Reactivos y procedimientos para la detección por desactivación de la fluorescencia.
Un conjugado de oligonucleótido que tiene la fórmula
FL-ODN-Q
en la que ODN es un oligonucleótido o ácido nucleico;
FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y
Q es un resto desactivador unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura **Fórmula**
en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O(CH2)nCH3, -(CH2)nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[(CH2)n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o -(CH2)n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y en la que el resto desactivador se une al enlazador a través del enlace de valencia designado a.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2000/033333.
Solicitante: EPOCH BIOSCIENCES, INC.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: 21720 23RD DRIVE SE, SUITE 150 BOTHELL, WA 98021 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.
Inventor/es: GALL,ALEXANDER,A, DEMPCY,ROBERT,O, REED,Michael W, LUKHTANOV,Eugeny Alexander, BELOUSOV,Yevgeniy S.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C07B61/00 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07B PROCESOS GENERALES DE QUIMICA ORGANICA; SUS APARATOS (preparación de ésteres de ácidos carboxílicos por telomerización C07C 67/47; procesos para la preparación de compuestos macromoleculares, p.ej. telomerzación C08F, C08G). › Otros procesos generales.
- C07C245/08 C07 […] › C07C COMPUESTOS ACICLICOS O CARBOCICLICOS (compuestos macromoleculares C08; producción de compuestos orgánicos por electrolisiso electroforesis C25B 3/00, C25B 7/00). › C07C 245/00 Compuestos que contienen cadenas de al menos dos átomos de nitrógeno con al menos un enlace múltiple nitrógeno-nitrógeno (compuestos azoxi C07C 291/08). › con los dos átomos de nitrógeno de los grupos azo unidos a átomos de carbono de ciclos aromáticos de seis miembros, p. ej. azobenceno.
- C07D519/00 C07 […] › C07D COMPUESTOS HETEROCICLICOS (Compuestos macromoleculares C08). › Compuestos heterocíclicos que contienen varios sistemas con varios heterociclos determinantes condensados entre sí o condensados con un sistema carbocíclico común no previstos en los grupos C07D 453/00 ó C07D 455/00.
- C07F9/24 C07 […] › C07F COMPUESTOS ACICLICOS, CARBOCICLICOS O HETEROCICLICOS QUE CONTIENEN ELEMENTOS DISTINTOS DEL CARBONO, HIDROGENO, HALOGENOS, OXIGENO, NITROGENO, AZUFRE, SELENIO O TELURO (porfirinas que contienen metal C07D 487/22; compuestos macromoleculares C08). › C07F 9/00 Compuestos que contienen elementos de los grupos 5 o 15 del sistema periódico. › Esteramidas.
- C07F9/572 C07F 9/00 […] › Ciclos de cinco miembros.
- C07F9/655 C07F 9/00 […] › que tienen átomos de oxígeno, con o sin átomos de azufre, de selenio o de teluro, como únicos heteroátomos del ciclo.
- C07F9/6561 C07F 9/00 […] › que contienen sistemas de dos o más heterociclos determinantes condensados entre ellos ó condensados con un carbociclo o un sistema carbocíclico común, con o sin otros heterociclos no condensados.
- C07H21/00 C07 […] › C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos.
- C07H21/04 C07H […] › C07H 21/00 Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos. › con desoxirribosilo como radical sacárido.
- C09B29/08 C […] › C09 COLORANTES; PINTURAS; PULIMENTOS; RESINAS NATURALES; ADHESIVOS; COMPOSICIONES NO PREVISTAS EN OTRO LUGAR; APLICACIONES DE LOS MATERIALES NO PREVISTAS EN OTRO LUGAR. › C09B COLORANTES ORGANICOS O COMPUESTOS ESTRECHAMENTE RELACIONADOS PARA PRODUCIR COLORANTES; MORDIENTES; LACAS (procesos de fermentación o procesos que utilizan enzimas para la síntesis de un compuesto dado C12P). › C09B 29/00 Colorantes monoazo preparados por diazoación y copulación. › Aminobencenos.
