Un método para obtener un pronóstico para un paciente que tiene o está en riesgo de desarrollar una afección inflamatoria,

comprendiendo el método determinar un genotipo para uno o más sitios de polimorfismo en el gen del inhibidor del activador del plasminógeno 1 (PAI-1) para el paciente, en el que dicho genotipo es indicativo de una capacidad del paciente para recuperarse de una afección inflamatoria, siempre que el uno o más sitios de polimorfismo no sean únicamente un polimorfismo en un sitio correspondiente a la posición 837 de la SEQ ID NO.: 1

Haplotipos del inhibidor del activador del plasminógeno 1 (PAI-1) útiles como indicadores de resultado del paciente.

Datos de solicitudes relacionadas

Esta solicitud se refiere a la solicitud provisional de EE.UU. nº 60/455.550 presentada el 19 de marzo de 2003.

Campo de la invención

La presente invención se refiere al campo de evaluación y tratamiento de pacientes y más específicamente a la determinación de un genotipo de paciente para uno o más polimorfismos para determinar el pronóstico del paciente y para determinar terapia.

Antecedentes de la invención

El síndrome de respuesta inflamatoria sistémica (SRIS) se caracteriza por un aumento de la inflamación (procesos antiinflamatorios), aumento de la coagulación (procesos anti-coagulantes) y disminución de la fibrinolisis (SUFFREDINI AF y col. New England Journal of Medicine (1989) 320(18):1165-72; HESSELVIK JF y col. Critical Care Medicine (1989) 17(8):724-33; PHILIPPE J y col. Thrombosis & Haemostasis (1991) 65(3):291-5; LORENTE JA y col. Chest (1993) 103(5):1536-42; FOURRIER F y col. Chest (1992) 101(3):816-23; MESTERS RM y col. (1996) 88(3):881-6). Los estímulos sépticos y no sépticos tales como endotoxina bacteriana y derivación cardiopulmonar (DCP) participan en la activación del sistema de coagulación y desencadenan un síndrome de respuesta inflamatoria sistémica (SRIS). El inhibidor del activador del plasminógeno 1 (PAI-1) está asociado a la disminución de fibrinolisis (BINDER BR y col. News in Physiological Sciences (2002) 17:56-61). Los niveles de PAI-1 se notifican aumentados en pacientes con sepsis (MESTERS RM y col. Thrombosis & Haemostasis. (1996) 75(6):902-7; PRALONG G y col. Thrombosis & Haemostasis. (1989) 61(3):459-62), en meningococcemia (HERMANS PW y col. Lancet. (1999) 354(9178):556-60) y en traumatismo (MENGES T y col. Lancet (2001) 357(9262):1096-7). Además, el aumento de los niveles de PAI-1 está asociado a la disminución de la supervivencia y al aumento de disfunción de órganos (MESTERS RM y col. (1996); PRALONG G y col. (1989)).

