Composición para diagnosticar cánceres pancreáticos, que comprende una molécula de ácido nucleico aislada seleccionada del grupo que consiste en:

(a) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende SEQ ID NO: 1,

(b) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para SEQ ID NO: 2,

(c) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para una proteína que se expresa en cáncer y que presenta una identidad de secuencia de nucleótidos de al menos aproximadamente el 95% a lo largo de la secuencia contigua completa de SEQ ID NO: 1, y

(d) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende el complemento de una molécula de ácido nucleico de (a), (b) o (c) .

Familia génica (lbfl313) asociada con cáncer pancreático.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a los cambios en la expresión génica en tejidos de cáncer pancreático de pacientes con cáncer pancreático. La invención se refiere específicamente a un gen humano que se expresa de manera diferente en tejidos de cáncer pancreático en comparación con tejidos pancreáticos normales correspondientes, y en otros neoplasmas malignos.

Antecedentes de la técnica

El cáncer pancreático, la cuarta causa principal de mortalidad por cáncer tanto en hombres como en mujeres, es un problema de salud importante en el mundo desarrollado y está asociado con un pronóstico extremadamente malo (Faint et al. (2004) Datamonitor DMHC2045; Garcea et al. (2005) Pancreatology 5:514-529; Kern et al. (2002) Cancer Biol Therapy 1:607-613; Laheru y Jaffee (2005) Nature Rev Cancer 5: 59-467; Li et al. (2004) Lancet 363:1049-1057) . Se ha estimado que aproximadamente 30.000 estadounidenses desarrollan y mueren de esta enfermedad al año. A pesar del manejo médico y quirúrgico agresivo, la esperanza de vida media es de aproximadamente 15º18 meses para pacientes con enfermedad local y regional, y de 3º6 meses para pacientes con enfermedad metastásica. Cerca del 100% de pacientes con cáncer pancreático desarrollan metástasis y mueren debido a los efectos metabólicos debilitantes de su crecimiento sin restricción y la supervivencia a los cinco años global para los grupos de pacientes que no se someten a procedimientos de resección es claramente inferior al cinco por ciento. Es particularmente agresivo con síntomas iniciales no específicos y pronóstico temprano difícil. Están en desarrollo métodos de detección temprana de cáncer pancreático pero aún no existen en práctica y las terapias contra el cáncer convencionales tienen poco impacto sobre el pronóstico o desenlace de la enfermedad. El mal pronóstico del cáncer pancreático puede atribuirse a su tendencia a una presentación tardía, invasión local agresiva, metástasis temprana y escasa respuesta a la quimioterapia.

Como muchas otras enfermedades malignas, el cáncer pancreático resulta de la acumulación de mutaciones adquiridas. Cambios epigenéticos y genéticos múltiples, incluyendo activación de protooncogenes, inactivación de genes supresores de tumores y anomalías de genes de mantenimiento, están implicados en el desarrollo, crecimiento continuado y metástasis del cáncer pancreático. Se cree que las mutaciones acumuladas en tales genes se producen en un transcurso de tiempo predecible durante los estadios de "PanIN" (neoplasia intraepitelial pancreática ("Pancreatic Intraepithelial Neoplasia") ) (Hruban et al. (2000) Clin Cancer Res 6:2969-2972; Kern et al. (2002) Cancer Biol Therapy 1:607-613; Li et al. (2004) Lancet 363:1049-1057) . La mutación del K-ras se produce a la mitad del PanIN-1. El estadio PanIN-2 está marcado por cambios adicionales y el aumento en la tasa de mutaciones de K-ras y por la aparición de numerosas anomalías de p16, y la sobreexpresión de la proteína p53, que puede indicar la presencia de mutaciones de p53, aparece ocasionalmente en los PanIN más avanzados. La pérdida de genes supresores de tumores, TP53, DPC4 y BRCA2, parece producirse tarde en el desarrollo de neoplasia pancreática, PanIN-3.

