Función de puntuación predictiva para estimar la afinidad de unión.

Un método implementado por ordenador para caracterizar la interacción de un ligando propuesto (20) con unreceptor especificado (22) mediante el acceso a datos a partir de los que el ordenador calcula un valorrepresentativo de dicha interacción,

VRI, comprendiendo dicho método puntuación por ordenador de interaccioneshidrofóbicas entre uno o más átomos del ligando (24-32, 50) y uno o más átomos del receptor (34-38, 56),comprendiendo dicha puntuación por ordenador al menos siguientes etapas:

a) recibir datos representativos de átomos en el ligando acoplado con el receptor;

b) actuar sobre dichos datos para identificar grupos de al menos tres átomos del ligando lipofílico conectadoscovalentemente que presentan interacción hidrofóbica con uno o más átomos del receptor lipofílico einteracciones hidrofóbicas de puntuación de dichos átomos del ligando con dichos átomos del receptor;

c) asignar una primera asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica para cada uno de dichos grupos deal menos tres átomos del ligando lipofílico conectados covalentemente que presentan interacción hidrofóbicacon átomos del receptor en lados opuestos de dicho grupo, y no para cualquier grupo cuyo tamaño sea inferiora tres; y

d) calcular el VRI que incluye dicha primera asignación determinada en la etapa (c).

Función de puntuación predictiva para estimar la afinidad de unión

Antecedentes de la invención La invención se refiere a una función de puntuación predictiva para estimar la afinidad de unión.

Una gran mayoría de compuestos farmacéuticamente activos se derivan de la eficacia de unión a receptores específicos que a menudo son proteínas (un término que incluye glucoproteínas y lipoproteínas) . Hace aproximadamente 50 años, la primera estructura de alta resolución de una proteína se determinó a través de cristalografía de rayos x. El banco de datos de proteínas de acceso público (PDB) contiene actualmente más de 10.000 de dichas estructuras, y las compañías farmacéuticas y de biotecnología tienen un orden de magnitud más de estructuras de propiedad. Muchas de estas estructuras se han cocristalizado con pequeñas moléculas unidas a ellas. El examen de dichas estructuras, y el despliegue del conocimiento adquirido de este modo para diseñar inhibidores nuevos, más potentes, y más específicos, hacen referencia al diseño de fármacos basado en la estructura.

El modelado informático facilita el diseño de fármacos basado en la estructura. Dada una estructura de proteína de alta resolución, el software informático se usa para "acoplar" un ligando de molécula pequeña en la posición correcta y orientarlo en la cavidad del sitio activo de la proteína, y calcular una afinidad de unión del ligando dada esta estructura. Programas de software para ordenador que realizan esta tarea se denominan programas de "acoplamiento".

Un programa de acoplamiento por lo general realiza dos tareas distintas para modelar la unión proteína-ligando. En primer lugar, se predice una estructura de un complejo de proteína-ligando. En el acoplamiento de alto rendimiento, normalmente se supone que un receptor (por ejemplo, proteína) es rígido. Cuando esta suposición falla, se necesita el uso de una estructura diferente del receptor como un punto de partida. El problema de la construcción de estructuras de receptores alternativos que se modifican para aceptar ligandos que requieren un cambio sustancial en la conformación del receptor ("ajuste inducido") es muy importante. Aquí nos centramos en casos en los que el acoplamiento del ligando en un receptor rígido produce una estructura con una concordancia razonable con los datos experimentales. Este será el caso en el que, en la estructura acoplada, el ligando en la estructura acoplada hace fundamentales los enlaces de hidrógeno y los contactos hidrofóbicos con la proteína en buena concordancia con los datos experimentales.

Una segunda tarea del programa de acoplamiento es calcular la afinidad de unión de proteína-ligando, dada como una entrada de la estructura acoplada. Una función matemática usada para calcular la afinidad de unión se denomina "función de puntuación." A pesar del esfuerzo intensivo durante muchas décadas, en muchas situaciones, las funciones de puntuación disponibles actualmente no son satisfactorias con respecto a la precisión y robustez deseadas.

