Filtración automática de variantes de enzimas.

Un método, implementado usando un sistema informático que incluye uno o más procesadores y memoria del sistema,

para seleccionar una pluralidad de diferentes variantes de enzima para actividad con un sustrato, donde la pluralidad de diferentes variantes de enzima comprende al menos diez variantes diferentes, y las variantes de enzima comprenden sitios activos que difieren de otro por al menos una mutación en la secuencia de aminoácidos del sitio activo, comprendiendo el método:

(a) crear o recibir un modelo estructural para cada una de la pluralidad de diferentes variantes de enzima, en donde cada modelo estructural contiene una representación computacional tridimensional de un sitio activo de una variante de enzima;

(b) para cada variante enzimática, acoplamiento, por el sistema informático, una representación computacional del sustrato a la representación computacional tridimensional del sitio activo de la variante enzimática, en donde el acoplamiento (i) genera una pluralidad de posiciones del sustrato en el sitio activo, en donde una posición comprende una posición u orientación del sustrato con respecto al sitio activo de la variante enzimática, e (ii) identifica posiciones energéticamente favorables del sustrato en el sitio activo, en donde una posición energéticamente favorable es una posición que tiene una energía que sea favorable para la unión entre el sustrato y la variante enzimática;

(c) para cada posición energéticamente favorable, determinar si la posición está activa, en donde una posición activa cumple una o más restricciones para que el sustrato experimente una reacción catalítica en el sitio activo;

y

(d) seleccionar al menos una de las variantes de enzima que tiene un sitio activo en el que el sustrato tiene una o más posiciones activas como se determina en (c).

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2014/057899.

Solicitante: Codexis, Inc.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 200 Penobscot Drive Redwood City, CA 94063 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: ZHANG,XIYUN, SARMIENTO,RUSSELL JAVINIAR, BASKERVILLE,DONALD SCOTT, HUISMAN,GJAIT W.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • G06F19/00 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q).
  • G06F19/16 G06F […] › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para estructura molecular, p.ej. alineamiento de estructuras, relaciones estructurales o funcionales, plegamiento de proteínas, topología de dominios, búsqueda de dianas de fármacos usando datos estructurales, que utilizan estructuras bi-dimensionales o tri-dimensionales.

PDF original: ES-2693150_T3.pdf

 

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