REACTIVOS Y MÉTODOS PARA SU USO EN EL DIAGNÓSTICO, CLASIFICACIÓN Y TERAPIA DEL CÁNCER.

Método de valoración del pronóstico de un paciente que tiene un tumor de mama ER+/nódulo- con un pronóstico desconocido,

comprendiendo el método las etapas de: poner en contacto una muestra de tumor de mama obtenida del paciente con un panel de anticuerpos cuya unión se ha correlacionado con un pronóstico particular; y valorar el pronóstico probable del paciente en base a la unión del panel con la muestra del tumor, donde el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos TP53, NDRG1, HTF9C y CEACAM5

Antecedentes de la invención [0001] Un reto destacado del tratamiento del cáncer es la selección de las pautas terapéuticas que maximizan la eficacia y minimizan la toxicidad de un paciente determinado. Un reto relacionado se refiere al intento de proporcionar una información

5 precisa de predicción, de pronóstico y diagnóstico. Actualmente, los tumores se clasifican generalmente mediante el sistema de tumor-nódulo-metástasis (TNM). Este sistema, que usa el tamaño del tumor, la presencia o la ausencia de tumor en nódulos linfáticos regionales y la presencia o la ausencia de metástasis distante, para asignar una etapa al tumor se describe en el AJCC Cancer Staging Manual, Lippincott, 5th ed.,

10 pp. 171-180 (1997). La etapa asignada se usa como una base para la selección de terapia apropiada y para fines de pronóstico. Además de los parámetros de TNM, se usa la apariencia morfológica para clasificar adicionalmente los tumores en tipos de tumores y, de ese modo, ayudar en la selección de la terapia apropiada. Sin embargo, esta estrategia tiene serias limitaciones. Los tumores con una apariencia

15 histopatológica similar pueden mostrar una variabilidad significativa en términos de evolución clínica y respuesta a la terapia. Por ejemplo, algunos tumores progresan rápidamente, mientras que otros no. Algunos tumores responden fácilmente a la terapia hormonal o quimioterapia mientras otros son resistentes. [0002] Los ensayos de marcadores de superficie celular, por ejemplo, usando

20 inmunohistoquímica, han proporcionado medios para dividir ciertos tipos de tumores en subclases. Por ejemplo, un factor considerado en las decisiones sobre el pronóstico y tratamiento del cáncer de mama es la presencia o ausencia del receptor de estrógeno (ER) en muestras de tumor. Los cánceres de mama positivos en ER responden habitualmente mucho más fácilmente a terapias hormonales, tales como tamoxifeno,

25 que actúa como un antiestrógeno en tejidos de mama, que tumores negativos en ER. Aunque útiles, estos análisis predicen sólo en parte el comportamiento clínico de los tumores de mama. Existe diversidad de fenotipo presente en cánceres que los métodos de diagnóstico actuales no son capaces de detectar. Como consecuencia, aun existe mucha controversia sobre como estratificar los pacientes entre tratamientos potenciales

30 para optimizar el resultado (por ejemplo, para cáncer de mama, véase “NIH Consensus Development Conference Statement: Adjuvant Therapy for Breast Cancer, November 1-3, 2000”, J.Nat. Cancer Inst. Monographs, 30:5-15, 2001 y Di Leo et al., Int. J.Clin. Oncol. 7:245-253, 2002). [0003] Existe claramente una necesidad de métodos y reactivos mejorados para

35 clasificar tumores. Una vez estos métodos y reactivos están disponibles, se pueden