M Stahl y col: "Detailed Analysis of Scoring Functions for Virtual Screening", Journal of Medicinal Chemistr y , vol 44, nº 7, páginas 1035-1042 describe funciones de puntuación rápida para el acoplamiento de biblioteca. Se evalúan cuatro funciones de puntuación en siete proteínas diana cuyos sitios de unión representan una amplia gama de 45 tamaño, forma y polaridad, para dar una idea de las fuerzas y debilidades de las funciones de puntuación actuales. R Friesner y col: "Glide: A new Approach for Rapid, Accurate Docking and Scoring. 1. Method and Assessment of Docking Accuracy", Journal of Medicinal Chemistr y , vol 47, nº 7, páginas 1739-1749 describe un método que aproxima una búsqueda sistemática completa del espacio conformacional, orientacional y de posicional del ligando acoplado.

Sumario de la invención La presente invención proporciona un método que se aplica por ordenador para caracterizar la interacción de un ligando propuesto con un receptor especificado de acuerdo con la reivindicación 1. Hay dos aspectos de la 55 divulgación, los cuales presentan un método que se aplica por ordenador para calcular un valor representativo de la interacción (VRI) y un ligando propuesto con un receptor especificado.

Indicado por lo general, en el primer aspecto, las interacciones hidrofóbicas entre uno o más átomos de ligando y uno o más átomos del receptor se puntúan mediante un método que otorga una asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica de uno más átomos del ligando por el receptor, y la asignación da como resultado un VRI indicativo de una mayor afinidad de unión ligando/receptor.

En realizaciones preferentes del primer aspecto de la divulgación, el cálculo de VRI incluye al menos un término representativo de energía libre, entalpía o entropía, o una combinación de los mismos. Las interacciones 65 hidrofóbicas de puntuación pueden incluir el cálculo de un componente de puntuación del área superficial (SASC) que varía como una función del área superficial de contacto hidrofóbico-hidrofóbico entre átomos del ligando y

átomos del receptor, y la asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento de VRI con respecto a un VRI hipotético que se obtendría usando el SASC pero no la asignación. La puntuación también puede incluir el cálculo de un término de energía del par átomo-átomo, de modo que la asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento de VRI con respecto a un VRI hipotético que se obtendría usando la suma del término de energía del par átomo-átomo pero no de la asignación. Las interacciones hidrofóbicas de puntuación pueden incluir adicionalmente el cálculo de un término de energía del par átomo-átomo, y la asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento de VRI con respecto a un VRI hipotético que se obtendría usando la suma del término de energía del par átomo-átomo más el término de SASC, pero no la asignación.

El valor calculado de VRI se puede usar de diversas maneras, por ejemplo, mediante un programa informático en un método para simular el acoplamiento del ligando en el receptor para producir la estructura del complejo receptorligando, por ejemplo, para ayudar en la asignación de una estructura al complejo receptor-ligando o para evaluar afinidad de unión del ligando a una estructura del complejo proteína-ligando producida por el programa de acoplamiento.

Como alternativa, el valor VRI se puede calcular en un método que asigna un valor representativo de la interacción receptor-ligando en una estructura predeterminada de receptor-ligando, por ejemplo, una estructura predeterminada de receptor-ligando obtenida a partir de un programa de acoplamiento, a partir de simulaciones dinámicas moleculares o de minimizaciones usando un modelo de solvatación continua.

Preferentemente, una representación gráfica de las características estructurales del complejo receptor-ligando que contribuyen a un mayor VRI debido a la envoltura hidrofóbica se genera cuando la puntuación indica la presencia de envoltura hidrofóbica, y átomos del receptor que contribuyen a la envoltura hidrofóbica de uno o más átomos del

ligando se pueden resaltar gráficamente para proporcionar una imagen física de la envoltura. Las superficies del receptor que están implicadas en la envoltura hidrofóbica del ligando también se pueden resaltar en la pantalla.

El primer aspecto de la divulgación se puede usar para seleccionar compuestos para someterlos a ensayo experimentalmente.

Realizaciones preferentes del primer aspecto de la divulgación pueden incluir una o más de las siguientes etapas en cualquier orden (excepto la etapa g) que se realiza al final) : a) calcular un término que representa envoltura hidrofóbica; b) calcular un término que representa refuerzos electrostáticos; c) calcular un término que potencia VRI para enlaces de hidrógeno (H) en regiones hidrofóbicas; d) calcular un término que representa pares de enlaces de 35 H; e) calcular términos que representan cationes π y apilamiento π; f) calcular un término que representa un par lipofílico convencional; y g) calcular la puntuación a partir de una suma de términos. La presencia de envoltura hidrofóbica se puede determinar realizando al menos las siguientes etapas: a) localizar átomos de receptores lipofílicos que están dentro de una distancia especificada del punto de corte de un átomo hidrofóbico del ligando; b) determinar la distribución espacial y angular de átomos del receptor lipofílico alrededor del átomo del ligando hidrofóbico; c) adjudicación de la... [Seguir leyendo]

