Métodos y kits para clasificar linfoma de linfocitos B grande difuso (DLBCL) en GCB-DLBCL o en ABC-DLBCL.
Un método para clasificar un linfoma de linfocitos B grande difuso (DLBCL) de un sujeto en un GCB-DLBCL o en un ABC-DLBCL,
que comprende la etapa de determinar el nivel de expresión de 10 genes en una muestra de tejido tumoral obtenida del sujeto realizando un ensayo de amplificación con sonda dependiente de ligamiento múltiple con retrotranscriptasa (RT-MLPA) en el que los 10 genes son NEK6, IRF4, IGHM, LMO2, F0XP1, TNFRSF9, BCL6, TNFRSF13B, CCND2 y MYBL1,
comprendiendo dicho método las etapas de i) preparar una muestra de ADNc a partir de la muestra de tejido tumoral, ii) incubar la muestra de ADNc de la etapa i) con una mezcla de al menos 10 pares diferentes de sondas específicas de una secuencia de ácido nucleico diana de NEK6, IRF4, IGHM, LMO2, FOXP1, TNFRSF9, BCL6, TNFRSF13B, CCND2 y MYBL1, iii) ligar la primera sonda con la segunda sonda de los partes de sondas, iv) amplificar las sondas ligadas producidas en la etapa iii) y v) detectar y cuantificar los amplicones producidos en la etapa iv), en el que el par de sondas consiste en:
- una primera sonda que tiene
- una región específica de diana (L) complementaria al primer segmento de la secuencia de ácido nucleico diana y
- una región de cola (TL) en el extremo 5' de la región específica de diana (L) que no es complementaria a dicha secuencia de ácido nucleico diana,
- una segunda sonda que tiene
- una región específica de diana (R) complementaria al segundo segmento de la secuencia de ácido nucleico diana y
- una región de cola (TR) en el extremo 3' de la región específica de diana (R) que no es complementaria a dicha secuencia de ácido nucleico diana,
en el que
el par de sondas específicas para NEK6 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:54 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCTGTGCATCCTCCTGACCCACAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:55 (AGGCATCCCAACACGCTGTCTTTTCCAACCCTTAGGGAACCC);
el par de sondas específicas para IRF4 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:56 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATCTGCCGAAGCCTTGGCGTTCTCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:57 (ACTGCCGGCTGCACATCTGCCTGTATCCAACCCTTAGGGAACCC);
el par de sondas específicas para IGHM consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:58 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATGCGTCCTCCATGTGTGGCCCCG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:59 (ATCAAGACACAGCCATCCGGGTCTTCTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC);
el par de sondas específicas para LMO2 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:62 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACGGAAGCTCTGCCGGAGAGACTATCTCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:63 (GCTTTTTGGGCAAGACGGTCTCTGCTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC);
el par de sondas específicas para FOXP1 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:64 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCCTTCCCCTTCAACCTCTTGCTCAAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:65 (GCATGATTCCAACAGAACTGCAGCAGCTACTACTACTCCAACCCTTAGGGAACCC);
el par de sondas específicas para TNFRSF9 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:66 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACGGACCTGTGACATATGCAGGCAGTGTAAAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:67 (GTGTTTTCAGGACCAGGAAGGAGTGTTCCTACTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para BCL6 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:68 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTCATAAAACGGTCCTCATGGCCTGCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:69 (TGGCCTGTTCTATAGCATCTTTACAGACCAGTTGTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para TNFRSF13B consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:70 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTACTAGCGCACCTGTGCAGCCTTCTGCA) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:71 (GGTCACTCAGCTGCCGCAAGGAGCTACTACTACTACTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para CCND2 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:72 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTGACCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:73 (ACTTTAAGTTTGCCATGTACCCACCGTCGATACTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC); y el par de sondas específicas para MYBL1 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:76 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCAGAATTTGCAGAGACTCTAGAACTTATTGAAT CT) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:77 (GATCCTGTAGCATGGAGTGACGTTACCAGTTTTTACTACTTCCAACCCTTAGGGAACC C).
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/EP2015/054952.
Solicitante: INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE (INSERM).
Nacionalidad solicitante: Francia.
Dirección: 101, RUE DE TOLBIAC 75013 PARIS FRANCIA.
Inventor/es: RUMINY,PHILIPPE, MARCHAND,VINCIANE, JARDIN,FABRICE, MARESCHAL,SYLVAIN, BAGACEAN,CRISTINA.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/6886 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › para el cáncer (ensayos inmunológicos para el cáncer G01N 33/574).
PDF original: ES-2804308_T3.pdf
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