USO DE LA PROTEÍNA SATB2 COMO MARCADOR PARA DISTINGUIR EL CÁNCER COLORRECTAL DE OTROS CÁNCERES.

Uso de la proteína SATB2 como marcador para distinguir el cáncer colorrectal de otros cánceres Campo de la invención La presente invención se refiere al campo del diagnóstico del cáncer. En particular, proporciona un medio nuevo para su uso en la detección y en la caracterización del cáncer colorrectal, a través de la identificación de la proteína SATB2 como marcador para este tipo de cáncer. Antecedentes de la invención SATB2 El gen que codifica la proteína 2 de unión a la secuencia rica en AT especial (SATB2) se identificó en 1999 durante un esfuerzo masivo por secuenciar el genoma humano (Kikuno R. et al. (1999), DNA Res., 6:197-205). Desde entonces, se ha considerado que el gen SATB2 se expresa principalmente en tejido neuronal. El SATB2 es un factor de la transcripción que forma parte de la matriz nuclear y orquesta la expresión génica de una manera específica de tejido mediante la regulación de la estructura de cromatina de orden elevado a través de la interacción con secuencias ricas en AT, también denominadas regiones de unión a la matriz (MAR) (Dickinson L.A. et al. (1992), Cell, 70, 631-645; FitzPatrick D.R. et al. (2003), Hum. Mol. Genet., 12, 2491-5C1; Yasui D. (2002), Nature, 419, 641-645; Bode J. (2000), Crit. Rev. Eukaryot. Gene. Expr., 10, 73-90). Los estudios del gen y su producto de proteína, la proteína SATB2, apuntan hacia su implicación en la regulación de la expresión génica como factor de transcripción en tejido neuronal (Dobreva G. et al. (2003), Genes Dev., 17:3048­ 3061; Britanova O. et al. (2005), Eur. J. Neurosci., 21:658-668). También se ha indicado que el gen SATB2 desempeña un papel en el desarrollo del paladar y en la fisura del paladar (FitzPatrick D.R. et al. (2003), Human Mol. Genet., 12:2491-2501; van Buggenhout G. et al. (2005), Eur. J. Med. Genet., 48:276-289). Salahsor et al. han estudiado un paciente con una mutación en el gen de poliopsis coli adenomatosa (APC) (Salahshor et al. (2005), BMC Cancer, 5:66). Los pacientes con APC desarrollan una cantidad anómala de adenomas colónicos en la juventud que finalmente, si no se tratan, avanzan hasta el cáncer colorrectal. El perfil de expresión génica global reveló que un grupo de 84 genes, incluyendo SATB2, tiene una expresión significativamente alterada en adenomas comparado con la mucosa normal. Se descubrió que SATB2 estaba significativamente infrarregulado pero no se seleccionó para posteriores análisis. Un estudio de perfiles de expresión reciente del cáncer colorrectal en Int. J. Cancer indico, de forma similar, un estado de expresión alterado para SATB2 al nivel de ARNm (Groene J. et al. (2006), Int. J. Cancer, 119, 1829-1836). Las publicaciones PCT WO 03/022126 y WO 2006/015742 describen otros estudios similares dirigidos a determinar el perfil de expresión de células del cáncer. Se analiza la expresión de multitud de genes, incluyendo SATB2, y se extraen conclusiones de los patrones de expresión globales. De manera importante, estos estudios mencionados anteriormente no proporcionan sugerencias acerca del uso de la proteína SATB2 como marcador colorrectal específico, ni del uso de SATB2 como herramienta de prognóstico para el cáncer colorrectal. Cáncer ES 2 367 412 T3 El cáncer es una de las causas más comunes de enfermedad y muerte en el mundo occidental. En general, las tasas de incidencia aumentan con la edad para la mayoría de las formas de cáncer. A medida que las poblaciones humanas sigan viviendo durante más tiempo, debido al aumento en el estado de salud general, el cáncer afectará a un número cada vez mayor de individuos. La causa de los tipos de cáncer más comunes aún es en general desconocida, aunque hay un cuerpo de conocimientos cada vez mayor que proporciona una conexión entre factores ambientales (de la dieta, tabaquismo, radiación UV, etc.), así como factores genéticos (mutaciones de la línea germinal en genes del cáncer, tales como p53, APC, BRCA1, XP, etc.), y el riesgo de desarrollar cáncer. Ninguna definición del cáncer es totalmente satisfactoria desde el punto de vista de la biología celular, a pesar del hecho de que el cáncer es fundamentalmente una enfermedad celular y se define como una población celular transformada con un crecimiento celular neto y un comportamiento antisocial. La transformación maligna representa la transición a un fenotipo maligno basado en alteraciones genéticas irreversibles. Aunque esto no se ha demostrado formalmente, se cree que la transformación maligna se produce en una célula, a partir de la cual se origina un tumor que posteriormente se desarrolla (el dogma de la clonalidad del cáncer). La carcinogénesis es el proceso mediante el cual se genera el cáncer y en general se acepta que incluye múltiples acontecimientos que en último término conducen al crecimiento de un tumor maligno. Este proceso de múltiples etapas incluye varias etapas limitantes de la velocidad, tales como la adición de mutaciones y quizás también acontecimientos epigenéticos, que conducen a la formación del cáncer tras unas etapas de proliferación precancerosa. Las formas de cáncer más