1. Un método implementado por ordenador para caracterizar la interacción de un ligando propuesto (20) con un receptor especificado (22) mediante el acceso a datos a partir de los que el ordenador calcula un valor

representativo de dicha interacción, VRI, comprendiendo dicho método puntuación por ordenador de interacciones hidrofóbicas entre uno o más átomos del ligando (24-32, 50) y uno o más átomos del receptor (34-38, 56) , comprendiendo dicha puntuación por ordenador al menos siguientes etapas:

a) recibir datos representativos de átomos en el ligando acoplado con el receptor;

b) actuar sobre dichos datos para identificar grupos de al menos tres átomos del ligando lipofílico conectados covalentemente que presentan interacción hidrofóbica con uno o más átomos del receptor lipofílico e interacciones hidrofóbicas de puntuación de dichos átomos del ligando con dichos átomos del receptor; c) asignar una primera asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica para cada uno de dichos grupos de al menos tres átomos del ligando lipofílico conectados covalentemente que presentan interacción hidrofóbica con átomos del receptor en lados opuestos de dicho grupo, y no para cualquier grupo cuyo tamaño sea inferior a tres; y d) calcular el VRI que incluye dicha primera asignación determinada en la etapa (c) .

2. El método de la reivindicación 1 en el que el cálculo de VRI incluye adicionalmente al menos un término 20 representativo de al menos uno de los siguientes: energía libre, entalpía y entropía.

3. El método de la reivindicación 1 en el que las interacciones hidrofóbicas de puntuación incluyen el cálculo de un componente de puntuación del área superficial, SASC, que varía como una función del área superficial del contacto hidrofóbico-hidrofóbico entre átomos del ligando y átomos del receptor, y la primera asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento del VRI con respecto a un VRI hipotético que se obtendría usando el SASC pero no la primera asignación.

4. El método de la reivindicación 1 en el que las interacciones hidrofóbicas de puntuación incluyen el cálculo de un término de energía del par átomo-átomo, y la primera asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento del VRI con respecto a un VRI hipotético que se obtendría usando la suma del término de energía del par átomo-átomo pero no la primera asignación.

5. El método de la reivindicación 3 en el que las interacciones hidrofóbicas de puntuación incluyen adicionalmente el cálculo de un término de energía del par átomo-átomo, y la primera asignación por la presencia de envoltura hidrofóbica da como resultado un aumento del VRI con respecto a un VRI hipotético se obtendría usando la suma del término de energía del par átomo-átomo más el término SASC, pero no la primera asignación.

6. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-5 en el que dicho valor de VRI se usa con un programa informático y el método se usa para simular el acoplamiento del ligando en el receptor para producir la estructura del 40 complejo receptor-ligando.

7. El método de la reivindicación 6 en el que el método se usa para ayudar en la asignación de una estructura al complejo receptor-ligando.

8. El método de la reivindicación 6 en el que el VRI se usa para evaluar la afinidad de unión del ligando a una estructura del complejo proteína-ligando producida por el programa de acoplamiento.

9. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 o 4 en el que el cálculo de dicho valor de VRI comprende asignar un valor representativo de la interacción receptor-ligando en una estructura predeterminada de receptor50 ligando.

10. El método de la reivindicación 9 en el que dicha estructura predeterminada de receptor-ligando se obtiene a partir de un programa de acoplamiento a partir de simulaciones dinámicas moleculares, o a partir de minimizaciones que usan un modelo continuo de solvatación.

11. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 2 o 4 que comprende adicionalmente generar una presentación gráfica de características estructurales del complejo receptor-ligando que contribuyen a un mayor VRI debido a envoltura hidrofóbica.

12. El método de la reivindicación 11 que comprende adicionalmente producir una presentación gráfica generada por ordenador del complejo en el que los átomos del receptor que contribuyen a la envoltura hidrofóbica de uno o más átomos del ligando están resaltados gráficamente para proporcionar una imagen física de la envoltura.

13. El método de la reivindicación 11 en el que superficies del receptor que están implicadas en la envoltura 65 hidrofóbica del ligando están resaltadas en la presentación.

14. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-4 en el que dicho método se usa para seleccionar compuestos a ensayar experimentalmente.

15. El método de la reivindicación 1 en donde el método comprende una o más de las siguientes etapas en cualquier 5 orden siempre y cuando la etapa (g) se realice en último lugar:

a) calcular un término que represente dicha primera asignación de envoltura hidrofóbica; b) calcular un término que represente refuerzos electrostáticos; c) calcular un término que aumente VRI para enlaces de hidrógeno (H) en regiones hidrofóbicas; d) calcular un término que represente pares de enlaces de H; e) calcular términos que representen cationes π y apilamientos π; f) calcular un término que represente un par lipofílico convencional; y g) calcular la puntuación a partir de una suma de términos.

16. El método de la reivindicación 1 en el que la presencia de envoltura hidrofóbica se determina realizando al menos las siguientes etapas:

a) localizar átomos del receptor lipofílico que están dentro de una distancia especificada del punto de corte de un átomo hidrofóbico del ligando; b) determinar la distribución espacial y angular de átomos del receptor lipofílico alrededor del átomo del ligando hidrofóbico; c) adjudicar la primera asignación basándose en la distribución espacial y angular de los átomos del receptor lipofílico alrededor del átomo del ligando hidrofóbico.

17. El método de la reivindicación 1 en el que un valor para la primera asignación atribuible a dicho grupo conectado de átomos del ligando se determina realizando al menos las siguientes etapas:

a) calcular la distancia entre un átomo del ligando lipofílico en el grupo y uno o más átomos lipofílicos del receptor; b) evaluar el grado de envoltura del átomo del ligando lipofílico mediante una fórmula que incluye términos que representan la dispersión angular de los átomos del receptor lipofílico y su distancia desde el átomo del ligando lipofílico, y asignar el valor para la primera asignación que se está basando en dicha evaluación del grado de envoltura.

18. El método de la reivindicación 17 en el que una mayor dispersión angular de átomos del receptor que están dentro de una distancia especificada del punto de corte del átomo del ligando da como resultado un valor de VRI más elevado usando dicha fórmula.

19. El método de la reivindicación 1 en el que dicho grupo de átomos del ligando conectados incluye un conjunto de átomos de carbono conectados sin interrumpir mediante conexiones de átomos polares.

20. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y el método incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura,

estando adicionalmente dicho método caracterizado por que se detecta un enlace sencillo de hidrógeno del ligando con el receptor, y se adjudica una segunda asignación de enlace de hidrógeno sencillo especial si ese enlace de 55 hidrógeno y su entorno satisfacen una o más de las siguientes condiciones:

(a) un átomo dador o aceptor de enlaces de hidrógeno del ligando es: i) nitrógeno; ii) en un anillo o iii) ambos (i) y (ii) ;

(b) un átomo del ligando forma parte de un grupo de átomos dadores de enlaces de hidrógeno y todos los dadores del grupo están unidos por hidrógeno al receptor;

(c) el receptor es una proteína y átomos del receptor que participan en el enlace de hidrógeno son parte de la estructura principal de la proteína;

(d) el átomo dador o aceptor del receptor apropiado en la estructura de apoproteína está poco solvatado;

(e) se calcula la suma de los factores angulares en términos de envoltura para el átomo pesado del ligando

implicado en el enlace de hidrógeno y cualquiera de los átomos de carbono unidos a este átomo, y se requiere que la suma supere un umbral especificado y se adjudica una segunda asignación de enlace de hidrógeno sencillo especial si ese enlace de hidrógeno y su entorno satisfacen la siguiente condición: la suma de los factores angulares en términos de envoltura para el átomo pesado del ligando implicado en el enlace de hidrógeno y se calcula cualquiera de los átomos de carbono unidos a este átomo, y se requiere que la suma supere un umbral especificado.

21. El método de la reivindicación 1 en el que ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y el método incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor;

b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura,

adicionalmente caracterizado por que la etapa (d) comprende el uso de un programa de adición de agua basado en la retícula para evaluar la solvatación del átomo dador o aceptor en una estructura de apoproteína del receptor.

22. El método de la reivindicación 21 en el que se requieren átomos que tengan menos de 3 moléculas de agua en contacto para cumplir con los requisitos para la segunda asignación.

23. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la 25 puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de

los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, comprendiendo el método designar pares de enlaces de hidrógeno ligando-receptor y adjudicando una segunda asignación de enlace de hidrógeno del par

especial usando uno o más de los siguientes criterios:

(i) pares de enlaces de hidrógeno múltiples no cumplen con los requisitos para la segunda asignación de enlace de hidrógeno del par especial cuando los átomos de unión están separados por más de un enlace de rotación, en el que los grupos OH cuentan como de no rotación en este cálculo;

(ii) uno o más de los siguientes tipos de pares de enlaces de hidrógeno del receptor de ligando no cumplen con los requisitos para la segunda asignación de enlace de hidrógeno del par especial:

1) enlaces de H de poca calidad (< 0, 05 para la puntuación del par HB) ; 2) pares que implican el mismo átomo de proteína neutra;

3) pares implicados en un puente salino si el potencial electrostático en el átomo de ligando no está por debajo de un punto de corte; 4) pares del puente salino si el átomo del receptor está implicado en un puente salino proteína-proteína; 5) pares dador/dador del ligando que vienen de grupos NH_x x >= 2 en los que N no forma parte de un anillo y tiene carga formal cero;

6) átomos de proteína cargados formalmente con más de 8 segundas envolturas de moléculas de agua en el estado de no unión; 7) enlaces de H con carga neutra en donde el átomo de proteína no está en un puente salino; 8) pares de diferentes átomos aceptores neutros en el ligando; 9) Pares de enlaces de H neutros que no cumplen individualmente con los requisitos para refuerzos de 55 enlace de hidrógeno sencillo; y 10) el OH del ligando se une al H receptor si el átomo del receptor tiene carga formal cero (iii) para pares en los que los átomos de ligando del par tienen individualmente carga formal neta cero, a los enlaces de hidrógeno se les adjudica una segunda asignación para dicha envoltura hidrofóbica en la que la 60 puntuación de dicha interacción hidrofóbica está optimizada para pares de enlaces de hidrógeno.

24. El método de la reivindicación 23, en el que se usan las siguientes condiciones en la realización de la etapa (c) de la reivindicación 23 para determinar si el par del enlace de hidrógeno tiene una puntuación de envoltura hidrofóbica por encima de una puntuación del punto de corte para recibir la segunda asignación del par del enlace de 65 hidrógeno: a) átomos del ligando en el par deben formar parte del mismo anillo o, para átomos del ligando que no están en el anillo, los átomos del ligando deben estar conectados directamente al mismo anillo; y b) se detecta hidrofobicidad en una región del enlace de hidrógeno y se añaden factores angulares para términos de envoltura y la suma supera dicho umbral especificado usando el par de átomos del ligando del

enlace de hidrógeno y los átomos del ligando en el anillo conectados directamente con los átomos del ligando que participan en el enlace de hidrógeno; y c) si un átomo del ligando del par no es un átomo del anillo pero está conectado a un anillo, la suma incluye átomos del anillo que son vecinos cercanos al átomo del ligando que no está en el anillo.

25. El método de la reivindicación 23 en el que se evita el doble recuento de enlaces de hidrógeno especiales sencillos buscando primero pares y excluyendo cualquier enlace de hidrógeno reforzado encontrado en la lista de pares a partir de la lista de refuerzo de enlace de H sencillo.

26. El método de la reivindicación 23 en el que se aplica cada uno de los siguientes criterios:

d) átomos del ligando en el par deben formar parte del mismo anillo o, para átomos del ligando que no están en el anillo, los átomos del ligando deben estar conectados directamente al mismo anillo; e) se detecta hidrofobicidad en una región del enlace de hidrógeno y se añaden factores angulares para términos de envoltura tal como se describe en la reivindicación 31, parte (e) , usando el par de átomos del ligando del enlace de hidrógeno y los átomos del ligando en el anillo conectados directamente con los átomos del ligando que participan en el enlace de hidrógeno; f) si un átomo del ligando del par no es un átomo del anillo pero está conectado a un anillo, la suma incluye átomos del anillo que son vecinos cercanos al átomo del ligando que no está en el anillo; y g) la segunda asignación adjudicada al par del enlace de hidrógeno es -3 kcal/mol.

27. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y en el que la magnitud de la segunda asignación para envoltura hidrofóbica está evaluada con al menos las siguientes etapas:

determinar la presencia de singletes de enlaces de hidrógeno, pares correlacionados de enlaces de hidrógeno y tripletes de enlaces de hidrógeno, y asignar diferentes valores por enlace a singlete, par y tripletes de enlaces de hidrógeno.

