Composiciones y métodos para el diagnóstico y el tratamiento de tumores.

Un método de diagnóstico de la presencia de un tumor en un mamífero,

comprendiendo dicho método detectar el nivel de expresión de un gen codificante de un polipéptido que tiene:

(a) la secuencia de aminoácidos mostrada en la Figura 26 (SEC. Nº ID.: 26); o

(b) una secuencia de aminoácidos codificada por una secuencia nucleotídica que comprende la secuencia de nucleótidos mostrada en la Figura 25 (SEC. Nº ID.: 25), en una muestra de ensayo de células de tejidos obtenida de dicho mamífero y en una muestra de control de células normales conocidas del mismo origen tisular, donde un mayor nivel de expresión de dicho gen codificante de un polipéptido en la muestra de ensayo, en comparación con la muestra de control, es indicativo de la presencia de tumor en el mamífero del que se obtuvo la muestra de ensayo, donde dicha muestra de ensayo de células de tejidos procede de tejido linfoide, testicular, uterino o vesical.

Composiciones y métodos para el diagnóstico y el tratamiento de tumores Campo de la invención La presente invención se dirige a composiciones de materia útiles para el diagnóstico y el tratamiento de tumores en mamíferos y a métodos de utilización de esas composiciones de materia para los mismos.

Antecedentes de la invención Los tumores malignos (cánceres) son la segunda causa principal de muerte en los Estados Unidos, después de la enfermedad cardíaca (Boring et al., CA Cancel J. Clin. 43: 7 (1993) ) . El cáncer se caracteriza por el aumento en el número de células anormales, o neoplásicas, derivadas de un tejido normal que proliferan para formar una masa tumoral, por la invasión de los tejidos adyacentes por estas células tumorales neoplásicas y por la generación de células malignas que eventualmente se diseminan por la sangre o el sistema linfático hacia los nódulos linfáticos regionales y hacia sitios distantes mediante un proceso denominado metástasis. En un estado canceroso, una célula prolifera en condiciones en las que las células normales no crecerían. El cáncer se manifiesta en una amplia variedad de formas, caracterizadas por diferentes grados de invasividad y de agresividad.

En intentos por descubrir dianas celulares efectivas para la terapia del cáncer, los investigadores han querido identificar polipéptidos que se sobreexpresen específicamente en un tipo particular de célula cancerosa en comparación con una o más células no cancerosas normales. La identificación de dichos polipéptidos celulares asociados a tumores ha dado lugar a la capacidad de dirigirse específicamente a las células cancerosas para su destrucción mediante terapias basadas en anticuerpos. En este sentido, se observa que la terapia basada en anticuerpos ha mostrado ser muy efectiva en el tratamiento de ciertos cánceres. Por ejemplo, HERCEPTIN® y RITUXAN® (ambos de Genentech Inc., South San Francisco, California) son anticuerpos que han sido utilizados con éxito para tratar el cáncer de mama y el linfoma no Hodgkin, respectivamente. Más concretamente, HERCEPTIN® es un anticuerpo monoclonal humanizado derivado de ADN recombinante que se une selectivamente al dominio extracelular del protooncogén del receptor del factor de crecimiento epidérmico humano 2 (HER2) . Se observa sobreexpresión de la proteína HER2 en un 25-30 % de los cánceres primarios de mama. RITUXAN® es un anticuerpo monoclonal quimérico murino/humano sometido a ingeniería genética dirigido contra el antígeno CD20 que se encuentra en la superficie de los linfocitos B normales y malignos.

En otros intentos por descubrir dianas celulares efectivas para la terapia del cáncer, los investigadores han querido identificar polipéptidos que se sobreexpresen en un tipo particular de célula cancerosa en relación a la expresión normal de polipéptidos en una o más células no cancerosas normales. Se esperaría que la identificación de antagonistas de dichos polipéptidos sobreexpresados les hiciera servir como agentes terapéuticos efectivos para el tratamiento de dichos cánceres. Más aún, la identificación de la sobreexpresión de dichos polipéptidos sería útil para el diagnóstico de cánceres particulares en mamíferos.

Las cinasas que controlan las rutas de transducción de señal, el ciclo celular y la muerte celular programada son críticas para la regulación celular. La sobreexpresión o las mutaciones activantes de estas cinasas críticas pueden perturbar la regulación celular y conducir a la formación de tumores. Un veinte por ciento de todos los oncogenes conocidos son proteína cinasas. La identificación de la ruta de transducción de señal apropiada y el desarrollo de fármacos que inhiban específicamente estas cinasas oncogénicas han constituido un objetivo de gran importancia en la investigación del cáncer durante algún tiempo. El cribado de alto rendimiento ha dado lugar a la identificación de pequeñas moléculas con diferentes modos de inhibición, tales como: competición con el sitio de unión a trifosfato de adenosina catalítico, inhibición de la unión a substratos o modificación del propio substrato. Ciertos compuestos son altamente específicos para una sola cinasa, mientras que otros pueden inhibir varias cinasas con estructuras de unión similares (Busse et al., Semin. Oncol. 2001, 28: 47-55) . Por ejemplo, la tirosina cinasa Bcr-Abl ha sido identificada como un factor causal en la leucemia mieloide crónica (LMC) . La pequeña molécula mesilato de imatinib (Novartis Pharmaceuticals Corp., East Hanover, NJ) fue recientemente aprobada para el tratamiento de la LMC, demostrándose que el tratamiento del componente cinasa de una ruta de transducción de señal es efectivo en el tratamiento del cáncer (Griffin J. Semin. Oncol. 2001, 28: 3-8) .