- C12N15/09 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Tecnología del ADN recombinante.
- C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
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Fragmento de la descripción:
Reactivos y procedimientos para la detección por desactivación de la fluorescencia Antecedentes de la invención 1. Campo de la invención La invención se refiere a conjugados de oligonucleótido-desactivador-colorante-fluorescente que tienen características mejoradas, y a reactivos adecuados para incorporar restos de colorantes fluorescentes y desactivadores novedosos en oligonucleótidos. La invención también se refiere al uso de conjugados de oligonucleótido-desactivador-colorante-fluorescente en procedimientos de detección para dianas de ácidos nucleicos.
2. Breve descripción de la técnica relacionada Los oligonucleótidos sintéticos se han usado durante años como sondas específicas de secuencia para dianas de ARN y ADN complementarios. Estos procedimientos tienen una amplia aplicación en estudios forenses, biología molecular y diagnóstico médico, ya que permiten la identificación y cuantificación de dianas de ácidos nucleicos específicos. Los primeros usos de sondas de ADN se basaron en la radiactividad (normalmente 32P) como marcador, mientras que los últimos usan moléculas indicadoras que incluyen grupos quimioluminiscentes y fluorescentes. La mejora en la instrumentación ha permitido que la sensibilidad de estos procedimientos espectroscópicos se acerque o supere a los procedimientos de radiomarcado. Los procedimientos de detección desarrollados recientemente emplean el procedimiento de transferencia de energía por resonancia de fluorescencia (FRET) para la detección de la hibridación de sonda en lugar de la detección directa de la intensidad de fluorescencia. En este tipo de ensayo, se produce la FRET entre un fluoróforo dador (indicador) y una molécula aceptora (desactivador) cuando el espectro de absorción de la molécula desactivadora se solapa con el espectro de emisión del fluoróforo dador y las dos moléculas están muy próximas. La energía del estado excitado del fluoróforo dador se transfiere al aceptor vecino por la interacción dipolo-dipolo inducido de resonancia, lo que da como resultado la desactivación de la fluorescencia del dador. Si la molécula aceptora es un fluoróforo, algunas veces se puede incrementar su fluorescencia. La eficacia de la transferencia de energía entre las moléculas de dador y aceptor es altamente dependiente de la distancia entre las moléculas. Las ecuaciones que describen esta relación se conocen. La distancia Forster (Ro) se describe como la distancia entre las moléculas de dador y aceptor en la que la transferencia de energía es eficaz en un 50 %. También se conocen otros mecanismos de desactivación de fluorescencia, tales como, desactivación por transferencia colisional y de carga.
Normalmente, los procedimientos de detección basados en FRET están diseñados de tal forma que fluoróforo dador y las moléculas aceptoras estén muy próximos de modo que la desactivación de la fluorescencia del dador sea eficaz. Durante el ensayo, las moléculas de dador y aceptor se separan de tal forma que se produce la fluorescencia. Se han desarrollado ensayos de detección basados en FRET en los campos de la hibridación de ácidos nucleicos y enzimología. Varias formas de los ensayos de hibridación de FRET están revisadas (Nonisotopic DNA Probe Techniques, Academic Press, Inc., San Diego 1992, p. 311-352) .
Desde su descubrimiento, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) ha revolucionado la biología molecular. Esta técnica permite la amplificación de secuencias de ADN específicas, permitiendo así que se ejecuten ensayos de sondas de ADN a partir de una única copia de diana de ADN. Inicialmente no se han usado ensayos diagnósticos basados en PCR de forma rutinaria, en parte debido a problemas con la manipulación de la muestra y la posible contaminación con ADN de otra fuente. Recientemente, se han descrito nuevos ensayos de ADN basados en fluorescencia homogéneos, que pueden detectar el progreso de PCR mientras se produce (detección de PCR "en tiempo real") usando cicladores térmicos espectrofluorimétricos. Dos formatos de ensayo populares usan sondas de ADN que se vuelven fluorescentes mientras se produce la amplificación de ADN (sondas fluorogénicas) .
