MÉTODO MOLECULAR PARA EL DIAGNÓSTICO DE CÁNCER DE PRÓSTATA.
Un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas,
comprendiendo el método: a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos los genes de un primer panel se sobreexpresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, b) determinar si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales, c) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas cuando i) todos los genes de dicho primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, y ii) todos los genes de dicho segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales, caracterizado porque: dicho primer panel consta de: Hepsina (serín proteasa transmembrana 1); - proteína de unión 1 a la caja X; - folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1; y dicho segundo panel consta de: Glutatión S-transferasa M4; - Intersectina 1 (proteína de dominio SH3); - Nel-tipo 2; - componente D del complemento (adipsina); y - proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/CA2006/001477.
Solicitante: NATIONAL RESEARCH COUNCIL OF CANADA.
Nacionalidad solicitante: Canadá.
Dirección: 1200 MONTREAL ROAD OTTAWA, ON K1A OR6 CANADA.
Inventor/es: BELACEL,Nabil , CUPERLOVIC-CULF,Miroslava , OUELLETTE,Rodney.
Fecha de Publicación: .
Fecha Solicitud PCT: 8 de Septiembre de 2006.
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68M6B
Clasificación PCT:
- C12N15/10 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
- C12N15/12 C12N 15/00 […] › Genes que codifican proteínas animales.
- C12N15/18 C12N 15/00 […] › Hormonas de crecimiento.
- C12N15/54 C12N 15/00 […] › Transferasas (2).
- C12N15/57 C12N 15/00 […] › que actúan sobre los enlaces peptídicos (3.4).
- C12Q1/04 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › Determinación de la presencia o del tipo de microorganismo; Empleo de medios selectivos para la investigación o análisis de antibióticos o bactericidas; Composiciones para este fin que contienen un indicador químico.
- C12Q1/68 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen ácidos nucleicos.
- C40B30/04 C […] › C40 TECNOLOGIA COMBINATORIA. › C40B QUIMICA COMBINATORIA; BIBLIOTECAS, p. ej. QUIMIOTECAS (bibliotecas combinatorias in silico de ácidos nucleicos, proteínas o péptidos G16B 35/00; química combinatoria in silico G16C 20/60). › C40B 30/00 Procedimientos de selección de bibliotecas. › midiendo la capacidad para unirse específicamente a una molécula diana, p. ej. unión anticuerpo-antígeno, unión receptor-ligando.
- G01N33/53 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › Ensayos inmunológicos; Ensayos en los que interviene la formación de uniones bioespecíficas; Materiales a este efecto.
- G01N33/574 G01N 33/00 […] › para el cáncer.
Países PCT: Austria, Bélgica, Suiza, Alemania, Dinamarca, España, Francia, Reino Unido, Grecia, Italia, Liechtensein, Luxemburgo, Países Bajos, Suecia, Mónaco, Portugal, Irlanda, Eslovenia, Finlandia, Rumania, Chipre, Lituania, Letonia.
Fragmento de la descripción:
Campo de la invención
La presente invención se refiere a un método para determinar sin las células prostáticas son cancerosas.
Antecedentes de la invención 5
El cáncer de próstata es un cáncer principal en los hombres con 20.100 nuevos casos esperados en Canadá en 2004 (Canadian Cancer Statistics, 2004). Una cantidad incluso mayor de pacientes, después de una lectura PSA (antígeno específico de próstata) positiva experimentan una biopsia invasiva pero se diagnostican con cáncer. Desafortunadamente, los procedimientos de biopsia invasiva requieren una larga hospitalización con muchos posibles efectos secundarios. La razón de usar el procedimiento de biopsia más invasivo, en oposición a la 10 biopsia con aguja gruesa menos invasiva es que el procedimiento de convencional sobre muestras de biopsia con aguja gruesa no ha demostrado ser tan precisa como una biopsia más invasiva y por lo tanto se descartó como modalidad de diagnóstico en varios países. Aunque las biopsias más invasivas pueden proporcionar un diagnóstico más preciso, son extremadamente traumáticas para el paciente. Además, dichos procedimientos puede provocar potencialmente discapacidades a largo plazo y constituyen un coste significativo al sistema sanitario. 15
Las técnicas de diagnóstico actuales para detectar el cáncer de próstata se basan en el nivel de PSA en el suero. El diagnóstico final diagnosis se determina por una comprobación patológica de células cancerosas en las muestras biopsia.
Sin embargo, estas técnicas actuales no son perfectas. El nivel de PSA en el suero puede estar afectado por factores diferentes al cáncer, incluyendo otras patologías y la edad. Además, propiedades específicas de la 20 proteína PSA en suero hacen que las mediciones precisas de concentración sean muy difíciles. Como resultado, el ensayo de PSA tiene un gran porcentaje de lecturas de falsos positivos así como de falsos negativos. Por lo tanto, las muestras de biopsia son esenciales para un diagnóstico más preciso. Desafortunadamente, como se ha indicado anteriormente, el método de biopsia preferido, la biopsia con aguja gruesa, a menudo es imprecisa debido al tamaño de muestra muy pequeño. Sin embargo, el ensayo genético sobre muestras de biopsia con aguja gruesa permitirá 25 un diagnóstico preciso sin la necesidad de métodos más invasivos.
