Análisis de patrones de metilación de tejidos en mezcla de ADN.
Un método para analizar una muestra biológica de un organismo,
incluyendo la muestra biológica una mezcla de al menos 1.000 moléculas de ADN libre de células de una pluralidad de tipos de tejidos, incluyendo un primer tipo de tejido, comprendiendo el método:
analizar, mediante un sistema informático, una pluralidad de moléculas de ADN libre de células de la muestra biológica, siendo la pluralidad de moléculas de ADN libre de células al menos 1.000 moléculas de ADN libre de células, en donde el análisis de una molécula de ADN libre de células incluye:
identificar una ubicación de la molécula de ADN libre de células en un genoma de referencia correspondiente al organismo;
identificar un primer conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN libre de células que están ubicadas cada una en uno cualquiera de N sitios genómicos de una primera región cromosómica del genoma de referencia correspondiente al organismo, siendo N un número entero mayor o igual a 10;
medir N primeros niveles de metilación en los N sitios genómicos usando el primer conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN libre de células;
determinar, mediante el sistema informático, una primera contribución fraccional del primer tipo de tejido en la mezcla utilizando los N primeros niveles de metilación y niveles de metilación conocidos en los N sitios genómicos;
identificar un segundo conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN libre de células que están ubicadas cada una en uno cualquiera de K sitios genómicos de una segunda región cromosómica del genoma de referencia correspondiente al organismo, siendo K un número entero mayor o igual a 10, en donde la segunda región cromosómica es diferente de la primera región cromosómica;
medir K segundos niveles de metilación en los K sitios genómicos usando el segundo conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN libre de células;
determinar, mediante el sistema informático, una segunda contribución fraccional del primer tipo de tejido en la mezcla utilizando los K segundos niveles de metilación y niveles de metilación conocidos en los K sitios genómicos;
calcular un primer valor de separación entre la primera contribución fraccional y la segunda contribución fraccional;
y
comparar el primer valor de separación con un valor umbral para determinar una clasificación de si el primer tipo de tejido tiene un desequilibrio de secuencia para la primera región cromosómica.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/CN2015/084442.
Solicitante: THE CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG.
Inventor/es: LO,YUK MING DENNIS, CHIU,ROSSA WAI KWUN, CHAN,KWAN CHEE, JIANG,PEIYONG, SUN,KUN.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/6809 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › Métodos para la determinación o identificación de ácidos nucleicos que implican detección diferencial.
PDF original: ES-2741400_T3.pdf
Patentes similares o relacionadas:
Resolución de fracciones de genoma usando recuentos de polimorfismos, del 10 de Junio de 2020, de Verinata Health, Inc: Un método para estimar una fracción del ADN fetal en ADN obtenido de un fluido corporal de un individuo embarazado, el método comprendiendo: (a) extraer ADN de una muestra […]
Detección simultánea altamente multiplexada de ácidos nucleicos que codifican heterodímeros de receptores inmunes adaptativos emparejados de muchas muestras, del 25 de Marzo de 2020, de Adaptive Biotechnologies Corp: Un método para asignar un par de polipéptidos primero y segundo que forman un receptor de linfocitos T (TCR) o un heterodímero de inmunoglobulina (Ig) a […]
Biomarcadores de proteínas y de genes para el rechazo de trasplantes de órganos, del 25 de Marzo de 2020, de THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY: Método de determinación de si un sujeto que ha recibido un trasplante de riñón está experimentando una respuesta de rechazo agudo (AR), comprendiendo el método: […]
Métodos para supervisar las condiciones por análisis de secuencia, del 18 de Marzo de 2020, de Adaptive Biotechnologies Corporation: Un método para supervisar una enfermedad en un sujeto que comprende: (a) generar uno o más perfiles de clonotipos de al menos una muestra obtenida del […]
Método y sistema para estimar el género del feto de una hembra embarazada, del 18 de Diciembre de 2019, de Multiplicom NV: Un método para estimar el género de un feto de una hembra embarazada, comprendiendo dicho método: - medir presencias alélicas (DX) para una primera pluralidad de […]
Procedimientos para identificar, aislar y utilizar receptores de odorantes y aromas, del 20 de Noviembre de 2019, de FIRMENICH SA: Un procedimiento in vitro para identificar un compuesto que bloquea, inhibe, modula y/o mejora la actividad de un receptor olfativo seleccionado del grupo que consiste en […]
Análisis de ADN basado en el tamaño para la clasificación del cáncer, del 16 de Octubre de 2019, de THE CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG: Un procedimiento de análisis de una muestra biológica de un sujeto, incluyendo la muestra biológica ADN que se origina a partir de células normales y posiblemente […]
Procedimiento para seleccionar clonotipos raros, del 18 de Septiembre de 2019, de Adaptive Biotechnologies Corporation: Un procedimiento para seleccionar uno o más clonotipos específicos del paciente correlacionados con una neoplasia linfoide para controlar una enfermedad residual mínima […]