El gen PAI-1 humano está mapeado en el cromosoma 7q21-q22 y se extiende en aproximadamente 12 kb. Una secuencia del gen PAI-1 de Homo sapiens representativa se incluye en el GenBank bajo el número de registro AF386492 (mostrada en este documento como LA SEQ ID NO.: 1). DAWSON y col. (Journal of Biological Chemistry (1993) 268(15):10739-45) identificaron un polimorfismo de inserción/delección (4G/5G) en la posición - 675 de la secuencia promotora de PAI-1 que se corresponde con la posición 837 de LA SEQ ID NO.: 1. El alelo 4G es un polimorfismo promotor de la delección de un único par de bases del gen PAI-1 y está asociado al aumento de niveles de proteína de PAI-1 (DAWSON SJ y col. (1993); DAWSON SJ y col. Arteriosclerosis & Thrombosis (1991) 11(1):183-90). El alelo 4G de este polimorfismo de un único nucleótido (SNP) está asociado al aumento de riesgo de trombosis venosa profunda (SEGUI R y col. British Journal of Haematology (2000) 111(1):122-8), accidente cerebrovascular (HINDORFF LA y col. Journal of Cardiovascular Risk (2002) 9(2):131-7), infarto de miocardio agudo (BOEKHOLDT SM y col. Circulation (2001) 104(25):3063-8; ERIKSSON P y col. PNAS (1995) 92(6):1851-5), perdida tardía de la luz después de sustitución de prótesis endovascular de la arteria coronaria (ORTLEPPG JR y col. Clinical Cardiology (2001) 24(9):585-91) y muerte súbita cardiaca (ANVARI A y col. Thrombosis Research (2001) 103(2):103-7; MIKKELSSON J y col. Thrombosis & Haemostasis (2000) 84(1):78-82). En el enfermo crítico, el alelo 4G también está asociado a la disminución de supervivencia en pacientes que han tenido traumatismo grave (MENGES T y col. Lancet (2001) 357(9262):1096-7) y pacientes que tuvieron meningococcemia (HERMANS PW y col. Lancet. (1999) 354(9178):556-60), además de al aumento de riesgo de choque en pacientes que tuvieron meningococcemia (WESTENDORP RG y col. Lancet (1999) 354(9178):561-3). El genotipo 4G de PAI-1 también se ha asociado a resultados adversos del paciente (MENGES y col. (2001); HERMANS y col. (1999); WESTENDORP RG y col. (1999); ENDLER G y col. British Journal of Haematology (2000) 110(2):469-71; GARDEMANN A y col. Thrombosis & Haemostasis (1999) 82(3):1121-6; HOOPER WC y col. Thrombosis Research (2000) 99(3):223-30; JONES K y col. European Journal of Vascular & Endovascular Surgery (2002) 23(5):421-5; HARALAMBOUS E. y col. Crit Care Med (2003) 31(12):2788-93; y ROEST M y col. Circulation (2000) 101(1):67-70). El genotipo 4G/4G de PAI-1 se asoció a niveles de PAI-1 en pacientes que padecían lesión pulmonar aguda (RUSSELL JA Crit Care Med. (2003) 31 (4):S243-S247).

Además, un polimorfismo en la posición 14.699 del gen PAI-1 se ha ligado a hipertensión pulmonar primaria (BENZA y col.: "Association of a Gene Polymorphism with Primary Pulmonary Hypertension", Cardiopulmonary Critical Care Newsletter).

Resumen de la invención

Esta invención se basa en parte en el sorprendente descubrimiento de que el polimorfismo promotor 4G/5G del inhibidor del activador del plasminógeno 1 (PAI-1) no es un factor pronóstico tan exacto del resultado del paciente como el SNP en la posición 12580 de SEQ ID NO: 1. Además, se identifican diversos otros polimorfismos de PAI-1 en desequilibrio de enlace (DE) total con SNP 12580 como útiles para el cribado de pacientes, como una indicación de resultado del paciente o para el pronóstico de la recuperación de una afección inflamatoria o para confeccionar terapia para pacientes con afecciones inflamatorias o para la selección de terapias para pacientes basadas en su genotipo y haplotipo 12580 de PAI-1. Sorprendentemente, los SNP identificados en este documento como factores pronósticos de resultado del paciente también se corresponden con niveles de PAI-1 más bajos.

Según un aspecto de la invención, se proporcionan métodos para obtener un pronóstico para un paciente que tiene o está en riesgo de desarrollar una afección inflamatoria, comprendiendo el método determinar un genotipo que incluye uno o más sitios de polimorfismo en el gen PAI-1 para el paciente, en el que dicho genotipo es indicativo de una capacidad del paciente para recuperarse de una afección inflamatoria y siempre que el genotipo seleccionado no se corresponda con sólo la posición 837 de LA SEQ ID NO.: 1.

Según otro aspecto de la invención se proporcionan métodos para obtener un pronóstico para un paciente que tiene o está en riesgo de desarrollar una afección inflamatoria, comprendiendo el método determinar un genotipo de uno o más sitios de polimorfismo en el gen PAI-1 para el paciente seleccionados de los sitios de polimorfismo correspondientes a las posiciones 664, 2037, 2362, 2852, 5834, 5878, 7343, 13605, 7365, 7729, 7771, 12750, 4588, 5404, 5686, 5984, 11312, 2846, 6821, 9759, 10381, 7365, 7729, 7771, 12750, 4588, 5404, 5686, 5984, 11312, 5645, 7121, 7437, 8070, 8406, 9463, 9466, 12219, 12580, 13889, 14440, en el que dicho genotipo es indicativo de una capacidad del paciente para recuperarse de una afección inflamatoria.

