21 patentes, modelos y diseños de Codexis, Inc
Modelado predictivo a base de estructura.
(01/01/2020) Un método implementado por computadora para llevar a cabo la evolución dirigida, el método comprende:
(a) recibir un conjunto de datos sin filtrar que tiene información de mediciones físicas de moléculas, en donde el conjunto de datos sin filtrar comprende la siguiente información para cada una de una pluralidad de variantes biomoleculares: (i) actividad de la biomolécula variante en un ligando en un sitio de unión de la biomolécula variante, (ii) una secuencia de la biomolécula variante, en donde la secuencia es una secuencia de ácido nucleico o una secuencia de proteínas, y (iii) uno o más parámetros geométricos que caracterizan la geometría del ligando en el sitio de unión de la…
Biocatalizadores y métodos para la hidroxilación de compuestos químicos.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(14/05/2019). Inventor/es: LI,TAO, SMITH,DEREK, YANG,HONG, MOORE,JEFFREY C, CHEN,HAIBIN, COLLIER,STEVEN J, QUINTANAR-AUDELO,MARTINA, BONG,YONG KOY, CABIROL,FABIEN, GOHEL,ANUPAM. Clasificación: C12P17/12, C12N5/00, C12N9/02, C12P17/18, C12P13/04, C12N9/04, C12P13/24.
Un polipéptido diseñado que tiene actividad de prolina hidroxilasa, que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 2 en la que la prolina hidroxilasa tiene al menos 1,2 veces mayor actividad en comparación con el polipéptido de la SEQ ID NO: 2 y en el que la secuencia de aminoácidos comprende una diferencia de residuos en comparación con la secuencia de la SEQ ID NO: 2 en la posición del residuo X166.
PDF original: ES-2712682_T3.pdf
Polipéptidos de fenilalanina amoníaco-liasa modificados.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(03/04/2019). Inventor/es: HUISMAN,GJALT,W, MIJTS,BENJAMIN, ZHANG,XIYUN, AGARD,NICHOLAS J, VROOM,JONATHAN. Clasificación: C12N9/88.
Un polipéptido diseñado que tiene actividad fenilalanina amoniaco-liasa (PAL) que comprende: a) una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 85% de identidad de secuencia con la secuencia de referencia SEQ ID NO: 4 o un fragmento funcional de la misma; y b) al menos una diferencia de residuos de aminoácidos en comparación con la SEQ ID NO: 4 o el fragmento funcional del mismo en una o más posiciones de aminoácidos; y c) que muestra una propiedad mejorada seleccionada de i) actividad catalítica mejorada, ii) sensibilidad reducida a la proteólisis, iii) tolerancia incrementada al pH ácido, o una combinación de cualquiera de i), ii) o iii), en comparación con la secuencia de referencia SEQ ID NO: 4, en donde al menos una diferencia de residuo de aminoácido está en la posición 307, y en donde las posiciones de aminoácidos están numeradas con referencia a SEQ ID NO: 4.
PDF original: ES-2729048_T3.pdf
Polipéptidos de transaminasa modificados por biocatálisis industrial.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(19/12/2018). Inventor/es: SMITH,DEREK, QUINTANAR-AUDELO,MARTINA, EBERHARD,ELLEN, NAZOR,JOVANA, WANG,CUIXIA. Clasificación: C12N15/54, C12N9/10, C12P17/18, C12P13/00.
Un polipéptido modificado que tiene actividad transaminasa que comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos un 80% de identidad de secuencia con la secuencia de referencia de la SEQ ID NO: 2 y diferencias de residuos de aminoácidos en comparación con la SEQ ID NO: 2 de X155T/I/V/K/A/L y X42A/G.
PDF original: ES-2694327_T3.pdf
Filtración automática de variantes de enzimas.
(07/12/2018) Un método, implementado usando un sistema informático que incluye uno o más procesadores y memoria del sistema, para seleccionar una pluralidad de diferentes variantes de enzima para actividad con un sustrato, donde la pluralidad de diferentes variantes de enzima comprende al menos diez variantes diferentes, y las variantes de enzima comprenden sitios activos que difieren de otro por al menos una mutación en la secuencia de aminoácidos del sitio activo, comprendiendo el método:
(a) crear o recibir un modelo estructural para cada una de la pluralidad de diferentes variantes de enzima, en donde cada modelo estructural contiene una representación computacional tridimensional…
Síntesis en paralelo automatizada combinada de variantes de polinucleótidos.
