Un método de predicción de la probabilidad de supervivencia a largo plazo de un paciente de cáncer de mama sin recurrencia del cáncer de mama,

que comprende determinar el nivel de expresión del transcrito de RNA de CD68 en una muestra de tejido de cáncer de mama obtenida de dicho paciente, normalizado contra el nivel de expresión de todos los transcritos de RNA o sus productos en dicha muestra, o de una serie de referencia de transcritos de RNA o sus productos de expresión, en donde la expresión de CD68 indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia de cáncer de mama

Marcadores de expresión génica para la prognosis del cáncer de mama.

Antecedentes de la invención

La presente invención proporciona genes y series de genes cuya expresión es importante en la diagnosis y/o prognosis del cáncer de mama.

Los oncólogos tienen diversas opciones de tratamiento disponibles, con inclusión de diferentes combinaciones de fármacos quimioterapéuticos que están caracterizados como "patrón de atención", y cierto número de fármacos que no llevan una reivindicación indicadora de un cáncer particular, pero para los cuales se dispone de pruebas de eficacia contra dicho cáncer. La probabilidad óptima de resultados satisfactorios del tratamiento requiere que se asignen los pacientes al tratamiento óptimo disponible para el cáncer, y que esta asignación se haga lo más pronto posible después de la diagnosis.

En la actualidad, los tests de diagnóstico utilizados en la práctica clínica son de analito simple, y por tanto no capturan el valor potencial del conocimiento de relaciones entre docenas de marcadores diferentes. Además, los tests de diagnóstico frecuentemente no son cuantitativos, basándose en inmunohistoquímica. Este método proporciona a menudo resultados diferentes en laboratorios diferentes, debido en parte a que los reactivos no están normalizados, y en parte debido a que las interpretaciones son subjetivas y no pueden cuantificarse fácilmente. Tests basados en RNA no han sido utilizados con frecuencia debido al problema de la degradación del RNA a lo largo del tiempo y al hecho de que es difícil obtener muestras de tejido recientes de los pacientes para el análisis. El tejido fijado incrustado en parafina está disponible más fácilmente y se han establecido métodos para detectar RNA en tejido fijado. Sin embargo, estos métodos no permiten típicamente el estudio de grandes números de genes (DNA o RNA) a partir de pequeñas cantidades de material. Por ello, tradicionalmente el tejido fijado ha sido utilizado raras veces para usos distintos de la detección inmunohistoquímica de proteínas.

Recientemente, varios grupos han publicado estudios concernientes a la clasificación de diversos tipos de cáncer por análisis de la expresión génica en microrredes (véase, v.g. Golub et al., Science 286:531-537 (1999); Bhattacharjae et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:13790-13795 (2001); Chen-Hsiang et al., Bioinformatics 17 (Suppl. 1):S316-S322 (2001); Ramaswamy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:15149-15154 (2001)). Ciertas clasificaciones de cánceres de mama humanos basadas en patrones de expresión génica han sido también publicadas (Martin et al., Cancer Res. 60:2232-2238 (2000); West et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:11462-11467 (2001); Sorlie et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:10869-10874 (2001); Yan et al., Cancer Res. 61:8375-8380 (2001)). Sin embargo, estos estudios están enfocados en la mayoría de los casos en la mejora y el refino de la clasificación ya establecida de diversos tipos de cáncer, con inclusión de cáncer de mama, y generalmente no proporcionan ideas nuevas acerca de las relaciones de los genes expresados diferencialmente, y no relacionan los descubrimientos con estrategias de tratamiento a fin de mejorar el resultado clínico de la terapia del cáncer.

Adicionalmente, WO 02/10436 A2 describe series particulares de genes que se expresan diferencialmente en tumores caracterizados como tumores de MAI alta o MAI baja, series de genes que pueden utilizarse para discriminar entre tumores de MAI alta y baja, así como ensayos de diagnóstico para clasificación de tumores, predicción del desenlace de un tumor, selección y monitorización de regímenes de tratamiento y monitorización de la progresión/regresión del tumor.

Van't Veer L.J. et al., "Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer", Nature. 2002 Jan 31; 415(6871):530-6, describen el uso del análisis de microrredes de DNA en tumores de mama primarios de 117 pacientes jóvenes, y la aplicación de una clasificación supervisada para identificar una huella de la expresión génica fuertemente predictiva de un intervalo corto para metástasis distantes (huella de "mala prognosis") en pacientes sin células tumorales en ganglios linfáticos locales en el momento de la diagnosis (ganglio linfático negativo).

Leek R.D. et al., "Association of macrophage infiltration with angiogenesis and prognosis in invasive breast carcinoma", Cancer Res. 1996 Oct 15;56(20):4625-9, después de haber cuantificado la infiltración de macrófagos utilizando la morfometría de recuento de Chalkley en una serie de carcinomas de mama invasivos, describen que existía una coloración positiva importante entre el grado vascular alto y el índice de macrófagos incrementado (P = 0,03), y se observó una fuerte relación entre los recuentos incrementados de macrófagos y la supervivencia reducida sin recaída (P = 0,006) y la supervivencia global reducida (P = 0,004) como variable independiente de pronóstico.

Sin embargo, ninguno de estos tres documentos describe los métodos o usos de la presente invención.