comunes surgen en células somáticas y son predominantemente de origen epitelial (piel, próstata, mama, colon y pulmón), seguidos de 2 cánceres que se originan a partir del linaje hematopoyético (leucemia y linfoma) y células mesenquimáticas (sarcomas). Los cambios discontinuos implican la acumulación de errores (mutaciones) en vías reguladoras vitales que determinan la división celular, el comportamiento asocial y la muerte celular. Cada uno de estos cambios proporciona una ventaja de crecimiento darwiniano selectivo comparado con las células circundantes, dando como resultado un crecimiento neto de la población de células tumorales. Resulta importante enfatizar que un tumor maligno no sólo consiste en las células tumorales transformadas en sí mismas, sino también en las células normales circundantes que actúan como estroma de apoyo. Este estroma del cáncer reclutado consiste en tejido conectivo, vasos sanguíneos y diversas otras células normales, por ejemplo células inflamatorias, que actúan en concierto para suministrar a las células tumorales transformadas las señales necesarias para un crecimiento tumoral continuado. Diagnóstico del cáncer La evaluación microscópica de una sección de tejido tomada de un tumor sigue siendo el patrón oro para determinar un diagnóstico de cáncer. El análisis del ADN genómico, los genes transcritos y las proteínas expresadas añaden información importante a las características histológicas detectadas al microscopio. El diagnóstico, la información de prognóstico y la elección del tratamiento futuros estarán basados, casi con toda probabilidad, en una evaluación sinóptica de la morfología junto con el análisis de los ácidos nucleicos y las proteínas. Ya en la actualidad, el conocimiento en evolución basado en la secuencia del genoma humano y las vías bioquímicas, incluyendo la señalización dentro y entre las células en un tejido, permite la disección de algunos de los mecanismos que subyacen a las diferentes etapas en la formación del tumor, así como la variación de fenotipos, que definen los diferentes tipos de cáncer. A pesar del extraordinario avance en la biología molecular, el diagnóstico del cáncer sigue dependiendo del uso de la microscopía óptica. El desarrollo de herramientas moleculares ha desempeñado un papel importante, aunque todavía gradual, para discriminar una célula cancerosa de una célula normal. El método que se emplea más habitualmente, además de la tinción histoquímica de secciones de tejidos, es la inmunohistoquímica. La inmunohistoquímica permite la detección de patrones de expresión de proteínas en tejidos y células que emplean anticuerpos específicos. El uso de la inmunohistoquímica en el diagnóstico clínico ha proporcionado una posibilidad no solo para analizar la arquitectura de tejidos y la morfología celular, sino también para detectar la inmunorreactividad en diferentes poblaciones celulares. Esto ha sido importante para apoyar la clasificación y graduación precisa de diferentes tumores primarios, así como para el diagnóstico de metástasis de origen desconocido. Los anticuerpos que se emplean de modo más habitual en la práctica clínica actual incluyen anticuerpos contra marcadores de tipos celulares, por ejemplo PSA, melanA, tiroglobulina y anticuerpos que reconocen filamentos intermedios, agrupaciones de antígenos de diferenciación (CD), etc., y marcadores del potencial maligno, por ejemplo Ki67, p53, HER-2. Además de la inmunohistoquímica, el uso de la hibridación in situ para detectar la amplificación de genes y la secuenciación de genes para el análisis de mutaciones son tecnologías en desarrollo dentro del diagnóstico del cáncer. Cáncer colorrectal ES 2 367... [Seguir leyendo]

1.- Un método in vitro para detectar si una metástasis de origen desconocido se origina de un cáncer colorrectal, detectando la presencia de la proteína SATB2. 2.- El método según la reivindicación 1, en el que la secuencia de aminoácidos de la proteína SATB2 comprende 5 una secuencia seleccionada de: i) SEQ ID NO:1; y ii) una secuencia que es al menos 85% idéntica a SEQ ID NO:1. 3.- El método según la reivindicación 1 ó 2, en el que la secuencia de aminoácidos de la proteína SATB2 comprende una secuencia seleccionada de: 10 i) SEQ ID NO:2; y ES 2 367 412 T3 ii) una secuencia que es al menos 85% idéntica a SEQ ID NO:2. 4.- Un método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, que comprende la detección y/o la cuantificación simultánea o secuencial de la proteína SATB2 y la proteína CK20. 5.- El uso in vitro de una proteína SATB2 como marcador molecular para distinguir el cáncer colorrectal de otros 15 cánceres. 6.- El uso in vitro de un anticuerpo, o un fragmento Fab o un fragmento Fr o un fragmento Fr monocatenario (scFr) de éste, capaz de una interacción selectiva con una proteína SATB2, como agente para distinguir el cáncer colorrectal de otros cánceres. ES 2 367 412 T3 31 ES 2 367 412 T3 32 ES 2 367 412 T3 33 ES 2 367 412 T3 34 ES 2 367 412 T3 ES 2 367 412 T3 36 ES 2 367 412 T3 37 ES 2 367 412 T3 38 ES 2 367 412 T3 39 ES 2 367 412 T3 ES 2 367 412 T3 41 ES 2 367 412 T3 42 ES 2 367 412 T3 43 ES 2 367 412 T3 44 ES 2 367 412 T3 ES 2 367 412 T3 46