COMPOSICIONES Y METODOS PARA EL TRATAMIENTO DE TUMORES.

Polipéptido PRO7422 aislado.

(a) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2;

(b) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN plasmídico depositado bajo el número de acceso de ATCC PTA-551;

(c) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(d) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, con su péptido señal asociado; o

(e) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, que carece de su péptido señal asociado; cuyo polipéptido se sobreexpresa en el cáncer de pulmón

Composiciones y métodos para el tratamiento de tumores.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a composiciones y procedimientos para el diagnóstico y tratamiento de tumores.

Antecedentes de la invención

Los tumores malignos (cáncer) son la segunda causa de muerte en los Estados Unidos, después de las enfermedades del corazón (Boring et al., CA Cancer J Clin., 43:7 [(1993]).

El cáncer se caracteriza por el incremento en el número de células anormales, o neoplásicas, derivadas de un tejido normal que proliferan para formar una masa tumoral, la invasión de tejidos adyacentes por estas células tumorales neoplásicas, y la generación de células malignas que finalmente se extienden a través de la sangre o el sistema linfático hasta nódulos linfáticos regionales y hasta puntos distantes (metástasis). En un estado canceroso, una célula prolifera bajo condiciones en las que no crecerían células normales. El cáncer se manifiesta en una gran variedad de formas, caracterizadas por diferentes grados de invasión y agresividad.

La alteración de la expresión génica está íntimamente relacionada con el crecimiento incontrolado de células y la desdiferenciación, las cuales son una característica común a todos los cánceres. Se ha observado que los genomas de ciertos tumores bien estudiados muestran una menor expresión de genes recesivos, a los que habitualmente se hace referencia como genes supresores de tumores, que funcionarían normalmente para evitar el crecimiento de células malignas, y/o la sobreexpresión de ciertos genes dominantes, tales como oncogenes, que actúan para inducir el crecimiento maligno. Cada uno de estos cambios genéticos parece ser responsable de la importación de algunos de los rasgos que, agregados, representan el fenotipo neoplásico completo (Hunter. Cell 64, 1129 [1991]; Bishop, Cell 64, 235-248 [1991]).

Un mecanismo bien conocido de sobreexpresión de genes (por ejemplo, oncogén) en células cancerígenas es la amplificación génica. Este es un procedimiento en el que en el cromosoma de la célula ancestral se producen múltiples copias de un gen particular. El procedimiento implica la replicación no programada de la región del cromosoma que comprende el gen, seguido por la recombinación de los segmentos replicados de nuevo en el cromosoma (Alitalo et al., Adv. Cancer Res. 47. 235-281 [1986]). Se cree que la sobreexpresión del gen va en paralelo con la ampliación génica, es decir, es proporcional al número de copias realizadas.

Se ha identificado que los proto-oncogenes que codifican factores de crecimiento y receptores de factores de crecimiento juegan papeles importantes en la patogénesis de varios tumores humanos, incluyendo cáncer de mama. Por ejemplo, se ha observado que el gen de ErbB2 humano (erbB2, también conocido como her2 o c-erbB-2), que codifica un receptor de glicoproteína transmembrana de 185 kD (p185^HER2, HER2) relacionado con el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR), se sobreexpresa en aproximadamente de un 25% a un 30% del cáncer de mama humano (Slamon et al., Science 235: 177-182 [1987]; Slamon et al., Science 244: 707-712 [1989]).

Se ha descrito que la amplificación génica de un protooncogén en un suceso implicado habitualmente en las formas más malignas de cáncer, y podría actuar como un factor predictivo del resultado clínico (Schwab et al., Genes Chromosomes Cancer 1, 181-193 [1990]; Alitalo et al., supra). De este modo, la sobreexpresión de erbB2 se considera habitualmente como un factor predictivo de un pronóstico pobre, especialmente en pacientes con enfermedad primaria que implica nódulos linfáticos axilares (Slamon et al., [1987] y [1989], supra; Ravdin y Chamness, Gene 159: 19-27 [1995]; y Hynes y Stem, Biochim. Biophys. Hacia 1198: 165-184 [1994]) y se ha relacionado con la sensibilidad y/o resistencia a la terapia con hormonas y pautas quimioterapéuticas, incluyendo CMF (ciclofosfamida, metotrexato y fluorouracilo) y antraciclinas (Baselga et al., Oncology 11 (3 Suppl 1): 43-48 [1997]). Sin embargo, a pesar de la asociación de la sobreexpresión de erbB2 con un pronóstico pobre, las probabilidades de pacientes con respuesta positiva a HER2 que respondían clínicamente al tratamiento con taxanos eran más de tres veces la de aquellos pacientes con respuesta negativa a HER2 (Ibid). Un anticuerpo monoclonal recombinante anti-ErbB2 humanizado (anti-HER2) (una versión humanizada del anticuerpo anti-ErbB2 murino 4D5, al que se hace referencia como rhuMAb HER2 o Herceptin^TM) ha sido clínicamente activo en pacientes con cánceres de mama metastásicos que sobreexpresan ErbB2 que habían recibido terapia anticancerígena previa a la extensión. (Baselga et al., J. Clin. Oncol. 14: 737-744 [1996]).

