MÉTODOS Y CONJUNTOS DE SONDAS PARA DETERMINAR LA PROGNOSIS DEL CÁNCER DE PRÓSTATA.

Un método para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata en un sujeto,

comprendiendo dicho método: (a) determinar en una muestra biológica de un sujeto la pérdida, la ganancia o el cambio en el número de copia del locus 8p21-22 del cromosoma 8, cromosoma 8, y el gen c-myc del cromosoma 8; y (b) correlacionar la pérdida, la ganancia o el cambio en el número de copia con la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata para el sujeto

La invención se refiere a un método para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata.

El cáncer de próstata constituye la enfermedad maligna más común en los hombres, y se ha estimado que provocó aproximadamente 39.000 muertes como consecuencia de éste en 1998 en los Estados Unidos. Hasta aproximadamente un 59% de los casos de cáncer de próstata se presentan como tumores localizados, es decir, en las etapas A y B, en las que el tumor está confinado en la próstata. La etapa clínica C, en la cual el tumor se localiza clínicamente en el área periprostática, pero que se extiende a través de la cápsula prostática y que puede implicar a las vesículas seminales, representa aproximadamente del 14% al 18% de los casos. Los restantes 10% al 18% de los casos son metastásicos o en una etapa clínica D.

En general, el comportamiento clínicamente agresivo está asociado a una acumulación de aberraciones géneticas en algunos tumores sólidos, tales como cáncer de colon y cáncer de vejiga. También pueden aparecer cambios genéticos similares múltiples en el carcinoma de próstata. Ya que el cáncer de próstata es una causa principal de muerte en hombres en los Estados Unidos, la identificación de pacientes cuyo tumor está abocado a progresar rápidamente es un objetivo prioritario de investigación actual. Desafortunadamente, dentro del grupo humano de hombres con un grado y etapa simple del cáncer de próstata, hay pocos marcadores de la agresividad clínica.

El documento WO9620288A, considerado la técnica anterior más cercana, describe un método diagnóstico de la progresión del cáncer de próstata, en el que se determina la presencia de un segmento amplificado de banda del cromosoma 8q24 y del centrómero del cromosoma 8 de una muestra de tumor de próstata humano.

La invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que el locus 8p del cromosoma 8, el centrómero del cromosoma 8, y el locus 8q24 sirven como indicadores pronósticos para el cáncer de próstata. La evaluación de la presencia o ausencia de estos marcadores, por ejemplo por técnicas de hibridación, proporciona un método sensible para determinar la progresión y prognosis o pronóstico del cáncer de próstata, y lleva a un tratamiento más precoz en ciertos casos.

En un primer aspecto de la invención, se proporciona un método para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo dicho método:

(i) determinar en una muestra biológica del sujeto la pérdida, la ganancia o el cambio en el número de copia del locus 8p21-22 del cromosoma 8, el cromosoma 8, y el gen c-myc del cromosoma 8; y

(ii) correlacionar cualquier pérdida, ganancia o cambio en el número de copia con la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata para el sujeto.

Puede realizarse la determinación de la pérdida, ganancia o cambio en el número de copia (también denominado determinación del Incremento Adicional de un gen) por cualquier método adecuado que sea conocido por cualquier experto en la técnica.

Preferiblemente, el método comprende:

(a) determinar un modelo de hibridación de un conjunto de sondas cromosómicas al ácido nucleico de una muestra biológica de dicho sujeto, en el que dicho conjunto comprende una sonda al locus 8p21-22 del cromosoma 8, una sonda al centrómero del cromosoma 8, y una sonda al gen c-myc en el cromosoma 8; y

(b) correlacionar dicho modelo de hibridación con la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata para dicho sujeto.

El conjunto de sonda cromosómica debe ser suficientemente específico para permitir la detección del locus 8p del cromosoma 8; cromosoma 8 y el locus 8q24, y preferiblemente incluye una sonda al locus 8p del cromosoma 8 y una sonda al locus 8q24 del cromosoma 8, y además puede incluir una sonda al centrómero del cromosoma S. El locus 8p puede definirse además como 8p21-22 y el locus 8q24 puede definirse además como el gen c-myc. La muestra biológica se puede seleccionar del grupo que consiste en resecciones de tejido de próstata, biopsias de tejido de próstata, lavados de orina y vejiga. Las biopsias de tejido de próstata son particularmente útiles.

La prognosis o pronóstico del sujeto se determina como pobre cuando el modelo de hibridación indica la pérdida del locus 8p, la ganancia del cromosoma 8 y el incremento adicional de número de copia de c-myc respecto al número de copia del centrómero. El modelo de hibridación se puede determinar hibridando el conjunto de sondas cromosómicas al ácido nucleico de la muestra biológica y detectando la presencia o ausencia de la sonda hibridada. Las sondas se pueden marcar, usando cualquier método, incluyendo el marcaje fluorescente.

La invención también abarca a un kit para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer en un sujeto. El kit comprende un conjunto de sondas cromosómicas, que comprende una sonda al locus 8p21-22 del cromosoma 8, una sonda al centrómero del cromosoma 8 y una sonda al gen c-myc o al cromosoma 8. El locus 8p puede definirse además como 8p21-22 y el locus 8q24 puede definirse además como el gen c-myc. Las sondas se pueden marcar, por ejemplo, con fluorescencia. El kit además puede incluir instrucciones que indiquen la prognosis o pronóstico que se determina como pobre cuando un modelo de hibridación del conjunto de sondas cromosómicas indica la pérdida del locus 8p, la ganancia del cromosoma 8 y un incremento adicional del número de copia de c-myc respecto al número de copia del centrómero.