Aunque la biología y la bioquímica moleculares modernas han descubierto centenares de genes cuyas actividades influyen en el comportamiento de las células tumorales, el estado de su diferenciación, y su sensibilidad o resistencia a ciertos fármacos terapéuticos, con unas pocas excepciones, el estado de estos genes no ha sido aprovechado para el propósito de tomar rutinariamente decisiones clínicas acerca de los tratamiento con fármacos. Una excepción notable es el uso de la expresión de la proteína receptora de estrógenos (ER) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes para el tratamiento con fármacos anti-estrógenos, tales como tamoxifeno. Otro ejemplo excepcional es el uso de la expresión de la proteína ErbB2 (Her2) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes con el fármaco antagonista de Her2 Herceptina® (Genentech, Inc., South San Francisco, CA).

A pesar de los avances recientes, el problema del tratamiento del cáncer sigue siendo el direccionamiento de los regímenes específicos de tratamiento a tipos de tumor patogénicamente distintos, y la personalización final del tratamiento del tumor a fin de maximizar el resultado. Por tanto, existe necesidad de tests que proporcionen simultáneamente información predictiva acerca de las respuestas del paciente a la diversidad de opciones de tratamiento. Esto es particularmente cierto para el cáncer de mama, cuya biología se conoce escasamente. Está claro que la clasificación del cáncer de mama en un pequeño número de subgrupos, tales como el subgrupo ErbB2⁺, y subgrupos caracterizados por expresión génica baja a inexistente del receptor de estrógenos (ER) y un pequeño número de factores de transcripción adicionales (Perou et al., Nature, 406:747-752 (2000)) no refleja la heterogeneidad celular y molecular del cáncer de mama, y no permite el diseño de estrategias de tratamiento que maximicen la respuesta del paciente.

Sumario de la invención

La invención se refiere a un método de predicción de la probabilidad de supervivencia a largo plazo de un paciente de cáncer con mama sin recurrencia del cáncer de mama, que comprende determinar el nivel de expresión del transcrito de RNA de CD68 en una muestra de tejido de cáncer de mama obtenida de dicho paciente, normalizado contra el nivel de expresión de todos los transcritos de RNA o sus productos en dicha muestra, o de una serie de referencia de transcritos de RNA o sus productos de expresión, en donde la expresión de CD68 indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia del cáncer de mama.

El cáncer de mama puede ser carcinoma ductal de mama invasivo.

En una realización, el método comprende adicionalmente determinar los niveles de expresión de los transcritos de RNA de cualquiera de los genes siguientes: GRB7, CTSL, Chk1, Her2, STK15, AIB1, SURV, EGFR, MYBL2, HIF1a, o sus productos de expresión, en donde la expresión de dichos genes o sus productos de expresión por encima de un umbral de expresión definido, indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia del cáncer de mama.

En otra realización, el método comprende adicionalmente determinar los niveles de expresión de los transcritos de RNA de los genes siguientes: CTSL, FBX05, SURV, CCNB1, MCM2, Chk1, MYBL2, HIF1A, cMET, EGFR, TS, y STK15, o...

1. Un método de predicción de la probabilidad de supervivencia a largo plazo de un paciente de cáncer de mama sin recurrencia del cáncer de mama, que comprende determinar el nivel de expresión del transcrito de RNA de CD68 en una muestra de tejido de cáncer de mama obtenida de dicho paciente, normalizado contra el nivel de expresión de todos los transcritos de RNA o sus productos en dicha muestra, o de una serie de referencia de transcritos de RNA o sus productos de expresión, en donde la expresión de CD68 indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia de cáncer de mama.

2. El método de la reivindicación 1, en donde el cáncer de mama es carcinoma ductal de mama invasivo.

3. El método de la reivindicación 2, que comprende adicionalmente determinar los niveles de expresión de los transcritos de RNA de cualquiera de los genes siguientes: GRB7, CTSL, Chk1, Her2, STK15, AIB1, SURV, EGFR, MYBL2, HIF1a, o sus productos de expresión, en donde la expresión de dichos genes o sus productos de expresión por encima de un umbral de expresión definido indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia del cáncer de mama.

4. El método de la reivindicación 1, en el cual el cáncer de mama es cáncer de mama ER-positivo.

5. El método de la reivindicación 4, que comprende adicionalmente determinar los niveles de expresión de los transcritos de RNA de los genes siguientes: CTSL, FBX05, SURV, CCNB1, MCM2, Chk1, MYBL2, HIF1A, cMET, EGFR, TS, and STK15, o sus productos de expresión, en donde la expresión de dichos genes o sus productos de expresión por encima de un umbral de expresión definido indica una probabilidad reducida de supervivencia a largo plazo sin recurrencia del cáncer de mama.

6. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el cual dicho RNA se aísla de un espécimen de tejido de cáncer de mama fijado e incrustado en cera de dicho paciente.

7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el cual dicho RNA se aísla de tejido de biopsia de núcleo de células de aspirado con aguja fina.

8. El método de la reivindicación 1, que comprende adicionalmente el paso de crear un informe que resume los datos obtenidos por dicho método.

9. Uso de una red que comprende polinucleótidos que se hibridan a los genes siguientes: