplantes, que sirven para la selección de pares adecuados de donantes y receptores.
Este objeto se logra presentando procedimientos acorde a la reivindicación 1. Otros acondicionamientos, aspectos y detalles ventajosos de la invención se desprenden de las demás reivindicaciones, de los ejemplos y de las figuras.
La presente invención comprende el procedimiento para la predicción y/o diagnóstico de enfermedades asociadas a, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD15 y la detección de, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8 (8), Nod2-SNP12 (12), Nod2-SNP13 (13) en el gen NOD2/CARD15.
Dicho de otro modo, la presente invención comprende el procedimiento para detectar, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8 (8), Nod2-SNP12 (12), Nod2-SNP13 (13) en el gen NOD2/CARD15, para la predicción y/o el diagnóstico de enfermedades asociadas a, defectos genéticos o una mutación o una variación genética.
El gen NOD2/CARD15 tiene el siguiente número de acceso a la base de datos (Gene Bank Accession Number): AC007728 y AQ534686. La secuencia de nucleótidos se puede obtener bajo el número de acceso (Accession Number) indicado del banco de datos NCBI, en http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/.
El gen NOD2 tiene una longitud de 3123 nucleótidos (1040 aminoácidos, Gene Bank Accession Number NM022162), (NOD: Nucleotide Oligomerisation Domain) y se encuentra en la región del cromosoma 16 (16p12-q21). Entre tanto, la nomenclatura del gen NOD2 se ha modificado a CARD15 (CARD: Caspase Activating Recruitment Domain). Las caspasas juegan un papel importante en la apoptosis. Además de los dominios CARD, el NOD2/CARD15 posee un dominio de unión ATB. El NOD2/CARD15 sirve como receptor intracelular para productos bacteriales y transduce la señal para la activación de NFkappaB (NF-?B).
En el análisis del gen NOD2/CARD15 se pueden presentar, entre otros, los polimorfismos en un sólo nucleótido (SNP) Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13. Los SNP se originan por el intercambio de bases o la inserción de una base adicional en la secuencia de ADN.
SNP8 (banco de datos SNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/index.html, Accession Number ss2978536) es la denominación de un polimorfismo en el gen NOD2/CARD15 que se origina por el intercambio de la posición del nucleótido (Nucleotids Position) 2209 (NM 022162) C
SNP12 (banco de datos SNP, Accession Number ss2978537) es la denominación de un polimorfismo en el gen NOD2/CARD15 que se origina por el intercambio de la posición del nucleótido (Nucleotids Position) 2827 (NM 022162) G
SNP13 (banco de datos SNP, Accession Number ss2978539) es la denominación de un polimorfismo en el gen NOD2/CARD15, que se origina por una inserción de base del nucleótido C en la posición de nucleótico (Nucleotids Position) 3124 (NM 022162). En el cromosoma 16, el SNP13 se encuentra en la posición de cromosoma 50541811^50541812. Por la inserción se origina un frameshift (cambio en la fase de lectura), que determina un NOD2 acortado con 1007 aminoácidos (Ogura et al., Nature 2001, 411, 603-606).
Debido a los polimorfismos mencionados anteriormente Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 se originan los siguientes 7 mutantes/variantes, a saber: mutante 1: mutación por SNP8, mutante 2: mutación por SNP 12, mutante 3: mutación por SNP13, mutante 4: mutación por SNP8 y 12, mutante 5: mutación e inserción por SNP8 y 13, mutante 6: mutación e inserción por SNP12 y 13, mutante 7: mutación e inserción por SNP8 y 12 y 13.
Sorprendentemente, se pudo comprobar que ya una de las mutaciones mencionadas son suficientes para desencadenar diversas enfermedades. Las mutaciones mencionadas están vinculadas, por ejemplo, a reacciones de rechazo en la medicina de trasplantes, enfermedades de Graft-versus-Host, (GVHD, o enfermedad de injerto contra huésped, EICH), enfermedades de Host-versus-Graft (HVFD, o enfermedad de huésped contra injerto, EHCI) y bronquiolitis obliterante.
