Un método para determinar la susceptibilidad de un paciente a un trastorno inflamatorio,

método que comprende:

detectar la presencia de un haplotipo (44112332) de IL-1 en una muestra biológica obtenida del paciente,

en que el haplotipo (44112332) de IL-1 está definido por una pluralidad de alelos seleccionados del grupo que consiste en:

y en que la presencia de dicho haplotipo (44112332) de IL-1 indica la susceptibilidad de dicho paciente a un trastorno inflamatorio, en que dicho trastorno inflamatorio es seleccionado del grupo que consiste en la enfermedad de las arterias coronarias, osteoporosis, nefropatía en diabetes mellitus, alopecia areata, enfermedad de Graves, lupus eritematoso sistémico, liquen escleroso y colitis ulcerosa

Predicción de un trastorno inflamatorio asociado con los polimorfismos de los loci de genes IL-1.

Fundamento

Este invento se refiere a métodos y kits para la identificación de la susceptibilidad a trastornos inmunoinflamatorios o trastornos modulados por la actividad biológica de IL-1. Específicamente, el método implica la detección de al menos un alelo en un haplotipo de IL-1, tal como el haplotipo (44112332) de IL-1, que está asociado con trastornos inflamatorios tales como la enfermedad de las arterias coronarias, osteoporosis, nefropatía en diabetes mellitus, alopecia areata, enfermedad de Graves, lupus eritematoso sistémico, liquen escleroso, colitis ulcerosa, retinopatía diabética, enfermedad periodontal, artritis juvenil crónica, particularmente iridociclitis crónica, psoriasis, diabetes dependiente de insulina en pacientes DR3/4, asma, enfermedades hepáticas inflamatorias crónicas, enfermedad pulmonar inflamatoria crónica, fibrosis pulmonar y fibrosis hepática, así como enfermedades inflamatorias agudas y crónicas del sistema nervioso central, el sistema cardiovascular, el sistema gastrointestinal, el sistema musculoesquelético, el sistema endocrino, la piel y su estructura asociada, el sistema inmune, el sistema hepatobiliar, o cualquier sitio del cuerpo en que pueda tener lugar una patología con un componente "inmune-inflamatorio" que implique productos génicos de IL independientemente de los factores de iniciación, tales como, por ejemplo, agentes infecciosos, traumas, neoplasias, autoinmunidad, enfermedades idiopáticas, toxinas biológicas y agentes nocivos, y otras enfermedades con un componente genético de los loci de IL-1.

El ensayo genético (también llamado exploración genética, genotipado y diagnóstico molecular) puede ser definido en términos generales como el ensayo de ácido nucleico de un paciente en un sistema analítico para determinar si un paciente contiene mutaciones (o alelos o polimorfismos) que causan o aumentan la susceptibilidad a un estado morboso o están en "desequilibrio de ligamiento" con el gen que causa un estado morboso.

El desequilibrio de ligamiento se refiere a la tendencia de alelos específicos a aparecer juntos con más frecuencia de lo que cabría esperar a causa del azar. Los alelos de unos loci dados están en equilibrio si la frecuencia de cualquier conjunto particular de alelos (o haplotipo) es el producto de sus frecuencias individuales en la población. A menudo, la causa del desequilibrio no es evidente. Se puede deber a la selección de ciertas combinaciones de alelos o a una mezcla reciente de poblaciones genéticamente heterogéneas. Además, en el caso de marcadores que están muy íntimamente ligados a un gen morboso, se espera una asociación de un alelo (o un grupo de alelos ligados) con el gen morboso si la mutación morbosa ha ocurrido en un pasado reciente, por lo que no ha transcurrido el tiempo suficiente para que se alcance el equilibrio a través de procesos de recombinación en esa pequeña región cromosómica.

La detección precoz de una predisposición a enfermedades genéticas presenta la mejor oportunidad para una intervención médica. Un diagnóstico genético precoz puede mejorar el pronóstico de un paciente a través de una supervisión y una intervención precoz antes de que aparezca un trastorno clínicamente detectable. En los casos en que pacientes con síntomas similares son tratados con un éxito variable, un ensayo genético sofisticado puede permitir diferenciar a pacientes individuales con diferencias sutiles o indetectables y puede conducir a tratamientos individuales más adecuados. La intervención precoz puede implicar métodos tales como terapia génica y tratamiento con moduladores de IL-1. Con el desarrollo del ensayo genético, ahora es posible identificar las mutaciones génicas que indican una propensión a desarrollar una enfermedad incluso cuando la enfermedad es de origen poligénico. El número de enfermedades que pueden ser diagnosticadas mediante métodos biológicos moleculares continúa creciendo conforme aumenta el conocimiento de la base genética de los trastornos multifactoriales (véanse, por ejemplo, las Patentes de EE.UU. números 4.582.788, 5.110.920, 4.801.531, 4.666.828 y 5.268.267).

El grupo génico de IL-1

El grupo génico de IL-1 está situado en el brazo largo del cromosoma 2 humano (2q13) y contiene al menos los genes para IL-1a (IL1A), IL-1ß (IL1B) y el antagonista del receptor de IL-1 (IL1RN) en una región de 430 kb [Nicklin et al., Genomics 19: 382-4 (1994)]. Las moléculas agonistas, IL-1a e IL-1ß, presentan una potente actividad proinflamatoria y están a la cabeza de muchas cascadas inflamatorias. Sus acciones, a menudo a través de la inducción de otras citocinas, tales como IL-6 e IL-8, conducen a la activación y la reunión de leucocitos en el tejido dañado, la producción local de agentes vasoactivos, una respuesta febril en el cerebro y la respuesta hepática de fase aguda. Las tres moléculas de IL-1 se unen a los receptores de tipo I y tipo II de IL-1, pero sólo el receptor de tipo I transduce una señal al interior de la célula. Por contraste, el receptor de tipo II se desprende de la membrana celular y actúa como un receptor "señuelo". Por lo tanto, tanto el antagonista del receptor como el receptor de tipo II son antiinflamatorios en lo que se refiere a sus acciones.