Según un aspecto de la invención se proporcionan métodos para obtener un pronóstico para un paciente que tiene o está en riesgo de desarrollar una afección inflamatoria, comprendiendo el método determinar un genotipo que incluye uno o más sitios de polimorfismo en el gen PAI-1 del paciente, en el que dicho genotipo es indicativo de una capacidad del paciente para recuperarse de una afección inflamatoria y el polimorfismo se selecciona de la región definida por las posiciones 1581 a 14544 de LA SEQ ID NO.: 1.

El sitio del polimorfismo puede corresponderse con la posición 12580 de la SEQ ID NO.: 1 o un sitio de polimorfismo ligado al mismo. Alternativamente, el sitio del polimorfismo puede corresponderse con las posiciones 5645, 7121, 7437, 8070, 8406, 9463, 9466, 12219, 13889 ó 14440 en la SEQ ID NO: 1.

El genotipo también puede determinarse en una combinación de sitios de polimorfismo múltiple, seleccionándose la combinación del grupo de posiciones correspondientes con la SEQ ID NO: 1 que está constituido por:

Alternativamente, los genotipos pueden determinarse para el polimorfismo localizado dentro de 1581-14544 de la SEQ ID NO: 1, para excluir polimorfismos dentro de la región promotora. Preferentemente,...

1. Un método para obtener un pronóstico para un paciente que tiene o está en riesgo de desarrollar una afección inflamatoria, comprendiendo el método determinar un genotipo para uno o más sitios de polimorfismo en el gen del inhibidor del activador del plasminógeno 1 (PAI-1) para el paciente, en el que dicho genotipo es indicativo de una capacidad del paciente para recuperarse de una afección inflamatoria, siempre que el uno o más sitios de polimorfismo no sean únicamente un polimorfismo en un sitio correspondiente a la posición 837 de la SEQ ID NO.: 1.

2. El método de la reivindicación 1, en el que el uno o más sitios de polimorfismo incluyen la posición 12580 de LA SEQ ID NO.: 1.

3. El método de la reivindicación 1, en el que el uno o más sitios de polimorfismo se seleccionan de las posiciones 5645, 7121, 7437, 8070, 8406, 9463, 9466, 12219, 12580, 13889 y 14440 en la SEQ ID NO: 1.

4. El método de la reivindicación 1, en el que el genotipo comprende una combinación de dos o más sitios de polimorfismo, seleccionándose la combinación del grupo de posiciones correspondientes a la SEQ ID NO: 1 constituidas por:

5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, que comprende además comparar el genotipo así determinado con genotipos conocidos que son indicativos de un pronóstico para la recuperación de la misma afección inflamatoria que para el paciente u otra afección inflamatoria.

6. El método de la reivindicación 1 a 5, en el que dicha determinación del genotipo se realiza en una muestra de ácido nucleico del paciente.

7. El método una cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en el que dicha determinación de genotipo comprende uno o más de:

8. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-7, en el que el genotipo del paciente es indicativo de una disminución de la probabilidad de recuperación de una afección inflamatoria.

9. El método de la reivindicación 8, en el que el pronóstico es indicativo de disfunción cardiovascular o respiratoria grave en pacientes críticamente enfermos.

10. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que el genotipo del paciente es indicativo de un aumento de la probabilidad de recuperación de una afección inflamatoria.

11. El método de la reivindicación 10, en el que el pronóstico es indicativo de menor disfunción cardiovascular o respiratoria grave en pacientes críticamente enfermos.

12. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en el que la afección inflamatoria se selecciona del grupo que está constituido por: sepsis, septicemia, neumonía, choque séptico, síndrome de respuesta inflamatoria sistémica (SRIS), síndrome disneico agudo (SDA), lesión pulmonar aguda, infección, pancreatitis, bacteriemia, peritonitis, absceso abdominal, inflamación debida a traumatismo, inflamación debida a cirugía, enfermedad inflamatoria crónica, isquemia, lesión por isquemia-reperfusión de un órgano o tejido, lesión de tejido debida a una enfermedad, lesión de tejido debida a quimioterapia o radioterapia y reacciones a sustancias ingeridas, inhaladas, infundidas, inyectadas o administradas, glomerulonefritis, infección intestinal, infecciones oportunistas y para pacientes que se someten a cirugía mayor o diálisis, pacientes que son inmunodeprimidos, pacientes con agentes inmunosupresores, pacientes con VIH/SIDA, pacientes con presunta endocarditis, pacientes con fiebre, pacientes con fiebre de origen desconocido, pacientes con fibrosis quística, pacientes con diabetes mellitus, pacientes con insuficiencia renal crónica, pacientes con bronquiectasia, pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica, bronquitis crónica, enfisema o asma, pacientes con neutropenia febril, pacientes con meningitis, pacientes con artritis séptica, pacientes con infección de las vías urinarias, pacientes con fascitis necrosante, pacientes con otra presunta infección por estreptococos del grupo A, pacientes que han tenido una esplenectomía, pacientes con infección recurrente o presunta por enterococos, otras afecciones médicas y quirúrgicas asociadas al aumento de riesgo de infección, sepsis por grampositivos, sepsis por gramnegativos, sepsis con cultivo negativo, sepsis fúngica, meningococcemia, síndrome pos-bomba, síndrome de aturdimiento cardiaco, infarto de miocardio, accidente cerebrovascular, insuficiencia cardiaca congestiva, hepatitis, epiglotitis, E. coli 0157:H7, malaria, gangrena gaseosa, síndrome de choque tóxico, tuberculosis micobacteriana, neumonía por Pneumocystis, neumonía, leishmaniosis, síndrome urémico hemolítico/púrpura trombocitopénica trombótica, fiebre hemorrágica del dengue, enfermedad inflamatoria pélvica, legionela, enfermedad de Lyme, gripe A, virus de Epstein-Barr, encefalitis, enfermedades inflamatorias y autoinmunidad incluyendo artritis reumatoide, osteoartritis, lupus eritematoso sistémico, enfermedad inflamatoria del intestino, fibrosis pulmonar idiopática, sarcoidosis, neumonitis por hipersensibilidad, vasculitis sistémica, granulomatosis de Wegener, trasplantes que incluyen corazón, hígado, pulmón, riñón, médula ósea, enfermedad de injerto frente a huésped, rechazo de trasplante, anemia de células falciformes, síndrome nefrótico, toxicidad de agentes tales como OKT3, terapia con citocinas, y cirrosis.

13. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-12, en el que la afección inflamatoria es síndrome de respuesta inflamatoria sistémica.

14. Un método para seleccionar un grupo de pacientes para determinar la eficacia de un fármaco candidato conocido o presunto de ser útil para el tratamiento de una afección inflamatoria, comprendiendo el método determinar un genotipo para uno o más sitios de polimorfismo en el gen del inhibidor del activador del plasminógeno 1 para cada paciente, en el que dicho genotipo es indicativo de la capacidad del paciente para recuperarse de la afección inflamatoria y clasificar los pacientes basándose en su genotipo, siempre que el sitio de polimorfismo no sea únicamente un polimorfismo en un sitio correspondiente a la posición 837 de la SEQ ID NO.: 1.

15. El método de la reivindicación 14 que comprende además comparar la respuesta del paciente al fármaco candidato basado en el genotipo del paciente.

16. El método de la reivindicación 15, en el que la respuesta del paciente se determina por la capacidad de cada paciente para recuperarse de la afección inflamatoria.

17. El método de la reivindicación 15, en el que el uno o más sitios de polimorfismo se seleccionan de las posiciones 5645, 7121, 7437, 8070, 8406, 9463, 9466, 12219, 12580, 13889 y 14440 en la SEQ ID NO: 1.