Más del 85% de los cánceres ductales pancreáticos tienen una mutación puntual activante del gen K-ras en el desarrollo del cáncer pancreático (Li et al. (2004) Lancet 363:1049-1057; Xiong (2004) Cancer Chem Pharm 54:S6977) . La mutación de K-ras da como resultado activación constitutiva de una ruta de señalización intracelular, Ras-Raf-MEK-ERK, que conduce a proliferación celular y confiere por tanto propiedades transformantes a las células que contienen mutaciones puntuales en este gen. La mutación de Ras no está asociada con el pronóstico o estadio tumoral, indicando que el oncogen K-ras puede estar relacionado con el inicio de la carcinogénesis, pero no está vinculado a potencial maligno o promoción de cáncer pancreático humano. Una de las dianas en el sentido de 3' clave de la familia Ras es fosfoinositol 3 cinasa (PI3K) . La activación de PI3K está implicada en la resistencia del cáncer pancreático a la apoptosis inducida por agentes de direccionamiento molecular o quimioterápicos.

La inactivación del gen supresor de tumores p16 parece producirse poco después. El gen p16 está inactivado en prácticamente todos los adenocarcinomas ductales por mutación, deleción homocigota o silenciamiento transcripcional asociado con metilación del promotor (Kern et al. (2002) Cancer Biol Therapy 1:607-613; Maitra et al. (2006) Best Pract Res Clin Gastroenterol 20:211-226) . La proteína p16 regula el ciclo celular a través de la ruta p16/Rb, por tanto la inactivación genética del gen p16 significa que se pierde un regulador crítico del ciclo celular en el cáncer pancreático. De interés, las mutaciones heredadas en el gen p16 son una causa del síndrome de melanoma familiar atípico con molas múltiples (FAMMM) , y los pacientes con FAMMM tienen un mayor riesgo de desarrollar melanoma y cáncer pancreático.

La inactivación del gen TP53 se produce casi siempre por una mutación intragénica en un alelo acoplada con la pérdida del segundo alelo (Maitra et al. (2006) Best Pract Res Clin Gastroenterol 20:211-226) . El mal funcionamiento de p53 significa que dos controles críticos del número celular, el punto de control del ciclo celular G1/S y el mantenimiento de la detención en G2/M, están desregulados en la mayoría de cánceres pancreáticos.

El gen DPC4, también conocido como SMAD4, está genéticamente inactivado en más de la mitad de los cánceres pancreáticos, en el 35% por deleción homocigota, y en el 20% por una mutación intragénica acoplada con la pérdida del alelo restante (Maitra et al. (2006) Best Pract Res Clin Gastroenterol 20:211-226; Wilentz et al. (2000) Am J Pathol 156:37-43) . Sin embargo, la inactivación genética de DPC4 sólo aparece rara vez en otros tipos de tumor. La proteína dpc4 desempeña un papel crítico en la señalización y el control del crecimiento a través de la ruta de TGF-

B.

El gen BRCA2, relacionado con la reparación del ADN, sólo se selecciona como diana en un porcentaje pequeño ( 10%) de cáncer pancreático, pero provoca la agregación familiar del cáncer pancreático (Maitra et al. (2006) Best Pract Res Clin Gastroenterol 20:211-226; Murphy et al. (2002) Cancer Res 62:3789-3793) . Portadores de un único par de bases del gen BRCA2 (denominado la mutación del gen BRCA26174delT) tienen un riesgo 10 veces mayor de desarrollar cáncer pancreático.

El factor nuclear KB (NF-KB) , un factor de transcripción que existe predominantemente como heterodímero p65 (Re1A) /p50, también se considera como uno de los genes relacionados con cáncer pancreático (Garcea et al. (2005) Pancreatology 5:514-529; Xiong (2004) Cancer Chem Pharm 54:S69-77) . RelA, la subunidad p65 de NF-KB, se activa constitutivamente en aproximadamente el 67% de los adenocarcinomas pancreáticos, pero no en tejidos pancreáticos sanos, y IKBa se sobreexpresa en líneas celulares y tejidos de tumores pancreáticos humanos. La activación constitutiva de RelA parece estar correlacionada con la ruta de señalización en el sentido de 5', tal como Ras, en células tumorales pancreáticas. Se ha sugerido que NF-KB desempeña un papel importante en la resistencia del tumor a la apoptosis inducida por agentes citotóxicos en el cáncer pancreático. Otros resultados también mencionan que el mecanismo principal por el que NF-KB parece promover el crecimiento de células pancreáticas es mediante la inhibición de la apoptosis.

