Polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6

Campo técnico

La presente descripción se refiere al campo de la ciencia biológica, más específicamente al campo de la investigación del cáncer. En particular, la presente descripción se refiere a genes novedosos, RNF43, CXADRL1, y GCUD1, implicados en el mecanismo de proliferación de las células, así como a polipéptidos codificados por los genes. Los genes y polipéptidos de la presente descripción pueden usarse, por ejemplo, en el diagnóstico de una enfermedad proliferativa celular, y como moléculas diana para desarrollar fármacos contra la enfermedad.

Técnica anterior

Los cánceres gástricos y cánceres colorrectales son las causas principales de muerte por cáncer a nivel mundial. A pesar del reciente progreso en estrategias de diagnóstico y terapéuticas, el pronóstico de los pacientes con cánceres avanzados sigue siendo muy malo. Aunque estudio moleculares han revelado la participación de alteraciones en genes supresores tumorales y/u oncogenes en la carcinogénesis, todavía siguen sin aclararse los mecanismos precisos.

Tecnologías de micromatrices de ADNc han permitido obtener perfiles exhaustivos de la expresión génica en células malignas y las normales correspondientes (Okabe et al., Cancer Res 61:2129-37 (2001); Kitahara et al., Cancer Res

61: 3544-9 (2001); Lin et al., Oncogene 21:4120-8 (2002); Hasegawa et al., Cancer Res 62:7012-7 (2002)). Este enfoque permite dar a conocer la naturaleza compleja de las células cancerosas, y ayuda a comprender el mecanismo de la carcinogénesis. La identificación de los genes que están desregulados en los tumores puede llevar a un diagnóstico más preciso y exacto de los cánceres individuales, y a desarrollar dianas terapéuticas novedosas (Bienz y Clevers, Cell 103:311-20 (2000)). Para dar a conocer los mecanismos que subyacen a los tumores desde un punto de vista de todo el genoma, y descubrir moléculas diana para el diagnóstico y el desarrollo de fármacos terapéuticos novedosos, los presentes inventores han analizado los perfiles de expresión de células tumorales usando una micromatriz de ADNc de 23040 genes (Okabe et al., Cancer Res. 61:2129-37 (2001); Kitahara et al., Cancer Res 61:3544-9 (2001); Lin et al., Oncogene 21:4120-8 (2002); Hasegawa et al., Cancer Res 62:7012-7 (2002)).

Estudios diseñados para revelar los mecanismos de la carcinogénesis han facilitado ya la identificación de dianas moleculares para agentes antitumorales. Por ejemplo, inhibidores de farnesiltransferasa (FTI) que se desarrollaron originalmente para inhibir la ruta de señalización de crecimiento relacionada con Ras, cuya activación depende de la farnesilación postraduccional, han sido eficaces para tratar tumores dependientes de Ras en modelos animales (He et al., Cell 99:335-45 (1999)). Se han llevado a cabo ensayos clínicos en seres humanos usando una combinación de fármacos anticancerígenos y anticuerpo monoclonal anti-HER2, trastuzumab, para antagonizar el receptor de protooncogén HER2/neu; y han obtenido una respuesta clínica y supervivencia global mejoradas de los pacientes con cáncer de mama (Lin et al., Cancer Res 61:6345-9 (2001)). Se ha desarrollado un inhibidor de tirosina cinasa, STI-571, que inactiva selectivamente las proteínas de fusión bcr-abl, para tratar leucemias mielógenas crónicas en las que la activación constitutiva de bcr-abl tirosina cinasa desempeña un papel crucial en la transformación de leucocitos. Se diseñan agentes de estas clases para suprimir la actividad oncogénica de productos génicos específicos (Fujita et al., Cancer Res 61:7722-6 (2001)). Por tanto, los productos génicos comúnmente regulados por incremento en las células cancerosas pueden servir como posibles dianas para desarrollar agentes anticancerígenos novedosos.

El documento WO 00/50588 describe la identificación de genes que se expresan conjuntamente con genes de cáncer de colon genes conocidos. El documento WO 01/66689 describe muchas secuencias de nucleótidos y sus respectivas secuencias de aminoácidos como posibles dianas terapéuticas para el tratamiento de diversos cánceres.

