Oligonucleótidos de bloqueo aumentados en Tm y señuelos para un enriquecimiento de diana mejorado y una selección fuera de diana reducida.

Método de selección de un ácido nucleico molde deseado a partir de una población de ácidos nucleicos molde,

que comprende:

(a) poner en contacto la población de ácidos nucleicos molde con un primer oligonucleótido que comprende un oligonucleótido aumentado en Tm como un bloqueante para formar una mezcla; y

(b) aislar el ácido nucleico molde deseado a partir de la mezcla,

en el que la etapa de poner en contacto la población de ácidos nucleicos molde con un primer oligonucleótido que comprende un oligonucleótido aumentado en Tm comprende incubar la mezcla a una temperatura que presenta un valor de Tm del oligonucleótido aumentado en Tm,

en el que la etapa de aislar el ácido nucleico molde deseado comprende:

(i) formar un complejo híbrido entre el ácido nucleico deseado y un segundo oligonucleótido como un señuelo; y

(ii) separar el complejo híbrido de la mezcla

en el que

el oligonucleótido aumentado en Tm comprende una pluralidad de grupos de residuos seleccionados de entre un grupo que consiste en un grupo de ácidos nucleicos bloqueados, un grupo de ácidos nucleicos bicíclicos, una pirimidina modificada en C5, un grupo de ácidos nucleicos peptídicos o combinaciones de los mismos, el oligonucleótido aumentado en Tm es complementario a un ácido nucleico no diana y forma un dúplex con dicha secuencia de ácido nucleico no diana seleccionada de entre secuencias adaptadoras y de código de barras, y

la etapa de poner en contacto la población de ácidos nucleicos molde con un primer oligonucleótido que comprende un oligonucleótido aumentado en Tm da como resultado la inhibición de la formación de complejo entre el ácido nucleico molde deseado y los ácidos nucleicos molde no deseados.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2013/049402.

Solicitante: Integrated DNA Technologies Inc.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 1710 Commercial Park Coralville, IA 52241 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: LIPSON,DORON, BEHLKE,MARK AARON, HAVENS,JOHN ROBERT, ROSE,SCOTT DANIEL, JAROSZ,MIRNA, ZWIRKO,ZACHARY, JUHN,FRANK SOO.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C07H21/04 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C07 QUIMICA ORGANICA.C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › C07H 21/00 Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos. › con desoxirribosilo como radical sacárido.
  • C12N15/10 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12N15/11 C12N 15/00 […] › Fragmentos de ADN o de ARN; sus formas modificadas (ADN o ARN no empleado en tecnología de recombinación C07H 21/00).
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2769796_T3.pdf

 

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