Un método de pronóstico de un f enotipo de r emisión de la artritis reumatoide (RA) en un sujeto que tiene RA,

comprendiendo dicho método determinar (i) el genotipo de un individuo al menos en la posición de polimorfismo de un solo nucleótido en rs2476601; y (ii) una representación binaria del nivel de anticuerpo anti-péptido cíclico citrulinado (ANTI-PCC BI) en el suero del sujeto.

Metodo de pronostico.

Solicitudes relacionadas

Esta solicitud esta relacionada con la Solicitud de Patente del Reino Unido Nº 0613844.0, presentada el 12 de julio de 2006.

Campo de la invención

[0002] La invencion se refiere a metodos y productos, en particular, a micromatrices para el genotipado in vitro de variaciones geneticas asociada a artritis reumatoide (RA) . La i nvencion se refiere ademas a metodos para el pronostico y tratamiento de la RA, y a productos para su uso en los mismos.

Antecedentes de la invención

[0003] La artritis reumatoide (RA) es un trastorno inflamatorio cronico que caracteristicamente tiene implicacion articular. La prevalencia es de aproximadamente el 0, 8 (aproximadamente 2, 9 millones de personas en Europa) , con algunas variaciones entre grupos etnicos. La RA es mas comun en mujeres que en hombres. [0004] En el proceso patologico de la RA, la inflamacion implica a la membrana sinovial y puede causar danos al cartilago y al propio hueso. Las areas que pueden afectarse incluyen las articulaciones de las manos, munecas, cuello, mandibula, codos, pies y tobillos. Con frecuencia, la RA causa que las articulaciones del cuerpo se vean afectadas de una forma simetrica, lo que significa que la enfermedad ataca a la misma articulacion en ambos lados del cuerpo, por ejemplo, ambas manos. [0005] El diagnostico de RA se realiza actualmente de acuerdo con los criterios expuestos por el Colegio Americano de Reumatologia en 1987 (publicados en Arnett et al., Arthritis and Rheumatism 1988 Mar; 31 (3) : 31524) . [0006] Se usan comunmente varios agentes farmacologicos para gestionar los signos y sintomas de la RA. Estos se incluyen en cuatro clases principales: AINE (farmacos antinflamatorios no esteroideos) , que alivian el dolor y la inflamacion asociados con la RA; DMARD (farmacos antirreumaticos modificadores de enfermedad) , que tanto alivian los sintomas como ayudan a controlar la RA por modificacion de su proceso patologico) ; glucocorticoides (un grupo de farmacos antinflamatorios que estan relacionados con el cortisol, una hormona esteroidea natural producida por el cuerpo) ; y agentes biologicos (farmacos como Kineret® (anakinra) , que estan disenados para dirigirse a moleculas especificas en el sistema inmune que contribuyan al proceso patologico de la RA. [0007] Los estudios epidemiologicos y geneticos han proporcionado pruebas de la presencia de factores de susceptibilidad genetica para la RA, que representan aproximadamente el 60% de la variacion en la predisposicion a la enfermedad. La identificacion de aquellos genes relacionados con la RA podria llevar a una mejor compresion de la patogenesis, diagnostico, localizacion y pronostico y, en ultima instancia, a un tratamiento adecuado apropiado. Desde un punto de vista clinico, el diagnostico, pronostico y localizacion tempranos de la enfermedad significaria un cambio importante en las decisiones terapeuticas usadas para el tratamiento. [0008] Los estudios de asociacion han identificado recientemente varios genes en los que una o mas variaciones geneticas dan como resultado un mayor o menor riesgo de contraer esta enfermedad, una mejor o peor respuesta a farmacos y/o un mejor o peor pronostico. Un medio de caracterizacion de multiples variaciones asociadas a RA que pudiera usarse clinicamente proporcionaria un gran avance en el diagnostico y la terapia. [0009] Con frecuencia se usan microplacas de ADN para discriminar entre alelos en loci geneticos. [0010] En 2001, el Consorcio para el Proyecto del Genoma Humano y la compania privada Celara presentaron el primer ejemplo completo del genoma humano con 30.000 genes. A partir de este momento, comenzo la posibilidad de estudiar el genoma completo o de estudios a gran escala (alto rendimiento) . Las denominadas "microplacas de ADN", tambien denominadas "micromatrices", "matrices de ADN" o "biomicroplacas de ADN" son aparatos que puede usar la genomica funcional para estudios a gran escala. La genomica funcional estudia cambios en la expresion de genes debidos a factores ambientales y a caracteristicas geneticas de un individuo. Las secuencias genicas presentan pequenas variaciones interindividuales en un unico nucleotido denominadas SNP ("polimorfismo de un solo nucleotido") , que en un pequeno porcentaje estan implicadas en cambios en la expresion y/o funcion de genes que causan ciertas patologias. La mayoria de los estudios que aplican microplacas de ADN estudian la expresion genica, aunque las microplacas tambien se usan en la deteccion de SNP. [0011] La primera microplaca de ADN fue la "transferencia de Southern", en la que se usaron moleculas de acido nucleico marcadas para examinar moleculas de acido nucleico unidas a un soporte solido. El soporte era tipicamente una membrana de nylon.

Dos avances marcaron el comienzo definitivo de la microplaca de ADN. El uso de un soporte solido no poroso, tal como vidrio, permitio la miniaturizacion de matrices, permitiendo de este modo que se incorporasen un gran numero de caracteristicas de sondas individuales sobre la superficie del soporte a una densidad de >1.000 sondas por cm2. La adaptacion de tecnicas fotolitograficas semiconductoras permitio la produccion de microplacas de ADN que contenian mas de 400.000 oligonucleotidos diferentes en una region de aproximadamente 20 !m2, denominadas microplacas de ADN de alta densidad.

En general, una microplaca de ADN comprende un soporte solido que contiene cientos de fragmentos de secuencias de di ferentes genes representados en f orma de ADN, A DNc u oligonucleotidos fijos, uni dos a la superficie solida en posiciones fijas. Los soportes son generalmente portaobjetos de vidrio para el microscopio, membranas de nylon o "microplacas" de silicio. Es importante que las secuencias de nucleotidos o sondas se unan al soporte en posiciones fijas, ya que la localizacion robotizada de cada sonda determina el gen cuya expresion se esta midiendo. Las microplacas de ADN pueden clasificarse como:

- microplacas de ADN de alta densidad: los oligonucleotidos que se encuentran en la superficie del soporte, por ejemplo, portaobjetos de vidrio, se han sintetizado "in situ", mediante un metodo denominado fotolitografia.

- microplacas de ADN de baja densidad: losoligonucleotidos, ADNc o fragmentos deamplificacion por PCR se depositan en forma de nanogotas en la superficie del soporte, por ejemplo, vidrio, por medio de un robot que imprime esas secuencias de ADN en el soporte. Hay muy pocos ejemplos de microplacas de ADN de baja densidad que e xistan: u na m icroplaca d e A DN p ara detectar 5 m utaciones en el ge n d e t irosinasa; una microplaca de A DN par a d etectar m utaciones en p 54 y k -ras; u na microplaca de A DN par a detectar 12 mutaciones que causan cardiomiopatia hipertrofica; una microplaca de ADN para el genotipado de cepas de Escherichia coli; o microplacas de ADN para detectar patogenos tales como Cr y ptosporidium parvum o rotavirus.

Para estudios de expresion genetica, las sondas depositadas en la superficie solida, por ejemplo, vidrio, se hibridan con ADNc sintetizados a partir de ARNm extraidos de una muestra dada. En general, el ADNc se ha marcado co n un f luoroforo. C uanto m ayor se a el numero d e m oleculas de A DNc unidas a su se cuencia complementaria en la microplaca de ADN, mayor sera la intensidad de la senal fluorescente detectada, tipicamente medida con un laser. Esta medida es por tanto un reflejo del numero de moleculas de ARNm en la muestra analizada y, por consiguiente, un reflejo del nivel de expresion de cada gen representado en la microplaca de ADN.

Las microplacas de ADN de expresion genica tambien contienen tipicamente sondas para la deteccion de la expresion de genes de control, con frecuencia denominados "genes constitutivos", que permiten normalizar los resultados experimentales y que se comparen multiples experimentos de una forma cuantitativa. Con la microplaca de ADN, los niveles de expresion de cientos o miles de genes en una celula pueden determinarse en un solo experimento. El ADNc de un muestra de ensayo y el de una muestra de control pueden marcarse con dos fluoroforos diferentes, de modo que la misma microplaca de ADN puede usarse para estudiar diferencias en la expresion genica.

Las microplacas de ADN para la deteccion de polimorfismos geneticos, cambios o mutaciones (en general, variaciones geneticas) en la secuencia de ADN comprenden una superficie solida, tipicamente vidrio, sobre la que se depositan un gran numero de secuencias geneticas (las sondas) complementarias alas variaciones geneticas a estudiar. Usando impresoras roboticas convencionales para aplicar sondas a la matriz, puede obtenerse una al ta densidad de caracteristicas de sondas individuales,... [Seguir leyendo]

1. Un metodo de pronostico de un fenotipo de remision de la artritis reumatoide (RA) en un sujeto que tiene RA, comprendiendo dicho metodo determinar (i) el genotipo de un individuo al menos en la posicion de polimorfismo de un solo nucleotido en rs2476601; y (ii) una representacion binaria del nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC BI) en el suero del sujeto.

2. Un metodo de acuerdo con la reivindicacion 1, en el que el metodo comprende:

(I) obtener resultados:

(i) de la identidad del nucleotido en el ADN genomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en el alelo nulo del gen de la Glutation S-transferasa M1 (GSTM1) y en rs2476601; y

(ii) de una representacion binaria del nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC BI) en el suero del sujeto; y

(II) usar los resultados obtenidos en (I) para pronosticar el fenotipo de remision de RA.

3. Un metodo de acuerdo con la reivindicacion 1 o la reivindicacion 2, que comprende ademas pronosticar un fenotipo de artritis reumatoide (RA) agresivo en el sujeto, comprendiendo dicho fenotipo de RA agresivo uno o mas de: una puntuacion de cuestionario de evaluacion de la salud (HAQ) de >2 (HAQ>2) ; la presencia de multiples erosiones en las manos yen los pies (RX2) ; recibir 3 o mas tratamientos diferentes (TTO 30M) ; verse forzado a dejar el em pleo de bido a l a R A ( dejar el t rabajo) ; y r ecibir un a pr otesis articular ( intervencion qui rurgica) , comprendiendo dicho metodo:

(I) obtener resultados de acuerdo con el modelo 1, modelo 2, modelo 3, modelo 4 y/o modelo 5 para el sujeto; y

(II) usar los resultados obtenidos en (I) para pronosticar el fenotipo de RA agresivo,

en el que:

(a) cuando el fenotipo de RA agresivo comprende una puntuacion de cuestionario de evaluacion de la salud (HAQ) de >2 (HAQ>2) , dicha etapa (I) comprende obtener los resultados de acuerdo con dicho modelo 1, comprendiendo dichos resultados:

(i) la identidad del nucleotido en el ADN genomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en cada uno de rs1800790 y rs2070874;

(ii) el nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC) en el suero del sujeto; y

(iii) la velocidad de sedimentacion eritrocitaria (VSG) en la sangre del sujeto,

(b) cuando el fenotipo de RA agresivo comprende la presencia de multiples erosiones en las manos y en los pies (RX2) , dicha etapa (I) comprende obtener los resultados de acuerdo con dicho modelo 2, comprendiendo dichos resultados:

(i) la identidad del nucleotido en el ADN genomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en cada uno de rs1544410, rs2071592, rs187238 y rs1801275;

(ii) una representacion binaria del nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC BI) enel suero del sujeto; y

(iii) el numero de articulaciones dolorosas (NoARTDOL) mencionadas por el sujeto,

(c) cuando el fenotipo de RA agresivo comprende recibir 3 o mas tratamientos diferentes (TTO 30M) , dicha etapa (I) comprende obtener los resultados de acuerdo con dicho modelo 3, comprendiendo dichos resultados:

(i) la identidad del nucleotido en el ADN genomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en cada uno de rs7531668, rs419598 y rs1024611;

(ii) el nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC) en el suero del sujeto;

(iii) el nivel de anticuerpo Factor Reumatoide (RF) en el suero del sujeto;

(iv) el nivel de proteina C reactiva (PCR) en la sangre del sujeto; y

(v) la edad en anos a la que se le diagnostico al sujeto la RA,

(d) cuando el fenotipo de RA agresivo comprende verse forzado a dejar el empleo debido a la RA (dejar el trabajo) , dicha etapa (I) comprende obtener los resultados de acuerdo con dicho modelo 4, comprendiendo dichos resultados:

(i) la identidad del nucleotido en el ADNgenomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en cada uno de rs1042522, el alelo nulo del gen de la Glutation S-transferasa T1 (GSTT1) y rs1801133, (e) cuando el fenotipo de RA agresivo comprende recibir una protesis articular (intervencion quirurgica) , dicha etapa (I) comprende obtener los resultados de acuerdo con dicho modelo 5, comprendiendo dichos resultados:

(i) la identidad del nucleotido en el ADN genomico del sujeto en la posicion del polimorfismo de un solo nucleotido en cada uno de rs2268277, rs1042522, rs10735810 y rs3025039;

(ii) una representacion binaria del nivel de anticuerpo anti-peptido ciclico citrulinado (ANTI-PCC BI) enel suero del sujeto; y

(iii) la velocidad de sedimentacion eritrocitaria (VSG) en la sangre del sujeto.

4. El metodode acuerdo con la reivindicacion 1 o la reivindicacion 2, en el que el metodo comprende ademas pronosticar el fenotipo de RA de intolerancia a metotrexato, en el que:

dicha etapa (I) comprende ademas obtener resultados de acuerdo con el modelo 6, comprendiendo dichos resultados:

(i) l a i dentidad del n ucleotido en e l A DN genomico del sujeto en l a p osicion d el p olimorfismo de un so lo nucleotido en rs1801133; y

(ii) la edad en anos a la que se le diagnostico al sujeto la RA.

5. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 2 a 4, en el que en la etapa (II) , solo se usan los resultados obtenidos en la etapa (I) para pronosticar el fenotipo de RA.

6. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la obtencion de resultados para variables de SNP comprende la secuenciacion o analisis de micromatrices.

7. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que la obtencion de resultados para variables de SNP comprende el uso de una o mas parejas de sondas oligonucleotidicas indicadas en la Figura 2.

8. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que la obtencion de resultados para variables de SNP comprende la amplificacion de acido nucleico obtenido del sujeto, y el metodo comprende el uso de una o mas parejas de cebadores oligonucleotidicos indicadas en la Figura 3.

9. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la etapa (II) comprende:

(i) introducir los resultados determinados en la etapa (I) en una funcion de probabilidad, calculando de este modo un valor de funcion de probabilidad; y

(ii) comparar el valor de la funcion de probabilidad con los valores de la funcion de probabilidad calculados para individuos de fenotipo conocido.

10. El metodo de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones anteriores que comprende el uso de una funcion de probabilidad derivada de los datos de cualquiera de las Tablas 4 a 10.

11. Un metodo de seleccion de un tratamiento adecuado para tratar la RA en un sujeto, comprendiendo el metodo:

(a) pr onosticar un f enotipo de R A en el su jeto m ediante un m etodo de acu erdo co n cu alquiera de l as reivindicaciones anteriores; y

(b) seleccionar un tratamiento que sea adecuado para el fenotipo de RA determinado.

Figura 1: Tabla 1A: Variaciones genéticas asociadas con RA

El polimorfismo C1672T de la familia de transportadores de soluto 22 A4 (SLC22A4) . El polimorfismo C24658G del factor de transcripcion relacionado con Runt 1 (RUNX1) . El polimorfismo G117A de la peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4) . El polimorfismo G55S de la peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4) . El polimorfismo V82A de la peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4) . El polimorfismo G112A de la peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4) . El polimorfismo Hla25 del gen relacionado con la cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I

(MICA) .

El polimorfismo Hla28 del gen relacionado con la cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I

(MICA) .

El polimorfismo Hla58 T/G de NOTCH4.

El polimorfismo G1154A del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

El polimorfismo C634G del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

El polimorfismo C936T del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

El polimorfismo A607C de interleucina 18 (IL18) .

El polimorfismo G-137C de interleucina 18 (IL18) .

El polimorfismo Q551R del receptor de interleucina 4 (IL-4R) .

El polimorfismo T2018C del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RNº2) .

El polimorfismo C2073T del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RNº2) .

El polimorfismo C872T de muerte programada 1 (PD-1, PDCD1) .

El polimorfismo Asp299Gly del receptor tipo peaje 4 (TLR4) .

El polimorfismo Apos.VS7+283 (b>B) del receptor de vitamina D (1, 25- dihidroxivitamina D3)

El polimorfismo C-547T del dominio de inmunoglobulina de celula T y dominio de mucina 3 (TIM3) .

El polimorfismo T4259G del dominio de inmunoglobulina de celula T y dominio de mucina 3 (TIM3) .

El polimorfismo UTR 3º de uroquinasa (-A2849G) .

El antigeno de linfocito T citotoxico 4 (CTLA4A/G) en el exon 1.

El polimorfismo Ala566Thr del transportador asociado con el procesamiento de antigenos 2 (TAP2) .

El polimorfismo I kappa BL A-62T. Polimorfismo C1362T de poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP-1) .

El polimorfismo T1858C de proteina tirosina fosfatasa.

El polimorfismo Fok I del receptor de vitamina D.

El polimorfismo G38A de uteroglobina (UG) .

El polimorfismo 6A/6A de metaloproteinasa de la matriz 3 (MMP3) .

Los genotipos Arg/Arg y Pro/Pro de proteina tumoral p53 en el codon 72. El polimorfismo (-A2849G) de interleucina 10 (IL-10) . Los polimorfismos -308, +488, -857 y -238 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa) . El polimorfismo T587G del receptor del factor de necrosis tumoral 2 (TNFR2) . El polimorfismo +36 A/A del receptor del factor de necrosis tumoral 1 (TNFR1) . El polimorfismo G-455A del polipeptido beta de fibrinogeno B (FGB) . El polimorfismo de genotipo nulo de la variante 1 del transcrito de glutation S-transferasa M1 GSTM1. El polimorfismo de genotipo GSTT1-0 de la glutation S-transferasa T1 (GSTT1) . El polimorfismo (-C3435T) de la proteina de multi-resistencia a farmacos (MDR-1) . El polimorfismo R241G de la molecula de adhesion 1 (ICAM1) . El polimorfismo C3954T de interleucina 1 beta (IL-1B) . El polimorfismo Val58lle de condromodulina II (Chm II) . El polimorfismo -622 del gen de interleucina 6 (IL-6) . El 347 GG de 5-aminoimidazol-4-carboxamida ribonucleotido formiltransferasa/IMP ciclohidrolasa (ATIC) .

