(01/07/2020) Un metodo para romper un acido nucleico y anadir un adaptador por medio de una transposasa, que comprende las siguientes etapas: interrumpir aleatoriamente un acido nucleico mediante el uso de un complejo de insercion de transposasa, en donde el complejo de insercion de transposasa comprende una transposasa y un primer adaptador que comprende una secuencia de identificacion de transposasa, y ambos extremos del acido nucleico interrumpido se ligan por separado al primer adaptador para formar una brecha en cada extremo, en donde el primer adaptador es un adaptador bicatenario; eliminar la transposasa en el sistema por medio de purificacion, o disociacion de la transposasa de una secuencia objetivo por desnaturalizacion o digestion de la transposasa por medio de tratamiento con reactivo quimico; …

(24/06/2020) Un método de aislamiento de ácidos nucleicos que comprenden ADN de material biológico, comprendiendo el método las etapas que consisten en: (i) efectuar un lisado del material biológico con una solución acuosa que comprende litio a una concentración de 0,05 a menos de 1 M, un agente quelante, y un tensioactivo para producir una composición acuosa lisada, (ii) tratar la composición lisada con un soporte sólido en presencia de un agente caotrópico disuelto a una concentración de 0,05 a 2 M y del 25 % al 60 % en volumen en el líquido de un alcanol C1-3 disuelto, siendo dicho soporte sólido capaz de inmovilizar ADN, (iii) separar el soporte sólido del líquido, (iv) tratar el soporte sólido con una primera solución de lavado que contiene…

(13/05/2020) Un método para preparar una biblioteca de fragmentos de ácido nucleico marcados que comprende: (a) poner en contacto una célula individual directamente con un reactivo de lisis para generar un lisado celular, en donde el reactivo de lisis tiene una o más proteasas, y en donde el lisado celular contiene un ácido nucleico objetivo; (b) inactivar la una o más proteasas para formar un lisado celular inactivado, y (c) aplicar directamente al menos una transposasa y al menos una composición de extremos de transposón que contiene una cadena transferida al lisado celular inactivado en condiciones donde el ácido nucleico objetivo y la composición de extremos de transposón experimentan una reacción de transposición para generar una mezcla, en donde: el ácido nucleico objetivo…

(13/05/2020) Un método para detectar y aislar células que producen altos niveles de una proteína heterodimérica que tiene una primera subunidad y una segunda subunidad, comprendiendo el método: (a) transfectar células con un ácido nucleico que codifica una proteína de captura de la superficie celular (CSCP), que es una proteína de fusión que comprende una proteína de unión a antígeno y un dominio de anclaje a la membrana, en donde la célula expresa la proteína heterodimérica, en donde la proteína heterodimérica comprende múltiples subunidades y un primer sitio en la proteína heterodimérica reside en una primera subunidad que comprende una cadena pesada que comprende un dominio CH3 de tipo silvestre que tiene un resto de histidina en la posición 95 de acuerdo con el sistema de numeración…

(13/05/2020) Un método para modificar un ácido nucleico, que comprende: (a) poner en contacto un ácido nucleico de cadena sencilla con una actividad de transferasa terminal y una mezcla de dos o más nucleótidos diferentes en condiciones en las que los nucleótidos en la mezcla se añaden secuencial y aleatoriamente al extremo 3' del ácido nucleico mediante la actividad de transferasa terminal, añadiendo con ello un heteropolinucleótido que comprende nucleótidos en la mezcla al extremo 3' del ácido nucleico y generando un primer ácido nucleico modificado; (b) poner en contacto el primer ácido nucleico modificado con una actividad de transferasa terminal y una composición…

(22/04/2020) Un metodo de enriquecimiento de ARN pequeno a partir de celulas que comprende: a) lisar las celulas con una solucion de lisis para producir un lisado; b) anadir una solucion de alcohol al lisado; c) aplicar el lisado a un soporte solido; y d) eluir las moleculas de ARN del soporte solido, en donde la solucion de lisis comprende guanidinio a una concentracion de entre 2,0 M y 4,0 M, y en donde la cantidad de solucion de alcohol anadida al lisado le proporciona una concentracion de alcohol de aproximadamente 55 % a 70 %; y en donde al menos se aislan aproximadamente 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % de las moleculas…

