Genes y productos de expresión génica que son regulados en forma diferencial en el cáncer de próstata.

Clon SL-68 (SEQ ID NOs: 218 y 219)

Dos transcriptos, de 2,6 kb y de 4,3 kb, fueron observados en un bazo y timo normales y en leucocitos de sangreperiférica, así como en la leucemia promielocítica, leucemia mieloide crónica y leucemia linfoblástica.

El transcriptode 4,3 kb fue observado en testículos y colon normales, células HeLa S3, adenocarcinoma colorrectal y melanoma.

La banda de 2,6 kb se encontró en las siguientes líneas de células de próstata: PC-3 (metastático al hueso,insensibles a andrógenos); DU-145 (metastático al cerebro, insensible a andrógenos); FFpz (células primariasderivadas del epitelio de próstata normal); Ffca (células primarias derivadas de epitelio de cáncer de próstata Grado3 de Gleason), y WO-CA (células primarias derivadas de epitelio de cáncer de próstata Grado 4 de Gleason). Sinembargo, una expresión más alta se observó en LNCaP, MDA PCa 2A, HPV-7 y HPV-10. Se observó también untranscrito de 9,5 kb en MDA PCa 2A y 2B. Una secuencia adicional correspondiente a este clon se divulga en laSEQ ID NO: 335.

Aquellos capacitados en el arte reconocerán, o serán capaces de determinar, utilizando únicamente experimentaciónde rutina, muchos equivalentes a las realizaciones específicas de la invención descritas aquí. Tales realizacionesespecíficas y equivalentes pretenden ser abarcadas por las reivindicaciones siguientes.

Genes y productos de expresión génica que son regulados en forma diferencial en el cáncer de próstata Campo de la invención Esta invención se refiere al campo del diagnóstico y pronóstico del cáncer, la progresión tumoral, crecimiento de las células hiperproliferativas, y a las manifestaciones físicas y biológicas acompañantes. Más específicamente, la invención incluye polinucleótidos que son regulados diferencialmente en trastornos prostáticos, tales como cáncer de próstata metastático, cáncer de próstata localizado, y la hiperplasia prostática benigna (BPH) .

Antecedentes de la invención El aumento o la disminución de la expresión de los genes en el cáncer o la progresión del tumor son útiles para fines terapéuticos y de diagnóstico. Por ejemplo, la detección de genes o el aumento de expresión de productos de expresión génica en células hiperproliferativas puede ser un marcador predictivo o de diagnóstico de la aparición o la progresión del cáncer. El diagnóstico precoz puede ser útil si el cáncer, los tumores, o las células hiperproliferativas se puede inhibir, remover o terminar para evitar metástasis o recurrencia del crecimiento canceroso. Tal alerta temprana es de uso particular para pacientes con cáncer de próstata, donde la remoción del crecimiento, el tumor o las células es beneficiosa si la enfermedad se limita a la próstata. Existe una necesidad en el estado del arte por genes relacionados con el cáncer y la progresión del tumor.

Resumen de la invención La presente invención proporciona métodos y reactivos para el diagnóstico del cáncer de próstata, la progresión de un tumor de la próstata o el crecimiento de células hiperproliferativas de la próstata. Los reactivos para tales kits de diagnóstico incluyen polinucleótidos que comprenden al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 218, 219 o 335 o un complemento de los mismos.

La invención proporciona:

- un método para el diagnóstico de cáncer de próstata, el progreso de un tumor de la próstata y del crecimiento de células hiperproliferativas de la próstata que comprende:

(a) proporcionar una sonda de polinucleótidos que comprenden al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 218, 219 o 335 o un complemento de los mismos;

(b) poner en contacto una muestra biológica para diagnóstico con dicha sonda bajo condiciones de hibridación lo que permite la formación de un dúplex; y

(c) determinar la presencia de dicho dúplex, y detectar las diferencias que existen entre los niveles de dúplex en dicha muestra biológica comparado con una muestra biológica normal.

- Un kit de diagnóstico que comprende:

(a) un reactivo de diagnóstico que comprende una sonda de polinucleótidos que contiene al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 218, 219 o 335 o un complemento de los mismos cuando dicha secuencia está presente en una muestra biológica de ensayo;

(b) una muestra biológica normal; y

(c) instrucciones para detectar las diferencias que existen entre los niveles de dúplex en dicha muestra biológica de ensayo en comparación con dicha muestra biológica normal.

- Un polinucleótido aislado seleccionado de entre el grupo que consiste de: un polinucleótido que comprende la secuencia de nucleótidos de las SEQ ID NOs: 218 o 219.

- Un vector comprende el polinucleótido anterior.

- Una célula huésped aislada que comprende al vector anterior.

Los métodos de diagnóstico descritos aquí incluyen tanto ensayos como inmunoensayos de ácido nucleico.

Preferiblemente, el ácido nucleico obtenido a partir de material biológico es ARNm o ADN genómico. El ácido nucleico puede ser también ADNc complementario al ARNm.

También se describe el uso de los polinucleótidos aislados o partes de los mismos como sondas de diagnóstico o como iniciadores.

En ciertas realizaciones preferidas, el polinucleótido está operativamente enlazado a una secuencia de control de la expresión. La invención proporciona además una célula huésped, incluidas células bacterianas, de levadura, de mamífero y de insecto, transformadas con la secuencia de polinucleótido. La invención también proporciona el ADNc de longitud completa y el gen humano de longitud completa correspondiente al polinucleótido.