(02/05/2018) Un método para sintetizar una pluralidad de variantes de polinucleótidos que tienen una mezcla estocástica de diferencias de nucleótidos definidas en relación a una secuencia de polinucleótido de referencia, en donde el polinucleótido de referencia codifica un polipéptido de referencia y cada una de la pluralidad de variantes del polinucleótido codifica un polipéptido que tiene por lo menos una diferencia de secuencia de aminoácidos en relación al polipéptido de referencia, el método comprendiendo:
(a) proporcionar una pluralidad de parejas de cebadores directos e inversos, en donde cada una de la pluralidad de cebadores directos e inversos comprende una mezcla de cebadores mutagénicos y no mutagénicos, cada cebador mutagénico comprendiendo una diferencia definida en una posición seleccionada y cada cebador no mutagénico no comprendiendo…
Reacciones de transaminasa.
(09/08/2017) Un procedimiento para preparar un producto de amina de fórmula estructural (I):**Fórmula**
tienen la configuración estereoquímica indicada en el centro estereogénico marcado con un *; en un exceso enantiomérico sobre el enantiómero opuesto, en el que
R1 es arilo o heteroarilo opcionalmente sustituido;
R2 es un alquilo C1-C6 opcionalmente sustituido, -R3C(O)R4O - R3OC(O)R5
R3 es un C1-C4 alquilo opcionalmente sustituido, y R4 es H, un C1-C4 alquilo opcionalmente sustituido, NR6R7, o OR8,
donde R5, R6, R7Y R8 son independientemente H o C1-C4 alquilo;
el proceso comprende poner en contacto un sustrato de cetona de fórmula estructural (II):**Fórmula**
con un polipéptido de transaminasa en presencia de un donante de amino en condiciones de reacción adecuadas para…
Uso de proteínas de la familia de glicólido hidrolasa 61 en el procesamiento de celulosa.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(08/03/2017). Inventor/es: YANG,Jie, CLARK,LOUIS, BAIDYAROY,DIPNATH, SZABO,LORAND, CAMPOPIANO,ONORATO, TOROK,JANOS, RAO,KRIPA. Clasificación: C12P7/10, C12N9/24.
Una composición que comprende:
a) una proteína GH61 recombinantemente producida que comprende una secuencia de aminoácido que es al menos 80% idéntica a SEQ ID NO: 2 o fragmentos de SEQ ID NO: 2 que tienen actividad GH61; y
b) enzimas de celulasa que incluyen al menos una endoglucanasa (EG), al menos una ß-glucosidasa (BGL), al menos una celobiohidrolasa de Tipo 1 (CBH1), y al menos una celobiohidrolasa de Tipo 2 (CBH2).
PDF original: ES-2623288_T3.pdf
Acilación mejorada mediada por LovD aciltransferasa.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(30/11/2016). Inventor/es: TEO,EE LING, COLLIER,STEVEN JAMES, SUKUMARAN,JOLY, WILSON,ROBERT JOHN, XU,JUNYE. Clasificación: C07K14/00.
Un método para fabricar un compuesto de estatina, que comprende poner en contacto un sustrato de LovD aciltransferasa con una LovD aciltransferasa en presencia de un donante de tioéster y un agente de precipitación, en condiciones que producen un compuesto de estatina, en el que el producto de reacción precipita cuando el agente de precipitación está presente.
PDF original: ES-2614804_T3.pdf
Cepas de hongos mejoradas.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(24/08/2016). Inventor/es: BAIDYAROY,DIPNATH, DHAWAN,ISH KUMAR. Clasificación: C12N1/14, C12N1/15, C13K1/02, C12N1/22.
Un proceso de fermentación para la producción de una mezcla de enzimas, comprendiendo el procedimiento el cultivo de una célula fúngica en una fermentación de cultivo líquido resultante de la concentración sumergida para producir una mezcla de enzimas, en la que la célula fúngica se ha modificado genéticamente para reducir la cantidad de actividad de la deshidrogenasa celobiosa endógena que es secretada por la célula, en la que la célula fúngica es de la familia Chaetomiaceae, en la que dicha célula comprende una deleción en el gen de deshidrogenasa celobiosa 1 (cdh1), y en el que la célula segrega una mezcla de enzimas que resulta en un rendimiento mejorado de los azúcares fermentables en comparación con una mezcla de enzimas secretadas por una célula fúngica correspondiente antes de o sin la deleción en el gen de deshidrogenasa celobiosa 1 (cdh1).
PDF original: ES-2604114_T3.pdf
Combinado en paralelo la síntesis automatizada de variantes polinucleótido.