Entre las reacciones de rechazo en trasplantes se hallan, especialmente, reacciones inmunológicas del receptor contra el órgano de donación, como así también reacciones del injerto contra el huésped (GvHD: Graft versus Host Disease). Tales consecuencias se presentan relativamente tarde tras un trasplante y pueden provocar complicaciones mortales.
Esta problemática será explicada con un ejemplo de trasplante de células madre de la sangre, conocida originalmente como trasplante de médula ósea. Ejemplos de trasplantes son, especialmente, trasplante de médula espinal, de médula ósea, de células madre o de células madre de la sangre, así como trasplantes de órganos sólidos, por ejemplo, corazón, pulmones, hígado, riñones, páncreas, piel, glándulas endócrinas, así como glándulas germinales.
El trasplante de células madre de la sangre puede ser implementado para la terapia de diferentes fallas en la formación de la sangre y del sistema inmune provocadas, por ejemplo, tras quimioterapias u otras terapias que destruyen la formación de la sangre. Pero las fallas del sistema inmune o en la formación de la sangre también pueden ser hereditarias o adquiridas. Los problemas durante el trasplante de células madre de la sangre pueden presentarse, especialmente, en el caso en que el donante no sea genéticamente idéntico (donante alógeno), dado que, en ese caso, se debe superar una barrera inmunológica doble. Ya que al posible rechazo de las células trasplantadas por el sistema inmune del receptor (reacción HvG) también se le suma...
Reivindicaciones:
1. Procedimiento para la predicción y/o el diagnóstico de enfermedades asociadas a, al menos, uno de los polimorfismos SS 2978536, alelo T (Nod2-SNP8), SS 2978537, alelo C (Nod2-SNP12), SS 2978539, alelo inserción C (Nod2-SNP13) en el gen NOD2/CARD15, mediante la comprobación de, al menos, uno de los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD15, asimismo, en el caso de las enfermedades asociadas a los polimorfismos Nod2-SNP8, Nod2-SNP12, Nod2-SNP13 en el gen NOD2/CARD se trata de reacciones de rechazo en trasplantes, enfermedades de Graft-versus-Host, (GVHD, o enfermedad de injerto contra huésped, EICH), enfermedades de Host-versus-Graft (HVFD, o enfermedad de huésped contra injerto, EHCI) y bronquiolitis obliterante.
2. Procedimiento acorde a la reivindicación 1, que comprende los siguientes pasos:
3. Procedimiento acorde a las reivindicaciones 1 o 2, que comprende los siguientes pasos
4. Procedimiento para la predicción de la probabilidad del surgimiento de reacciones de rechazo en trasplantes acorde a una de las reivindicaciones anteriores, que comprende los siguientes pasos:
5. Procedimiento acorde a una de las reivindicaciones 1-4, en el cual durante el procedimiento se utiliza, al menos, un oligonucleótido que consiste en, al menos, 10 nucleótidos, asimismo, el oligonucleótido presenta una secuencia complementaria al gen NOD2/CARD15 y contiene el nucleótido complementario para la mutación, SNP8 y/o SNP12 y/o para la inserción de nucleótido SNP13.
6. Procedimiento acorde a la reivindicación 5, en el cual el oligonucleótido contiene, además, un marcador de detección.
7. Procedimiento acorde a una de las reivindicaciones 1-6, en el cual el procedimiento se lleva a cabo utilizando, al menos, un microchip o chip de diagnóstico, asimismo, el microchip o el chip de diagnóstico contiene un oligonucleótido que consiste en, al menos, 10 nucleótidos, asimismo, el oligonucleótido presenta una secuencia complementaria al gen NOD2/CARD15 y contiene el nucleótido complementario para la mutación, SNP8 y/o SNP12 y/o para la inserción de nucleótido SNP13.
8. Procedimiento acorde a la reivindicación 7, en el cual el oligonucleótido contiene, además, un marcador de detección.
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