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(03/06/2020) Un método que comprende: (a) realizar una pluralidad de ciclos de una secuenciación por reacción de síntesis, de tal forma que, en cada ciclo, se genera una señal indicativa de la incorporación del mismo nucleótido en una pluralidad de polinucleótidos idénticos, con lo que una porción de la señal es ruido asociado a ajuste o preajuste de fase; (b) detectar la señal en cada ciclo, en donde detectar la señal en cada ciclo incluye, detectar un valor de intensidad de la señal en un primer canal y detectar un valor de intensidad de la señal en un segundo canal; y (c) realizar correcciones de ajuste de fase ciclo a ciclo, aplicando una nueva corrección de ajuste de fase de primer orden en cada ciclo a los valores…

(27/05/2020) Un método para detectar la incorporación de nucleótidos en polinucleótidos que incluye: a) proporcionar un sustrato; y un primer polinucleótido acoplado al sustrato; b) hibridar un segundo polinucleótido con el primer polinucleótido; c) poner en contacto el segundo polinucleótido con una polimerasa y una pluralidad de nucleótidos, un primer subconjunto de los cuales incluye un primer resto, un segundo subconjunto de los cuales incluye un segundo resto, un tercer subconjunto de los cuales incluye un tercer resto y un cuarto subconjunto de los cuales incluye un cuarto resto o ningún resto; d) añadir un nucleótido de la pluralidad de nucleótidos al segundo polinucleótido en base a una secuencia del primer polinucleótido; e)…

(13/05/2020) Un método para preparar una biblioteca de fragmentos de ácido nucleico marcados que comprende: (a) poner en contacto una célula individual directamente con un reactivo de lisis para generar un lisado celular, en donde el reactivo de lisis tiene una o más proteasas, y en donde el lisado celular contiene un ácido nucleico objetivo; (b) inactivar la una o más proteasas para formar un lisado celular inactivado, y (c) aplicar directamente al menos una transposasa y al menos una composición de extremos de transposón que contiene una cadena transferida al lisado celular inactivado en condiciones donde el ácido nucleico objetivo y la composición de extremos de transposón experimentan una reacción de transposición para generar una mezcla, en donde: el ácido nucleico objetivo…

(25/03/2020) Un método para la amplificación de ácido nucleico que comprende: a) proporcionar una muestra de entrada que comprende moléculas de ácido nucleico objetivo; b) poner en contacto la muestra de entrada con una mezcla de reacción que comprende una fase sólida y una fase líquida, en donde: i. la fase sólida comprende una pluralidad de primeros cebadores de amplificación inmovilizados en un soporte sólido, siendo capaces los primeros cebadores de amplificación de hibridarse específicamente con una primera secuencia de las moléculas de ácido nucleico objetivo, y ii. la fase líquida comprende una pluralidad de segundos cebadores de amplificación en…

(25/03/2020) Un método para analizar al menos dos o más analitos de una pluralidad de células individuales, comprendiendo dicho método: (a) proporcionar una pluralidad de elementos de preservación de contigüidad (CE), en donde cada uno de los CE comprende una célula individual; (b) lisar dicha célula individual dentro de cada uno de los CE, en donde los analitos dentro de dicha célula individual se liberan dentro de cada uno de los CE; (c) proporcionar un primer resto informador a un primer analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (d) proporcionar un segundo resto indicador a un segundo analito dentro de dicha célula individual de cada uno de los CE; (e) modificar dichos analitos de modo que al menos algunos de dichos primer…

(18/03/2020) Un método para secuenciar moléculas de ácido nucleico a partir de una muestra con el uso de índices moleculares únicos (UMI), en el que cada índice molecular único (UMI) es una secuencia oligonucleotídica que se puede usar para identificar una molécula individual de un fragmento de ADN bicatenario en la muestra, que comprende (a) aplicar adaptadores a ambos extremos de los fragmentos de ADN bicatenario en la muestra para obtener productos de adaptador unido a ADN, en donde cada adaptador comprende una región hibridada bicatenaria, un brazo 5' monocatenario, un brazo 3' monocatenario, y un UMI físico en una hebra o en cada hebra del adaptador,…

(18/03/2020) Un soporte de dispositivo fluídico configurado para orientar un dispositivo fluídico con respecto a los ejes X, Y y Z perpendiculares entre sí, comprendiendo el soporte de dispositivo : una estructura de soporte configurada para recibir un dispositivo fluídico , incluyendo la estructura de soporte una superficie de base que indica en una dirección a lo largo del eje Z y está configurada para tener el dispositivo fluídico posicionado sobre ella; una pluralidad de superficies de referencia que indican en direcciones respectivas a lo largo de un plano XY; un conjunto de alineación que comprende un accionador y un brazo localizador móvil que está acoplado operativamente al accionador , teniendo el brazo localizador un extremo de enganche , moviendo el accionador el brazo localizador…