(22/04/2020) Un método para preparar ADN genómico para el análisis de secuencias, por reacción homogénea sin el uso de compartimentación física tal como nanogotas, comprendiendo el método: (a) combinar una pluralidad de fragmentos largos que comprenden secuencias de ADN genómico en una sola mezcla con una población de perlas, en las que (i) los fragmentos largos son de 5 kilobases a 750 kilobases de longitud, (ii) cada perla comprende al menos 1000 copias del mismo oligonucleótido inmovilizado sobre la misma, comprendiendo dicho oligonucleótido una secuencia que contiene una etiqueta, (iii) cada secuencia que contiene una etiqueta comprende una secuencia de etiqueta, y (iv) la población de perlas comprende, en conjunto, al menos 10.000 secuencias de etiquetas…

(22/04/2020) Uso de una composición acuosa para la disolución de biomoléculas seleccionadas de ácidos nucleicos, preferentemente ADN, y proteínas, de una muestra de tejido de un animal y para posteriormente a) conservar dichas biomoléculas o b) procesar adicionalmente dichas biomoléculas, en el que dicho uso comprende las etapas de: - muestrear un tejido de un animal para producir una muestra de tejido de dicho animal e - inmediatamente después del muestreo, exponer dicha muestra de tejido a una composición acuosa poniendo en contacto dicha muestra con dicha composición durante un período definido, comprendiendo dicha composición - un tampón capaz de tamponar a un intervalo de pH de 7 a…

(08/04/2020) Un método para preparar una muestra para la amplificación de bibliotecas y la amplificación posterior que comprende las siguientes etapas: (a) en una muestra celular proporcionada que contiene ácido nucleico; (b) lisar las células de la muestra con un reactivo de lisis para liberar el ácido nucleico del interior de las células de la muestra celular, formando así un lisado; y (c) amplificar el ácido nucleico de las muestras lisadas para formar ácidos nucleicos amplificados; (d) exponer los ácidos nucleicos amplificados a una superficie sólida con cebadores de amplificación inmovilizados, inmovilizando así los ácidos nucleicos amplificados en la superficie sólida; y (e) amplificar clonalmente los ácidos nucleicos amplificados inmovilizados…

(01/04/2020) Método para producir y purificar ARN, que comprende las etapas de A) proporcionar ADN que codifica para el ARN; B) realizar la transcripción in vitro del ADN para dar lugar una disolución que comprende ARN transcrito; y C) realizar la diafiltración y/o concentración y/o purificación de la disolución que comprende el ARN transcrito mediante una o más etapas de filtración de flujo tangencial (TFF), en el que el método comprende en la etapa C) las etapas de: C1) realizar opcionalmente la terminación de la transcripción; C2) realizar la diafiltración y/o concentración y/o purificación de la disolución que comprende el ARN transcrito mediante una o más etapas de TFF; C3) realizar…

(25/03/2020) Un método para analizar al menos dos o más analitos de una pluralidad de células individuales, comprendiendo dicho método: (a) proporcionar una pluralidad de elementos de preservación de contigüidad (CE), en donde cada uno de los CE comprende una célula individual; (b) lisar dicha célula individual dentro de cada uno de los CE, en donde los analitos dentro de dicha célula individual se liberan dentro de cada uno de los CE; (c) proporcionar un primer resto informador a un primer analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (d) proporcionar un segundo resto indicador a un segundo analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (e) modificar dichos analitos de modo que al menos algunos de dichos primer…

(25/03/2020) Un método para asignar un par de polipéptidos primero y segundo que forman un receptor de linfocitos T (TCR) o un heterodímero de inmunoglobulina (Ig) a una muestra de fuente única entre una pluralidad de muestras de la fuente, que comprende: para cada una de una pluralidad de muestras de la fuente cada una de las cuales comprende linfocitos T o linfocitos B, determinando las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas que codifican los primeros polipéptidos de los heterodímeros de TCR o Ig presentes en la muestra de la fuente y asignar las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas a la muestra de la fuente; agrupar la pluralidad de muestras de la fuente para formar una población combinada de células; determinar a partir de la población combinada de células, una pluralidad de pares afines de secuencias de…