Parece que una producción inapropiada de IL-1 desempeña un papel central en la patología de muchas enfermedades autoinmunes e inflamatorias, incluyendo la artritis reumatoide, el trastorno inflamatorio intestinal, la psoriasis y otras. Además, entre los individuos, hay diferencias estables en cuanto a las velocidades de producción de IL-1, y parte de esta variación puede ser debida a diferencias genéticas en loci génicos de IL-1 [Molvig et al., Scand. J. Immunol. 27: 705-16 (1988); Pociot et al., Eur. J. Clin. Invest. 22: 396-402 (1992)]. De esta manera, los genes de IL-1 son unos candidatos razonables para determinar parte de la susceptibilidad genética a enfermedades inflamatorias, la mayoría de las cuales tienen una etiología multifactorial con un componente poligénico.

Se sabe que ciertos alelos del grupo génico de IL-1 están asociados con estados morbosos concretos. Por ejemplo, hemos mostrado que el alelo 2 de IL1RN está asociado con la enfermedad de las arterias coronarias, la osteoporosis (Solicitudes de EE.UU. números 08/813.416 y 08/628.282), la nefropatía en diabetes mellitus [Blakemore et al., Hum. Genet. 97 (3): 369-74 (1996)], la alopecia areata [Cork et al., J. Invest. Dermatol. 104 (Supl. 5): 15S-16S (1995)], la enfermedad de Graves [Blakemore et al., J. Clin. Endocrinol. 80 (1): 111-5 (1995)], el lupus eritematoso sistémico [Blakemore et al., Arthritis Rheum. 37: 1380-85 (1994)], el liquen escleroso [Clay et al., Hum. Genet. 94: 407-10 (1994)] y la colitis ulcerosa [ Mansfield et al., Gastroenterol. 106 (3): 637-42 (1994)]. El alelo 1 del grupo de IL1RN está asociado con la retinopatía diabética (WO/98/15653). Asimismo, hemos mostrado que el alelo 2 del marcador -889 de IL1A y el alelo 2 del marcador +3953 de IL1B(TaqI) están asociados con la enfermedad periodontal (Patente de EE.UU. nº 5.686.246). El alelo 2 del marcador -889 está también asociado con la artritis juvenil crónica, particularmente la iridociclitis crónica [McDowell et al., Arthritis Rheum. 38: 221-28 (1995)]. El alelo 2 de IL1B(TaqI), del marcador +3953 de IL1B, también está asociado con la psoriasis y la diabetes dependiente de insulina en pacientes DR3/4 [di Giovine et al., Cytokine 7: 606 (1995); Pociot et al., Eur. J. Clin. Invest. 22: 396-402 (1992)].

Sumario del invento

El presente invento proporciona un nuevo método para la predicción precoz de una propensión a desarrollar trastornos inflamatorios. También proporciona kits para la determinación precoz de dicha propensión.

El método para predecir un riesgo aumentado de padecer enfermedades moduladas por la actividad biológica de IL-1 (aquí denominadas "trastornos inflamatorios") consiste en detectar la presencia de uno o más alelos del haplotipo (44112332) de IL-1, o, alternativamente, se puede detectar el haplotipo completo. Tener uno o más de los alelos de un haplotipo de IL-1 indica un riesgo aumentado de padecer una diversidad de trastornos inflamatorios. Estos incluyen,...

1. Un método para determinar la susceptibilidad de un paciente a un trastorno inflamatorio, método que comprende:

detectar la presencia de un haplotipo (44112332) de IL-1 en una muestra biológica obtenida del paciente,

en que el haplotipo (44112332) de IL-1 está definido por una pluralidad de alelos seleccionados del grupo que consiste en:

y en que la presencia de dicho haplotipo (44112332) de IL-1 indica la susceptibilidad de dicho paciente a un trastorno inflamatorio, en que dicho trastorno inflamatorio es seleccionado del grupo que consiste en la enfermedad de las arterias coronarias, osteoporosis, nefropatía en diabetes mellitus, alopecia areata, enfermedad de Graves, lupus eritematoso sistémico, liquen escleroso y colitis ulcerosa.

2. El método de la Reivindicación 1, en que dicha detección se realiza multiplicando dicha muestra biológica con una PCR en que se usa al menos un cebador seleccionado del grupo que consiste en:

3. Un kit diagnóstico para la predicción de un trastorno inflamatorio, kit que comprende al menos dos oligonucleótidos seleccionados del grupo que consiste en:

4. El kit diagnóstico de la Reivindicación 3, que comprende además una muestra testigo.

5. El kit diagnóstico de la Reivindicación 4, en que dicha muestra testigo comprende uno o más alelos seleccionados del grupo que consiste en:

6. El kit diagnóstico de la Reivindicación 3, en que dicho oligonucleótido comprende una etiqueta detectable.

7. El kit diagnóstico de la Reivindicación 6, que comprende además reactivos para el muestreo de DNA y reactivos para la multiplicación por PCR.

8. El kit diagnóstico de la Reivindicación 7, que comprende además medios para el muestreo de DNA.