Síntesis en paralelo automatizada combinada de variantes de polinucleótidos.

Un método para sintetizar una pluralidad de variantes de polinucleótidos que tienen una mezcla estocástica de diferencias de nucleótidos definidas en relación a una secuencia de polinucleótido de referencia,

en donde el polinucleótido de referencia codifica un polipéptido de referencia y cada una de la pluralidad de variantes del polinucleótido codifica un polipéptido que tiene por lo menos una diferencia de secuencia de aminoácidos en relación al polipéptido de referencia, el método comprendiendo:

(a) proporcionar una pluralidad de parejas de cebadores directos e inversos, en donde cada una de la pluralidad de cebadores directos e inversos comprende una mezcla de cebadores mutagénicos y no mutagénicos, cada cebador mutagénico comprendiendo una diferencia definida en una posición seleccionada y cada cebador no mutagénico no comprendiendo diferencia en la posición seleccionada, y en donde cada una de la pluralidad de parejas de cebadores directos e inversos comprende una mezcla que tiene una proporción definida de cebadores mutagénicos a no mutagénicos, y en donde cada pareja genera un amplicón que comprende una secuencia capaz de unirse a una secuencia superpuesta adyacente de por lo menos un otro amplicón;

(b) amplificar una plantilla de polinucleótido de referencia con cada una de la pluralidad de parejas de cebadores directos e inversos, generando de este modo una pluralidad de conjuntos de amplicones, en donde los amplicones resultantes comprenden una mezcla de secuencias con o sin las diferencias definidas en las posiciones seleccionadas, y en donde cada conjunto comprende amplicones que tienen secuencias superpuestas adyacentes capaces de unirse para formar la longitud completa de la secuencia de polinucleótidos de referencia;

(c) ensamblar y replicar la pluralidad de conjuntos de los amplicones, sintetizando de este modo una pluralidad de variantes de polinucleótido que tienen una mezcla estocástica de diferencias de nucleótidos definidas.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E15199741.

Solicitante: Codexis, Inc.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 200 Penobscot Drive Redwood City, CA 94063 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: FOX RICHARD J., MIJTS,BENJAMIN, COLBECK,JEFFREY, GILSON,LYNNE, GIVER,LORRAINE JOAN, MITCHELL,VESNA, PAK,BUMSHIK ROBERT.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12N15/10 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • C40B40/06 C […] › C40 TECNOLOGIA COMBINATORIA.C40B QUIMICA COMBINATORIA; BIBLIOTECAS, p. ej. QUIMIOTECAS, BIBLIOTECAS IN SILICO. › C40B 40/00 Bibliotecas per se , p. ej. arrays, mezclas. › Bibliotecas que contienen nucleótidos o polinucleótidos, o sus derivados.
  • C40B50/06 C40B […] › C40B 50/00 Procedimientos de creación de bibliotecas, p. ej. síntesis combinatoria. › Procedimientos bioquímicos, p. ej. empleando enzimas o microorganismos enteros viables.

PDF original: ES-2671027_T3.pdf

 

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