El primer formato de PCR "en tiempo real" usa sondas de ADN conocidas como "balizas moleculares" (Tyagi et al., Nat. Biotech., 16: 49-53 (1998) ) . Las balizas moleculares tienen una estructura de horquilla en la que el colorante desactivador y el colorante indicador están en contacto íntimo entre sí el extremo de la base de la horquilla. Después de la hibridación con una secuencia complementaria, el bucle de la estructura de horquilla se vuelve bicatenario y fuerza que el colorante desactivador e indicador se aparten, generando así una señal fluorescente. Tyagi et al. informaron del uso de los colorantes desactivadores no fluorescentes incluyendo el resto dabcilo (4-{[4- (dimetilamino) fenil]diazenil}benzoílo, absorbancia máx. = 453 nm) usados en combinación con colorantes indicadores fluorescentes con una longitud de onda de emisión que varía ampliamente (475-615 nm) . En el momento esto era sorprendente, ya que la FRET requiere un solapamiento considerable del espectro de absorción del desactivador y del espectro de emisión del indicador. En el caso de un desactivador que contenga un resto dabcilo (en lo sucesivo, "dabcilo") y algunos colorantes fluorescentes, el solapamiento espectral fue extremadamente bajo, aunque la eficacia de desactivación fue alta. Por lo tanto, se propuso que el mecanismo de desactivación para la forma de horquilla de las balizas no fuera la FRET, sino la desactivación colisional. De hecho, el espectro UV del desactivador cambia en la forma de horquilla de la baliza, proporcionando evidencias del contacto molecular y, por lo tanto, de desactivación colisional. Un procedimiento de detección relacionado usa cebadores de horquilla como sonda fluorogénica (Nazarenko et al., Nucl. Acid Res., 25: 2516-2521 (1997) ) .
El segundo formato para PCR "en tiempo real" usa sondas de ADN que se denominan "sondas de 5'-nucleasa" (Lee et al., Nucl. Acid Res., 21: 3761-3766 (1993) ) . Normalmente, estas sondas fluorogénicas se preparan con el desactivador en el extremo 3' de una cadena de ADN simple y el fluoróforo en el extremo 5'. Durante cada ciclo de PCR, la actividad de 5'-nucleasa de la Taq ADN polimerasa escinde la cadena de ADN, separando de este modo el fluoróforo del desactivador y liberando la señal fluorescente. El ensayo de 5'-nucleasa requiere que la sonda se hibride a la cadena plantilla durante la etapa de extensión del cebador (60-65 ºC) . También dan a conocer la detección "en tiempo real" simultánea de más de una secuencia de polinucleótidos en el mismo ensayo, usando más de un par fluoróforo/desactivador. El ensayo de PCR de 5'-nucleasa se representa en la figura 1.
Inicialmente se pensaba que las sondas de 5'-nucleasa se tenían que preparar con el desactivador (normalmente tetrametilrodamina (TAMRA) ) situado en un nucleótido interno muy próximo al 5'-fluoróforo (normalmente fluoresceína (FAM) o tetraclorofluoresceína (TET) ) para obtener una FRET eficaz. Más tarde se demostró que esto no es necesario, y que el desactivador y el fluoróforo se pueden situar en el extremo 3' y 5' del ODN, respectivamente. Se ha propuesto que las estructuras en espiral aleatorias formadas por estas sondas fluorogénicas en disolución permiten que un colorante 3'-desactivador pase dentro del radio de Forster del 5'-fluoróforo durante el estado excitado de la molécula.
Previamente se han descrito varios pares dador/aceptor; importante para la presente invención es el dabcilo que se usa, por ejemplo, como un desactivador de sulfonamida de dansilo en quimiosensores (Rothman y Still (1999) Med. Chem. Lett. 22, 509 -512) .
