Método para determinar el pronóstico de cáncer de mama en mamíferos,

comprendiendo el método:

(a) examinar una muestra de tejido canceroso de mama de un individuo con el fin de determinar el nivel de expresión de los genes que codifican para los siguientes marcadores moleculares: AMF, ATF4, Cyr61, ER, matriptasa2, MET, MLN64, MMP7, nectina4, PAR1A, psoriason, Pttg1, Rho-C, Scotin, SDF1, SEMP1, SPF45, STT1, ST15, TACC2, TBD10, TCF2, TEM6, TEM7R, y ZO-3; y

(b) cuando se determina un alto nivel de expresión para estos marcadores con respecto al nivel de expresión de los mismos marcadores en pacientes que se ha considerado que tienen un pronóstico moderado;

(c) concluir que el individuo del que se ha tomado la muestra de tejido tiene una baja probabilidad de supervivencia que es inferior al 20% de la de los individuos que sobreviven más de cinco años

Métodos y kit para el pronóstico de cáncer de mama.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a un método y a un kit, incluyendo partes de los mismos, para el pronóstico de cáncer de mama. En particular, el método implica identificar un patrón de expresión génica que indica la probabilidad de supervivencia de una paciente con cáncer de mama y/o la probabilidad de recidiva de la enfermedad y/o el carácter metastásico del cáncer en una paciente que se está tratando, o que se ha tratado, para cáncer de mama.

Antecedentes de la invención

El cáncer de mama es el cáncer femenino más común en el RU, los EE.UU. y Dinamarca. También es la forma de cáncer más común que afecta a las mujeres en el mundo industrializado. La incidencia del cáncer de mama ha ido en aumento de manera gradual, y en los EE.UU. es la segunda causa de muerte más común debida al cáncer. En efecto, en 1997, se estimó que se notificaron 181.000 nuevos casos en los EE.UU., y se ha estimado que 40.000 personas mueren de cáncer de mama cada año. A pesar de los esfuerzos globales que se han realizado para combatir este estado, ha habido muy pocos cambios en la incidencia de cáncer de mama, aunque la detección temprana y las nuevas terapias han mejorado ligeramente la supervivencia durante las últimas décadas.

Aunque se desconoce en gran parte el mecanismo de oncogénesis para la mayoría de carcinomas de mama, existen varios factores que pueden predisponer a algunas mujeres a desarrollar cáncer de mama. Estos incluyen la historia de nacimiento, el estado menstrual, el grado del tumor, el estado de ER, el tamaño del tumor y la afectación de los ganglios linfáticos en el momento del diagnóstico y la cirugía. Además, el pronóstico puede determinarse en diversos grados mediante el uso de mamografía u otros métodos de obtención de imágenes con rayos x. Sin embargo, una mamografía tiene riesgos y el tumor de mama puede inducirse por las propiedades ionizantes de la radiación usada durante la prueba. Además, tales procedimientos son costosos y los resultados pueden interpretarse de diferente manera por diferentes técnicos. Por ejemplo, un estudio mostró considerables desacuerdos clínicos en aproximadamente un tercio de un conjunto de mamografías que interpretó un grupo de radiólogos. Además, muchas mujeres encuentran que someterse a una mamografía es una experiencia dolorosa.

En la práctica clínica, es importante el pronóstico de la enfermedad porque determina el tratamiento que se proporcionará. El pronóstico preciso podría permitir que el oncólogo, por ejemplo, favorezca la administración de una terapia hormonal o quimioterapia y recomendar cirugía sólo en los casos más agresivos de cáncer.