(13/04/2016) Un método para sintetizar una pluralidad de variantes de polinucleótidos donde cada una tiene por lo menos una diferencia definida de nucleótidos en relación a una secuencia referencial de polinucleótidos, donde el polinucleótido referencial codifica a un polipéptido referencial y cada una de las pluralidades de las variantes de polinucleótidos codifica a un polipéptido que tiene a por lo menos una diferencia de secuencias de aminoácidos en relación al polipéptido referencial, donde el método comprende:
(a) amplificar por separado a una plantilla referencial de polinucleótidos con cada una de una pluralidad de parejas…
Polipéptidos cetorreductasa para preparar fenilefrina.
Secciones de la CIP Química y metalurgia Necesidades corrientes de la vida
(23/03/2016). Inventor/es: COLLIER,STEVEN J, ALVIZO,OSCAR, HENNEMANN,JOERG, OH,SEONG HO, ZHA,WENJUAN. Clasificación: C12N15/53, A61K31/137, C12N9/02, C12P13/00.
Polipéptido manipulado capaz de convertir la 1-(3-hidroxifenil)-2-(metilamino)etanona en (R)-fenilefrina, en el que la secuencia de aminoácidos del polipéptido tiene una identidad de al menos un 70% con la SEQ ID NO: 4 y comprende la diferencia de residuo M206C.
PDF original: ES-2575560_T3.pdf
Método de síntesis de variantes de polinucleótidos.
(09/03/2016) Un procedimiento de síntesis de una pluralidad de variantes de polinucleótido teniendo cada uno al menos una diferencia de un nucleótido definido con respecto a una secuencia de polinucleótido de referencia, comprendiendo el método:
(a) amplificar por separado una plantilla de polinucleótido de referencia con cada uno de una pluralidad de pares de cebadores delanteros y traseros, en el que la pluralidad de pares de cebadores delanteros y traseros comprende la pluralidad de diferencias de nucleótidos definidas y en las que cada par genera un amplicón que comprende una secuencia capaz de unirse a una secuencia de solapamiento adyacente de al menos…
Polipéptidos cetorreductasa para la producción de una 3-aril-3-hidroxipropanamina a partir de una 3-aril-3-cetopropanamina.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(19/02/2016). Ver ilustración. Inventor/es: GRUBER, JOHN M., HUISMAN,GJALT,W, SAVILE,CHRISTOPHER, MUNDORFF,EMILY, COLLIER,STEVEN J. Clasificación: C12N15/53, C12P7/00, C12N9/02.
Polipéptido cetorreductasa manipulado capaz de convertir el sustrato N,N-dimetil-3-ceto-3-(2-tienil)-1-propanamina en el producto (S)-N,N-dimetil-3-hidroxi-3-(2-tienil)-1-propanamina a una velocidad que está mejorada en comparación con la de un polipéptido de referencia que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 2, en el que el polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos que es idéntica en al menos un 85% a una secuencia de referencia que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 2, en el que el polipéptido tiene las siguientes características: (a) el resto correspondiente al resto X94 es una glicina, (b) el resto correspondiente al resto X145 es un aminoácido aromático o leucina; y (c) el resto correspondiente al resto X190 es prolina; y (d) el resto en la posición X153 es treonina o valina, el resto en la posición X195 es metionina, el resto en la posición X206 es fenilalanina, triptófano o tirosina, y/o el resto en la posición X233 es glicina.
PDF original: ES-2560459_T3.pdf
Composiciones y métodos para la producción de azúcares fermentables.
Sección de la CIP Química y metalurgia
(03/02/2016). Inventor/es: SHAW, ANDREW, HILL,CHRISTOPHER, SCOTT,BRIAN R, BAIDYAROY,DIPNATH, DHAWAN,ISH KUMAR, TANCHAK,OLEH, LIU,CHENGSONG, CHOKSHI,AMALA. Clasificación: C12N9/02, C12P7/10, C12N15/04.
Una célula fúngica de Myceliophthora thermophila que ha sido genéticamente modificada para reducir la cantidad de actividad enzimática oxidante de celobiosa endógena de dos o más enzimas oxidantes de celobiosa endógena que se producen por la célula fúngica, en la que la célula fúngica ha sido genéticamente modificada para delecionar al menos parcialmente los genes que codifican las dos o más enzimas oxidantes de celobiosa endógena, en la que la primera de las dos o más enzimas oxidantes de celobiosa comprende una secuencia de aminoácidos que es al menos aproximadamente el 90 % idéntica a SEQ ID NO: 6, y en la que la segunda de las dos o más enzimas oxidantes de celobiosa comprende una secuencia de aminoácidos que es al menos el 90 % idéntica a SEQ ID NO: 8.
PDF original: ES-2570382_T3.pdf
Polipéptidos de cetorreductasa para la producción de acetidinona.
