Métodos de determinación de la presencia o la ausencia de segmentos genéticos.

Un método de determinación de la presencia o la ausencia de un segmento genético de interés,

tal como un exón, un intrón o un promotor, en una muestra que contiene ADN, comprendiendo el método:

(i) poner en contacto un primer conjunto de sondas, que comprende una pluralidad de réplicas de al menos una sonda oligonucleotídica que interroga a una primera secuencia afín dentro de dicho segmento de interés, con:

(a) una pluralidad de muestras de referencia en las que el segmento genético de interés esté ausente, y

(b) una pluralidad de muestras de referencia en las que el segmento genético de interés esté presente, en condiciones que permitan que se produzca la hibridación de la sonda y la secuencia afín;

(ii) medir la intensidad de hibridación del conjunto de sondas de cada una de las muestras de referencia, obteniéndose de este modo, de la etapa (i)(a), un primer grupo de valores de intensidad de hibridación para las muestras de referencia en las que está ausente el segmento genético de interés y, de la etapa (i)(b), un segundo grupo de valores de intensidad de hibridación para las muestras de referencia en las que está presente el segmento genético de interés; y

(iii) establecer una región "sin determinación" de los valores de intensidad de hibridación que se encuentra en la región entre dichos primer y segundo grupos y que está limitada por un límite sin determinación inferior, LNC, y un límite sin determinación superior, UNC, en donde el LNC y el UNC representan límites de confianza estadística para asignar un valor de intensidad de la hibridación a dichos primer y segundo grupos, respectivamente, y se calculan de la siguiente manera:

**(Ver fórmula)**

**(Ver fórmula)**

donde:

**(Ver fórmula)**

I/B es la intensidad de hibridación del conjunto de sondas;

aMediana I/B es la mediana o la media de los valores de I/B medidos de las muestras de referencia en las que está ausente el segmento genético de interés;

pMediana I/B es la mediana o la media de los valores de I/B medidos de las muestras de referencia en las que está presente el segmento genético de interés;

a(I/B)n es el mayor valor de I/B medido de las muestras de referencia en las que está ausente el segmento genético de interés; y

p(I/B)1 es el menor valor de I/B medido de las muestras de referencia en las que está presente el segmento genético de interés;

iv) poner en contacto el primer conjunto de sondas con al menos una muestra de ensayo que contenga ADN en condiciones que permitan que se produzca la hibridación de la sonda y la secuencia afín;

v) medir la intensidad de la hibridación del conjunto de sondas para la al menos una muestra de ensayo; y vi) comparar la intensidad de hibridación medida con el LNC y el UNC;

en el que una intensidad de hibridación medida por debajo del LNC indica que dicho segmento genético de interés está ausente en la muestra de ensayo y una intensidad de hibridación medida por encima del UNC indica que dicho segmento genético de interés está presente en la muestra de ensayo;

y en el que el ADN de las muestras de referencia y/o la muestra de ensayo se ha marcado con un marcador fluorescente;

y en el que la medición de la intensidad de hibridación comprende medir la señal de fluorescencia del marcador fluorescente en cada ubicación de la sonda oligonucleotídica;

y en el que la intensidad de hibridación para cada conjunto de sondas se mide como I/B, donde:

I se determina como la media o la mediana de la señal de fluorescencia medida combinada de las réplicas de cada sonda oligonucleotídica, opcionalmente tras el recorte de las lecturas extremas; y

B se determina como la media o la mediana de la señal de fluorescencia de fondo combinada de las réplicas de cada sonda oligonucleotídica, opcionalmente tras el recorte de las lecturas extremas.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E10166561.

Solicitante: PROGENIKA BIOPHARMA, S.A..

Nacionalidad solicitante: España.

Inventor/es: MARTINEZ, ANTONIO, GARCIA, DAVID, OCHOA,JORGE, LOPEZ,MONICA, TEJEDOR,DIEGO, SIMON,LAUREANO.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • G06F19/18 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para genómica o proteómica funcional, p.ej. asociaciones genotipo-fenotipo, desequilibrio de ligamiento, genética de poblaciones, identificación de sitios de unión, mutagénesis, genotipado o anotación genómica, interacciones proteína-proteína o interacciones proteína-ácido nucleico.
  • G06F19/20 G06F 19/00 […] › para hibridación o expresión génica, p.ej. microarrays, secuenciación por hibridación, normalización, perfiles, modelos de corrección de ruido, estimación de la ratio de expresión, diseño de sondas u optimización de sondas.
  • G06F19/24 G06F 19/00 […] › para aprendizaje automático, minería de datos o bioestadística, p.ej. identificación de patrones, descubrimiento de conocimiento, extracción de reglas, correlación, agrupamiento o clasificación.

PDF original: ES-2641600_T3.pdf

 

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