Métodos, modelos, sistemas y aparatos para identificar secuencias diana para enzimas Cas o sistemas CRISPR-Cas para secuencias diana y transmitir resultados de los mismos.

Un metodo implementado por computadora para seleccionar un complejo CRISPR para dirigir y/o escindir una secuencia de acido nucleico diana candidata dentro de una celula,

que comprende los pasos de:

(a) determinar la cantidad, la ubicacion y la naturaleza de los desapareamientos de la secuencia guia del o de los complejos CRISPR potenciales y la secuencia de acido nucleico diana candidata,

(b) determinar la contribucion de cada cantidad, la ubicacion y la naturaleza del o de los desapareamientos en la energia libre de hibridacion de la union entre la secuencia de acido nucleico diana y la secuencia guia del o de los complejos CRISPR potenciales a partir de un conjunto de datos de capacitacion,

(c) basandose en el analisis de contribucion del paso (b), predecir la escision en la o las ubicaciones del o de los desapareamientos de la secuencia del acido nucleico diana por el o los complejos CRISPR potenciales, y

(d) seleccionar el complejo CRISPR del o de los complejos CRISPR potenciales en funcion de si la prediccion del paso (c) indica que es mas probable que se produzca la escision a que no se produzca en las ubicaciones del o de los desapareamientos por el complejo CRISPR

en el que el paso (b) se realiza mediante

la definicion de un modelo termodinamico que tiene un conjunto de pesos que vinculan la energia libre eficaz de hibridacion Z a las energias libres locales G;

la definicion de un conjunto de capacitacion de pares de secuencia de ARN guia/ADN diana;

el ingreso de valores conocidos de energias libres locales G para cada par de secuencias de ARN guia/ADN diana en el conjunto de capacitacion;

el calculo de un valor de la energia libre eficaz de hibridacion Z para cada par de secuencias de ARN guia/ADN diana en el conjunto de capacitacion;

la determinacion de los pesos utilizando un algoritmo de aprendizaje automatico y

la emision de los pesos mediante los cuales se pueden usar los pesos para estimar la energia libre de hibridacion para cualquier secuencia.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2013/074812.

Solicitante: The Broad Institute, Inc.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 415 Main Street Cambridge, MA 02142 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: ZHANG, FENG, HSU,PATRICK, LI,YINQING, SCOTT,DAVID ARTHUR, WEINSTEIN,JOSHUA ASHER.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12N15/10 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12N9/22 C12N […] › C12N 9/00 Enzimas, p. ej. ligasas (6.; Proenzimas; Composiciones que las contienen (preparaciones para la limpieza de los dientes que contienen enzimas A61K 8/66, A61Q 11/00; preparaciones de uso médico que contienen enzimas A61K 38/43; composiciones detergentes que contienen enzimas C11D ); Procesos para preparar, activar, inhibir, separar o purificar enzimas. › Ribonucleasas.

PDF original: ES-2701749_T3.pdf

 

Patentes similares o relacionadas:

Método para aislar pequeñas moléculas de ARN, del 13 de Marzo de 2019, de LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION: Un método para el aislamiento de pequeñas moléculas de ARN que tienen a lo sumo 100 nucleótidos o menos de una muestra que comprende: […]

Método y dispositivo para la recolección y amplificación de ácidos nucleicos circulantes, del 13 de Marzo de 2019, de GENERAL ELECTRIC COMPANY: Un método para la amplificación de ácidos nucleicos circulantes que están presentes en la fracción no celular de una muestra biológica, comprendiendo […]

Método para la generación de TALE-nucleasas compactas y usos de la mismas, del 13 de Marzo de 2019, de CELLECTIS: Un monómero de TALEN compacta que comprende: (i) Un armazón de TALE central que comprende regiones de dipéptido variable de repetición (RVD) […]

Aislamiento de mutantes potenciadores del tráfico de proteína de entrega de fármacos, del 6 de Marzo de 2019, de CEDARS-SINAI MEDICAL CENTER: Un polipéptido para entregar un agente terapéutico a un orgánulo de una célula, que comprende un polipéptido de base de pentona (PB) de adenovirus, en el que: […]

Mediadores de interferencia por ARN específicos de secuencias de ARN, del 6 de Marzo de 2019, de WHITEHEAD INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH: Un procedimiento para producir ARN bicatenario desde 21 hasta 23 nucleótidos de longitud que comprende: (a) combinar ARN bicatenario con […]

Ensamblaje de combinaciones de múltiples sitios a medida, del 26 de Febrero de 2019, de BASF Enzymes LLC: Un procedimiento de producción de una pluralidad de polinucleótidos modificados que tienen diferentes combinaciones de mutaciones distintas en múltiples sitios, en […]

Selección y evolución simultáneas e integradas de rendimiento y expresión de anticuerpos/proteínas en huéspedes de producción, del 26 de Febrero de 2019, de Bioatla LLC: Un método de evolución de una proteína en un huésped de producción celular eucariota; comprendiendo el método: a. hacer evolucionar una proteína […]

ANTICUERPOS HUMANIZADOS ESPECÍFICOS PARA TANTO CD45RB COMO CD45RO, del 17 de Febrero de 2012, de NOVARTIS AG: Anticuerpo humanizado anti-CD45RO/RB que comprende una región variable de cadena pesada de SEQ ID No:9 o de SEQ ID No:10 y una región variable de cadena ligera […]

Otras patentes de The Broad Institute, Inc

 

Otras patentes de la CIP C12N9/22