PROCEDIMIENTO PARA LA AMPLIFICACION DE INFORMACION GENETICA POR MEDIO DE CEBADORES QUE SE UNEN EN VARIOS SITIOS EN EL GENOMA.

Procedimiento para la determinación de la frecuencia relativa de unos conjuntos parciales delimitables de un material genético,

siendo amplificado el material genético mediante una reacción en cadena de la polimerasa, en la que se utilizan unos cebadores, que son complementarios con unos sitios de fijación a cebadores, que están presentes en el material genético en varios sitios, y que están en cada caso contiguos con respecto a una secuencia diana, que tiene una longitud predeterminada, y es específica en cada caso un conjunto parcial, de tal manera que se obtiene un producto de amplificación, que en lo esencial tiene solamente unas secuencias amplificadas, que comprenden una secuencia diana, que tiene una longitud predeterminada, y es específica para la respectiva información genética, la cual es adecuada para la detección mediante hibridación, siendo analizado el producto de amplificación mediante un experimento de hibridación para la determinación de la frecuencia relativa de los conjuntos parciales delimitables

Tipo: Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: W03010132EP.

Solicitante: OLYMPUS LIFE SCIENCE RESEARCH EUROPA GMBH.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: SAUERBRUCHSTRASSE 50,81377 MUNCHEN.

Inventor/es: MANN,WOLFGANG.

Fecha de Publicación: .

Fecha Concesión Europea: 11 de Noviembre de 2009.

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68D

Clasificación PCT:

  • C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

Clasificación antigua:

  • C12Q1/68 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen ácidos nucleicos.
PROCEDIMIENTO PARA LA AMPLIFICACION DE INFORMACION GENETICA POR MEDIO DE CEBADORES QUE SE UNEN EN VARIOS SITIOS EN EL GENOMA.

Fragmento de la descripción:

Procedimiento para la amplificación de información genética por medio de cebadores que se unen en varios sitios en el genoma.

El presente invento se refiere a procedimientos para la determinación de la frecuencia relativa de unos conjuntos parciales delimitables de un material genético.

Unos conjuntos parciales dentro de un material genético son, por ejemplo, los cromosomas dentro de un genoma. En este caso, un cromosoma constituye un conjunto parcial procedente de un genoma, que contiene varios cromosomas diferentes. Unos conjuntos parciales delimitables pueden ser también supresiones o respectivamente inserciones dentro de un cromosoma individual. En este caso, las supresiones o respectivamente las inserciones constituyen los conjuntos parciales delimitables y el cromosoma individual constituye el material genético. Unas Informaciones genéticas de un cromosoma son p.ej. unas secuencias dianas, que sólo se pueden presentar en este cromosoma, es decir, que son específicas de este cromosoma.

Un sistema, en el que los conjuntos parciales delimitables constituyen diferentes cromosomas de un genoma, es p.ej. un corpúsculo polar.

Los corpúsculos polares se forman en los vertebrados al realizarse la formación y la maduración de los óvulos, que son requeridos para la reproducción de una respectiva especie.

En el caso de los seres humanos, a las parejas o a las mujeres que no tienen hijos, se les puede ofrecer una reproducción asistida, para satisfacer su deseo de tener hijos. Para ello, actualmente están a disposición varios procedimientos, que conducen a una tasa promedia de embarazos de aproximadamente 10% por cada óvulo. Unos análisis indirectos, llevados a cabo a través de los corpúsculos polares, han mostrado que los óvulos tienen en un alto porcentaje una distribución errónea para cromosomas individuales. Estas aneuploidías conducen a unos embriones que no son capaces de sobrevivir, y constituyen presuntamente el fundamento de la baja tasa de implantación después de una reproducción asistida.

En la población, aproximadamente un 10% de todas las parejas no tienen hijos indeseadamente. Los motivos de esta infertilidad se encuentran, por una parte, en defectos orgánicos en las mujeres y los varones, pero ella también puede tener unas causas genéticas. Hasta un 70% de las interrupciones del embarazo pueden tener motivos genéticos, haciéndose responsables de ello en la mayoría de los casos a unas distribuciones cromosómicas erróneas (Griffin 1996).

Estas aneuploidías cromosómicas resultan en la mayoría de los casos a partir de una ovogénesis perturbada (Angell 1993). En el caso de la espermiogénesis se encuentran células aneuploides sólo en un 2-4% (Zenzes 1992). Esta y otras causas conducen a que, en unas condiciones naturales, un alto porcentaje de todos los óvulos fecundados no conduzca a un embarazo intacto.