(12/02/2020) Un sistema que comprende: una red fluídica que comprende un canal de muestras , una cámara de reacción y un depósito , estando el canal de muestras en comunicación de flujo con un orificio de muestras que está configurado para recibir una muestra biológica; un conjunto de bomba configurado para estar en comunicación de flujo con la red fluídica; y una válvula rotatoria que comprende un canal de flujo y que está configurada para girar entre la primera y la segunda posiciones de la válvula, acoplando de forma fluídica el canal de flujo la cámara de reacción y el canal de muestras cuando la válvula rotatoria…

(16/10/2019) Un método de secuenciación de un polinucleótido selectivo, que comprende: a) proporcionar una pluralidad de oligonucleótidos de amplificación inmovilizados sobre un soporte sólido; b) hibridar una población de sondas de oligonucleótidos con un subconjunto de los oligonucleótidos de amplificación para producir una población de oligonucleótidos de amplificación hibridados, comprendiendo cada una de las sondas de oligonucleótido una primera porción complementaria a uno o más de los oligonucleótidos de amplificación y una segunda porción que comprende una secuencia de una región seleccionada de un polinucleótido plantilla; c) llevar a cabo la reacción de elongación para elongar los oligonucleótidos de amplificación…

(14/08/2019) Un método para determinar secuencias de polinucleótidos que comprende (a) realizar una reacción de secuenciación que comprende ciclos repetidos de: (i) incorporar conjugados de nucleótidos en una pluralidad de polinucleótidos para producir polinucleótidos extendidos, (ii) detectar una primera colección de señales desde los polinucleótidos extendidos, en la que la primera colección de señales comprende señales de un marcador unido a un primer y segundo tipo de los conjugados de nucleótido, (iii) añadir un marcador a un tercer que se incorporan en los polinucleótidos extendidos, produciendo así polinucleótidos modificados; y (iv) detectar una segunda colección de señales desde los polinucleótidos modificados, en la que la segunda colección de señales comprende…

(27/03/2019) Un método para preparar una biblioteca de ADNc a partir de una pluralidad de células individuales, comprendiendo el método las etapas de: (i) liberar ARNm de cada célula individual para proporcionar una pluralidad de muestras de ARNm individuales, en las que el ARNm en cada muestra de ARNm individual es de una única célula; (ii) sintetizar una primera cadena de ADNc a partir del ARNm en cada muestra de ARNm individual con un cebador de síntesis de una primera cadena de ADNc (CDS) que comprende una secuencia de un cebador de amplificación (APS) en 5' y una secuencia complementaria de ARN (RCS) que es al menos parcialmente complementaria a uno o más ARNm en una muestra de ARNm individual, en donde el RCS comprende oligo (dT), hexámeros aleatorios o una secuencia semi-aleatoria no auto-complementaria, e incorporar…

(15/03/2019) Un método para determinar la longitud y/o secuencia de un elemento de ADN repetitivo polimórfico que tiene una región de repetición situada entre una primera región flanqueante conservada y una segunda región flanqueante conservada, comprendiendo dicho método: (a) proporcionar un conjunto de datos que comprende al menos una lectura de secuencia del elemento de ADN repetitivo polimórfico; (b) proporcionar una secuencia de referencia que comprende la primera región flanqueante conservada y la segunda región flanqueante conservada; (c) alinear una porción de la primera región flanqueante de la secuencia de referencia con la lectura de secuencia; (d) alinear una porción de la segunda…

(20/02/2019) Un método de preparación de una biblioteca de ácidos nucleicos molde para obtener información de secuencia a partir de un ácido nucleico diana, comprendiendo dicho método: (a) compartimentar el ácido nucleico diana en una pluralidad de primeros recipientes proporcionando a cada primer recipiente una cantidad de ácido nucleico diana mayor que aproximadamente uno o más equivalentes haploides del ácido nucleico diana; (b) proporcionar un primer índice al ácido nucleico diana de cada primer recipiente, en donde el primer índice proporcionado al ácido nucleico diana de cada primer recipiente es distinto, en donde la etapa comprende poner…

(20/02/2019) Un sistema para secuenciar moldes de ácidos nucleicos, que comprende: (a) una matriz de sitios, en el que cada sitio incluye un primer molde de ácido nucleico y un segundo molde de ácido nucleico, en el que el primer molde de ácido nucleico tiene una secuencia que es diferente de la secuencia del segundo molde de ácido nucleico; (b) un primer cebador unido al primer molde; (c) una primera especie de polimerasa adecuada para extender el primer cebador unido al primer molde; (d) un primer conjunto de análogos de nucleótidos adecuados para producir un primer producto de extensión de cebador que se extiende desde el primer cebador, en el que el primer producto…

(30/01/2019) Un conjunto de cartucho que comprende: un alojamiento que incluye una cámara de celda de flujo para recibir una celda de flujo; una placa de pocillos con pocillos de líquidos para recibir cantidades deseadas de líquidos, en donde la placa de pocillos incluye una estación de válvula , una estación de bomba y una estación de análisis de fluidos , en donde la placa de pocillos incluye canales asociados a los pocillos, la estación de válvula , la estación de bomba y la estación de análisis de fluidos ; un conjunto de bomba proporcionado sobre la placa de pocillos en la estación de bomba , en donde el conjunto de bomba ha de controlar el flujo de fluido a través de los canales…