A menos que se definan de otra forma, todos los términos técnicos y científicos usados en este documento tienen el mismo significado entendido comúnmente por cualquier experto ordinario en la técnica a la que pertenece esta invención. Aunque puedan usarse métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en este documento para poner en práctica la invención, los métodos y materiales adecuados se describen a continuación.

En caso de conflicto, la presente memoria descriptiva, incluyendo las definiciones, prevalecerá sobre otras definiciones. Además, los materiales, métodos y ejemplos son solo ilustrativos y no se pretende que sean limitantes.

Otras características y ventajas de la invención serán evidentes a partir de la siguiente descripción detallada, y de las reivindicaciones.

La figura 1 es un esquema que representa posibles rutas genéticas en el carcinoma de próstata. Los paréntesis indican el número de paciente. -8p: pérdida de 8p, +8: ganancia del cromosoma 8, IA c-myc: incremento adicional del gen c-myc. La pérdida de 8p y la ganancia del cromosoma 8 (modelo Ganancia 8p-Ganancia 8cen-Ganancia c-myc) son los dos posibles primeros acontecimientos genéticos del cromosoma 8 en el carcinoma de próstata.

Las figuras 2A y 2B proporcionan datos tabulados para el caso 37, usando sondas específicas del locus para 8p y c-myc, y una sonda del centrómero 8. En la figura 2A, se proporciona el tanto por ciento de núcleos con diversas combinaciones de señal de CEP 8 y c-myc. En la figura 2B, se proporciona el tanto por ciento de nucleos con diversas combinaciones de señal de CEP 8 y 8p.

Las figuras 3A y 3B son diagramas de dispersión que indican la distribución del centrómero 8, c-myc, y el número de copia de 8p para la cohorte de pacientes pT3N0M0 en etapa 144 (3A) y 143 (3B). La figura 3A indica el tanto por ciento de núcleos con señales de CEP 8 ≥3 versus la relación c-myc:CEP 8. Este diagrama de dispersión de puntos de CEP 8 y c-myc resalta los grupos de tumores sin anomalía aparente de 8cen y c-myc (diamantes azules), ganancia de 8cen y ganancia de c-myc (diamantes amarillos), ganancia de 8cen e IA de cmyc (diamantes naranjas), e IA de c-myc solo (diamantes rojos). También muestra dos tumores con pérdida de 8cen (diamantes verdes). Dos tumores con pérdida de 8cen y IA de c-myc se incluyeron en el grupo c-myc solo (diamante rojo). La figura 3B indica el tanto por ciento de núcleos con 0-1 señales de CEP 8 versus la relación 8p:CEP 8. Este diagrama de dispersión de los puntos de CEP 8 y 8p resalta los grupos de tumores sin anomalía aparente de 8cen y 8p (diamantes azules), ganancia de 8cen y ganancia de 8p (diamantes amarillos), ganancia de 8cen y pérdida de 8p (diamantes rojos), y pérdida de 8p solo (diamantes naranjas). También muestra 4 tumores con pérdida de 8cen (diamantes verdes).

Las figuras 4A y 4B are curvas de supervivencia de Kaplan-Meier sin progresión (A) y curvas de supervivencia de Kaplan-Meier específicas... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo dicho método:

(a) determinar en una muestra biológica de un sujeto la pérdida, la ganancia o el cambio en el número de copia del locus 8p21-22 del cromosoma 8, cromosoma 8, y el gen c-myc del cromosoma 8; y

(b) correlacionar la pérdida, la ganancia o el cambio en el número de copia con la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata para el sujeto.

2. El método de reivindicación 1, en el que dicho método comprende:

(a) determinar un modelo de hibridación de un conjunto de sondas cromosómicas al ácido nucleico de una muestra biológica de dicho sujeto, en el que dicho conjunto comprende una sonda al locus 8p21-22 del cromosoma 8, una sonda al centrómero del cromosoma 8, y una sonda al gen c-myc sobre el cromosoma 8; y

(b) correlacionar dicho modelo de hibridación con la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata para dicho sujeto.

3. El método de reivindicación 1 ó 2, en el que dicha muestra biológica se selecciona del grupo que consiste de resecciones de tejido de próstata, biopsias de tejido de próstata, lavados de orina y vejiga.

4. El método de reivindicación 3, en el que dicha muestra biológica es una biopsia de tejido de próstata.

5. El método de cualquiera de las reivindicaciones 2 a 4, en el que dicha prognosis o pronóstico se determina que es pobre cuando dicho modelo de hibridación indica la pérdida del locus 8p21-22, la ganancia del cromosoma 8, y el incremento adicional del número de copia de c-myc respecto al número de copia del centrómero.

6. El método de cualquiera de las reivindicaciones 2 a 5, en el que determinar dicho modelo de hibridación comprende hibridar dicho conjunto de sondas cromosómicas al ácido nucleico de dicha muestra biológica, y detectar la presencia o ausencia de la sonda hibridada.

7. El método de cualquiera de las reivindicaciones 2 a 6, en el que dichas sondas se marcan.

8. El método de reivindicación 7, en el que dichas sondas se marcan con fluorescencia.

9. Un kit para determinar la prognosis o pronóstico del cáncer de próstata en un sujeto, comprendiendo dicho kit un conjunto de sondas cromosómicas, en el que dicho conjunto comprende una sonda al locus 8p21-22 del cromosoma 8, una sonda al centrómero del cromosoma 8, y una sonda al gen c-myc sobre el cromosoma 8.

10. El kit de la reivindicación 9, en el que las sondas están marcadas.

11. El kit de la reivindicación 10, en el que dichas sondas se marcan con fluorescencia.