A pesar de los avances antes identificados en la terapia del cáncer en mamíferos, existe una gran necesidad de agentes diagnósticos y terapéuticos adicionales capaces de detectar la presencia de un tumor en un mamífero y de una inhibición efectiva del crecimiento celular neoplásico, respectivamente. Por consiguiente, es un objetivo de la presente invención identificar polipéptidos que se sobreexpresen en ciertas células cancerosas en comparación con las células normales u otras células cancerosas diferentes y usar esos polipéptidos, y sus ácidos nucleicos codificantes, para producir composiciones de materia útiles en el tratamiento terapéutico y en la detección diagnóstica del cáncer en mamíferos.

Resumen de la invención A. Realizaciones En la presente memoria descriptiva, los Solicitantes describen por vez primera la identificación de diversos polipéptidos celulares (y sus ácidos nucleicos codificantes o fragmentos de los mismos) que se expresan en mayor grado en uno o más tipos de células cancerosas en comparación con uno o más tipos de células no cancerosas normales. Se hace aquí referencia a dichos polipéptidos como polipéptidos de CINASAS ASOCIADAS A TUMORES (polipéptidos quot;TASKquot; (TUMOR-ASSOCIATED KINASES) ) y se espera que sirvan como dianas efectivas para la terapia y el diagnóstico del cáncer en mamíferos.

En consecuencia, la invención se refiere a una molécula de ácido nucleico aislada que comprende una secuencia nucleotídica que codifica un polipéptido diana antigénico asociado a tumores o fragmento del mismo (un polipéptido quot;TASKquot;) .

En ciertos aspectos, la molécula de ácido nucleico aislada comprende una secuencia nucleotídica que tiene al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, alternativamente al menos aproximadamente un 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, con respecto a (a) una molécula de ADN codificante de un polipéptido TASK de longitud total que tiene una secuencia de aminoácidos como aquí se divulga,

o cualquier otro fragmento específicamente definido de una secuencia de aminoácidos de un polipéptido TASK de longitud total como aquí se divulga, o (b) la complementaria de la molécula de ADN de (a) .

En otros aspectos, la molécula de ácido nucleico aislada comprende una secuencia nucleotídica que tiene al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, alternativamente al menos aproximadamente un 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, con respecto a (a) una molécula de ADN que comprende la secuencia codificante de un ADNc de un polipéptido TASK de longitud total como aquí se divulga, o la secuencia codificante de cualquier otro fragmento específicamente definido de la secuencia de aminoácidos del polipéptido TASK de longitud total como aquí se divulga, o (b) la complementaria de la molécula de ADN de (a) .

En otros aspectos, la invención se refiere a una molécula de ácido nucleico aislada que comprende una secuencia nucleotídica que tiene al menos aproximadamente un 80 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, alternativamente al menos aproximadamente un 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia de ácido nucleico, con respecto a una molécula de ADN que codifica el mismo polipéptido maduro codificado por la secuencia codificante de longitud total de cualquiera de los ADNc de proteínas humanas aquí divulgados. En este sentido, el término quot;secuencia codificante de longitud totalquot; se refiere a la secuencia de nucleótidos codificante del polipéptido TASK del ADNc (que con frecuencia de muestra entre codones de iniciación y de parada, incluyendo los mismos, en... [Seguir leyendo]

1. Un método de diagnóstico de la presencia de un tumor en un mamífero, comprendiendo dicho método detectar el

nivel de expresión de un gen codificante de un polipéptido que tiene: 5

(a) la secuencia de aminoácidos mostrada en la Figura 26 (SEC. Nº ID.: 26) ; o

(b) una secuencia de aminoácidos codificada por una secuencia nucleotídica que comprende la secuencia de nucleótidos mostrada en la Figura 25 (SEC. Nº ID.: 25) , en una muestra de ensayo de células de tejidos obtenida de dicho mamífero y en una muestra de control de células normales conocidas del mismo origen

tisular, donde un mayor nivel de expresión de dicho gen codificante de un polipéptido en la muestra de ensayo, en comparación con la muestra de control, es indicativo de la presencia de tumor en el mamífero del que se obtuvo la muestra de ensayo, donde dicha muestra de ensayo de células de tejidos procede de tejido linfoide, testicular, uterino o vesical.

2. El método de la reivindicación 1, donde la etapa que detecta el nivel de expresión de un gen codificante de dicho polipéptido comprende el empleo de un oligonucleótido en un análisis de hibridación in situ o de RT-PCR.

3. El método de la reivindicación 1, donde la etapa que detecta el nivel de expresión de un gen codificante de dicho polipéptido comprende el empleo de un anticuerpo en un análisis de inmunohistoquímica. 20

4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, donde el mamífero es un ser humano.