Sorprendentemente, no se han publicado informes sobre el uso de dabcilo en sondas de 5'-nucleasa u otras sondas de FRET que usen fluoróforos de longitud de onda larga. Como se menciona anteriormente, se usó dabcilo en las sondas de tipo baliza pero este es un mecanismo de desactivación diferente en el que el dabcilo y el fluoróforo están en contacto íntimo (desactivación colisional) . Se usó dabcilo en péptidos fluorogénicos como desactivador para el fluoróforo EDANS (ácido 5-[ (2-aminoetil) amino]naftaleno-1-sulfónico) que emite a una longitud de onda corta (490 nm, azul) (Matayoshi et al. Science 247: 954-958 (1990) ) . EDANS también tiene un coeficiente de extinción menor que dabcilo por lo que no es sorprendente que la desactivación fluorescente sea eficaz. Se observó por primera vez en la presente invención que se puede usar dabcilo para desactivar la fluoresceína en un mecanismo de... [Seguir leyendo]
Reivindicaciones:
1. Un conjugado de oligonucleótido que tiene la fórmula FL-ODN-Q
en la que ODN es un oligonucleótido o ácido nucleico;
FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y Q es un resto desactivador unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y en la que el resto desactivador se une al enlazador a través del enlace de valencia designado a.
2. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, en el que R0 es H, R1 es NO2 en la posición 4 del núcleo de benceno, R2 es H o Cl en la posición 2 del núcleo de benceno, y R3 y R4 son hidrógeno y R5 es 15 etilo.
3. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el resto desactivador y el enlazador que lo une al ODN comprende las estructuras seleccionadas de los restos mostrados por las fórmulas Q-1, Q-2 y Q-3
en las que q es de 1 a 20, X es -O-, -OCH2-o CH2-; t y v son independientemente de 1 a 20, r y s son independientemente de 1 a 20, y el resto de desactivador y enlazador conjugados se une al ODN a través de uno de los enlaces de valencia designados a o b.
4. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 3, que comprende además un resto de ligando del surco menor unido al conjugado desactivador-enlazador a través de uno de los enlaces de valencia designados a o b.
5. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el resto desactivador y el enlazador que lo une al ODN comprende las estructuras seleccionadas de los restos mostrados por las fórmulas Q-4 y Q-5
en la que R6 es - (CH2) n* en la que n* es de 1 a 20, y q, r, t y v son independientemente de 1 a 20, y en la que el resto desactivador se une al ODN a través del enlace de valencia designado a.
6. Un reactivo de fosforamidita para preparar un conjugado oligonucleótido-fluoróforo-desactivador, incluyendo el reactivo el resto
en el que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y un resto bis (metiletil) amino] (2-cianoetoxi) fosfinooxi unido covalentemente a él.
7. Un reactivo de fosforamidita de acuerdo con la reivindicación 6, que tiene la fórmula seleccionada del grupo que consiste en las fórmulas designadas PA-1, PA-2 y PA-3.
en las que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= - (CH2) n''-CH3 en la que n"= 0 a 5, q es de 1 a 20, X es -O-o -CH2-; t, v, r y s son independientemente de 1 a 20, y X2 es H o dimetoxitritilo, metoxitritilo, tritilo o un grupo de bloqueo lábil en ácido.
8. Un conjugado de oligonucleótido que tiene la fórmula FL-ODN-Q-MGB;
o en la que ODN es un oligonucleótido o ácido nucleico;
FL es un fluoróforo unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y Q es un resto desactivador unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H, - (CH2) n''-CH3 o - (CH2) n'' en las que n"= 0 a 5, y MGB es un resto de enlace del surco menor unido covalentemente al resto de ODN o al resto desactivador a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y en el que cuando el MGB se une covalentemente 15 al ODN el resto desactivador sólo se une al ODN.
9. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 8, en el que el resto MGB se une al resto desactivador, y el resto MGB-Q unido covalentemente tiene la estructura en la que t y v son independientemente de 1 a 20, y el enlace de valencia designado a une el resto MGB-Q al resto ODN.
10. Un oligonucleótido de conjugado de acuerdo con la reivindicación 9, en el que R0 es H, R1 es NO2 en la posición 4 del núcleo de benceno, R2 es H o Cl en la posición 2 del núcleo de benceno, y R3 y R4 son hidrógeno.
11. Un reactivo desactivador y ligando del surco menor unidos covalentemente para las síntesis de oligonucleótidos, que tienen la fórmula
en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en las que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n' = 0 a 5 o -NC, y t y v son independientemente de 1 a 20;
X2 es H o dimetoxitritilo, metoxitritilo, tritilo o un grupo de bloqueo lábil en ácido, y X3 es pentafluorofeniloxi o NH-ENLAZADOR-CPG o O-ENLAZADOR-CPG en los que CPG es un soporte sólido polimérico y ENLAZADOR es un resto de enlace que tiene una longitud de 0 a 30 átomos uniendo el resto tricíclico al CPG.
12. Un reactivo desactivador y ligando del surco menor unidos covalentemente de acuerdo con la reivindicación 11, en el que R0 es H, R1 es NO2 en la posición 4 del núcleo de benceno, R2 es H o Cl en la posición 2 del núcleo de 10 benceno, R3 y R4 son hidrógeno y v=t=3.
13. Un conjugado de oligonucleótido que tiene la fórmula FL-ODN-Q
en la que ODN es un oligonucleótido o ácido nucleico;
Q es un resto desactivador unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 15 átomos, el resto desactivador comprende la estructura en el que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y FL es un fluoróforo unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo dicho resto fluoróforo la estructura seleccionada del grupo designado FL-1 y FL-2, en las que R8 y R9 son independientemente H, halógeno, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, o -CN; -ORnn, -SRnn, -NHRnn, -N [Rnn]2 en las que Rnn es independientemente H, un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos;
R10 y R11 son independientemente H, -CN, -OR12, N (R12) 2, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, N[ (CH2) nCH3]2 en las que n = 0 a 5, o R12 es un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; y el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador.
14. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 13, que comprende adicionalmente un resto de ligando del surco menor (MGB) unido al resto desactivador a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, de modo que el conjugado de oligonucleótido tiene la fórmula FL-ODN-Q-MGB.
15. Un conjugado de oligonucleótido de la fórmula en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) n*CH3, - (CH2) n*-CH3 en las que n*= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n' = 0 a 5 o -CN;
FL es un resto fluoróforo con longitudes de onda de emisión en el intervalo de aproximadamente 300 a aproximadamente 800 nm;
K es un enlazador que contiene de 1 a 30 átomos seleccionados del grupo que consiste en C, O, N, S, P y H;
[A-B]n simboliza un ODN, ADN, ARN o APN o cualquier combinación de los mismos, en la que A es el esqueleto azúcar-fosfato en el que el azúcar y el fosfato se pueden modificar independientemente; B es una base heterocíclica, en la que B se selecciona independientemente de las bases purinas, pirimidina, pirazolo[3, 4-d]pirimidina, pirazolo[3, 4-d]pirimidina 7-sustituida, 7-deazapurina, 7-deazapurina 7-sustituida, y purina y pirimidina modificadas, y en la que el ADN, ARN, APN u ODN pueden incluir cualquier combinación de estas bases, y y n es el número de unidades de nucleótidos en dicho ADN, ARN APN u ODN que está entre 2 y 101;
W es N, y m es un número entero que tiene los valores de 1 a 20.
16. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 15, en el que R0 es H, R1 es NO2 en la posición 4 del núcleo de benceno, R2 es H o Cl en la posición 2 del núcleo de benceno, y R3 y R4 son hidrógeno.