La entrada (n.º de registro BC009722) de la base de datos EMBL se refiere a un polinucleótido y una secuencia de polipéptido traducida correspondiente idéntica a SEQ ID NO. 1 y 2. No da a conocer el uso de dichas secuencias para el diagnóstico o tratamiento de cánceres pancreáticos.

El documento EP 1 526 381 A da a conocer un método de diagnóstico para detectar adenocarcinoma pancreático usando la proteína DDEF2, un factor de potenciamiento de diferenciación y desarrollo. No da a conocer el uso de las presentes secuencias para el diagnóstico o tratamiento de cánceres pancreáticos.

Sigue habiendo una necesidad en la técnica de materiales y métodos que permitan un diagnóstico más preciso del adenocarcinoma pancreático. Además, sigue habiendo una necesidad en la técnica de métodos para tratar y métodos para identificar agentes que puedan... [Seguir leyendo]

1. Composición para diagnosticar cánceres pancreáticos, que comprende una molécula de ácido nucleico aislada seleccionada del grupo que consiste en: (a) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende SEQ ID NO: 1, (b) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para SEQ ID NO: 2, (c) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para una proteína que se expresa en cáncer y que presenta una identidad de secuencia de nucleótidos de al menos aproximadamente el 95% a lo largo de la secuencia contigua completa de SEQ ID NO: 1, y (d) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende el complemento de una molécula de ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .

2. Composición según la reivindicación 1, en la que la molécula de ácido nucleico comprende los nucleótido.

5. 640 de SEQ ID NO: 1.

3. Composición según la reivindicación 1, en la que la molécula de ácido nucleico comprende los nucleótido.

5. 643 de SEQ ID NO: 1.

4. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en la que dicha molécula de ácido nucleico está operativamente unida a uno o más elementos de control de la expresión.

5. Composición para diagnosticar cánceres pancreáticos, que comprende un vector que comprende una molécula de ácido nucleico aislada seleccionada del grupo que consiste en: (a) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende SEQ ID NO: 1, (b) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para SEQ ID NO: 2,

(c) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para una proteína que se expresa en cáncer y que presenta una identidad de secuencia de nucleótidos de al menos aproximadamente el 95% a lo largo de la secuencia contigua completa de SEQ ID NO: 1, y (d) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende el complemento de una molécula de ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .

6. Composición para diagnosticar cánceres pancreáticos, que comprende una célula huésped transformada para contener una molécula de ácido nucleico aislada seleccionada del grupo que consiste en: (a) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende SEQ ID NO: 1, (b) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para SEQ ID NO: 2, (c) una molécula de ácido nucleico aislada que codifica para una proteína que se expresa en cáncer y que presenta una identidad de secuencia de nucleótidos de al menos aproximadamente el 95% a lo largo de la secuencia contigua completa de SEQ ID NO: 1, y (d) una molécula de ácido nucleico aislada que comprende el complemento de una molécula de ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .

7. Composición para diagnosticar cánceres pancreáticos, que comprende una proteína o polipéptido aislado seleccionado del grupo que consiste en proteína que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 2 y una proteína que tiene una identidad de secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente el 95% con SEQ ID NO: 2.

8. Composición para diagnosticar o tratar cánceres pancreáticos, que comprende un anticuerpo aislado o fragmento de anticuerpo de unión a antígeno que se une a un polipéptido aislado seleccionado del grupo que consiste en una proteína que comprende la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO:2 y una proteína que tiene una identidad de secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente el 95% con SEQ ID NO:2.

9. Composición según una cualquiera según las reivindicaciones 1 a 8, en la que el cáncer pancreático es adenocarcinoma pancreático.