Métodos, modelos, sistemas y aparatos para identificar secuencias diana para enzimas Cas o sistemas CRISPR-Cas para secuencias diana y transmitir resultados de los mismos.
Un metodo implementado por computadora para seleccionar un complejo CRISPR para dirigir y/o escindir una secuencia de acido nucleico diana candidata dentro de una celula,
que comprende los pasos de:
(a) determinar la cantidad, la ubicacion y la naturaleza de los desapareamientos de la secuencia guia del o de los complejos CRISPR potenciales y la secuencia de acido nucleico diana candidata,
(b) determinar la contribucion de cada cantidad, la ubicacion y la naturaleza del o de los desapareamientos en la energia libre de hibridacion de la union entre la secuencia de acido nucleico diana y la secuencia guia del o de los complejos CRISPR potenciales a partir de un conjunto de datos de capacitacion,
(c) basandose en el analisis de contribucion del paso (b), predecir la escision en la o las ubicaciones del o de los desapareamientos de la secuencia del acido nucleico diana por el o los complejos CRISPR potenciales, y
(d) seleccionar el complejo CRISPR del o de los complejos CRISPR potenciales en funcion de si la prediccion del paso (c) indica que es mas probable que se produzca la escision a que no se produzca en las ubicaciones del o de los desapareamientos por el complejo CRISPR
en el que el paso (b) se realiza mediante
la definicion de un modelo termodinamico que tiene un conjunto de pesos que vinculan la energia libre eficaz de hibridacion Z a las energias libres locales G;
la definicion de un conjunto de capacitacion de pares de secuencia de ARN guia/ADN diana;
el ingreso de valores conocidos de energias libres locales G para cada par de secuencias de ARN guia/ADN diana en el conjunto de capacitacion;
el calculo de un valor de la energia libre eficaz de hibridacion Z para cada par de secuencias de ARN guia/ADN diana en el conjunto de capacitacion;
la determinacion de los pesos utilizando un algoritmo de aprendizaje automatico y
la emision de los pesos mediante los cuales se pueden usar los pesos para estimar la energia libre de hibridacion para cualquier secuencia.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2013/074812.
Solicitante: The Broad Institute, Inc.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: 415 Main Street Cambridge, MA 02142 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.
Inventor/es: ZHANG, FENG, HSU,PATRICK, LI,YINQING, SCOTT,DAVID ARTHUR, WEINSTEIN,JOSHUA ASHER.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12N15/10 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
- C12N9/22 C12N […] › C12N 9/00 Enzimas, p. ej. ligasas (6.); Proenzimas; Composiciones que las contienen (preparaciones para la limpieza de los dientes que contienen enzimas A61K 8/66, A61Q 11/00; preparaciones de uso médico que contienen enzimas A61K 38/43; composiciones detergentes que contienen enzimas C11D ); Procesos para preparar, activar, inhibir, separar o purificar enzimas. › Ribonucleasas.
PDF original: ES-2701749_T3.pdf
Patentes similares o relacionadas:
Secuenciación dirigida y filtrado de UID, del 15 de Julio de 2020, de F. HOFFMANN-LA ROCHE AG: Un procedimiento para generar una biblioteca de polinucleótidos que comprende: (a) generar una primera secuencia del complemento (CS) de un polinucleótido diana a partir […]
Método para romper un ácido nucleico y añadir un adaptador por medio de transposasa y reactivo, del 1 de Julio de 2020, de MGI Tech Co., Ltd: Un metodo para romper un acido nucleico y anadir un adaptador por medio de una transposasa, que comprende las siguientes etapas: interrumpir […]
Vacuna subunitaria contra Mycoplasma spp., del 1 de Julio de 2020, de Agricultural Technology Research Institute: Una composición para prevenir una infección por Mycoplasma spp., que comprende: un principio activo, que comprende una proteína de PdhA; y un adyuvante […]
Aislamiento de ácidos nucleicos, del 24 de Junio de 2020, de REVOLUGEN LIMITED: Un método de aislamiento de ácidos nucleicos que comprenden ADN de material biológico, comprendiendo el método las etapas que consisten en: (i) efectuar un lisado […]
Métodos y composiciones para escisión dirigida y recombinación, del 20 de Mayo de 2020, de Sangamo Therapeutics, Inc: Un método in vitro para la escisión selectiva de un gen HLA clase I, un gen HLA que codifica una proteína de clase 1 del Complejo de Histocompatibilidad Mayor (MHC) […]
Proteínas de captura de la superficie celular recombinantes, del 13 de Mayo de 2020, de REGENERON PHARMACEUTICALS, INC.: Un método para detectar y aislar células que producen altos niveles de una proteína heterodimérica que tiene una primera subunidad y una segunda subunidad, […]
Etiquetado y evaluación de una secuencia diana, del 13 de Mayo de 2020, de RhoDx, Inc: Un método para modificar un ácido nucleico, que comprende: (a) poner en contacto un ácido nucleico de cadena sencilla con una actividad de transferasa […]
Preparación de bibliotecas de ácido nucleico marcado usando protocolo de adición en un solo tubo, del 13 de Mayo de 2020, de ILLUMINA, INC: Un método para preparar una biblioteca de fragmentos de ácido nucleico marcados que comprende: (a) poner en contacto una célula individual […]