17. Un conjugado de oligonucleótido de acuerdo con la reivindicación 15, en el que dicho resto fluoróforo tiene la estructura seleccionada del grupo designado FL-1 y FL-2, en la que R8 es OH u O-alcanoílo, en la que el grupo alcanoílo tiene de 1 a 10 carbonos; R9 es H o alquilo de 1 a 10 carbonos; R10 y R11 son independientemente H, -OR12, -NHR13, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, -N[ (CH2) nCH3]2 o -CN en las que n = 0 a 5; y R12 y R13 son grupos de bloqueo compatibles con la síntesis de ODN; el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador K.
18. Un reactivo de fosforamidita para preparar un conjugado oligonucleótido-fluoróforo-desactivador, teniendo el reactivo la fórmula en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en las que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y
en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) n*CH3, - (CH2) n*CH3 en la que n* = 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5; n es de 1 a 10; q es de 1 a 20, y 15 X2 es H o dimetoxitritilo, metoxitritilo, tritilo o un grupo de bloqueo lábil en ácido. 19. Un procedimiento para hibridar ácidos nucleicos, comprendiendo las etapas de: (a) proporcionar un primer ácido nucleico y un segundo ácido nucleico, (b) incubar los ácidos nucleicos bajo condiciones de hibridación, e 20 (c) identificar ácidos nucleicos hibridados; en el que al menos uno de los ácidos nucleicos comprende un conjugado FL-ácido-nucleico-Q en el que FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y Q es un resto desactivador unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y en la que el resto desactivador se une al enlazador a través del enlace de valencia designado a. 5 20. Un procedimiento para hibridar ácidos nucleicos, comprendiendo las etapas de: (a) proporcionar un primer ácido nucleico y un segundo ácido nucleico, (b) incubar los ácidos nucleicos bajo condiciones de hibridación, e 10 (c) identificar ácidos nucleicos hibridados; en el que al menos uno de los ácidos nucleicos comprende un conjugado FL-ácido-nucleico-Q en el que Q es un resto desactivador unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructuraen la que FL es un fluoróforo unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo dicho resto fluoróforo la estructura seleccionada del grupo designado FL-1 y FL-2
en el que R8 y R9 son independientemente H, halógeno, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, o -CN; -ORnn, -SRnn, -NHRnn, -N[Rnn]2 en los que Rnn es independientemente H, un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos;
R10 y R11 son independientemente H, -CN, -OR12, -N (R12) 2, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, -N[ (CH2) nCH3]2 en las que n = 0 a 5, o R12 es un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos;
el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador. 21. Un procedimiento para discriminar entre polinucleótidos que difieren en un único nucleótido, comprendiendo el procedimiento las siguientes etapas: (a) proporcionar un polinucleótido que comprende una secuencia diana, 5 (b) proporcionar al menos dos conjugados FL-ODN-Q, en los que ODN representa un resto oligonucleótido, uno de los al menos dos conjugados FL-ODN-Q tiene una secuencia que es perfectamente complementaria con la secuencia diana y al menos otro de los conjugados FL-ODN-Q tiene un emparejamiento inadecuado de nucleótido único con la secuencia diana; 10 (c) incubar por separado cada uno de los conjugados FL-ODN-Q con el polinucleótido bajo condiciones de hibridación; y (d) determinar la fuerza de hibridación entre cada uno del FL-ODN-Q y el polinucleótido y, en el que FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, y Q es un resto desactivador unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en los que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y en el que el resto desactivador se une al enlazador a través del enlace de valencia designado a. 20 22. Un procedimiento para discriminar entre polinucleótidos que difieren en un único nucleótido, comprendiendo el procedimiento las siguientes etapas: (a) proporcionar un polinucleótido que comprende una secuencia diana, 25 (b) proporcionar al menos dos conjugados FL-ODN-Q, en los que ODN representa un resto oligonucleótido, uno de los al menos dos