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realizar estudios clínicos que permitirán la identificación de clases y subclases de pacientes que tienen diferentes pronósticos y/o respuestas a la terapia. Dichos métodos de pronóstico permitirán elecciones de base más racional gobernando la agresividad de intervenciones terapéuticas; dichos métodos predicativos también serán útiles para dirigir pacientes en protocolos de tratamiento apropiado. WO2005/008213 proporciona un test cuantitativo no invasivo para la determinación del pronóstico en pacientes con cáncer. El test depende de las medidas de los niveles en el tumor de ciertos ARN mensajero (ARNm). Estos niveles de ARNm se insertan en una fórmula polinomial (algoritmo) que produce una puntuación numérica de la reaparición, lo que indica el riesgo de reaparición. Descripción resumida de la invención [0004] La presente invención abarca la realización de que se pueden usar paneles particulares de agentes de unión (“parejas de interacción”) a muestras de tumor para proporcionar nuevas visiones en la biología del cáncer. Entre otras cosas, la presente invención proporciona métodos y reactivos para tumores, tal como se definen en las reivindicaciones, para predecir el resultado final en base a la clase o subclase. [0005] Se describen métodos para identificar paneles adecuados de parejas de interacción (por ejemplo, sin limitación de anticuerpos), cuya unión se correlaciona con cualquiera de una variedad de aspectos deseados, tales como la clase o subclase del tumor, el origen del tumor (por ejemplo., tumor primario versus metástasis), pronóstico probable, respuesta a la terapia, etc. Especialmente, se seleccionan colecciones de parejas de interacción y se valora su actividad en la unión a una variedad de tumores diferentes, tejidos normales y/o líneas celulares. Se recogen datos para múltiples parejas de interacción para múltiples muestras y se valoran las correlaciones con características interesantes o deseables. Tal como se describe aquí, la detección de parejas de interacción individuales o paneles de las mismas que se unen diferencialmente con tumores diferentes proporciona nuevos métodos, tal como se define en las reivindicaciones, de uso en el pronóstico y selección de tratamiento del cáncer y selección de tratamiento. [0006] Tal como se describe en detalle más adelante, la presente invención emplea métodos para agrupar las parejas de interacción dentro de un panel en subconjuntos determinando sus patrones de unión a lo largo de una colección de muestras obtenidas de tejidos tumorales, tejidos normales y/o líneas celulares diferentes. La presente invención agrupa también las muestras de tumor en clases o subclases basándose en similitudes en su unión a un panel de parejas de interacción. Esta estrategia de

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agrupación bidimensional permite la asociación de clases particulares de tumores con subconjuntos particulares de parejas de interacción que, por ejemplo, muestran una unión relativamente alta con tumores de la misma clase. La correlación con la información clínica indica que las clases de tumor tienen una significancia clínica en términos de pronóstico o respuesta a quimioterapia. Breve descripción de los apéndices A-F [0007] Esta solicitud de patente se refiere a un material que comprende tablas y datos presentados como apéndices. [0008] El Apéndice A es una tabla que indica los anticuerpos incluidos en los paneles de mama, pulmón y/o colon que se discuten en los Ejemplos. La tabla incluye la ID del anticuerpo, nombre del gen parental, ID del LocusLink NCBI, ID del UniGene, alias conocidos para el gen parental, péptidos que se usaron en la preparación de anticuerpos, título de anticuerpo y una conexión con cualquiera imagen IHC relevante del Apéndice B. Usando el nombre de gen parental, la ID del LocusLink NCBI, la ID UniGene, y/o alias conocidos para el gen parental, un experto en la materia puede obtener fácilmente las secuencias de nucleótidos (y correspondientes aminoácidos) para todas y cada uno de los genes parentales que se indican en el Apéndice A de una base de datos pública (por ejemplo, GenBank, Swiss-Prot o cualquiera derivada de ellas). Los anticuerpos con ID AGI que empiezan con s5 o s6 se obtuvieron de fuentes comerciales indicadas. La tercera y la cuarta columnas del Apéndice A indican si los anticuerpos del panel de clasificación de cáncer de mama se identificaron mediante tinción con la cohorte de mama rusa (ejemplo 2) y/o la cohorte de mama HH (Ejemplo 3). La quinta y la sexta columnas indican si los anticuerpos del panel de clasificación de cáncer de pulmón se identificaron mediante tinción con la cohorte de pulmón rusa (Ejemplo 4) y/o con la cohorte de pulmón HH (Ejemplo 5). La séptima columna indica los anticuerpos del panel de clasificación de cáncer de colon. Todos se identificaron mediante tinción con la cohorte de colon rusa (Ejemplo 6). [0009] El Apéndice B incluye imágenes IHC de mama, imágenes IHC de colon e imágenes IHC de pulmón. Las imágenes IHC del Apéndice B se refieren a la columna derecha del Apéndice A. La copia auténtica del Apéndice B no está incluida en esta continuation-in-part, pero puede encontrarse en el caso parental U.S. No. de Serie 10/915.059, presentada el 10 de Agosto de 2004 (publicada como US 2005/0112622 el 26 de Mayo de 2005). [0010] El Apéndice C es una tabla que indica los anticuerpos de ejemplo cuyos patrones de unión se ha observado que se correlacionan con el pronóstico de tumor en

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pacientes con cáncer de mama. Los resultados están agrupados en cuatro categorías que se han reconocido clínicamente por tener importancia: todos los pacientes, pacientes ER+, pacientes ER-y pacientes negativos de metástasis de ER+/nódulo linfático (ER+/nódulo-). Los métodos de puntuación...

1. Método de valoración del pronóstico de un paciente que tiene un tumor de mama ER+/nódulo-con un pronóstico desconocido, comprendiendo el método las etapas de:

poner en contacto una muestra de tumor de mama obtenida del paciente con un panel de anticuerpos cuya unión se ha correlacionado con un pronóstico particular; y

valorar el pronóstico probable del paciente en base a la unión del panel con la muestra del tumor,

donde el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos TP53, NDRG1, HTF9C y CEACAM5.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a TP53.

3. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53 y NDRG1.

4. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53, NDRG1 y HTF9C.

5. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53, NDRG1, HTF9C y CEACAM5.

6. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a NDRG 1.

7. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a HTF9C.

8. Método según la reivindicación 1, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a CEACAM5.

9. Método de valoración del pronóstico de un paciente que tiene un tumor de mama ER+/nódulo-con un pronóstico desconocido, comprendiendo el método las etapas de:

poner en contacto una muestra de tumor de mama obtenida del paciente con un panel de anticuerpos cuya unión se ha correlacionado con un pronóstico particular; y

valorar el pronóstico probable del paciente en base a la unión del panel con

la muestra del tumor,

donde el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos NAT1 y TP53.

10. Método según la reivindicación 9, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a MKI67.

11. Método según la reivindicación 10, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a HTF9C, un anticuerpo dirigido a PGR, o ambos.

12. Método de valoración del pronóstico de un paciente que tiene un tumor de mama ER+ con un pronóstico desconocido, comprendiendo el método las etapas de:

poner en contacto una muestra de tumor de mama obtenida del paciente con un panel de anticuerpos cuya unión se ha correlacionado con un pronóstico particular; y

valorar el pronóstico probable del paciente en base a la unión del panel con la muestra del tumor,

donde el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos CELSR2 y MKI67.

13. Método según la reivindicación 12, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a PGR, un anticuerpo dirigido a FASN, o ambos.

14. Método según la reivindicación 13, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a MKI67, un anticuerpo dirigido a HTF9C, o ambos.

15. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que el panel incluye entre 2 y 10 anticuerpos.

16. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye entre 3 y 9 anticuerpos.

17. Método según la reivindicación 16, en el que el panel incluye entre 5 y 7 anticuerpos.

18. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 2 anticuerpos.

19. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 3 anticuerpos.

20. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 4

anticuerpos.

21. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 5 anticuerpos.

22. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 6 anticuerpos.

23. Método según la reivindicación 15, en el que el panel incluye 7 anticuerpos.

24. Kit que comprende un panel de anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos TP53, NDRG1, HTF9C y CEACAM5.

25. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a TP53.

26. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53 y NDRG1.

27. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53, NDRG1 y HTF9C.

28. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y anticuerpos dirigidos a TP53, NDRG1, HTF9C y CEACAM5.

29. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a NDRG 1.

30. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a HTF9C.

31. Kit según la reivindicación 24, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y un anticuerpo dirigido a CEACAM5.

32. Kit que comprende un panel de anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos NAT1 y TP53.

33. Kit según la reivindicación 32, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a MKI67.

34. Kit según la reivindicación 33, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a HTF9C, un anticuerpo dirigido a PGR, o ambos.

35. Kit que comprende un panel de anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido a SLC7A5 y por lo menos un anticuerpo seleccionado del grupo que consiste en los anticuerpos CELSR2 y MKI67.

36. Kit según la reivindicación 35, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a PGR, un anticuerpo dirigido a FASN, o ambos.

37. Kit según la reivindicación 36, en el que el panel de anticuerpos incluye además un anticuerpo dirigido a MKI67, un anticuerpo dirigido a HTF9C, o ambos.

38. Kit que comprende un panel de anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido al Citocromo P450 4Z1 y un anticuerpo dirigido a SLC7A5.

39. Kit según la reivindicación 38, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido al Citocromo P450 4Z1 y anticuerpos dirigidos a SLC7A5 y AKR1C1.

40. Kit según la reivindicación 38, en el que el panel de anticuerpos incluye un anticuerpo dirigido al Citocromo P450 4Z1 y anticuerpos dirigidos a SLC7A5, AKR1C1 y ABCG2.

41. Kit que comprende un panel de anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido a ERBB2 y anticuerpos dirigidos a HTF9C, NDRG1 y SLC7A5.

42. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 24-41, en el que el panel incluye entre 2 y 10 anticuerpos.

43. Kit que comprende un panel que consiste entre 2 y 10 anticuerpos que incluye un anticuerpo dirigido a ERBB2 y un anticuerpo dirigido a SLC7A5.

44. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye entre 3 y 9 anticuerpos.

45. Kit según la reivindicación 44, en el que el panel incluye entre 5 y 7 anticuerpos.

46. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 2 anticuerpos.

47. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 3 anticuerpos.

48. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 4 anticuerpos.

49. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 5 anticuerpos.

50. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 6 anticuerpos.

51. Kit según la reivindicación 42 o la reivindicación 43, en el que el panel incluye 7 anticuerpos.