Se ha demostrado que los linfocitos T citotóxicos CD8+ (CTL) reconocen péptidos de epítopos derivados de antígenos asociados a tumores (TAA) que se presentan en la molécula del CMH de clase I, y lisan las células tumorales. Desde el descubrimiento de la familia MAGE como el primer ejemplo de TAA, se han descubierto muchos otros TAA usando enfoques inmunológicos (Boon, Int J Cancer 54: 177-80 (1993); Boon y van der Bruggen, J Exp Med 183: 725-9 (1996); van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7 (1991); Brichard et al., J Exp Med 178: 489-95 (1993); Kawakami et al., J Exp Med 180: 347-52 (1994)). Algunos de los TAA descubiertos se encuentran ahora en fase de desarrollo clínico como dianas de inmunoterapia. Los TAA descubiertos hasta el momento incluyen MAGE (van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7 (1991)), gp100 (Kawakami et al., J Exp Med 180: 347-52 (1994)), SART (Shichijo et al., J Exp Med 187: 277-88 (1998)), y NY-ESO-1 (Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94: 1914-8 (1997)). Por otro lado, se ha mostrado que productos génicos que se había demostrado que se sobreexpresaban específicamente en células tumorales, se reconocen como dianas que inducen respuestas inmunitarias celulares. Tales productos génicos incluyen p53 (Umano et al., Brit J Cancer 84: 1052-7 (2001)), HER2/neu (Tanaka et al., Brit J Cancer 84: 94-9 (2001)), CEA (Nukaya et al., Int J Cancer 80: 92-7 (1999)), etc.

A pesar del progreso significativo en investigación básica y clínica referente a los TAA (Rosenbeg et al., Nature Med

4: 321-7 (1998); Mukherji et al., Proc Natl Acad Sci USA 92: 8078-82 (1995); Hu et al., Cancer Res 56: 2479-83 (1996)), sólo se encuentra disponible un número limitado de TAA candidatos para el tratamiento de adenocarcinomas, incluyendo el cáncer colorrectal. Los TAA que se expresan abundantemente en células cancerosas, y al mismo tiempo cuya expresión se limita a las células cancerosas serían candidatos prometedores a dianas inmunoterapéuticas. Además, se espera que la identificación de nuevos TAA que inducen respuestas inmunitarias antitumorales específicas y potentes fomente el uso clínico de la estrategia de vacunación con péptidos en diversos tipos de cáncer (Boon y can der Bruggen, J Exp Med 183: 725-9 (1996); van der Bruggen et al., Science

254: 1643-7 (1991); Brichard et al., J Exp Med 178: 489-95 (1993); Kawakami et al.,J Exp Med 180: 347-52 (1994); Shichijo et al., J Exp Med 187: 277-88 (1998); Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94: 1914-8 (1997); Harris, J Natl Cancer Inst 88: 1442-5 (1996); Butterfield et al., Cancer Res 59: 3134-42 (1999); Vissers et al., Cancer Res 59: 5554-9 (1999); van der Burg et al., J Immunol 156: 3308-14 (1996); Tanaka et al., Cancer Res 57: 4465-8 (1997); Fujie et al., Int J Cancer 80: 169-72 (1999); Kikuchi et al., Int J Cancer 81: 459-66 (1999); Oiso et al., Int J Cancer 81: 387-94 (1999)).

Repetidamente se ha notificado que las células mononucleares de sangre periférica (CMSP) de ciertos donantes sanos estimuladas con péptidos producen niveles significativos de IFN- en respuesta al péptido, pero raramente ejercen citotoxicidad contra las células tumorales de una manera limitada a HLA-A24 o -A0201 en ensayos de liberación de 51Cr (Kawano et al., Cancer Res 60: 3550-8 (2000); Nishizaka et al., Cancer Res 60: 4830-7 (2000); Tamura et al., Jpn J Cancer Res 92: 762-7 (2001)). Sin embargo, tanto HLA-A24 como HLA-A0201 son uno de los alelos HLA populares la población japonesa, así como caucásica (Date et al., Tissue Antigens 47: 93-101 (1996); Kondo et al., J Immunol 155: 4307-12 (1995); Kubo et al., J Immunol 152: 3913-24-(1994); Imanishi et al., Proceeding of the eleventh International Hictocompatibility Workshop y Conference Oxford University Press, Oxford, 1065 (1992); Williams et al., Tissue Antigen 49: 129 (1997)). Por tanto, los péptidos antigénicos de cánceres presentados por estos HLA pueden ser especialmente útiles para el tratamiento de cánceres entre la población japonesa y caucásica. Además, se sabe que la inducción de CTL de baja afinidad in vitro habitualmente resulta del uso de péptido a alta concentración, generando un alto nivel de complejos de CMH/péptido específicos en células presentadoras de antígenos (CPA), que activarán eficazmente estos CTL (Alexander-Miller et al., Proc Natl Acad Sci USA 93: 4102-7 (1996)).