Tal como ya se ha expuesto más arriba, a las parejas o mujeres que no tienen hijos, se les puede ofrecer una fecundación in vitro u otra técnica distinta de reproducción asistida, tal como p.ej. la inyección intracitoplasmática de espermatozoides (ICSI), pudiéndose alcanzar con los métodos de fecundación in vitro, que están a disposición actualmente, una tasa promedia de embarazos de 10% por cada óvulo. La evaluación de unos estudios extensos ha mostrado que la tasa de embarazos en el caso de las mujeres con una edad de más que 35 años disminuye manifiestamente, y que en el caso de las mujeres con una edad de más que 40 años, ésta se sitúa por debajo de 10%. Esto está en concordancia con la observación de que las madres presentan a partir de la edad de 35 años un riesgo aumentado de tener un hijo con una distribución cromosómica errónea.

En el diagnóstico prenatal sólo son diagnosticados los niños que tienen una distribución cromosómica errónea, que son capaces de vivir por lo menos hasta el momento del diagnóstico. Así, p.ej. en el momento de la amniocentesis se encuentran más niños con trisomías o monosomías que en el momento del parto, puesto que muchos de estos niños fallecen en el transcurso del embarazo.

Si se consideran solamente las trisomías, entonces en lo esencial solamente son capaces de vivir los niños que tienen una trisomía 21 o que tienen un cromosoma X o respectivamente Y excedente o ausente. Las pequeñas tasas de implantación, antes mencionadas, podrían estar fundamentadas por aneuploidías de los óvulos también para otros cromosomas, que o bien no conducen a ninguna implantación, o que conducen a un aborto muy temprano. Este hecho es apoyado por análisis cromosómicos en materiales procedentes de abortos.

Durante la maduración del óvulo, el óvulo diploide inicial tiene que reducir su grupo de cromosomas. Este proceso tiene lugar en las divisiones de maduración primera y segunda. En la primera división de maduración (1ª división de reducción) son separados los cromosomas homólogos. En la segunda división de maduración se efectúa la separación de los cromátidos. El material genético de las células hijas, que resultan en este caso, es transferido al espacio perivitelino del óvulo en cada caso en forma de los corpúsculos polares. Los corpúsculos polares corresponden en su estructura a una célula, pero tienen una proporción solamente mínima en el citoplasma. El primer corpúsculo polar resulta durante la ovulación, y el segundo corpúsculo polar es expulsado a las 3-4 h después de la penetración del espermatozoide en el óvulo. Los dos corpúsculos polares se diferencian en la cantidad de su material genético. El primer corpúsculo polar contiene 23 cromosomas con dos cromátidos (2n), mientras que el segundo así como también el óvulo maduro sólo tienen 23 cromosomas sencillos con solamente un cromátido (1n). Los corpúsculos polares no tienen ninguna función y son resorbidos en el desarrollo embrionario temprano. No se conoce ninguna importancia biológica del corpúsculo polar para el embrión (véase el resumen de "Preimplantation Genetic Diagnosis, Polar Body Biopsy" (Diagnóstico genético previo a la implantación, biopsia de corpúsculos polares) de The First World Congress On: Controversies in Ostetrics, Gynecology & Infertility (Primer congreso mundial sobre controversias en la obstetricia, la ginecología y la infertilidad), Praga, República Checa - 1999 de Y. Verlinsky, A. Kuliew y panfleto acerca del diagnóstico de corpúsculos polares del centro médico Pränatal Medizin München, de Dr. Med Karl-Philip Gloning y colaboradores. En el resumen de "Preimplantation Genetic Diagnosis, Polar Body Biopsy" de The First World Congress On: Controversies in Ostetrics, Gynecology & Infertility, Praga, República Checa - 1999 de Y. Verlinsky y A., Kuliew, se divulga la investigación de los corpúsculos polares primero y segundo mediante un ensayo secuencial (del inglés "sequential testing", lo que presupone una extracción del corpúsculo polar. A partir de 179 embarazos artificiales exitosos resultaron 135 niños sanos, que no habían sufrido daños de ningún tipo mediante esta intervención.

M. Montag, K. van der Ven, H. van der Ven "Erste klinische Erfahrungen mit der Polkörperchendiagnostik in Deutschland" (Primeras experiencias clínicas con el diagnóstico de corpúsculos polares en Alemania) informan acerca de sus primeras experiencias con el diagnóstico de corpúsculos polares en Alemania, según las cuales, las tasas de embarazos son agradablemente altas mediando inclusión del diagnóstico de corpúsculos polares.

La cita "Einführung in die Präimplantationsdiagnostik" (Introducción al diagnóstico antes de la implantación), E. Schwinger, Lübeck, Alemania, fuente: http://www.studgen.uni-mainz.de/manuskripte/schwinger.pdf., describe que no se puede comprobar ningún aumento de la tasa de malformaciones después de un diagnóstico antes de la implantación (PID) mediante un análisis de los corpúsculos polares o de los blastocitos. El documento ilustra los estrechos intervalos de tiempo que están a disposición en el caso de un diagnóstico antes de la fecundación (PFD).

De acuerdo con un panfleto acerca del diagnóstico de corpúsculos polares del Pränatal Medizin München, Dr. Med Karl-Philip Gloning y colaboradores, los datos publicados hasta ahora apuntan a que una extracción de corpúsculos polares no está vinculada con ningún aumento digno de mención del riesgo básico general de perturbaciones del desarrollo, que es de 2 - 4%.