A la luz de lo anterior, existe un interés obvio en identificar nuevos procedimientos y composiciones que son útiles para el diagnóstico y tratamiento de tumores que están asociados con la amplificación génica.

Descripción resumida de la invención

La presente invención se refiere a composiciones y procedimientos para el diagnóstico del crecimiento de células neoplásicas y la proliferación en mamíferos, incluyendo humanos. La presente invención se basa en la identificación de genes que se amplifican en el genoma de células tumorales. Se espera que dicha amplificación génica esté asociada con la sobreexpresión del producto génico. Por consiguiente, se cree que las proteínas codificadas por los genes amplificados son dianas útiles para el diagnóstico de ciertos cánceres y pueden actuar como factores predictivos del pronóstico del tratamiento de tumores.

En una realización, la presente invención se refiere a un anticuerpo aislado que se une a un polipéptido designado en la presente invención como polipéptido PRO. En un aspecto, el anticuerpo aislado se une específicamente a un polipéptido PRO. A menudo, la célula que expresa el polipéptido PRO es una célula tumoral que sobreexpresa el polipéptido en comparación con una célula normal del mismo tipo de tejido. En aún otro aspecto, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, que preferiblemente tiene residuos de una región determinante de complementariedad (CDR) no humana y residuos de una región armazón ("framework") (FR) humana. El anticuerpo puede estar marcado y puede inmovilizarse en un soporte sólido. En aún otro aspecto, el anticuerpo es un fragmento de anticuerpo, un anticuerpo de cadena única, o un anticuerpo humanizado que se une, preferiblemente de manera específica, a un polipéptido PRO.

También se describe en la presente invención una composición de materia que comprende un anticuerpo que se une, preferiblemente de manera específica, a un polipéptido PRO en una mezcla con un portador farmacéuticamente aceptable. En otro aspecto, la composición comprende un principio activo adicional que puede ser, por ejemplo, un anticuerpo adicional o un agente citotóxico o quimioterapéutico. Preferiblemente, la composición es estéril.

En una realización adicional, la presente invención se refiere a moléculas de ácido nucleico aisladas que codifican anticuerpos anti-PRO y vectores y células huésped recombinantes que comprenden dichas moléculas de ácidos nucleicos.

En una realización adicional, la presente invención se refiere a un procedimiento para producir un anticuerpo anti-PRO, en el que el procedimiento comprende el cultivo de una célula huésped transformada con una molécula de ácido nucleico que codifica el anticuerpo en condiciones suficientes para permitir la expresión del anticuerpo y la recuperación del anticuerpo del cultivo celular.

En una realización adicional, la presente invención se refiere a una molécula de ácido nucleico aislada que se hibrida a una molécula de ácido nucleico que codifica un polipéptido PRO o el complemento de la misma. La molécula de ácido nucleico aislada es preferiblemente ADN, y la hibridación tiene lugar preferiblemente en condiciones de hibridación y lavado astringentes. Dichas moléculas de ácido nucleico pueden actuar como moléculas antisentido de los genes amplificados identificados en la presente invención que, a su vez, pueden ser útiles en la modulación de la transcripción y/o la traducción de los genes amplificados respectivamente, o como cebadores antisentido en reacciones de amplificación. Además,...

1. Polipéptido PRO7422 aislado.

(a) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2;

(b) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN plasmídico depositado bajo el número de acceso de ATCC PTA-551;

(c) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(d) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, con su péptido señal asociado; o

(e) que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, que carece de su péptido señal asociado;

cuyo polipéptido se sobreexpresa en el cáncer de pulmón.

2. Polipéptido PRO7422, según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 85%.

3. Polipéptido PRO7422, según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 90%.

4. Polipéptido PRO7422, según la reivindicación 1, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 95%.

5. Polipéptido PRO7422 aislado, según la reivindicación 1, que además

(a) tiene la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2;

(b) que tiene una secuencia de aminoácidos codificada por la secuencia codificante de longitud completa del ADN depositado bajo el número de acceso de ATCC PTA-551;

(c) que tiene la secuencia de aminoácidos del polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(d) que tiene la secuencia de aminoácidos del dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, con su péptido señal asociado; o

(e) que tiene la secuencia de aminoácidos del dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, que carece de su péptido señal asociado.

6. Molécula quimérica que comprende un polipéptido PRO7422, según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, fusionado a una secuencia de aminoácidos heteróloga.

7. Ácido nucleico que tiene:

(a) una secuencia de nucleótidos que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2;

(b) una secuencia de nucleótidos que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(c) una secuencia de nucleótidos que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, con su péptido señal asociado;

(d) una secuencia de nucleótidos que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, que carece de su péptido señal asociado;

(e) una secuencia de nucleótidos que tiene por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos con la secuencia de nucleótidos mostrada en la figura 1;

(f) por lo menos un 80% de identidad en la secuencia de ácidos nucleicos con la secuencia codificante de longitud completa del ADN plasmídico depositado bajo el número de acceso de ATCC PTA-551;

cuyo ácido nucleico se amplifica en el cáncer de pulmón.