Polimorfismo G80A del miembro 4 de la familia de transportadores de solutos 22 (SLC22A4) . El polimorfismo C677T y A1298C de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) . El polimorfismo 249, 365 y 720 del gen de linfotoxina alfa (LTA) . El alelo -1087 G/G de interleucina 10 (IL-10) y el alelo de factor de necrosis tumoral-alfa (TNF) -308 TNF1/TNF1

(Estas variaciones se asocian con RA en combinacion, pero no en solitario) . El factor de crecimiento transformante beta TGFbeta1 (alelo C poco frecuente en el codon 25) y el antagonista del receptor de IL1 (alelo A2 en el intron 2) (Estas variaciones se asocian con RA en combinacion, pero no en solitario) . Polimorfismo T869C de codon 10. El polimorfismo -1087 AA del gen de interleucina 10 (IL-10) . El po limorfismo 28 2C>T, 590G >A, 341T >C, 481C >T, 803A>G, 85 7G>A y 19 1G>A de N -acetiltransferasa 2

(arilamina N-acetiltransferasa) . Los polimorfismos G460A y A719G de tiopurina metiltransferasa (TPMT) . El polimorfismo -C196T de proteina de tipo receptor de Fc 3 (FCRL3) . El polimorfismo Arg260Thr del gen de tapasina (TPSN) El haplotipo A de poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP-1) (410T-ºAº (10) -ºCAº (10-12) -1362C, que incluye alelos CA

de PARP-1 cortos) y haplotipo B (410C-ºAº (11 ) -ºCAº (13-20) -1362T. Los polimorfismos Hla 76 y Hla 78 del antigeno de histocompatibilidad. El polimorfismo del receptor de melatonina 1B (MTNR1B) . El polimorfismo (-168A-G) del transactivador del complejo mayor de histocompatibilidad clase II (MHC2TA) . El polimorfismo del receptor BETA-2-adrenergico. El polimorfismo A1298C de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) . El polimorfismo (-2518) G>A de la proteina quimiotactica de monocitos 1 (MCP1) .

El polimorfismo menos 843C/T del gen del LIGANDO FAS. El polimorfismo IBD5 locuslGR2060a 1 del gen de la enfermedad inflamatoria del intestino. El polimorfismo V158F (G/T) del gen cd16a. El polimorfismo menos 511a/c de interleucina 1 beta (IL1b) . El polimorfismo 34c/t de interleucina 4 (IL4) . El polimorfismo C93T de caspasa 9. El polimorfismo K469E de la molecula de adhesion intracelular 1 (ICAM1) . El polimorfismo Gly54Asp del gen de union a lectina, manosa (MBL) . El polimorfismo -590 del gen de interleucina 4 (IL4) . El polimorfismo T145C (Leu49Ser) del gen de TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 5 (TPMT5) . El polimorfismo A539T del gen de TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 6 (TPMT6) . El polimorfismo T681G (His227Gln) del gen de TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 7 (TPMT7) . El polimorfismo G644A (Arg215His) del gen de TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 8 (TPMT8) . El polimorfismo HLA b27 del antigeno de histocompatibilidad. El G80A de la familia de transportadores de solutos 19 (folato reductasa) SLC19A1

Figura 2: Tabla 2

1. Polimorfismo C1672T de la familia de transportadores de soluto 22 A4 (SLC22A4) (sondas para detectar el polimorfismo C1672T del gen de la familia de transportadores de soluto 22 A4) .

