17 patentes, modelos y diseños de Adaptive Biotechnologies Corporation

(22/07/2020) Un método para controlar la enfermedad residual mínima de un cáncer en un paciente después del tratamiento, en donde el método comprende las etapas de: (a) unir marcadores de secuencias a moléculas de ácidos nucleicos recombinados de genes de receptores de linfocitos T o genes de inmunoglobulina a partir de una muestra obtenida del paciente para formar conjugados marcador-ácido nucleico, en donde la muestra comprende linfocitos T y/o linfocitos B y/o ADN libre de células, en donde al menos un ácido nucleico recombinado o copias del mismo tienen etiquetas de secuencia diferentes unidas y son características del cáncer del paciente; (b) amplificar los conjugados de marcador-ácido…

(18/03/2020) Un método para supervisar una enfermedad en un sujeto que comprende: (a) generar uno o más perfiles de clonotipos de al menos una muestra obtenida del sujeto, en donde la al menos una muestra comprende linfocitos T y/o linfocitos B y está relacionada con un primer estado de la enfermedad y en donde cada perfil de clonotipo se determina mediante un método que comprende i. aislar espacialmente moléculas individuales de ácido nucleico de dichas células; ii. secuenciar dichas moléculas individuales aisladas espacialmente de ácido nucleico mediante secuenciación por síntesis usando nucleótidos marcados terminados de manera reversible, pirosecuenciación, secuenciación de 454, hibridación…

(08/01/2020) Un método de determinación de una proporción de linfocitos T o linfocitos B en una muestra en relación con el número total de genomas de entrada contenidos en dicha muestra que comprende: A) amplificar por PCR multiplexada y secuenciar: i) secuencias oligonucleotídicas de CDR3 reordenadas de locus de receptores de linfocitos T (TCR) de linfocitos T o locus de inmunoglobulinas (Ig) de linfocitos B en dicha muestra para obtener un número total de secuencias biológicas de salida, comprendiendo cada secuencia oligonucleotídica un segmento V y un segmento J; ii) un primer conjunto de moldes sintéticos que representan esencialmente todas las combinaciones posibles de segmentos V y segmentos…

(25/09/2019) Un método para predecir una respuesta de un sujeto de prueba a una inmunoterapia, que comprende: (a) obtener información de secuencias de ácido nucleico de una o más muestras de tumor sólido obtenidas del sujeto de prueba, en donde las una o más muestras de tumores sólidos comprenden ácidos nucleicos de células linfoides del sujeto de prueba, y en donde la información de secuencia de ácido nucleico comprende secuencias para una pluralidad de secuencias de ácido nucleico reordenadas únicas, codificando cada una un polipéptido receptor relacionado con la inmunidad adaptativa (AIR); (b) cuantificar una puntuación de diversidad…

(18/09/2019) Un procedimiento para seleccionar uno o más clonotipos específicos del paciente correlacionados con una neoplasia linfoide para controlar una enfermedad residual mínima de la misma, comprendiendo el procedimiento las etapas de: (a) amplificar moléculas de ácido nucleico de linfocitos T y/o linfocitos B de una muestra obtenida de un paciente, comprendiendo las moléculas de ácido nucleico secuencias de ADN recombinadas de genes del receptor de linfocitos T o genes de inmunoglobulina; (b) secuenciar las moléculas amplificadas de ácido nucleico para formar un perfil de clonotipo; (c) comparar clonotipos del perfil de clonotipo con los clonotipos de una base de datos de clonotipos, en el que la base de datos de clonotipos comprende clonotipos…

(24/07/2019) Un método para corregir el sesgo de amplificación en una reacción de PCR de una muestra, el método comprende: A) amplificar por PCR múltiple, secuenciar, y cuantificar las lecturas de salida de: (i) moléculas plantilla biológicas que comprenden secuencias oligonucleotídicas de CDR3 reordenadas de loci de receptor de células T (TCR) de células T o loci de inmunoglobulina (Ig) de células B, cada secuencia comprende un segmento V de TCR o IG y un segmento J de TCR o IG, para obtener un número total de lecturas de secuencias biológicas de salida; y (ii) moléculas plantilla sintéticas que comprenden cada una un segmento V de TCR o Ig y un segmento J de TCR o IG, secuencias adaptadoras universales de cebadores directos y/o inversos, uno o más códigos de barras que identifican las moléculas plantilla…

(01/05/2019) Un método para generar un anticuerpo monoclonal, que comprende las etapas de: a) crear una biblioteca de secuencias de ADNc de anticuerpo diana, comprendiendo la creación las etapas de: i) transcribir de forma inversa el ARNm a ADNc, en donde el ARNm se ha aislado de linfocitos aislados procedentes de un sujeto hospedador que se ha inmunizado con un antígeno; ii) amplificar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y iii) secuenciar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana, en donde las secuencias de ADNc del anticuerpo diana amplificadas se secuencian mediante secuenciación masiva paralela; y b) analizar la frecuencia de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana secuenciadas, que comprende: i) comparar las frecuencias relativas de las secuencias de ADNc del…

