METODOS PARA EL DIAGNOSTICO DE TUMORES.

Método in vitro de diagnóstico de tumores de pulmón o colon en una muestra de un mamífero,

comprendiendo dicho método:

(i) detectar el nivel de expresión de un gen que codifica un polipéptido PRO06018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, (a) en una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, y (b) en una muestra de control de células de tejido normales conocidas del mismo tipo de célula, en el que un nivel de expresión mayor en la muestra de prueba, comparado con la muestra de control, es indicativo de la presencia de un tumor en el mamífero del cual se ha obtenido las células de tejido de prueba,

(ii) (a) poner en contacto un anticuerpo anti-PRO6018 que se une a un polipéptido PRO06018 que tiene la secuencia de aminoácidos de la figura 2 con una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, y (b) detectar la formación de un complejo entre dicho anticuerpo y un polipéptido PRO6018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, en la muestra de prueba, en el que la formación de un complejo es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero, o

(iii) detectar la amplificación de un gen que codifica un polipéptido PRO6018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, en una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, en el que la amplificación es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero

Métodos para el diagnóstico de tumores.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a métodos para el diagnóstico de tumores.

Antecedentes de la invención

Los tumores malignos (cánceres) son la segunda causa principal de muerte en los Estados Unidos, después de las enfermedades cardíacas (Boring et al., CA Cancel J. Clin., 43:7 [1993]).

El cáncer está caracterizado por un incremento de células anormales, o neoplásticas, derivadas de un tejido normal que proliferan para formar una masa tumoral, la invasión de los tejidos adyacentes por estas células de tumor neoplásticas, y la generación de células malignas que eventualmente se dispersan a través de la sangre o el sistema linfático a los nodos linfáticos regionales y a sitios distantes (metástasis). En un estado canceroso, una célula prolifera bajo condiciones en las que células normales no crecerían. El cáncer se manifiesta en una amplia variedad de formas, caracterizadas por diferentes grados de invasividad y de agresividad.

La alteración de la expresión de los genes está íntimamente relacionada con el crecimiento celular incontrolado y desdiferenciación que son una característica común de todos los cánceres. Los genomas de ciertos tumores bien estudiados han encontrado que muestran una expresión disminuida de genes recesivos, usualmente referidos como genes de supresión de tumor, que normalmente funcionarían para evitar el crecimiento celular maligno, y/o sobreexpresión de ciertos genes dominantes, tales como oncogenes, que actúan para promover el crecimiento maligno. Cada uno de estos cambios genéticos aparece como responsable de importar algunos de los rasgos que, agregados, representan el fenotipo neoplásico completo (Hunter, Cell, 64:1129 [1991] and Bishop, Cell, 64:235-248 [1991]).

Un mecanismo bien conocido de la sobreexpresión de genes (por ejemplo, oncogenes) en células de cáncer es la amplificación de genes. Este es un proceso donde en el cromosoma de una célula ancestral se producen copias múltiples de un gen particular. El proceso implica la replicación imprevista de la región del cromosoma que comprende el gen, seguida por la recombinación de los segmentos replicados nuevamente en el cromosoma (Alitalo et al., Adv. Cancer Res., 47:235-281 [1986]). Se cree que la sobreexpresión de los genes es paralela con la amplificación de genes, es decir, es proporcional al número de copias hechas.

Se han identificado protooncogenes que codifican factores de crecimiento y receptores de factores de crecimiento que juegan roles importantes en la patogénesis de varias malignidades humanas, incluyendo cáncer de mama. Por ejemplo, se ha encontrado que el gen ErbB2 humano (erbB2, también conocido como her2, o c-erbB-2), que codifica un receptor glicoproteína transmembrana que codifica un 185-kd (p 185^HER2; HER2) relacionado con el receptor del factor de crecimiento epidérmico EGFR), es sobreexpresado en aproximadamente 25% al 30% del cáncer de mama humano (Slamon et al., Science, 235:177-182 [1987]; Slamon et al., Science, 244:707-712 [1989]).

Se ha informado que la amplificación de un protooncogen es un evento típicamente implicado en las formas más malignas del cáncer, y puede actuar como un predictor de resultado clínico (Schwab et al., Genes Chromosomes Cancer, 1:181-193 [1990]; Alitalo et al., supra). Por lo tanto, la sobreexpresión de erbB2 es comúnmente referido como un predictor de un pronóstico pobre, especialmente en pacientes con enfermedad primaria que implica nodos linfáticos axilares (Slamon et al., [1987] y [1989], supra; Ravdin y Chamness, Gene, 159: 19-27 [1995]; y Hynes y Stern, Biochim, Biophys, Acta, 1198:165-184 [1994]), y ha sido vinculado a la sensibilidad y/o resistencia a la terapia hormonal y regímenes de quimioterapia, incluyendo CMF (ciclofosfamida, metotrexato, y fluoruracil) y antraciclinas (Baselga et al., Oncology, 11 (3 Suppl 1):43-48 [1997]). Sin embargo, a pesar de la asociación de sobreexpresión erbB2 con pronóstico pobre, las posibilidades de pacientes HER2-positivos que responden clínicamente al tratamiento con taxanos fue mayor de tres veces aquellos de pacientes HER2-negativos (Ibid). Un anticuerpo monoclonal anti-ErbB2 (anti-HER2) humanizado recombinante (una versión humanizada del anticuerpo 4D5 anti-ErbB2 murina, referido como rhuMAb HER2 o Herceptin^TM) ha sido clínicamente activo en pacientes con cánceres de mama metastásicos que sobreexpresan ErbB2 que habían recibido terapia anticáncer previa extensiva. (Baselga et al., J. Clin, Oncol., 14:737-744 [1996]).

