Adaptador vesicular y sus usos en la construcción y secuenciación de una biblioteca de ácidos nucleicos.
(10/07/2019) Uso de un adaptador vesicular del oligonucleótido para la construcción de una biblioteca de ácidos nucleicos monocatenarios cíclicos en donde dicho adaptador comprende
una región bicatenaria emparejada en 5' en un primer terminal del adaptador;
una región bicatenaria emparejada en 3' en un segundo terminal del adaptador, que comprende una primera cadena y una segunda cadena complementarias entre sí, en la que la primera cadena comprende un saliente en el extremo 3' de la misma y la segunda cadena comprende una base fosforilada en su extremo 5' para proporcionar un terminal adherente y
una región vesicular…
Perfilado de la inmunidad adaptativa y métodos para la generación de anticuerpos monoclonales.
(01/05/2019) Un método para generar un anticuerpo monoclonal, que comprende las etapas de:
a) crear una biblioteca de secuencias de ADNc de anticuerpo diana, comprendiendo la creación las etapas de:
i) transcribir de forma inversa el ARNm a ADNc, en donde el ARNm se ha aislado de linfocitos aislados procedentes de un sujeto hospedador que se ha inmunizado con un antígeno;
ii) amplificar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y
iii) secuenciar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana, en donde las secuencias de ADNc del anticuerpo diana amplificadas se secuencian mediante secuenciación masiva paralela; y
b) analizar la frecuencia de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana secuenciadas, que comprende:
i) comparar las frecuencias relativas de las secuencias de ADNc del…
Composiciones y métodos para el ensamblaje de alta fidelidad de ácidos nucleicos.
(24/04/2019) Un método de producción de un ácido nucleico objetivo que tiene una secuencia predefinida, comprendiendo el método:
proporcionar una pluralidad de fragmentos de ácido nucleico bicatenario de extremos romos que tienen una secuencia de reconocimiento de enzimas de restricción en cada extremo; en donde la pluralidad de fragmentos de ácido nucleico bicatenario de extremos romos se generan a partir de una pluralidad de oligonucleótidos monocatenarios inmovilizados sobre un soporte sólido y se amplifican usando un cebador de amplificación que se une a una secuencia de amplificación ubicada en el extremo 5' y/o el extremo 3', en donde el cebador de amplificación es un cebador universal…
Análisis de expresión génica en células individuales.
(27/03/2019) Un método para preparar una biblioteca de ADNc a partir de una pluralidad de células individuales, comprendiendo el método las etapas de:
(i) liberar ARNm de cada célula individual para proporcionar una pluralidad de muestras de ARNm individuales, en las que el ARNm en cada muestra de ARNm individual es de una única célula;
(ii) sintetizar una primera cadena de ADNc a partir del ARNm en cada muestra de ARNm individual con un cebador de síntesis de una primera cadena de ADNc (CDS) que comprende una secuencia de un cebador de amplificación (APS) en 5' y una secuencia complementaria de ARN (RCS) que es al menos parcialmente complementaria a uno o más ARNm en una muestra de ARNm individual, en donde el RCS comprende oligo (dT), hexámeros aleatorios o una secuencia semi-aleatoria no auto-complementaria, e incorporar…
Oligonucleótido aislado y su uso en la secuenciación de ácidos nucleicos.
(27/03/2019) Un oligonucleótido aislado, que comprende
una primera cadena y una segunda cadena, en las que
un primer nucleótido terminal en el extremo 5' de la primera cadena tiene un grupo fosfato, y un segundo nucleótido terminal en el extremo 3' de la primera cadena es didesoxinucleótido; y
un tercer nucleótido terminal en el extremo 5' de la segunda cadena no tiene un grupo fosfato, y un cuarto nucleótido terminal en el extremo 3' de la segunda cadena es un didesoxinucleótido,
en el que la primera cadena es de una longitud más larga que aquella de la segunda cadena, y se forma una estructura de cadena doble entre la primera cadena y la segunda cadena y
un…
Selección y evolución simultáneas e integradas de rendimiento y expresión de anticuerpos/proteínas en huéspedes de producción.