Sin embargo, el diagnóstico temprano se ha convertido en una característica regular en el cáncer de mama porque en la actualidad se presentan cada vez más pacientes con la enfermedad en un estadio muy temprano. Esto ha dificultado más los métodos convencionales de evaluación de los desenlaces del cáncer, y cada vez se hace más evidente que no sólo es el tipo de cáncer sino también el momento adecuado del tratamiento lo que resulta clave en lo bien o mal que responda una paciente. Por ejemplo, actualmente muchas pacientes pueden recibir tratamiento innecesario que frecuentemente provoca efectos secundarios tóxicos, mientras que otras pacientes pueden someterse a estrategias de tratamiento conservador cuando, en efecto, un cáncer está más avanzado de lo previsto. Por tanto, puede ser de vital importancia que se elabore un pronóstico correcto y preciso en un estadio temprano.

Hasta la fecha, no se ha identificado ningún conjunto de factores pronóstico satisfactorios para el pronóstico basándose sólo en la información clínica. Como resultado, la investigación se ha dirigido a estudiar firmas moleculares que pueden diagnosticar y pronosticar cáncer. El documento WO 02/103320 da a conocer miles de marcadores genéticos cuya expresión se correlaciona con el pronóstico clínico, y que pueden usarse para diferenciar a las pacientes que tienen buenos pronósticos de las que tienen malos pronósticos. El método para determinar la expresión implica comparar el patrón de expresión de una muestra de prueba de tejido tomada de una paciente con el de una muestra de tejido tomada de una paciente con un buen pronóstico y también con el de una muestra tomada de una paciente con un mal pronóstico conocido, y determinar cuál de estas muestras se corresponde más estrechamente con la muestra de prueba. El documento WO 03/083141 se refiere a la correlación de la firma molecular de una o más células de una muestra citológica con el fenotipo de una o más células de una muestra histológica. Tales métodos de correlación se logran comparando la firma molecular de las células de una muestra citológica con la firma molecular de las células que corresponden a un fenotipo particular. La equivalencia entre las dos firmas indica que la(s) célula(s) de la muestra tiene(n) el fenotipo de la muestra. En particular, el documento WO 03/083141 permite comparaciones de firmas moleculares de muestras citológicas con firmas histológicas de "referencia" de diferentes subtipos de estados benignos, así como diversos subtipos de estados malignos de cáncer de mama. Además, el documento WO 03/083141 permite comparaciones de firmas moleculares de muestras citológicas con firmas histológicas de pronóstico de la enfermedad o fenotipos de desenlace a nivel de la célula, el tejido, el sistema y/o el organismo tal como se observa en sujetos con células que tienen la firma en una muestra histológica. Esto incluye tasas de mortalidad, esperanza de vida en diversos estados, sensibilidad o resistencia a un agente terapéutico o tratamiento particulares.

Aunque esta metodología representa una mejora con respecto a los métodos clínicos tradicionales de pronóstico, tiene varias desventajas. Por ejemplo, el análisis de cientos de marcadores génicos lleva un tiempo considerable y no es intrínsecamente práctico. Además, no está claro si una muestra que expresa algunos de los marcadores de buen pronóstico y algunos de los marcadores de mal pronóstico proporcionaría un pronóstico de una u otra opción. Por consiguiente, debido a la complejidad de la metodología, ésta también puede ser imprecisa, en el sentido que se coloca a las pacientes en el grupo de pronóstico equivocado porque expresan más de los genes en un grupo que del otro, o no puede proporcionar una respuesta definitiva. Tal como se explicó anteriormente, el pronóstico temprano, y preciso, es vital para el tratamiento apropiado y eficaz. Por tanto, esta claro que se requiere una firma molecular más simple y más definitiva.

