Función de puntuación de la afinidad de unión que incluye un factor para los entornos del grupo del anillo.

Un implementado por ordenador para cuantificar la afinidad de unión entre un ligando y una molécula de receptor,

comprendiendo el método:

identificar una estructura de anillo dentro del ligando, siendo la estructura de anillo un anillo entero, un anillo condensado o una porción de un anillo o de un anillo condensado;

clasificar la estructura de anillo en base a la relación parcial de la estructura de anillo en sus entornos ambientes cuando el ligando está unido a la molécula de receptor, en el que se determina el número de contactos estrechos a diferentes distancias entre los átomos de receptor y las dos caras del anillo, se realiza una clasificación inicial del anillo en base a los números de estos contactos y esta clasificación inicial es seguida a continuación por el cálculo de una función de puntuación, dependiendo de otros parámetros que permite la clasificación como enterrada, expuesta a disolvente o expuesta a disolvente en una superficie, en el que la función de puntuación que permite la clasificación de la estructura de anillo como enterrada, expuesta a disolvente o expuesta a disolvente en una superficie incluye el uso de un parámetro que corresponde a una interacción hidrofóbica de la estructura de anillo o parte del mismo con la molécula de receptor; y

cuantificar la afinidad de unión entre el ligando y la molécula de receptor basándose en la clasificación de la estructura del anillo, en el que la cuantificación de la afinidad de unión incluye un paso que puntúa las interacciones hidrofóbicas entre uno o más átomos de ligando y uno o más átomos de receptor mediante la concesión de un bono en cuanto a la presencia de la envolvente hidrofóbica de uno o más átomos de dicho ligando por la molécula de receptor, siendo dicho bono indicativo de una afinidad de unión mejorada entre dicho ligando y dicha molécula de receptor.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E16197781.

Solicitante: SCHRÖDINGER, LLC.

Inventor/es: FRIESNER,RICHARD A, MURPHY,ROBERT.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • G06F19/00 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q).
  • G06F19/16 G06F […] › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para estructura molecular, p.ej. alineamiento de estructuras, relaciones estructurales o funcionales, plegamiento de proteínas, topología de dominios, búsqueda de dianas de fármacos usando datos estructurales, que utilizan estructuras bi-dimensionales o tri-dimensionales.

PDF original: ES-2704743_T3.pdf

 

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