(24/06/2015) Un polipéptido de cetorreductasa capaz de convertir el sustrato, metil-2-benzamidometil-3-oxobutirato, al producto, 2S, 3R-metil-2-benzamidometil-3-hidroxibutirato, con un exceso estereomérico porcentual de por lo menos 60%, lo que comprende una secuencia de aminoácidos:
(i) que es por lo menos 85% idéntica a la secuencia referencial que se basa en la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 2, 4 o 86 teniendo las siguientes características: el residuo correspondiente a X 94 es treonina; el residuo correspondiente a X 199 es histidina y el residuo correspondiente a X 202 es valina o leucina; y
(ii) en la cual el residuo correspondiente a X 94 es alanina o treonina; el residuo…
C1 ß-glucosidasa recombinante para la producción de azúcares a partir de biomasa celulósica.
(21/01/2015) Polinucleótido que codifica un polipéptido ß-glucosidasa recombinante, en el que dicho polipéptido:
a) es al menos un 90% idéntico a la SEQ ID NO: 3 y comprende una secuencia amino terminal que se expone como IESRK (SEQ ID NO: 5), ESRK (SEQ ID NO: 29) o SRK; y/o es una proteína secretada derivada de una preproteína, en el que la preproteína es al menos un 90% idéntica a la SEQ ID NO: 4 y comprende una secuencia amino terminal que comprende la SEQ ID NO: 6 o NO: 7; y/o
b) es al menos un 90% idéntico a la SEQ ID NO: 3 y comprende al menos uno, al menos dos, o tres residuos de aminoácidos seleccionados de entre ácido aspártico en la posición…
Polipéptidos lovd variantes y sus usos.
(12/11/2014) Polipéptido LovD variante que tiene al menos dos veces mayor actividad catalítica que la aciltransferasa de A. terreus de tipo silvestre de la SEQ ID NO: 2, en el que el polipéptido LovD variante comprende la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 2 que incluye las dos mutaciones siguientes: L174F y A178L, y opcionalmente de aproximadamente 1 a 30 mutaciones adicionales y opcionalmente de aproximadamente 1 a 20 mutaciones conservadoras adicionales.
Variantes de beta-glucosidasa recombinante para la producción de azúcares solubles de biomasa celulósica.
(08/01/2014) Una variante de polipéptido de ß-glucosidasa aislada y/o recombinante que tiene mayor actividad y/o termoestabilidad que la proteína C1 natural (Bgl1) y que comprende una secuencia de aminoácidos que es al menos aproximadamente el 70 % idéntica a ß-glucosidasa C1 natural (residuos 20-870 de SEC ID Nº: 2) y tiene al menos una sustitución en la posición D369 en la que la posición se determina por alineamiento óptimo con SEC ID Nº: 2.
Biocatalizadores de transaminasa.
(18/12/2013) Un polipéptido de transaminasa capaz de convertir el sustrato de cetoamida 4 - oxo - 4 - [3 - (trifluorometil) - 5,6 - dihidro [1, 2, 4] triazol [4, 3 - α] pirazin - 7 (8H) - il] - 1 - (2, 4, 5 - trifluorofenil) butan - 2 - ona en elproducto (2R) - 4 - oxo - 5 4 - [3 - (trifluorometil) - 5, 6 - dihidro [1, 2, 4] triazol [4, 3 - α] pirazin - 7 (8H) - il] - 1- (2, 4, 5 - trifluorofenil) butan - 2 - amina, en la que el polipéptido de transaminasa comprende una secuenciaaminoácida que es idéntica en, al menos, el 80 % a la SEC ID Nº 4 y en la que la secuencia aminoácida incluye,al menos, las siguientes características: el residuo correspondiente a X223 de la SEC ID Nº es P; elresiduo correspondiente a X69 de la SEC ID Nº 2 es G, C, T, A o S y / o el residuo correspondiente a X284 de laSEC ID Nº 2 es G; y el residuo…
Procesos biocatalíticos para la preparación de compuestos de prolina bicíclica fusionada considerablemente pura estereoméricamente.
(06/11/2013) Una monoaminooxidasa que convierte el compuesto de amina de fórmula estructural I para el compuesto imina de fórmula estructural I la, en la que contiene una secuencia de aminoácidos que es al menos 88% idéntica a la SEC NRO:10 y en el que el aminoácido correspondiente al residuo 465 de SEC NRO:2 es una glicina, en donde los compuestos I y IIa tienen las fórmulas estructurales: **Fórmula**
en donde A es O, CR1R2, -C≥C-, o -CH2-CH2-, en donde cada R1 y R2 son seleccionados independientemente de -H, -COOH, -X, -NH2, -CH2NHC(NH)NH2, -CX3, -CH3, - CH2CH3, y en donde X es seleccionado de F, Cl, y Br;
M y M' pueden estar ambos presentes y ambos…