2. Polimorfismo C24658G del factor de transcripción relacionado con Runt 1 (RUNX1)

3. Polimorfismo G117A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

4. Polimorfismo G55S de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

5. Polimorfismo V82A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4.

6. Polimorfismo G112A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

7. Polimorfismo Hla25 del gen relacionado con cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I (MICA)

8. Polimorfismo Hla28 del gen relacionado con cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I (MICA)

9. Polimorfismo Hla58 T/G de NOTCH4

10. Polimorfismo G1154A del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF)

11. Polimorfismo C634G del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

12. Polimorfismo C936T del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

13. Polimorfismo A607C de interleucina 18 (IL18) .

14. Polimorfismo G-137C de interleucina 18 (IL18) .

15. Polimorfismo Q551R del receptor de interleucina 4 (IL-4R) .

16. Polimorfismo T2018C del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RN*2) .

17. Polimorfismo C2073T del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RN*2)

18. Polimorfismo C872T de muerte programada 1 (PD-1, PDCD1) .

19. Polimorfismo Asp299Gly del receptor de tipo peaje 4 (TLR4) .

20. Polimorfismo Apos. VS7+283 (b>B) del receptor de vitamina D (1, 25-dihidroxivitamina D3) .

21. Polimorfismo C-547T del dominio de inmunoglobulina de célula T y dominio de mucina 3 (TIM3) .

22. Polimorfismo T4259G del dominio de inmunoglobulina de célula T y dominio de mucina 3 (TIM3)

23. Polimorfismo (-A2849G) de UTR 3' de uroquinasa 24. Antígeno de linfocito T citotóxico 4 (CTLA4A/G) en exón 1.

25. Polimorfismo Ala565Thr del transportador asociado con procesamiento de antígenos 2 (TAP2)

26. Polimorfismo I kappa BL A-62T

27. Polimorfismo C1362T de poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP-1) . Poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP1) haplotipo A (410T-[A] (10) -[CA] (10-12) -1362C, que incluye alelos CA de PARP-1 cortos) y haplotipo B (410C[A] (11) -[CA] (13-20) -1362T.

28. Polimorfismo T1858C de proteína tirosina fosfatasa.

29. Polimorfismo Fok I de receptor de vitamina D.

30. Polimorfismo G38A de uteroglobina (UG) .

31. Polimorfismo 6A/6A de metaloproteinasa de la matriz 3 (MMP3) .

32. Genotipos Arg/Arg y Pro/Pro en el codón 72 de la proteína tumoral p5.

33. Polimorfismo (-A2849G) de interleucina 10 (IL-10) .

34. El -308 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa) .

35. El +488 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa) .

37. El -238 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa) . 38. Polimorfismo T587G del receptor del factor de necrosis tumoral 2 (TNFR2) .

39. Polimorfismo +36 A/A del receptor del factor de necrosis tumoral 1 (TNFR1) .

40. Polimorfismo G-455A del polipéptido beta de fibrinógeno B (FGB) .

41. Polimorfismo de genotipo nulo GSTM1 de la variante 1 del transcrito de glutatión S-transferasa M1.

42. Polimorfismo del genotipo GSTT1-0 de glutatión S-transferasa T1 ( GSTT1)

43. Polimorfismo (-C3435T) de proteína de multi-resistencia a fármacos (MDR-1) .

44. Polimorfismo R241G de molécula de adhesión 1 (ICAM1) .

45. Polimorfismo C3954T de interleucina 1 beta (IL-1B) .

46. Polimorfismo Val58Ile de condromodulina II (Chm II) .

47. Polimorfismo -622 del gen de interleucina 6 (IL-6) .

48. 347 GG de 5-aminoimidazol-4-carboxamida ribonucleótido formiltransferasa/IMP ciclohidrolasa (ATIC) .

49. Polimorfismo G80A del miembro 4 de la familia de transportadores de soluto 22 (SLC22A4) .

50. Polimorfismo C677T de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) .

51. Polimorfismo 249 del gen de linfotoxina alfa (LTA) .

52. Polimorfismo 365 del gen de linfotoxina alfa (LTA)

53. Polimorfismo 720 del gen de linfotoxina alfa (LTA) .

54. Polimorfismo -1087 G/G de interleucina 10 (IL-10)

55. Polimorfismo -308 TNF1/TNF1 del factor de necrosis tumoral alfa (TNF) .

56. Polimorfismo de factor de crecimiento transformante TGFbeta1.

57. Polimorfismo -1087 AA del gen de interleucina 10 (IL-10) .

58. Polimorfismo G460A de tiopurina metiltransferasa (TPMT) .

59. Polimorfismo A719G de tiopurina metiltransferasa (TPMT) .

60. Polimorfismo -C196T de proteína de tipo receptor de Fc 3 (FCRL3)

61. Polimorfismo Arg260Thr del gen de tapasina (TPSN) .

62. Polimorfismo 341T>C de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

63. Polimorfismo 481C>T de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

64. Polimorfismo 803A>G de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

65. Polimorfismo 857G> de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

66. Polimorfismo 191G>A de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

67 Polimorfismo Hla 78 del antígeno de histocompatibilidad.

68. Polimorfismo Hla 76 del antígeno de histocompatibilidad.

69 Polimorfismo de receptor de melatonina 1B (MTNR1B) . 70. Polimorfismo de transactivador del complejo mayor de histocompatibilidad clase II (MHC2TA) .