8. Ácido nucleico, según la reivindicación 7, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 85%.

9. Ácido nucleico, según la reivindicación 7, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 90%.

10. Ácido nucleico, según la reivindicación 7, en el que el nivel de identidad en la secuencia es del 95%.

11. Ácido nucleico aislado, según la reivindicación 7, que tiene además

(a) una secuencia de nucleótidos que codifica la secuencia de aminoácidos mostrada en la figura 2;

(b) una secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(c) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2, con su péptido señal asociado;

(d) una secuencia de nucleótidos que codifica el dominio extracelular del polipéptido mostrado en la figura 2 que carece de su péptido señal asociado;

(e) la secuencia de nucleótidos mostrada en la figura 1;

(f) la secuencia codificante de longitud completa del ADN plasmídico depositado bajo el número de acceso de ATCC PTA-551.

12. Vector que comprende el ácido nucleico según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 11.

13. Célula huésped que comprende el vector según la reivindicación 12.

14. Proceso para producir un polipéptido PRO7422, según la reivindicación 1, que comprende cultivar la célula huésped según la reivindicación 13 en condiciones adecuadas para la expresión de dicho polipéptido y recuperar dicho polipéptido del cultivo celular.

15. Anticuerpo aislado que se une específicamente a un polipéptido PRO7422 según se define en cualquiera de las revindicaciones 1 a 5.

16. Anticuerpo, según la reivindicación 15, que es un anticuerpo monoclonal.

17. Anticuerpo, según la reivindicación 16, que comprende una región determinante de complementariedad (CDR) no humana o una región armazón (FR) humana.

18. Anticuerpo, según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 17, que está marcado.

19. Anticuerpo, según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 18, que es un fragmento de anticuerpo o un anticuerpo de cadena única.

20. Molécula de ácido nucleico que codifica el anticuerpo según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19.

21. Vector que comprende la molécula de ácido nucleico según la reivindicación 20.

22. Célula huésped que comprende el vector según la reivindicación 21.

23. Procedimiento para producir un anticuerpo, según cualquiera de las reivindiacicones 15 a 19, comprendiendo dicho procedimiento cultivar la célula huésped según la reivindicación 22 en condiciones suficientes para permitir la expresión de dicho anticuerpo y recuperar dicho anticuerpo del cultivo celular.

24. Molécula de ácido nucleico aislada que se hibrida en condiciones astringentes a una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido PRO7422, según se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, o el complemento de la misma, en el que dichas condiciones astringentes utilizan formamida al 50%, 5 x SSC, fosfato sódico 50 mM (pH 6,8), pirofosfato sódico al 0,1%, 5x solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 µg/ml), SDS al 0,1% y sulfato de dextrano al 10% a 42ºC, con lavados a 42ºC en 0,2xSSC y formamida al 50% a 55ºC, seguido de un lavado que comprende 0,1 x SSC que contiene EDTA al 55ºC, y donde dicha molécula de ácido nucleico se amplifica en cáncer de pulmón.

25. Procedimiento para determinar la presencia de un polipéptido PRO7422, según se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en una muestra sospechosa de contener dicho polipéptido, comprendiendo dicho procedimiento exponer la muestra a un anticuerpo anti-PRO7422, según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19, y determinar la unión de dicho anticuerpo a dicho polipéptido en dicha muestra.

26. Procedimiento, según la reivindicación 25, en el que dicha muestra comprende una célula sospechosa de contener un polipéptido PRO7422 según se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5.

27. Método de diagnóstico de un tumor de pulmón, comprendiendo dicho método:

(i) detectar el nivel de expresión de un gen que codifica un polipéptido PRO7422, según se define en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, (a) en una muestra a analizar de células de tejido obtenidas del mamífero, y (b) en una muestra de control de células de tejido normal conocido del mismo tipo de célula, donde un nivel de expresión superior en la muestra a analizar en comparación con la muestra de control es indicativo de la presencia del tumor en el mamífero del cual se obtuvieron las células del tejido a analizar; o

(ii) (a) poner en contacto un anticuerpo anti-PRO7422, según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19, con una muestra a analizar de células de tejido obtenidas del mamífero, y una muestra de control de células de tejido normal del mismo tipo de célula, y (b) detectar la formación de un complejo entre dicho anticuerpo y un polipéptido PRO7422 en la muestra a analizar y la muestra de control, donde la formación de una mayor cantidad de complejos en la muestra a analizar es indicativa de la presencia de un tumor en dicho mamífero.

28. Kit de diagnóstico de cáncer de pulmón que comprende un anticuerpo anti-PRO7422 según cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19 y un portador en un envase adecuado.

29. Kit según la reivindicación 28, que comprende además instrucciones para utilizar dicho anticuerpo para detectar la presencia de un polipéptido PRO7422 en una muestra sospechosa de contener el mismo.