Sumario de la invención

La invención en el presente documento proporciona un polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID... [Seguir leyendo]

1. Polipéptido que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6.

2. Polinucleótido que codifica para el polipéptido según la reivindicación 1.

3. Vector que comprende el polinucleótido según la reivindicación 2.

4. Célula huésped que alberga el polinucleótido según la reivindicación 2 o el vector según la reivindicación 3.

5. Método para producir el polipéptido según la reivindicación 1, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) cultivar la célula huésped según la reivindicación 4;

(b) permitir que la célula huésped exprese el polipéptido; y

(c) recoger el polipéptido expresado.

6. Polinucleótido que es la cadena complementaria del polinucleótido según la reivindicación 2.

7. ARN de interferencia pequeño frente al polinucleótido según la reivindicación 2.

8. ARN de interferencia pequeño según la reivindicación 7, en donde la cadena sentido del mismo consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 112 como secuencia diana.

9. Polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 80, 97 ó 108.

10. Método in vitro para diagnosticar cáncer de colon, comprendiendo dicho método las etapas de:

(a) detectar el nivel de expresión del gen que codifica para la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6 en una muestra biológica de espécimen; y

(b) relacionar un aumento del nivel de expresión con cáncer de colon.

11. Método según la reivindicación 10, en el que el nivel de expresión se detecta mediante uno cualquiera del método seleccionado del grupo que consiste en:

(a) detectar el ARNm que codifica para la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6; y

(b) detectar la proteína que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6.

12. Composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un ARN de interferencia pequeño frente a un polinucleótido que codifica para un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6 como principio activo, y un portador farmacéuticamente aceptable.

13. Composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon, comprendiendo dicha composición una cantidad farmacéuticamente eficaz de un anticuerpo que se une específicamente a un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6 como principio activo, y un portador farmacéuticamente aceptable.

14. Método in vitro para inducir una inmunidad antitumoral, comprendiendo dicho método la etapa de poner en contacto un polipéptido que consiste en el aminoácido de SEQ ID NO: 6 con células presentadoras de antígenos, o introducir un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido en células presentadoras de antígenos.

15. Método in vitro para inducir una inmunidad antitumoral, comprendiendo dicho método la etapa de poner en contacto un polipéptido seleccionado del grupo de polipéptidos que consisten en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 80, 97 y 108 con células presentadoras de antígenos, o introducir un polinucleótido que codifica para el polipéptido o un vector que comprende el polinucleótido en células presentadoras de antígenos.

16. Composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon que comprende una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polipéptido que consiste en el aminoácido de SEQ ID NO: 6, o un polinucleótido que codifica para el polipéptido como principio activo, y un portador farmacéuticamente aceptable.

17. Composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon que comprende una cantidad farmacéuticamente eficaz de un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo de SEQ ID NO: 80, 97 y 108, o un polinucleótido que codifica para el polipéptido como principio activo, y un portador farmacéuticamente aceptable.

18. Composición farmacéutica según la reivindicación 16 ó 17, en la que el polinucleótido se incorpora en un vector de expresión.

19. Uso de un ARN de interferencia pequeño frente a un polinucleótido que codifica para un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon.

20. Uso de un anticuerpo que se une específicamente a un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6 para la preparación de una composición farmacéutica para tratar el cáncer de colon.

21. Uso de un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6, o un polinucleótido que codifica para el polipéptido para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir el cáncer de colon.

22. Uso de un polipéptido seleccionado del grupo de polipéptidos que consisten en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 80, 97 y 108, o un polinucleótido que codifica para el polipéptido para la preparación de una composición farmacéutica para tratar o prevenir el cáncer de colon.

23. Uso de un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO:6 o un polinucleótido que codifica para dicho polipéptido o un vector que comprende dicho polinucleótido, para la preparación de una composición farmacéutica para inducir inmunidad antitumoral.

24. Composición farmacéutica que comprende una cantidad farmacéuticamente eficaz de

(a) un ARN de interferencia pequeño frente a un polinucleótido que codifica para un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6; o

(b) un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 6.

25. Uso de un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en polipéptidos que consisten en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 80, 97 y 108, un polinucleótido que codifica para dicho polipéptido, o un vector que comprende dicho polinucleótido para la preparación de una composición farmacéutica para inducir inmunidad antitumoral.

26. Composición farmacéutica según la reivindicación 12, o uso según la reivindicación 19, en los que una cadena sentido del ARN de interferencia pequeño consiste en la secuencia de nucleótidos de SEQ ID NO: 112 como secuencia diana.

27. Polinucleótido aislado que codifica para un polipéptido que consiste en la secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 80, 97 y 108.