71. Polimorfismo de receptor BETA-2-adrenérgico.

72. Polimorfismo A1298C de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) .

73. Proteína quimiotáctica de monocitos 1 (MCP1) .

74. Polimorfismo menos 843C/T de LIGANDO FAS.

75. Polimorfismo locusIGR2060a_1 de IBD5.

76. Polimorfismo V158F (G/T) de cd16a.

77. Polimorfismo menos 511a/c de interleucina 1 beta.

78. Polimorfismo 34c/t de interleucina 4 (IL4)

79. Polimorfismo C93T de caspasa 9.

80. Polimorfismo K469E de ICAM1.

81. Polimorfismo Gly54Asp de UNIÓN A LECTINA, MANOSA (MBL) .

82. Polimorfismo -590 de interleucina 4.

83. Polimorfismo T145C (Leu49Ser) de tiopurina S-metiltransferasa 5 TPMT5.

84. Polimorfismo A539T de tiopurina S-metiltransferasa 6 TPMT6.

85. Polimorfismo T681G (His227Gln) de tiopurina S-metiltransferasa 7 TPMT7.

86. Polimorfismo G644A (Arg215His) de tiopurina S-metiltransferasa 8 TPMT 8.

87. Polimorfismo HLA b27 del antígeno de histocompatibilidad.

88. G80A de familia de transportadores de soluto 19 (folato reductasa) SLC19A1.

89. Polimorfismo 282 de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

90. Polimorfismo 590 de N-acetiltransferasa 2 (NAT2) .

Figura 3: Tabla 3

Polimorfismo C1672T de la familia de transportadores de soluto 22 A4 (SLC22A4) (sondas para detectar el polimorfismo C1672T del gen de la familia de transportadores de soluto 22 A4)

Polimorfismo C24658G del factor de transcripción relacionado con Runt 1 (RUNX1)

Polimorfismo G117A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

Polimorfismo G55S de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

Polimorfismo V82A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

Polimorfismo G112A de peptidilarginina desiminasa tipo IV (PADI 4)

Polimorfismo Hla25 del gen relacionado con cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I (MICA)

Polimorfismo Hla28 del gen relacionado con cadena A del complejo mayor de histocompatibilidad clase I (MICA)

Polimorfismo Hla58 T/G de NOTCH4

Polimorfismo G1154A del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF)

Polimorfismo C634G del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) .

Polimorfismo C936T del factor de crecimiento endotelial vascular (VEGA) .

Polimorfismo A607C de interleucina 18 (IL18) .

Polimorfismo G-137C de interleucina 18 (IL18) .

Polimorfismo T2018C del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RN*2) .

Polimorfismo C872T de muerte programada 1 (PD-1, PDCD1) Polimorfismo C2073T del alelo 2 del antagonista del receptor de IL-1 (IL1RN*2)

Polimorfismo Apos. VS7+283 (b>B) del receptor de vitamina D (1, 25-dihidroxivitamina D3) .

Polimorfismo C-547T del dominio de inmunoglobulina de célula T y dominio de mucina 3 (TIM3) .

Polimorfismo T4259G del dominio de inmunoglobulina de célula T y dominio de mucina 3 (TIM3)

Polimorfismo (-A2849G) de UTR 3' de uroquinasa

Antígeno de linfocito T citotóxico 4 (CTLA4A/G) en exón 1.

Polimorfismo Ala565Thr del transportador asociado con procesamiento de antígenos 2 (TAP2)

Polimorfismo I kappa BL A-62T

Polimorfismo C1362T de poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP-1) . Poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP-1) haplotipo A (410T-[A] (10) -[CA] (10-12) -1362C, que incluye alelos CA de PARP-1 cortos) y haplotipo B (410C[A] (11) -[CA] (13-20) -1362T.

Polimorfismo T1858C de proteína tirosina fosfatasa.

Polimorfismo Fok I de receptor de vitamina D

Polimorfismo G38A de uteroglobina (UG) .

Polimorfismo 6A/6A de metaloproteinasa de la matriz 3 (MMP3) .

Genotipos Arg/Arg y Pro/Pro en el codón 72 de la proteína tumoral p53

Polimorfismo (-A2849G) de interleucina 10 (IL-10) .

Polimorfismo -308 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa)

Polimorfismo -238 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa) Polimorfismo +488 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa)

Polimorfismo -857 del promotor del gen del factor de necrosis tumoral alfa (TNF alfa)

Polimorfismo T587G del receptor del factor de necrosis tumoral 2 (TNFR2)

Polimorfismo +36 A/A del receptor del factor de necrosis tumoral 1 (TNFR1)

Polimorfismo G-455A del polipéptido beta de fibrinógeno B (FGB) .