(26/02/2019). Solicitante/s: Bioatla LLC. Inventor/es: SHORT,JAY MILTON.
Un método de evolución de una proteína en un huésped de producción celular eucariota; comprendiendo el método:
a. hacer evolucionar una proteína molde para producir un conjunto de proteínas mutantes en el huésped de producción celular eucariota;
b. examinar el conjunto de proteínas mutantes para al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada;
c. seleccionar una proteína mutante superior del conjunto de proteínas mutantes basándose en la al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada; y
d. fabricar la proteína mutante superior que comprende expresar la proteína mutante superior en el mismo huésped de producción celular eucariota como el usado en la etapa a de hacer evolucionar.
PDF original: ES-2701931_T3.pdf
Anticuerpo sintético de un solo dominio.
(06/02/2019). Solicitante/s: INSERM (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE). Inventor/es: OLICHON,Aurelien, MOUTEL,SANDRINE, PEREZ,FRANCK.
Un método para hacer una biblioteca de anticuerpos sintéticos de un solo dominio, comprendiendo dicho método
i. introducir una diversidad de ácidos nucleicos que codifican CDR1, CDR2 y CDR3, entre las respectivas regiones codificantes marco de un anticuerpo sintético de un solo dominio para generar ácidos nucleicos que codifican una diversidad de anticuerpos sintéticos de un solo dominio con la misma secuencia de aminoácidos de armazón de anticuerpo sintético de un solo dominio,
en donde dicho armazón del anticuerpo sintético de un solo dominio comprende las siguientes regiones marco que consisten en FR1 de la SEQ ID NO: 1, FR2 de la SEQ ID NO:2, FR3 de la SEQ ID NO: 3 y FR4 de la SEQ ID NO:4.
PDF original: ES-2698976_T3.pdf
Adaptador vesicular y usos de este en la construcción y secuenciación de bibliotecas de ácidos nucleicos.
(09/01/2019) Un adaptador vesicular de oligonucleótido para construir una biblioteca de ácidos nucleicos, que comprende:
una región bicatenaria emparejada en 5' en un primer extremo terminal del adaptador;
una región bicatenaria emparejada en 3' en un segundo extremo terminal del adaptador, que comprende una primera cadena y una segunda cadena complementarias entre sí, en donde la primera cadena comprende un saliente en el extremo 3' de esta y la segunda cadena comprende una base fosforilada en el extremo 5' de esta para proporcionar un extremo terminal adhesivo; y
una región vesicular no emparejada entre la región bicatenaria emparejada en 5' y la región bicatenaria emparejada en 3',
en donde la región vesicular no emparejada…
Aplicación de códigos de barras de ADN de bancos de matrices de cromatinas y mononucleosomas diseñadores para la creación de perfiles de lectores, escritores, borradores y moduladores de cromatina de los mismos.
(11/12/2018) Un banco de mononucleosomas sintéticos que comprende dos o más tipos de mononucleosomas, en el que cada mononucleosoma comprende un complejo de
(a) un octámero de proteína, que contiene 2 copias cada una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4, y opcionalmente, la histona fijadora H1, en el que al menos una de las histonas no está modificada y/o en el que al menos una de las histonas se modifica para formar un patrón de modificaciones de histona, y
(b) una molécula de ADN nucleosómico, que comprende
(i) una secuencia de posicionamiento de nucleosoma (NPS) fuerte,
(ii) uno o más códigos de barras de ADN situados en una posición/posiciones definida(s) en el ADN nucleosómico, y, opcionalmente,
…
(19/09/2018) Una biblioteca de polipéptidos que comprende una pluralidad de polipéptidos diferentes, que comprenden:
i) una región variable de cadena pesada de anticuerpo (VH) que comprende una región de armazón que es al menos el 95 % idéntica a la región de armazón de IGHV3-23 tal como se establece en la SEQ ID NO: 3; y
i) una región variable de cadena ligera de anticuerpo (VL) que comprende una región de armazón que es al menos el 95 % idéntica a la región de armazón de uno cualquiera de IGLV1-40 (tal como se establece en la SEQ ID NO: 18), IGLV1-44 (tal como se establece en la SEQ ID NO: 21), IGLV1-47 (tal como se establece en la SEQ ID NO: 24), IGLV3-1…
Método para construir una biblioteca de secuenciación con base en una muestra de sangre y uso de la misma para determinar una anormalidad genética fetal.