Por lo tanto, ya existen individuos humanos que han procedido de unos óvulos, a los que se les había extraído el primer corpúsculo polar, que...

 


Reivindicaciones:

1. Procedimiento para la determinación de la frecuencia relativa de unos conjuntos parciales delimitables de un material genético, siendo amplificado el material genético mediante una reacción en cadena de la polimerasa, en la que se utilizan unos cebadores, que son complementarios con unos sitios de fijación a cebadores, que están presentes en el material genético en varios sitios, y que están en cada caso contiguos con respecto a una secuencia diana, que tiene una longitud predeterminada, y es específica en cada caso un conjunto parcial, de tal manera que se obtiene un producto de amplificación, que en lo esencial tiene solamente unas secuencias amplificadas, que comprenden una secuencia diana, que tiene una longitud predeterminada, y es específica para la respectiva información genética, la cual es adecuada para la detección mediante hibridación, siendo analizado el producto de amplificación mediante un experimento de hibridación para la determinación de la frecuencia relativa de los conjuntos parciales delimitables.

2. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1,

caracterizado porque la homología entre los cebadores y los respectivos sitios de fijación a cebadores se sitúa en un intervalo de 80% - 100%, y de manera preferida en un intervalo de 90% - 100%.

3. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-2,

caracterizado porque en el transcurso de la reacción en cadena de la polimerasa se utilizan unos eslabones de nucleótidos provistos de marcaciones.

4. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-3,

caracterizado por

    - una mezcladura del producto de amplificación con unas moléculas captadoras, de tal manera que se forman unos híbridos a base de las moléculas captadoras y de las secuencias dianas específicas, y
    - una detección de los híbridos.

5. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 4,

caracterizado porque las moléculas captadoras están dispuestas en un chip de ADN.

6. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 4,

caracterizado porque las moléculas captadoras están constituidas por oligonucleótidos.

7. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-6,

caracterizado porque en él se utiliza un chip de ADN, en el que en una mota individual están previstas en cada caso las mismas moléculas captadoras.

8. Procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1-7,

caracterizado porque en él se utiliza un chip de ADN, en el que en una mota individual están previstas diferentes moléculas captadoras específicas para diferentes secuencias dianas, todas las cuales son asociadas a uno de los conjuntos parciales delimitables del material genético.

9. Procedimiento para la determinación de la frecuencia relativa de unos conjuntos parciales delimitables de un material genético de acuerdo con una de las reivindicaciones 1 a 8, con las siguientes etapas:

    - realización de un procedimiento para la amplificación de informaciones genéticas a partir de un material genético, que comprende varios conjuntos parciales delimitables entre sí de un material genético, de tal manera que se obtiene un producto de amplificación, que comprende unas secuencias dianas, que se adecuan para la detección mediante hibridación y que pueden ser asociadas a los conjuntos parciales delimitables,
    - mezcladura del producto de amplificación con unas moléculas captadoras en un chip de ADN, de tal manera que se forman unos híbridos a base de las moléculas captadoras y de unas secuencias dianas procedentes del producto de amplificación, comprendiendo el chip de ADN por lo menos dos grupos de motas, teniendo las motas situadas dentro de un grupo diferentes moléculas captadoras y estando asociado un grupo de motas en cada caso a una de los conjuntos parciales delimitables del material genético,
    - detección cuantitativa de los híbridos, que se han formado en cada caso en una mota, con diferentes moléculas captadoras del chip de ADN, de tal manera que para cada mota se obtiene en cada caso un valor de detección,
    - formación de un valor medio de los valores de detección de los grupos de motas, que están presentes en el chip de ADN,
    - determinación de la frecuencia relativa de unos conjuntos parciales de un material genético dentro de un material genético mediante comparación de los valores medios.

10. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-9,

caracterizado porque el material genético procede de una célula individual o se puede atribuir a ésta.

11. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-9,

caracterizado porque el material genético es un grupo de cromosomas procedente de un corpúsculo polar de un óvulo.

12. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-9,

caracterizado porque un conjunto parcial delimitable se compone de uno o varios cromosomas.

13. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-9,

caracterizado porque un conjunto parcial delimitable se compone de uno o varios genes.

14. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-9,

caracterizado porque se amplifican paralelamente unas informaciones genéticas acerca de un material genético de referencia en unas condiciones de reacción que son por lo demás las mismas, de tal manera que se obtiene un producto de amplificación, que tiene en lo esencial solamente secuencias amplificadas, que comprenden unas secuencias dianas con una longitud predeterminada, que son específicas para la respectiva información genética, las cuales se adecuan para la detección mediante hibridación.

15. Procedimiento de acuerdo con una de las reivindicaciones 1-14, en el que para la amplificación se utiliza el cebador Ale1-k, que tiene la secuencia de bases 5'-CCAAAGTGCTGGGATTACAG-3'.


 

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