Bibliotecas universales del dominio de unión del lado inferior de tipo iii de la fibronectina de tipo III.

Un procedimiento para formar una biblioteca de polipéptidos del dominio de fibronectina de tipo 3 (Fn3) útiles para explorar la presencia de uno o más polipéptidos que tienen una actividad enzimática o de unión seleccionada,

donde dichos polipéptidos tienen las secuencias de aminoácidos de tipo silvestre en las regiones de cadena beta A, AB, B, C, CD, D, E, EF, F y G del 10º módulo de fibronectina de tipo III de la fibronectina humana que tiene la secuencia de SEQ ID NO: 1, el procedimiento que comprende las etapas de:

(i) alinear secuencias de bucle de aminoácidos AB, CD y EF en una colección de polipéptidos del dominio de fibronectina de tipo 3 nativo,

(ii) segregar las secuencias de bucle alineadas según la longitud del bucle,

(iii) para un bucle y una longitud bucle seleccionados de la etapa (ii), realizar un análisis de frecuencia posicional de aminoácidos para determinar las frecuencias de aminoácidos en cada posición del bucle, en el que la longitud del bucle EF está fijada en 6 aminoácidos (EF/6),

(iv) para cada bucle y longitud de bucle analizados en la etapa (iii), identificar en cada posición un aminoácido de consenso conservado o semiconservado seleccionado y otros aminoácidos de variante natural,

(v) para al menos el bucle EF, formar:

(1) una biblioteca de secuencias de mutagénesis expresadas por una biblioteca de secuencias codificantes que codifican, en cada posición del bucle, el aminoácido de consenso, y si el aminoácido de consenso tiene una frecuencia de aparición igual o inferior a una frecuencia umbral seleccionada de al menos un 50 %, un único aminoácido diana común y cualquier aminoácido coproducido, o

(2) una biblioteca de secuencias combinatorias de variantes naturales expresadas por una biblioteca de secuencias codificantes que codifican en cada posición del bucle, un aminoácido de consenso y, si el aminoácido de consenso tiene una frecuencia de aparición igual o inferior a una frecuencia umbral seleccionada de al menos un 50 %, otros aminoácidos de variantes naturales, incluidos aminoácidos semiconservados y aminoácidos variables cuya frecuencia de aparición está por encima de un umbral mínimo seleccionado en esa posición, o sus equivalentes químicos,

(vi) incorporar la biblioteca de secuencias codificantes en las secuencias codificantes de Fn3 marco para formar una biblioteca de expresión de Fn3, y

(vii) expresar los polipéptidos de Fn3 de la biblioteca de expresión.