(18/09/2018) Un método para preparar una biblioteca para la secuenciación usando una muestra de ADN de una muestra de sangre, que comprende:
(a) aislar una muestra de ADN de la muestra de sangre,
(b) desfosforilación de la muestra de ADN para obtener un producto de fragmentación desfosforilado, y
(c) someter los fragmentos de ADN desfosforilados de dicho producto de fragmentación a las siguientes etapas para obtener una biblioteca de ADN cíclicos para secuenciación:
(i) reparación final para obtener un fragmento de ADN de cadena doble que tiene dos extremos romos con cuatro nucleótidos terminales que carecen cada uno de un grupo fosfato;
(ii) ligar un primer adaptador y un segundo adaptador que son diferentes entre sí con el fragmento de ADN de cadena doble respectivamente en los dos extremos…
Síntesis en paralelo automatizada combinada de variantes de polinucleótidos.
(02/05/2018) Un método para sintetizar una pluralidad de variantes de polinucleótidos que tienen una mezcla estocástica de diferencias de nucleótidos definidas en relación a una secuencia de polinucleótido de referencia, en donde el polinucleótido de referencia codifica un polipéptido de referencia y cada una de la pluralidad de variantes del polinucleótido codifica un polipéptido que tiene por lo menos una diferencia de secuencia de aminoácidos en relación al polipéptido de referencia, el método comprendiendo:
(a) proporcionar una pluralidad de parejas de cebadores directos e inversos, en donde cada una de la pluralidad de cebadores directos e inversos comprende una mezcla de cebadores mutagénicos y no mutagénicos, cada cebador mutagénico comprendiendo una diferencia definida en una posición seleccionada y cada cebador no mutagénico no comprendiendo…
Composiciones y métodos para identificar mutaciones de manera precisa.
(17/01/2018) Un método para detectar una mutación verdadera en una molécula de ácido nucleico, que comprende:
amplificar un banco de ácidos nucleicos de doble cadena, en donde el banco de ácidos nucleicos de doble cadena comprende una pluralidad de moléculas de ácidos nucleicos diana y una pluralidad de códigos de doble cadena, en donde el banco de ácidos nucleicos comprende moléculas que tienen una fórmula de Xa-Y-Xb (en orden 5' a 3'), en donde:
(a) Xa comprende un primer código;
(b) Y comprende una molécula de ácido nucleico diana, y
(c) Xb comprende un segundo código,
en donde cada una de la pluralidad de moléculas de ácidos nucleicos diana está asociada con un par único de primero y segundo códigos de doble cadena, en donde cada uno de la pluralidad de códigos comprende una…
Métodos de codificación enzimática para la síntesis eficiente de grandes bibliotecas.
(19/07/2017) Un método de síntesis de división y mezcla para la síntesis de una biblioteca de complejos bifuncionales diferentes que comprenden una molécula pequeña y un oligonucleótido identificador que identifica los reactivos que han participado en la síntesis de la molécula pequeña, en la que una pluralidad de complejos bifuncionales nacientes obtenidos después de una primera síntesis ronda se dividen en múltiples fracciones,
en el que, en cada fracción, un complejo bifuncional naciente se hace reaccionar secuencialmente o simultáneamente con un reactivo diferente y una etiqueta de oligonucleótido correspondiente que identifica cada reactivo diferente, en el que las etiquetas de oligonucleótidos se ensamblan en un oligonucleótido identificador mediante ligación química o ligación enzimática,
…
Métodos de codificación enzimática para la síntesis eficiente de grandes bibliotecas.