También se describe ácido nucleico obtenido por medio de la transformación de una célula huésped con ácido nucleico que comprende al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 218, 219 o 335, el cultivo de la célula huésped, y la recuperación del ácido nucleico replicado, el ARN expresado, y/o el polipéptido expresado.

Descripción detallada de la invención Los genes que aumentan o disminuyen su expresión en el cáncer o en la progresión del tumor son útiles para fines terapéuticos y de diagnóstico. Por ejemplo, un ensayo de diagnóstico para determinar el estadio de la enfermedad también es útil en la adaptación del tratamiento de un cáncer agresivo frente a un cáncer más suave o progresión tumoral. Las secuencias de polinucleótidos y polipéptidos codificados de la presente invención son útiles para estos propósitos de diagnóstico o de pronóstico.

Además, la modulación de genes o de los productos de expresión génica que son mal regulados pueden utilizarse para tratar o mejorar el cáncer, la progresión tumoral, el crecimiento de las células hiperproliferativas, y las manifestaciones físicas y biológicas acompañantes.

En este documento se identifican secuencias de polinucleótidos que aumentan su expresión en una línea celular cancerosa, más específicamente en una línea celular de cáncer de próstata. La presente invención se refiere a métodos y reactivos para diagnóstico.

I. Uso de polinucleótidos que tiene una secuencia de una o más de las SEQ ID NOs: 1 - 339 para obtener ADNc de longitud completa y el gen humano de longitud completa y la región promotora.

Las moléculas de ADNc de longitud completa que comprenden las secuencias divulgadas se obtienen como sigue. El polinucleótido o una porción del mismo que comprende al menos 12, 15, 18, o 20 nucleótidos se utiliza como sonda de hibridación para detectar los miembros de hibridación de una biblioteca de ADNc usando métodos de diseño de la sonda, métodos de clonación, y técnicas de selección de clones como se describe en la patente de los Estados Unidos No. 5.654.173, "Secreted Proteins and Polynucleotides Encoding Them”, incorporada aquí por referencia. Las bibliotecas de ADNc se elaboran a partir de tejidos seleccionados, tales como tejidos normales o tumorales, o de tejidos de un mamífero tratado, por ejemplo, con un agente farmacéutico. Preferiblemente, el tejido es el mismo que el utilizado para generar los polinucleótidos, ya que tanto los polinucleótidos como el ADNc representan genes expresados. Más preferiblemente, la biblioteca de ADNc se elabora a partir del material biológico descrito aquí en los Ejemplos. Alternativamente, muchas bibliotecas de ADNc se encuentran comercialmente disponibles. (Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laborator y Manual, 2ª Ed. (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY 1989) .

Se obtienen los miembros de la biblioteca que son más grandes que el polinucleótido, y preferiblemente que contienen la secuencia completa del mensaje nativo. Con el fin de confirmar que se ha obtenido el ADNc entero, se llevan a cabo experimentos de protección del ARN de la siguiente manera. La hibridación de un ADNc de longitud completa a un ARNm protegerá al ARN de la degradación con ARNasa. Si el ADNc no es de longitud completa, entonces las porciones del ARNm que no se hibridan estarán sometidas a degradación con ARNasa. Este se somete a ensayo, tal como se conoce en la técnica, por medio de los cambios en la movilidad electroforética sobre geles de poliacrilamida, o mediante la detección de monorribonucleótidos liberados. Sambrook et al., Molecular Cloning:. A Laborator y Manual, 2ª Ed. (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY 1989) . Con el fin de obtener secuencias 5’ adicionales al extremo de un ADNc parcial, se lleva a cabo un 5' RACE (PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, Inc. 1990) ) .

El ADN genómico se aísla utilizando polinucleótidos de una manera similar al aislamiento de los ADNc de longitud completa. En resumen, los polinucleótidos, o porciones de los mismos, se utilizan como sondas para las bibliotecas de ADN genómico. Preferiblemente, la biblioteca se obtiene del tipo de célula que se usó para generar los polinucleótidos, pero esto no es esencial. Más preferiblemente, el ADN genómico se obtiene a partir... [Seguir leyendo]

1. Un método para diagnosticar cáncer de próstata, la progresión de un tumor en la próstata y el crecimiento de células hiperproliferativas de la próstata que comprende:

(a) proporcionar una sonda de polinucleótido que comprende al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 5 218, 219 o 335 o un complemento de las mismas;

(b) poner en contacto una muestra biológica para el diagnóstico con dicha sonda bajo condiciones de hibridación que permitan la formación de un dúplex; y

(c) determinar la presencia de dicho dúplex, y detectar las diferencias que existen entre los niveles de dúplex en dicha muestra biológica comparado con una muestra biológica normal.

2. Un kit de diagnóstico que comprende:

(a) un reactivo de diagnóstico que comprende una sonda de polinucleótido que contiene al menos 20 nucleótidos contiguos de las SEQ ID NOs: 218, 219 o 335 o complemento de las mismas, cuando dicha secuencia está presente en una muestra biológica de ensayo;

(b) una muestra biológica normal; y

(c) instrucciones para la detección de las diferencias que existen entre los niveles de dúplex en dicha muestra biológica de ensayo en comparación con dicha muestra biológica normal.

3. Un polinucleótido aislado seleccionado de entre el grupo que consiste de: un polinucleótido que comprende la secuencia de nucleótidos de las SEQ ID NOs: 218 o 219.

4. Un vector que comprende el polinucleótido de la reivindicación 3.

5. Una célula huésped aislada que comprende el vector de la reivindicación 4.