Por tanto, se ha desarrollado un método para determinar el pronóstico de un cáncer de mama dado que es relativamente sencillo de realizar, eficaz a la hora de llevarlo a cabo y proporciona una indicación precisa del desenlace probable de la enfermedad. El método usa una muestra pequeña pero altamente representativa de marcadores que, por tanto, son particularmente precisos en determinar el desenlace probable de un cáncer dado. Además, el método puede dividirse en tres componentes: un primer componente que predice la supervivencia probable de un individuo que presenta cáncer de mama; un segundo componente que predice la recidiva probable de cáncer en un individuo que presenta cáncer de mama; y un tercer componente que predice el carácter metastásico del cáncer. Tal como resultará evidente para los expertos en la técnica, el segundo componente indica, por tanto, la probabilidad de supervivencia libre de incidencia de una paciente que presenta cáncer de mama y el tercer componente indica la naturaleza agresiva de la enfermedad. En resumen, se ha identificado una pluralidad de firmas moleculares que tienen relevancia en la determinación del pronóstico de un cáncer de mama dado. Cada firma molecular comprende una pluralidad de marcadores genéticos cuya expresión, o bien alta o bien baja con respecto al tejido de una paciente con pronóstico moderado (véase más adelante en el presente documento), es indicativa de un desenlace dado. Además de esto, se ha analizado cada firma molecular con el fin de identificar qué marcadores genéticos son los mejores indicadores del desenlace de una enfermedad dada, en otras palabras, los que contribuyen más a la capacidad de predicción de la firma molecular. Este subconjunto de marcadores se conoce colectivamente como la firma molecular mejorada.

Por ejemplo, se proporciona una primera firma molecular, que comprende dos conjuntos de marcadores moleculares cuya alta expresión...

1. Método para determinar el pronóstico de cáncer de mama en mamíferos, comprendiendo el método:

2. Método según la reivindicación 1, en el que la parte (a) comprende además determinar el nivel de expresión de los genes que codifican para al menos uno de los siguientes marcadores moleculares: basigina, beta-catenina, BMP1, BMP10, calpaína grande, CD44, CX43, ciclinaD2, EHMS, FAK, FAP, GIRK, HAVR1, Isotopo3, JAK1, LOX12, NET-2, PAR1A2, PTHrP, Rho-G, S100A4, SPARC, TCF3, VECAD, Vilip, Wave-2.

3. Método según la reivindicación 1 ó la reivindicación 2, en el que la parte (a) comprende además determinar el nivel de expresión de los genes que codifican para los siguientes marcadores moleculares: ARP2, Atf-3, HuR, MEN1, paracelina, PTP-RK radixina y razón RHO8/gdiG; y

4. Método según la reivindicación 3, en el que la parte (a) comprende además determinar el nivel de expresión de los genes que codifican para al menos uno de los siguientes marcadores moleculares: aMOT, Atf-1, claudina-1, IL22R, Rock 2, Veg1.

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el tejido canceroso es de un ser humano.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el tejido canceroso es de una mujer.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que se determina el nivel de expresión sometiendo a ensayo para determinar la presencia de ARN o ARNm.

8. Método según una cualquiera de la reivindicaciones 1-7, en el que se determina el nivel de expresión sometiendo a ensayo para determinar la(s) proteína(s) codificada(s) por los marcadores moleculares.

9. Método según la reivindicación 8, en el que el método implica el uso de agentes que se unen a la(s) proteína(s) pertinente(s) y así la(s) identifica(n).

10. Método según la reivindicación 9, en el que los agentes son anticuerpos.

11. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en el que se amplifica el marcador seleccionado, antes de realizar la parte (a).

12. Método según la reivindicación 11, en el que se amplifica el marcador mediante PCR.

13. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que se determina el nivel de expresión de un marcador molecular dado teniendo en cuenta una muestra control, en el que la muestra control es una cualquiera de lo siguiente: una muestra de tejido de mama que está libre de cáncer, una muestra de tejido de mama tomada de un individuo que no presenta cáncer, o un patrón reconocido para la expresión de cada marcador molecular pertinente en un individuo sano.

14. Kit para determinar el pronóstico de cáncer de mama en mamíferos que consiste en:

15. Kit según la reivindicación 14, en el que dicho kit consiste además en:

16. Kit para determinar la probabilidad de supervivencia y/o recurrencia de cáncer de mama y/o la naturaleza metastásica de un cáncer en una paciente, consistiendo el kit en:

17. Micromatriz según la reivindicación 16.

18. Conjunto de sondas según las reivindicaciones 14-15.