(19/07/2017). Solicitante/s: NUEVOLUTION A/S. Inventor/es: SAMS, CHRISTIAN, FELDING, JAKOB, PEDERSEN, HENRIK, N RREGAARD-MADSEN,MADS, THISTED,Thomas, FRANCH,Thomas, GOULIAEV,Alex,Haahr, LUNDORF,Mikkel,Dybro, OLSEN,Eva,Kampmann, HOLTMANN,Anette, JAKOBSEN,Soren,Nyboe, SØRENSEN,ANDERS MALLING, GLAD,SANNE SCHRØDER, JENSEN,KIM BIRKEBÆK, NEVE,SØREN, FRESKGÅRD,PER-OLA, GODSKESEN,MICHAEL ANDERS, ANDERSEN,ANNE LEE, HANSEN,ANDERS HOLM, GOLDBECH,ANNE, DE LEON,DAEN, KALDOR,DITTE KIVSMOSE, SLØK,FRANK ABILDGAARD, HUSEMOEN,BIRGITTE NYSTRUP, DOLBERG,JOHANNES, PETERSEN,LENE, KRONBERG,TINE TITILOLA AKINLEMINU.
Un complejo bifuncional que comprende una molécula y un oligonucleótido identificador bicatenario que comprende una pluralidad de etiquetas de oligonucleótidos que identifican entidades químicas que han participado en la síntesis de la molécula, donde una extensión del cebador mediada por polimerasa da como resultado la formación de dicho oligonucleótido identificador bicatenario que comprende secuencia de diversificación capaz de diversificar combinaciones de etiquetas que de otro modo serían distinguibles.
PDF original: ES-2651450_T3.pdf
Producción de ácido nucleico circular monocatenario.
(19/04/2017) Un método para generar ácido nucleico circular monocatenario a partir de una muestra del ácido nucleico diana, comprendiendo dicho método:
a) formar un complejo que comprende una transposasa y una pluralidad de polinucleótidos en horquilla, teniendo cada uno de dichos polinucleótidos en horquilla una región dúplex que comprende una secuencia de reconocimiento de la transposasa.
b) mezclar dicho complejo con dicho ácido nucleico diana, fragmentando de este modo dicho ácido nucleico diana y ligando dichos polinucleótidos en horquilla a dicho ácido nucleico diana, para formar fragmentos de ácido nucleico unidos en horquilla, teniendo cada fragmento de ácido nucleico unido en horquilla una región del fragmento del ácido nucleico diana dúplex y un hueco del segmento de la base nucleotídica entre cada región del fragmento de ácido nucleico diana…
Encapsulamiento celular de alto rendimiento para examen o selección.
(19/10/2016) Método para seleccionar un conjunto de secuencias de una biblioteca de secuencias de ácido nucleico expresadas, en el que
- se proporciona una pluralidad de células, comprendiendo cada célula una secuencia de ácido nucleico expresada, expresada como una proteína diana en dicha célula,
- se encapsula dicha pluralidad de células en una etapa de encapsulamiento, que comprende
• tratar dicha pluralidad de células con un polisacárido catiónico en una etapa de tratamiento catiónico,
• tratar dicha pluralidad de células con un polisacárido aniónico en una etapa de tratamiento aniónico, dando lugar dicha etapa de encapsulamiento…
Medio de congelación libre de suero que comprende un alto contenido de KSR y el establecimiento de una librería de células madre derivadas de tejido adiposo.
(12/10/2016). Solicitante/s: Cellular Biomedicine Group (Shanghai) Ltd. Inventor/es: CAO,WEI, ZHANG,HELEN, ZHANG,LUYI.
Un medio de congelación libre de suero que comprende los siguientes ingredientes: medio de cultivo de libre de suero, dimetilsulfóxido (DMSO) y sustituto de suero Knockout tm Serum Replacement (KSR) y el medio de congelación no contiene suero; y
en base al volumen del medio de congelación libre de suero, el contenido del medio de cultivo libre de suero es a y a es del 5 %-15 % (v/v), el contenido de DMSO es b y b es del 8 %- 20 % (v/v), y el contenido de KSR es c y c es del 70 %-85 % (v/v), mientras que a + b + c ≤ 100 %.