Polimorfismo de genotipo nulo GSTM1 de la variante 1 del transcrito de glutatión S-transferasa M1

Polimorfismo del genotipo GSTT1-0 de glutatión S-transferasa T1 ( GSTT1)

Polimorfismo (-C3435T) de proteína de multi-resistencia a fármacos (MDR-1) . Polimorfismo R241G de molécula de adhesión 1 (ICAM1) .

Polimorfismo C3954T de interleucina 1 beta (IL-1B) .

Polimorfismo Val58Ile de condromodulina II (Chm II) .

Polimorfismo -622 del gen de interleucina 6 (IL-6) .

347 GG de 5-aminoimidazol-4-carboxamida ribonucleótido formiltransferasa/IMP ciclohidrolasa (ATIC) .

Polimorfismo G80A del miembro 4 de la familia de transportadores de soluto 22 (SLC22A4) .

Polimorfismo C677T de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) .

Polimorfismo A1298C de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) .

Polimorfismo 249 del gen de linfotoxina alfa (LTA) . Polimorfismo -1087 G/G de interleucina 10 (IL-10)

Polimorfismo -308 TNF1/TNF1 del factor de necrosis tumoral alfa (TNF) .

Factor de crecimiento transformante beta TGF beta1 (alelo C poco frecuente en el codón 25) .

Polimorfismo -1087 AA del gen de interleucina 10 (IL-10) .

Polimorfismo 282C>T de N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa) NAT2

Polimorfismo 590G>A de N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa) NAT2

Polimorfismo G460A de tiopurina metiltransferasa (TPMT) . Polimorfismo A719G de tiopurina metiltransferasa (TPMT) .

Polimorfismo -C196T de proteína de tipo receptor de Fc 3 (FCRL3)

Polimorfismo Arg260Thr del gen de tapasina (TPSN) .

Polimorfismo Asp299Gly de receptor de tipo peaje 4 (TLR4)

G80A de la familia de transportadores de soluto 19 (folato reductasa) SLC19A1

Polimorfismo Hla 76 del antígeno de histocompatibilidad

Polimorfismos Hla 78 del antígeno de histocompatibilidad

Polimorfismo de receptor de melatonina 1B (MTNR1B) . Polimorfismo de transactivador del complejo mayor de histocompatibilidad clase II (MHC2TA) .

Polimorfismo de receptor BETA-2-adrenérgico.

Polimorfismo (-2518) G>A de la proteína quimiotáctica de monocitos 1 (MCP1) .

Polimorfismo menos 843C/T del gen de LIGANDO FAS.

El polimorfismo IBD5 locusIGR2060a_1 del gen de la enfermedad inflamatoria del intestino.

El polimorfismo V158F (G/T) del gen cd16a

El polimorfismo menos 511a/c de interleucina 1 beta (IL1b)

El polimorfismo 34c/t de interleucina 4 (IL4)

El polimorfismo C93T de la caspasa 9 El polimorfismo R241G de la molécula de adhesión 1 (ICAM1)

El polimorfismo -590 del gen de interleucina 4 (IL4)

El polimorfismo T145C (Leu49Ser) del gen de la TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 5 (TPMT5)

El polimorfismo A539T del gen de la TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 6 (TPMT6)

El polimorfismo T681G (His227Gln) del gen de la TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 7 (TPMT7)

El polimorfismo G644A (Arg215His) del gen de la TIOPURINA S-METILTRANSFERASA 8 (TPMT8)

El polimorfismo 341T>C de la N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa)

El polimorfismo 481C>T de la N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa) El polimorfismo 803A>G de la N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa)

El polimorfismo 857G>A de la N-acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa)

El polimorfismo 191G>A de la de N-Acetiltransferasa 2 (arilamina N-acetiltransferasa)

El polimorfismo Gly54Asp del gen de unión a lectina, manosa (MBL)

Figura 12: Tabla 12

Fenotipo y SNP Valor p

HAQ>2

1 SNP 78 (rs2070874) 0, 01723806 2 SNP 89 (rs1041983) 0, 01859894 3 SNP 40 (rs1800790) 0, 01905114 4 SNP 87 (rs no disponible) 0, 0480329

RX2

Intervención quirúrgica

11 SNP 41 (rs no disponible) 0, 01281179

Remisión 12 SNP 87 (rs no disponible) 0, 02296336 13 SNP 28 (rs2476601) 0, 0237744 14 SNP 27 (rs7531668) 0, 02581015

Dejar el trabajo r SNP 32 (rs1042522) 0, 0350

Intolerancia Metotrexato

16 SNP 50 (rs1801133) f 0, 0100 17 SNP 58 (rs2842934) 0, 0360 18 SNP 78 (rs2070874) 0, 0270

REFERENCIAS CITADAS EN LA DESCRIPCIÓN

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Documentos de patentes citados en la descripción

Literatura diferente de patentes citada en la descripción 97