Por lo tanto, existe una necesidad de un método de diagnóstico más preciso que no requiera una biopsia invasiva para detectar o diagnosticar el cáncer de próstata. De forma ideal, dicho método debe ser usable incluso con un tamaño de muestra muy pequeño y puede combinarse con otros métodos de diagnóstico basados en patología. 30
El documento US2004/0029151 describe un método para diagnosticar el cáncer de próstata en un paciente, que comprende analizar en una muestra de ensayo tejido prostático el nivel de expresión de al menos dos genes sobre-expresados en cáncer de próstata y al menos dos genes sub-expresados en cáncer de próstata.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas. Se 35 proporciona un panel de 8 genes marcadores específicos. La sobre-expresión de algunos de estos genes marcadores en comparación con su expresión en tejido prostático normal y la sub-expresión del resto de estos genes marcadores son indicativas de tejido prostático canceroso. Usando estos 8 genes marcadores como herramienta de diagnóstico, pueden usarse muestras tisulares más pequeñas, tales como las obtenidas por biopsias con aguja gruesa. 40
En un primer aspecto, la presente invención proporciona un método para determinar sin las células prostáticas son cancerosas, comprendiendo el método:
a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos lo genes de un primer panel se sobre-expresan y si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes en células prostáticas normales; 45
b) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas en base a si dichos genes se sobre-expresan o sub-expresan en dichas células prostáticas.
En otro aspecto, la presente invención proporciona un uso de un primer panel de genes marcadores y un segundo panel de genes marcadores para identificar tejido prostático canceroso, siendo una sobre-expresión o sub-expresión de dichos paneles de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión en tejido 50 prostático normal indicativa de tejido prostático canceroso.
Breve descripción de los dibujos
Se obtendrá una mejor comprensión de la invención por consideración de la siguiente descripción detallada, con referencia a los siguientes dibujos en los que:
la Figura 1 es un diagrama de expresión para los 8 genes que es el objeto de la presente invención; 55
la Figura 2 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen GSTM obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 3 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen LTPB4 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 4 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen DF (adipsina) obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 5 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen NELL2 obtenidos en varios 5 experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 6 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen XBP1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático;
la Figura 7 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen ITSN1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático; 10
la Figura 8 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen FOLH1 obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático; y
la Figura 9 es un diagrama de recuadros de los niveles de expresión del gen de la Hepsina obtenidos en varios experimentos sobre tejido prostático.
Descripción Detallada 15
La presente invención se refiere al uso de un panel de 8 genes marcadores específicos para diagnosticar o detectar tejido prostático canceroso. El panel de 8 genes marcadores se enumera en la siguiente Tabla 1. Los experimentos han demostrado que este panel de genes marcadores da una elevada precisión en el diagnóstico de cáncer de próstata debido a los niveles de expresión de los genes marcadores en tejido canceroso en relación a sus niveles de expresión en tejido normal. 20
El panel de 8 genes marcadores se da en la Tabla 1. Los genes marcadores se determinaron usando un método desarrollado por los inventores a partir del conjunto de datos de expresión de genes de tejidos prostáticos (normal y canceroso) obtenidos y descritos por Singh, D. et al. (Singh, D. et al. Gene expression correlates of clinical prostate cancer behaviour. Cancer Cell 1:203 (2002)).
Tabla 1 - Panel de ocho genes que se ha descubierto que dan elevada precisión en el diagnóstico de cáncer de 25 próstata y su nivel de expresión en tejido canceroso en relación a tejido normal.
Número de Acceso a GenBank
Nombre del Gen
Símbolo
ID UniGene
Sobre- o Sub-expresado en tejido canceroso con relación a tejido normal
M96233
Glutatión S-transferasa M4
GSTM4
Hs.348387
Sub-expresado
Y13622
Proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente
LTBP4
Hs.85087
Sub-expresado
M84526
Componente D del complemento (adipsina)
DF
Hs.155597
Sub-expresado
D83018
Nel-tipo 2
NELL2
Hs.79389
Sub-expresado
Z93930
Proteína 1 de unión a la caja X
XBP1
Hs.149923
Sobre-expresado
AF064243
Intersectina 1 (proteína de dominio SH3)
ITSN1...
Reivindicaciones:
1. Un método para determinar si las células prostáticas son cancerosas, comprendiendo el método:
a) determinar, en una muestra de células prostáticas, si todos los genes de un primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, 5
b) determinar si todos los genes de un segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales,
c) determinar que dichas células prostáticas son cancerosas cuando
i) todos los genes de dicho primer panel se sobre-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho primer panel en células prostáticas normales, y 10
ii) todos los genes de dicho segundo panel se sub-expresan en dichas células prostáticas en comparación con la expresión de dichos genes de dicho segundo panel en células prostáticas normales,
caracterizado porque:
dicho primer panel consta de:
Hepsina (serín proteasa transmembrana 1); 15
- proteína de unión 1 a la caja X;
- folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1;
y dicho segundo panel consta de:
Glutatión S-transferasa M4;
- Intersectina 1 (proteína de dominio SH3); 20
- Nel-tipo 2;
- componente D del complemento (adipsina); y
- proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente.
2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la muestra de dichas células prostáticas proviene de una biopsia con aguja gruesa. 25
3. Uso de un primer panel de genes marcadores y un segundo panel de genes marcadores para identificar tejido prostático canceroso, una combinación tanto de:
i) la sobre-expresión de todos los genes de dicho primer panel de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión de todos los genes de dicho primer panel de genes marcadores en tejido prostático normal, como de 30
ii) la sub-expresión de todos los genes de dicho segundo panel de genes marcadores en tejido prostático en comparación con la expresión de todos los genes de dicho segundo panel de genes marcadores en tejido prostático normal que es indicativo de tejido prostático canceroso,
caracterizado porque:
dicho primer panel de genes marcadores consta de: 35
Hepsina (serín proteasa transmembrana 1);
- proteína de unión 1 a la caja X;
- folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de próstata) 1;
y dicho segundo panel de genes marcadores consta de:
Glutatión S-transferasa M4; 40
- Intersectina 1 (proteína de dominio SH3);
- Nel-tipo 2;
- componente D del complemento (adipsina); y
- proteína de unión 4 al factor de crecimiento transformante beta latente.
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