Método para determinar un sitio de unión y una energía de unión mediante simulaciones de disolventes explícitas mixtas.

Un método de química computacional para calcular la(s) energía(s) libre(s) de unión de una molécula que se une a un receptor macromolecular utilizando datos procedentes de simulaciones clásicas,

que se llevan a cabo en un disolvente explícito mixto, que comprende:

a) introducir la estructura en 3D de un receptor macromolecular en un sistema informático;

b) construir al menos un sistema de simulación cosolvatado que comprende el receptor macromolecular y una mezcla de disolventes explícitos que comprenden agua y al menos un codisolvente anfífilo orgánico;

c) asignar tipos de átomos a los átomos en las moléculas de disolvente de al menos un sistema de simulación cosolvatado del paso b);

d) calcular al menos una trayectoria de al menos un sistema de simulación cosolvatado;

e) dividir el al menos un sistema de simulación cosolvatado en elementos de volumen;

f) contar la presencia de cada tipo de átomo de disolvente en cada elemento de volumen a lo largo de la al menos una trayectoria del al menos un sistema de simulación cosolvatado para dar la ocupación total durante el tiempo simulado en el elemento de volumen;

g) utilizar los resultados en el último paso para obtener energías libres de unión a la macromolécula de los diferentes tipos de átomos encontrados en las moléculas de disolvente;

h) desacoplar la contribución de cada tipo de átomo en la molécula de codisolvente del resto de los tipos de átomos de la molécula de codisolvente para obtener energías libres de unión corregidas del tipo de átomo en cada elemento de volumen llevando a cabo un paso seleccionado del grupo que consiste en:

h1) en el paso f) redistribuir las unidades de recuento entre los tipos de átomos de la molécula de codisolvente para que el recuento asignado al tipo de átomo sea directamente proporcional a su contribución de energía libre de unión;

y

h2) en el paso g) restar la energía libre de unión debida a todos los otros tipos de átomos presentes en la molécula de codisolvente de la energía libre de unión no corregida del tipo de átomo.

i) reunir todas las energías libres de unión corregidas obtenidas en el paso h) para que todos los tipos de átomos construyan una función de puntuación corregida; y

j) basándose en el acoplamiento, calcular la energía libre de unión de la molécula que se une al receptor macromolecular utilizando la función de puntuación corregida obtenida en el paso i).

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/EP2012/076500.

Solicitante: UNIVERSITAT DE BARCELONA.

Inventor/es: SCHMIDTKE, PETER, ALVAREZ GARCIA,DANIEL, BARRIL-ALONSO,XAVIER.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • G06F19/00 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q).
  • G06F19/16 G06F […] › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para estructura molecular, p.ej. alineamiento de estructuras, relaciones estructurales o funcionales, plegamiento de proteínas, topología de dominios, búsqueda de dianas de fármacos usando datos estructurales, que utilizan estructuras bi-dimensionales o tri-dimensionales.

PDF original: ES-2710209_T3.pdf

 

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