PDF original: ES-2605160_T3.pdf
Selección y evolución simultáneas e integradas de rendimiento y expresión de proteínas humanas en huéspedes de producción.
(13/07/2016). Solicitante/s: Bioatla LLC. Inventor/es: SHORT,JAY MILTON.
Un método de evolución de una proteína humana molde en un huésped de producción que es un huésped de producción celular eucariota; comprendiendo el método:
a. hacer evolucionar la proteína humana molde para producir un conjunto de proteínas humanas mutantes en un huésped de producción celular eucariota;
b. examinar el conjunto de proteínas humanas mutantes para al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada;
c. seleccionar una proteína humana mutante superior del conjunto de proteínas humanas mutantes basándose en la al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada; y
d. fabricar la proteína humana mutante superior que comprende expresar la proteína humana mutante superior en el mismo huésped de producción celular eucariota como se usa en la etapa (a) de hacer evolucionar.
PDF original: ES-2652340_T3.pdf
Combinado en paralelo la síntesis automatizada de variantes polinucleótido.
(13/04/2016) Un método para sintetizar una pluralidad de variantes de polinucleótidos donde cada una tiene por lo menos una diferencia definida de nucleótidos en relación a una secuencia referencial de polinucleótidos, donde el polinucleótido referencial codifica a un polipéptido referencial y cada una de las pluralidades de las variantes de polinucleótidos codifica a un polipéptido que tiene a por lo menos una diferencia de secuencias de aminoácidos en relación al polipéptido referencial, donde el método comprende:
(a) amplificar por separado a una plantilla referencial de polinucleótidos con cada una de una pluralidad de parejas…
Selección y evolución simultáneas e integradas de rendimiento y expresión de anticuerpos/proteínas en huéspedes de producción.
(06/04/2016). Ver ilustración. Solicitante/s: Bioatla LLC. Inventor/es: SHORT,JAY MILTON.
Método de evolución y expresión de un anticuerpo en un huésped de producción celular eucariota; comprendiendo el método:
a. seleccionar un anticuerpo molde;
b. hacer evolucionar el anticuerpo molde para permitir la producción de un conjunto de anticuerpos mutantes en un huésped de producción celular eucariota;
c. examinar los anticuerpos mutantes para determinar al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada;
d. seleccionar un anticuerpo mutante superior del conjunto de anticuerpos mutantes basándose en la optimización de la al menos una propiedad, característica o actividad predeterminada en comparación con la misma propiedad, característica o actividad del anticuerpo molde; y
e. expresar el anticuerpo mutante superior en el mismo huésped de producción celular eucariota que en la etapa (b) para cualquier escala comercial.
PDF original: ES-2581318_T3.pdf
Perfilado de la inmunidad adaptativa y métodos para la generación de anticuerpos monoclonales.
(30/03/2016) Un método para generar anticuerpos monoclonales, que comprende las etapas de:
a) crear una biblioteca de secuencias de ADNc, comprendiendo la creación las etapas de:
(i) aislar el ARNm de linfocitos aislados procedentes de un sujeto hospedador que se ha inmunizado con un antígeno;
(ii) transcribir de manera inversa el ARNm a ADNc;
(iii) amplificar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y
(iv) secuenciar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y
b) analizar la frecuencia de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana, que comprende:
(i) comparar las frecuencias relativas de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana antes y después de la exposición al antígeno, donde las secuencias de ADNc…
Moléculas y métodos con plantilla para el uso de tales moléculas.
(02/03/2016). Solicitante/s: NUEVOLUTION A/S. Inventor/es: FELDING, JAKOB, PEDERSEN, HENRIK, N RREGAARD-MADSEN,MADS, THISTED,Thomas, FRANCH,Thomas, GOULIAEV,Alex,Haahr, OLSEN,Eva,Kampmann, HOLTMANN,Anette, GLAD,SANNE SCHRØDER, SAMS,CHRISTIAN KLARNER, SLØK,FRANK ABILGAARD, FRESKGÅRD,PER-OLA, HUSEMOEN,GITTE NYSTRUP, HYLDTOFT,LENE, GODSKESEN,MICHAEL ANDERS.