(23/01/2019) Un método para conectar componentes de reacción a sensores de carga, que comprende (a) aportar un soporte sólido que comprende numerosos sensores de carga, en donde cada uno de los sensores de carga tiene una capacidad para conectarse a numerosos componentes de reacción; (b) aportar un fluido que comprende numerosos componentes de reacción de un tipo concreto, en donde cada uno de los componentes de reacción del tipo concreto está fijado a un resto repelente; y (c) poner en contacto el soporte sólido con el fluido en las condiciones en las que (i) los numerosos componentes de reacción del tipo concreto están en comunicación fluida con los numerosos sensores de carga, (ii) en el fluido hay un mayor número de componentes de reacción del tipo concreto que el número de sensores…

(25/04/2018) Sistema configurado para secuenciar uno o más polinucleótidos que comprende: a) plataforma configurada para contener un sustrato sólido que tiene uno o más polinucleótidos unidos a este; b) sistema de dirección de fluido para poner, de manera que se pueda controlar, uno o más reactivos que tengan etiquetas fluorescentes en contacto con los polinucleótidos; c) sistema de control de temperatura para regular una temperatura de al menos uno del sustrato sólido o de los reactivos; d) sistema de iluminación para excitar las etiquetas fluorescentes a través de reflexión interna total (TIR) que comprende al menos un láser de excitación acoplado a través de una fibra óptica multimodal con un índice de refracción que cambia de forma dinámica para obtener una…

(25/04/2018) Una ADN polimerasa tipo de la familia B que comprende aminoácidos que tienen una mutación de sustitución de aminoácidos para la posición equivalente para Thr514 y/o Ile521, dichos aminoácidos se seleccionan de: (i) el aminoácido de cualquiera de SEQ ID NOS:6-8, 10-12, 14-16, 18-20, 22-24 y 26-34; (ii) un aminoácido que tiene una mutación de sustitución en el dominio semi-conservado en el bolsillo de unión de bloqueo 3', comprendiendo dicho dominio semi-conservado la secuencia de aminoácidos de cualquiera de SEQ ID NOS: 1-3 en donde la mutación de sustitución comprende una mutación seleccionada a partir de una sustitución en posición 3 de cualquier otro resto distinto a Thr o una sustitución en posición 10 para cualquier resto…

(10/01/2018) Un método para amplificar los ácidos nucleicos, que comprende (a) proporcionar (i) una matriz de sitios de amplificación que tiene uno o más agentes de captura y (ii) un agente de amplificación que comprende una solución que comprende una pluralidad de ácidos nucleicos diana diferentes, en donde el número de los ácidos nucleicos diana diferentes en la solución excede el número de sitios de amplificación en la matriz, en donde los ácidos nucleicos diana diferentes tienen un acceso fluídico a la pluralidad de sitios de amplificación, y en donde cada uno de los sitios de amplificación es capaz de estar ocupado por varios ácidos nucleicos diana de la pluralidad…

(12/07/2017) Un método de secuenciación por síntesis (SBS) basado en fluorescencia para determinar la secuencia de un polinucleótido que comprende detectar en una reacción de secuenciación la incorporación de tres tipos diferentes de conjugados de nucleótidos detectables en un polinucleótido y determinar la incorporación de un cuarto tipo de nucleótido basado en el patrón de detección de los tres tipos diferentes de nucleótidos detectables en el polinucleótido determinando con ello la secuencia de un polinucleótido, en el que la incorporación de tres tipos diferentes de conjugados de nucleótidos detectables se detecta a partir de un estado de señal; y en el que se detecta un primer nucleótido conjugado, unido a un primer fluoróforo, en un primer canal; se detecta un segundo…

(10/05/2017) Un aparato de formación de imágenes, que comprende: (a) una fuente de radiación , situada para enviar radiación de excitación a al menos una porción de una región de muestra; (b) un conjunto de detectores rectangular , que tiene elementos que convierten la energía de los fotones en contacto en una respuesta eléctrica, estando dichos elementos en una disposición ortogonal bidimensional en la que una primera dimensión es más larga que una segunda dimensión; (c) un generador de línea colocado para recibir radiación de excitación procedente de dicha fuente de radiación y para enviar una línea de radiación a dicha región de muestra; (d) una óptica de formación de imágenes colocada para dirigir una imagen rectangular…

(20/07/2016) Un procedimiento de selección y amplificación de polinucleótidos en un soporte sólido, que comprende: a) proporcionar una pluralidad de oligonucleótidos de amplificación inmovilizados en un soporte sólido; b) hibridar una población de sondas oligonucleotídicas con un subconjunto de dichos oligonucleótidos de amplificación, comprendiendo cada una de dichas sondas oligonucleotídicas una primera porción que es complementaria a los oligonucleótidos de amplificación y una segunda porción que comprende la secuencia de una región seleccionada de un polinucleótido plantilla; c) realizar una reacción de extensión para extender los oligonucleótidos de amplificación hibridados para producir una población de oligonucleótidos…