conjugados FL-ODN-Q tiene una secuencia que es perfectamente complementaria con la secuencia diana y al menos otro de los conjugados FL-ODN-Q tiene un emparejamiento inadecuado de nucleótido único con la secuencia diana; (c) incubar por separado cada uno de los conjugados FL-ODN-Q con el polinucleótido bajo condiciones de hibridación; y 30 (d) determinar la fuerza de hibridación entre cada uno del FL-ODN-Q y el polinucleótido, en el que Q es un resto desactivador unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructuraen la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en las que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto fluoróforo la estructura seleccionada del grupo designado FL-1 y FL-2
en las que R8 y R9 son independientemente H, halógeno, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, o -CN; -ORnn, -SRnn, -NHRnn, -N [Rnn]2 en las que Rnn es independientemente H, un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; 5 R10 y R11 son independientemente H, -CN, -OR12, N (R12) 2, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, - C (=O) NH2, -N[ (CH2) nCH3]2 en las que n = 0 a 5, o R12 es un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador. 23. Un procedimiento para hibridar ácidos nucleicos, comprendiendo las etapas de: 10 (a) proporcionar un primer ácido nucleico y un segundo ácido nucleico, (b) incubar los ácidos nucleicos bajo condiciones de hibridación, e (c) identificar ácidos nucleicos hibridados; en el que al menos uno de los ácidos nucleicos comprende o bien un conjugadoo bien un FL-ácido-nucleico-Q-MGB en el que FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, MGB es el resto de ligando del surco menor unido covalentemente al resto ODN o al resto desactivador a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos y Q es un resto desactivador unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y en la que el resto desactivador se une al enlazador a través del enlace de valencia designado a.
24. Un procedimiento para hibridar ácidos nucleicos, comprendiendo las etapas de:
(a) proporcionar un primer ácido nucleico y un segundo ácido nucleico,
(b) incubar los ácidos nucleicos bajo condiciones de hibridación, e
(c) identificar ácidos nucleicos hibridados;
en el que al menos uno de los ácidos nucleicos comprende o bien un conjugado
en las que R8 y R9 son independientemente H, halógeno, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, o -CN; -ORnn, -SRnn, -NHRnn, -N[Rnn]2 en las que Rnn es independientemente H, un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; R10 y R11 son independientemente H, -CN, -OR12, N (R12) 2, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, -N[ (CH2) nCH3]2 en las que n = 0 a 5, o R12 es un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador; y Q comprende un resto diazo que tiene la fórmula: longitud de 0 a 30 átomos, Q es un resto desactivador unido covalentemente al ODN a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo el resto desactivador la estructura en la que R0, R1, R2, R3 y R4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en las que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N[ (CH2) n'CH3]2 en la que n'= 0 a 5 o -CN, y R5= -H o - (CH2) n''CH3 en la que n"= 0 a 5, y FL es un resto fluoróforo unido covalentemente al ácido nucleico a través de un enlazador que tiene la longitud de 0 a 30 átomos, teniendo dicho resto fluoróforo la estructura seleccionada del grupo designado FL-1 y FL-2 en las que R8 y R9 son independientemente H, halógeno, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, o -CN; -ORnn, -SRnn, -NHRnn, -N[Rnn]2 en las que Rnn es independientemente H, un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; R10 y R11 son independientemente H, -CN, -OR12, N (R12) 2, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3, -NO2, -SO3, -C (=O) NH2, -N[ (CH2) nCH3]2 en las que n = 0 a 5, o R12 es un grupo alquilo de 1 a 10 carbonos o un grupo alcanoílo de 1 a 10 carbonos; el enlace de valencia designado a simboliza la unión covalente del fluoróforo con el enlazador; y Q comprende un resto diazo que tiene la fórmula: en la que R0, R1, R2, R3 yR4 son independientemente -H, halógeno, -O (CH2) nCH3, - (CH2) nCH3 en la que n= 0 a 5, -NO2, -SO3, -N
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