28. El método de acuerdo con la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y en el que el método que asigna un valor para enlaces de hidrógeno entre grupos de átomos neutros de un ligando y un receptor mediante un método que comprende, evaluar el grado de solvatación del receptor, y

adjudicar un refuerzo de enlace de hidrógeno neutro-neutro dependiendo del grado de solvatación del receptor.

29. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de 65 envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y en el que dos pares de enlaces de hidrógeno satisfacen los criterios para adjudicar una segunda asignación, los dos pares comparten un átomo en común.

30. El método de la reivindicación 29 en el que la segunda asignación para el segundo par es de -2 kcal/mol.

31. El método de la reivindicación 23 en el que la segunda asignación asignada al par de los enlaces de hidrógeno, denominada en lo sucesivo "refuerzo de base", se reduce de acuerdo con la siguiente fórmula:

• reducir el refuerzo de base usando una función angular:

en la que θ0 es el ángulo máximo y θm es el ángulo mínimo permitidos en la parametrización, S (θ) = 1, 0, si θθ0 y S (θ) = 0, 0, si θ < θm

• asignar a cada enlace del par un factor de escala angular S1, S2; y

• aplicar el producto Ehb_espec del factor de escala angular para cada enlace S1 *S2 del par al refuerzo de base Ebase, de acuerdo con la fórmula Ehb_espec = S1*S2*Ebase.

32. El método de la reivindicación 31 en el que θ0 es135º ±5º y θm es 120º ± 5º.

33. El método de la reivindicación 28 en el que la solvatación de compañeros del enlace de hidrógeno de la proteína en un enlace de hidrógeno neutro-neutro se evalúa aplicando un algoritmo basado en la retícula para añadir moléculas de agua explícitas, y hacer el recuento del número de dichas moléculas de agua en la primera y la segunda envolturas alrededor del grupo de proteína en cuestión 34. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno;

c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y en el que el método comprende adicionalmente producir una representación generada por ordenador del complejo en la que los enlaces de hidrógeno que reciben una segunda asignación especial debido a la envoltura hidrofóbica están resaltados en una presentación gráfica.

35. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y el método 40 incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de

los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y la envoltura de enlaces de hidrógeno que reciben una segunda asignación especial debido a la envoltura hidrofóbica está resaltada en una presentación 50 gráfica generada por ordenador.

36. El método de la reivindicación 35 en el que átomos del receptor que participan en la envoltura hidrofóbica de enlaces de hidrógeno que reciben una segunda asignación están resaltados en una presentación gráfica.

37. El método de la reivindicación 35 en el que átomos del receptor que participan en la envoltura hidrofóbica de enlaces de hidrógeno que reciben una segunda asignación están resaltados a través de una presentación de superficies hidrofóbicas del receptor.

38. El método de la reivindicación 1 en el que el ligando incluye grupos de átomos del ligando neutros y la 60 puntuación de interacciones hidrofóbicas incluye:

a) identificar uno o más enlaces de hidrógeno entre los átomos neutros del ligando y el receptor; b) determinar átomos del ligando conectados al grupo o grupos de enlace de hidrógeno; c) asignar una segunda asignación a enlaces de hidrógeno basándose en (a) si existe envoltura hidrofóbica de

los átomos del ligando implicados en los enlaces de hidrógeno, y los átomos del ligando conectados a los grupos de enlace de hidrógeno, y además en (b) si los átomos del ligando identificados en (a) se benefician de envoltura en la que (i) los átomos del ligando son lipofílicos o (ii) los átomos del ligando han hecho su complemento total de enlaces de hidrógeno sin la envoltura, y en el que el método comprende adicionalmente producir una representación generada por ordenador del complejo en la que los átomos del ligando conectados a enlaces de hidrógeno que reciben una segunda asignación especial debido a la envoltura hidrofóbica están resaltados en una presentación gráfica.

39. El método de la reivindicación 1 en el que regiones del receptor capaces de proporcionar envoltura hidrofóbica a grupos adecuados del ligando se detectan realizando simulaciones dinámicas moleculares e identificando regiones en las que las moléculas de agua tienen potenciales químicos desfavorables.

40. El método de la reivindicación 1 o en el que regiones del receptor capaces de proporcionar envoltura hidrofóbica a grupos adecuados del ligando se detectan colocando moléculas de agua rodeando al receptor y detectando 15 entornos envueltos con estas moléculas de agua.