Algoritmo del perfil de expresión y test para el pronóstico del cáncer.

Un método para determinar la probabilidad de recidiva del cáncer de mama en un paciente humano con cáncer de mama positivo en receptores de estrógenos y negativo en nódulo linfático,

tratado con tamoxifeno, donde el método consiste en lo siguiente:

a) determinar los niveles de expresión de las transcripciones de ARN de GRB7, HER2, ER, PR, Bcl2, CEGP1, SURV, Ki.67, MYBL2, CCNB1, STK15, CTSL2, STMY3, CD68, GSTM1, y BAG1, o sus productos de expresión, en una muestra biológica que contiene células tumorales obtenidas del paciente;

b) crear los siguientes subconjuntos de genes:

(a) subconjunto del factor de crecimiento: GRB7 y HER2;

(b) subconjunto del receptor de estrógenos: ER, PR, Bcl2, y CEGP1;

(c) subconjunto de proliferación: SURV, Ki.67, MYBL2, CCNB1, y STK15; y

(d) subconjunto de invasión: CTSL2, y STMY3; c) calcular una puntuación de recidiva (RS) para el paciente a través de la ecuación siguiente:

RS ≥ (0,23 a 0,70) x umbralejeGRB7 - (0,17 a 0,55) x ejeER + (0,52 a 1,56) x umbralejeprolif + (0,07 a 0, 21) x ejeinvas + (0,03 a 0,15) x CD68 - (0,04 a 0,25) x GSTM1- (0,05 a 0,22) x BAG1 donde

i) eje GRB7 ≥ (0,45 a 1,35) x GRB7 + (0,05 a 0,15) x HER2;

ii) si el eje GRB7 < -2, entonces el umbral del eje GRB7 ≥-2,y si el eje GRB7 > -2, entonces el umbral del eje GRB7 ≥ eje GRB7;

iii) eje ER ≥ ER + PR + Bcl2 + CEGP1)/4;

iv)ejeprolif ≥ (SURV + Ki. 67 + MYBL2 + CCNB1 + STK15)/5;

v) si ejeprolif -3, 5, entonces umbralejeprolif ≥ ejeprolif; y

vi)ejeinvas ≥ (CTSL2 + STMY3)/2, donde las contribuciones individuales de los genes de (3), (4) y (6) están ponderadas por un factor de 0,5 a 1,5, y

d) crear un informe que proporciona la RS, donde una RS más elevada indica una mayor probabilidad de recidiva del cáncer de mama en dicho paciente.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2004/021163.

Solicitante: GENOMIC HEALTH, INC..

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 301 PENOBSCOT DRIVE REDWOOD CITY, CA 94063 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: BAKER, JOFFRE, SHAK, STEVEN, BRYANT,John L, PAIK,Soonmyung.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • G01N33/48 SECCION G — FISICA.G01 METROLOGIA; ENSAYOS.G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › Material biológico, p. ej. sangre, orina (G01N 33/02, G01N 33/26, G01N 33/44, G01N 33/46 tienen prioridad ); Hemocitómetros (cómputo de glóbulos repartidos sobre una superficie por barrido óptico de la superficie G06M 11/02).
  • G01N33/50 G01N 33/00 […] › Análisis químico de material biológico, p. ej. de sangre, de orina; Investigación o análisis por métodos en los que interviene la formación de uniones bioespecíficas con grupos coordinadores; Investigación o análisis inmunológico (procedimientos de medida, de investigación o análisis diferentes de los procedimientos inmunológicos en los que intervienen enzimas o microorganismos, composiciones o papeles reactivos a este efecto; procedimientos para preparar estas composiciones, procedimientos de control sensibles a las condiciones del medio en los procedimientos microbiológicos o enzimáticos C12Q).
  • G01N33/574 G01N 33/00 […] › para el cáncer.
  • G06F19/00 G […] › G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q).
  • G06F19/20 G06F […] › G06F 19/00 Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q). › para hibridación o expresión génica, p.ej. microarrays, secuenciación por hibridación, normalización, perfiles, modelos de corrección de ruido, estimación de la ratio de expresión, diseño de sondas u optimización de sondas.
  • G06F19/24 G06F 19/00 […] › para aprendizaje automático, minería de datos o bioestadística, p.ej. identificación de patrones, descubrimiento de conocimiento, extracción de reglas, correlación, agrupamiento o clasificación.

PDF original: ES-2651849_T3.pdf

 

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