Una composición de más de 103 moléculas cíclicas diferentes cada una comprendida de una pluralidad de residuos de aminoácidos enlazados covalentemente y un polinucleótido que identifica a la molécula cíclica, donde cada molécula cíclica es enlazada covalentemente por medio de un enlazador covalente a dicho polinucleótido.
PDF original: ES-2571945_T3.pdf
Método mejorado para sintetizar moléculas modeladas.
(17/02/2016) Una biblioteca de diferentes complejos bifuncionales, donde cada complejo bifuncional comprende a una molécula portada que está adherida covalentemente a una plantilla de nucleótidos y que está adherida covalentemente a una plantilla complementaria de nucleótidos,
Donde el número de diferentes complejos bifuncionales en la biblioteca es de por lo menos 103, Donde las moléculas portadas son seleccionadas de un grupo que consiste de policiclos alifáticos; policiclos aromáticos; poliheterociclos; hidrocarbonos de cadena abierta monofuncionales, difuncionales, o trifuncionales;
carbociclos no aromáticos monofuncionales, difuncionales o trifuncionales; hidrocarbonos monocíclicos, bicíclicos o tricíclicos; hidrocarbonos policíclicos conectados; heterociclos no aromáticos monofuncionales,…
Métodos para transformar levaduras.
(31/12/2014) Un método de preparación de una biblioteca de levaduras mediante electroporación de células de levadura,
comprendiendo el método las etapas de:
incubar las células de levadura en una solución que comprende LiAc de 0,01 a 1,0 M y DTT de 1 a 100 mM, y proporcionar una suspensión que comprende ADN de vectores, ADN del inserto, las células de levadura, sorbitol de 0,1 a 10 M y CaCl2 o MgCl2 de 0,1 a 10 mM y
electroporar la suspensión a 0,5 kV /cm a 12,5 kV/cm con una capacitancia de 10 a 50 μF.
Métodos para construir bibliotecas de presentación de paquetes genéticos para miembros de una familia diversa de péptido.
(26/11/2014) Un método para obtener una biblioteca que presenta una familia diversa de péptidos, polipéptidos o proteínas en la superficie de un paquete genético, comprendiendo el método las etapas de:
(i) escindir un ácido nucleico en una localización deseada mediante un método que comprende las etapas de:
(a) poner en contacto un ácido nucleico monocatenario con un oligonucleótido monocatenario, siendo el oligonucleótido monocatenario complementario del ácido nucleico monocatenario en la región en la que se desea la escisión; en el que el ácido nucleico monocatenario y el oligonucleótido monocatenario se asocian para formar una región localmente bicatenaria del ácido nucleico monocatenario, en el que la región localmente bicatenaria comprende un sitio de reconocimiento de endonucleasa de restricción; y
(b) escindir el ácido nucleico en el sitio de…
Colección de anticuerpos sintéticos para tratar enfermedades.
(02/07/2014) Una colección de anticuerpos sintéticos o de fragmentos funcionales de los mismos, que comprende regiones estructurales de la cadena pesada variable y la cadena ligera variable,
en donde dichas regiones estructurales de la cadena pesada variable y dichas regiones estructurales de la cadena ligera variable comprenden secuencias de proteínas de la línea germinal de una pareja de proteínas de la línea germinal, en donde dicha pareja de proteínas de la línea germinal comprende las siguientes propiedades:
i) una tasa de presentación relativa en formato Fab que comprende un valor dentro del 75% superior de los Fabs sometidos a ensayo;
ii) un nivel de expresión en formato Fab de al menos 0,4 en comparación con Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA cuyas secuencias…
(25/04/2012) Complejo que comprende una partícula de fago, comprendiendo dicha partícula de fago
(i) un ácido nucleico que codifica un polipéptido;
(ii) el polipéptido expresado por el ácido nucleico de (i) y expuesto en la superficie del fago;
(iii) un compuesto conector unido a dicho polipéptido
en el que dicho compuesto conector está unido al polipéptido mediante al menos tres enlaces covalentes independientes.