(15/04/2019) Un método de determinación de un perfil de clonotipo de ácidos nucleicos recombinados que codifican una pluralidad de cadenas de receptor inmunitario en una muestra, comprendiendo el método las etapas de: (a) unir marcadores de secuencia a moléculas de ácido nucleico recombinadas de genes de receptores de linfocitos T o genes de inmunoglobulina a partir de una muestra de un individuo que comprende linfocitos T y/o linfocitos B y/o ADN sin células para formar conjugados de marcador-ácido nucleico, en donde al menos un ácido nucleico recombinado o copias del mismo tienen distintos marcadores de secuencia unidos; (b) amplificar los conjugados de marcador-ácido nucleico; (c) secuenciar una muestra de los conjugados de marcador-ácido nucleico para proporcionar lecturas de secuencias teniendo…

(23/01/2019) Un método para determinar el potencial de amplificación de ácido nucleico no uniforme entre los miembros de un conjunto de cebadores oligonucleotídicos que es capaz de amplificar moléculas de ácido nucleico reordenadas que codifican uno o más receptores inmunitarios adaptativos en una muestra biológica que comprende moléculas de ácido nucleico reordenadas de células linfoides de sujeto mamífero, comprendiendo el método: (a) amplificar una composición que comprende una pluralidad de oligonucleótidos molde utilizando el conjunto de cebadores oligonucleotídicos en una reacción de PCR múltiple para obtener una pluralidad de oligonucleótidos molde amplificados, en donde…

(24/09/2018) Un método para detectar enfermedad residual mínima para un tumor maligno hematológico linfoide en un sujeto después de la terapia, comprendiendo el método (a) amplificación de ADN extraído de una primera muestra en una reacción en cadena de polimerasa múltiple (PCR) utilizando cebadores del segmentos V y J para producir una multiplicidad de moléculas de ADN reordenado amplificado que comprenden cada una una región que codifica CDR3 de TCR, en donde la primera muestra se ha obtenido del sujeto antes de la terapia y comprende una pluralidad de células hematopoyéticas linfoides, (b) secuenciación de alto rendimiento de dicha multiplicidad de moléculas de ADN reordenado amplificado…

(06/12/2017) Un método para predecir una respuesta inmunológica de un sujeto de prueba a una inmunoterapia, que comprende: amplificar secuencias de ácido nucleico de una o más muestras de tumor sólido que comprenden células linfoides, en donde las muestras se obtienen del sujeto de prueba en uno o más puntos temporales antes y después del tratamiento con dicha inmunoterapia, y en donde las secuencias de ácido nucleico se amplifican en un ensayo de PCR múltiplex que utiliza una pluralidad de cebadores oligonucleotídicos del segmento V del receptor relacionado con la inmunidad adaptativa (AIR) y una pluralidad de cebadores oligonucleotídicos del segmento J de AIR o uno o más cebadores oligonucleotídicos del segmento C de AIR; …

(06/07/2016) Un método de determinación de cadenas de receptor inmunitario emparejadas en una muestra, comprendiendo el método las etapas de: (a) dividir una muestra que contiene linfocitos que expresan parejas de cadenas de receptor inmunitario en una pluralidad de subconjuntos; (b) determinar las secuencias de nucleótidos de una primera cadena de cada pareja de cadenas de receptor inmunitario de linfocitos que tienen dichas parejas en una porción de la pluralidad de subconjuntos; (c) determinar las secuencias de nucleótidos de una segunda cadena de cada pareja de cadenas de receptor inmunitario de linfocitos que tienen dichas parejas de la misma porción de la pluralidad de subconjuntos; (d) identificar como cadenas de receptor inmunitario emparejadas las parejas de primeras cadenas y segundas cadenas (i) que, para cada subconjunto…

(20/04/2016) Una composición para la normalización de la eficacia de la amplificación de un conjunto de cebadores oligonucleótidos para amplificar secuencias de ácidos nucleicos reordenadas que codifican uno o más receptores del sistema inmunitario adaptativo en una muestra biológica obtenida de células linfoides de un sujeto mamífero, comprendiendo cada receptor del sistema inmunitario adaptativo una región variable y una región de unión, comprendiendo la composición: una pluralidad de oligonucleótidos molde sintéticos, teniendo cada oligonucleótido molde sintético una concentración conocida antes de la amplificación y una secuencia de oligonucleótido de una fórmula general: 5'-U1-B1-V-B2-R-B3-J-B4-U2-3' (I) en donde: (a) V es una secuencia de oligonucleótido…

(30/03/2016) Un método para generar anticuerpos monoclonales, que comprende las etapas de: a) crear una biblioteca de secuencias de ADNc, comprendiendo la creación las etapas de: (i) aislar el ARNm de linfocitos aislados procedentes de un sujeto hospedador que se ha inmunizado con un antígeno; (ii) transcribir de manera inversa el ARNm a ADNc; (iii) amplificar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y (iv) secuenciar las secuencias de ADNc del anticuerpo diana; y b) analizar la frecuencia de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana, que comprende: (i) comparar las frecuencias relativas de las secuencias de ADNc del anticuerpo diana antes y después de la exposición al antígeno, donde las secuencias de ADNc…