A la vista de lo anterior, hay un interés obvio en identificar nuevos métodos y composiciones que son útiles para diagnosticar y tratar tumores que están asociados con la amplificación de genes.

Descripción de la invención

La presente invención se refiere a métodos para el diagnóstico de crecimiento y proliferación celular neoplásicos en mamíferos, incluyendo humanos. La presente invención se basa en la identificación de genes que son amplificados en el genoma de células tumorales. Dicha amplificación de genes se espera que esté con la sobreexpresión del producto del gen y contribuye a la génesis del tumor. Por consiguiente, las proteínas codificadas mediante los genes amplificados se cree que son objetivos útiles para el diagnóstico y/o tratamiento (incluyendo la prevención) de ciertos cánceres, y pueden actuar como predictores del pronóstico del tratamiento del tumor.

En una realización, la presente invención concierne a un método in vitro de diagnóstico de tumor de pulmón o colon en una muestra de un mamífero, que comprende:

i) detectar el nivel de expresión de un gen que codifica un poli péptido PRO6018 que tiene al menos 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en donde la identidad en la secuencia se calcula utilizando el programa ALIGN-2, (a) en una muestra de prueba de células del tejido obtenidas del mamífero, y (b) en una muestra de control de células del tejido normal conocidas del mismo tipo de células, en donde un nivel de expresión más alto en la muestra de prueba en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia de un tumor en el mamífero del cual tuvieron las células del tejido de prueba,

ii) (a) contactar un anticuerpo anti-PRO6018 con una muestra de prueba de células de tejido obtenidas a partir de un mamífero y (b) detectar la formación de un complejo entre el anticuerpo anti-PRO6018 y un poli péptido PRO6018 que tiene al menos 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en donde la identidad en la secuencia se calculó utilizando el programa ALIGN-2, en la muestra de prueba, en donde la formación de un complejo es indicativo de la presencia de un tumor en dicho mamífero, o

iii) detectar la amplificación de un gen que codifica un poli péptido PRO6018 que tiene al menos 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en donde la identidad en la secuencia se calculó utilizando el programa ALIGN-2, en una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, en donde la amplificación es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero.

La detección puede ser cualitativa o cuantitativa, y puede realizarse en comparación con la monitorización de la formación del complejo en una muestra de control de células de tejido conocido del mismo tipo de célula. Una gran cantidad de complejos formados en la muestra de prueba indica la presencia de un tumor en el mamífero a partir del cual se obtuvieron las células de tejido de prueba. El anticuerpo preferentemente lleva una marcador detectable. La formación del complejo puede ser monitorizada, por ejemplo, mediante microscopio de luz, citometría de flujo, fluorimetría, u otras técnicas conocidas en la técnica.

La muestra de prueba usualmente se obtienen a partir de un individuo sospechado de tener un crecimiento o proliferación celular neoplásicos (es decir, células cancerosas).

Breve descripción de las figuras

La figura 1 muestra la secuencia de nucleótidos (SEQ ID NO:7) de un ADNc que contiene una secuencia de nucleótidos que codifica la secuencia nativa PRO6018, donde la secuencia de nucleótidos (SEQ ID NO:7) es un clon designado aquí como DNA98565-2701....

1. Método in vitro de diagnóstico de tumores de pulmón o colon en una muestra de un mamífero, comprendiendo dicho método:

(i) detectar el nivel de expresión de un gen que codifica un polipéptido PRO06018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, (a) en una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, y (b) en una muestra de control de células de tejido normales conocidas del mismo tipo de célula, en el que un nivel de expresión mayor en la muestra de prueba, comparado con la muestra de control, es indicativo de la presencia de un tumor en el mamífero del cual se ha obtenido las células de tejido de prueba,

(ii) (a) poner en contacto un anticuerpo anti-PRO6018 que se une a un polipéptido PRO06018 que tiene la secuencia de aminoácidos de la figura 2 con una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, y (b) detectar la formación de un complejo entre dicho anticuerpo y un polipéptido PRO6018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, en la muestra de prueba, en el que la formación de un complejo es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero, o

(iii) detectar la amplificación de un gen que codifica un polipéptido PRO6018 que tiene por lo menos un 90% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2, en el que la identidad en la secuencia se calcula usando el programa ALIGN-2, en una muestra de prueba de células de tejido obtenidas del mamífero, en el que la amplificación es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal.

3. Método según la reivindicación 1 o la reivindicación 2, en el que el anticuerpo comprende una región determinante de la complementariedad (CDR) no humana o una región de armazón (FR) humana.

4. Método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que el anticuerpo está marcado.

5. Método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que el anticuerpo es un fragmento de anticuerpo o un anticuerpo de cadena simple.

6. Método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 95%.

7. Método según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 99%.