(18/03/2020) Un método para supervisar una enfermedad en un sujeto que comprende: (a) generar uno o más perfiles de clonotipos de al menos una muestra obtenida del sujeto, en donde la al menos una muestra comprende linfocitos T y/o linfocitos B y está relacionada con un primer estado de la enfermedad y en donde cada perfil de clonotipo se determina mediante un método que comprende i. aislar espacialmente moléculas individuales de ácido nucleico de dichas células; ii. secuenciar dichas moléculas individuales aisladas espacialmente de ácido nucleico mediante secuenciación por síntesis usando nucleótidos marcados terminados de manera reversible, pirosecuenciación, secuenciación de 454, hibridación…

(19/02/2020) Un procedimiento automatizado para capturar ácidos nucleicos en una muestra líquida, que comprende: (a) poner en contacto una primera parte alícuota de la muestra líquida con partículas de vidrio magnético (MGP) en un recipiente en condiciones que permitan que los ácidos nucleicos de la muestra líquida se unan de forma no covalente a las MGP, en el que las MGP son no porosas y comprenden al menos un núcleo magnético ferromagnético en vidrio; (b) aplicar un campo magnético a las MGP para formar un grupo de MGP; (c) retirar la muestra líquida no unida del grupo de MGP; (d) poner en contacto una segunda parte alícuota de la muestra líquida con el grupo de MGP; (e) resuspender las MGP en la mitad inferior de la segunda parte alícuota…

(19/02/2020) Una célula de mamífero que comprende al menos una vía de señalización procariótica de dos componentes (TCS) comprendida por: i. una proteína activadora A, en la que dicha proteína activadora A es un sensor histidina quinasa que comprende un residuo de histidina, ii. una proteína B reguladora de respuesta (RR) activada por dicha proteína A, derivando tal activación en una proteína B RR activada, en la que dicha proteína B RR es un regulador transcripcional que comprende un residuo de ácido aspártico, y en la que la activación de dicha proteína B RR por dicha proteína activadora A es llevada a cabo por la transferencia de un fosfato de dicho residuo…

(08/01/2020) Un método in vitro para ensamblar en forma continua dos o más ácidos nucleicos de doble cadena, que comprende: (a) poner en contacto un primer ácido nucleico con al menos un agente nucleasa para generar un primer ácido nucleico digerido con una porción final eliminada; (b) poner en contacto el primer ácido nucleico digerido con un segundo ácido nucleico, un oligo de unión de doble cadena y una exonucleasa, en donde el oligo de unión es un ADN lineal de doble cadena que es de aproximadamente 50 pb a aproximadamente 400 pb y comprende: (i) una primera secuencia complementaria que es complementaria al primer ácido nucleico…

(25/12/2019) Un método para tratar una muestra biológica para la extracción del ácido nucleico, que comprende: diluir una muestra biológica en un tampón de extracción para formar una mezcla, en donde el tampón de extracción comprende de 3% en peso a 10% en peso de disolvente orgánico, en donde dicho disolvente orgánico es uno o más entre acetona o etanol; incubar la mezcla a una temperatura de 15 °C a 35 °C durante un tiempo entre 5 segundos y treinta minutos, para hacer que el ácido nucleico presente en la muestra biológica sea extraído en al menos una porción de la muestra biológica para posterior procesamiento; separar al menos una porción del tampón…

(25/12/2019) Un método para identificar o para producir un aptámero en un proceso de selección in vitro, que comprende las etapas de: (a) preparar una mezcla candidata de ácidos nucleicos, en donde la mezcla comprende al menos un nucleótido, que se modifica para comprender una funcionalización introducida por química de clic, en donde el nucleótido modificado comprende una nucleobase modificada con alquino, que se modifica adicionalmente a través de una cicloadición 1,3 dipolar de una azida, para producir una nucleobase modificada con azida-alquino, en donde la nucleobase que se ha modificado para contener el grupo azida-alquino era un nucleótido etinil-dU, dA, dC o dG; …