Detección simultánea altamente multiplexada de ácidos nucleicos que codifican heterodímeros de receptores inmunes adaptativos emparejados de muchas muestras.

Un método para asignar un par de polipéptidos primero y segundo que forman un receptor de linfocitos T (TCR) o un heterodímero de inmunoglobulina (Ig) a una muestra de fuente única entre una pluralidad de muestras de la fuente,

que comprende:

(1) para cada una de una pluralidad de muestras de la fuente cada una de las cuales comprende linfocitos T o linfocitos B, determinando las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas que codifican los primeros polipéptidos de los heterodímeros de TCR o Ig presentes en la muestra de la fuente y asignar las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas a la muestra de la fuente;

(2) agrupar la pluralidad de muestras de la fuente para formar una población combinada de células;

(3) determinar a partir de la población combinada de células, una pluralidad de pares afines de secuencias de ácido nucleico reorganizadas primera y segunda que codifican los polipéptidos primero y segundo de los heterodímeros de TCR o Ig;

(4) comparar las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas determinadas en cada una de las muestras de la fuente en (1) con las primeras secuencias de ácido nucleico reorganizadas determinadas a partir de la pluralidad de pares afines de secuencias de ácido nucleico reorganizadas en (3) para asignar cada primera secuencia de ácido nucleico reordenada presente en la población combinada con una sola muestra de la fuente; y

(5) para cada primera secuencia de ácido nucleico reordenada asignada a una única muestra de la fuente en la etapa (4), asignando la segunda secuencia de ácido nucleico reordenada afín del par afín identificado en la etapa (3) a la misma muestra única de la fuente.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2015/058035.

Solicitante: Adaptive Biotechnologies Corp.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1551 Eastlake Avenue East, Suite 200 Seattle, Washington 98102 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: ROBINS,HARLAN S, EMERSON,RYAN O, SHERWOOD,ANNA M.

Fecha de Publicación: 25 de Marzo de 2020.

Clasificación Internacional de Patentes:

C12N15/10 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
C12Q1/6809 C12Q 1/00 […] › Métodos para la determinación o identificación de ácidos nucleicos que implican detección diferencial.
C12Q1/6881 C12Q 1/00 […] › para la determinación del tipo de tejido o célula, p. ej. sondas de antígenos de leucocitos humanos [HLA].

PDF original: ES-2784343_T3.pdf

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