Método para usar la expresión génica para determinar el pronóstico de cáncer de próstata.

Método para determinar una probabilidad de recidiva de cáncer en un paciente con cáncer de próstata,

que comprende:

medir un nivel de expresión de GSTM2 en una muestra biológica que comprende tejido prostático obtenido del paciente,

predecir una probabilidad de recidiva de cáncer para el paciente;

en el que un nivel aumentado de expresión de GSTM2 se asocia negativamente con un riesgo aumentado de recidiva.

Método para usar la expresión génica para determinar el pronóstico de cáncer de próstata

Campo técnico La presente divulgación se refiere a ensayos de diagnóstico molecular que proporcionan información referente a métodos para usar perfiles de expresión génica para determinar información de pronóstico para pacientes con cáncer. Específicamente, la presente divulgación proporciona genes y microARN, cuyos niveles de expresión pueden usarse para determinar la probabilidad de que un paciente con cáncer de próstata experimente una recidiva del cáncer local o distante.

Introducción El cáncer de próstata es el tumor maligno sólido más común en hombres y la segunda causa más común de muerte relacionada con cáncer en América del Norte y la Unión Europea (UE) .

En 2008, se les diagnosticó cáncer de próstata a más de 180.000 pacientes solo en los Estados Unidos y casi

30.000 murieron de esta enfermedad. La edad es el factor de riesgo individual más importante para el desarrollo de cáncer de próstata, y aparece en todos los grupos raciales que se han estudiado. Con el envejecimiento de la población estadounidense, se prevé que la incidencia anual de cáncer de próstata se duplicará hacia el año 2025 hasta casi 400.000 casos al año.

Desde la introducción del examen de antígeno prostático específico (PSA) en la década de 1990, la proporción de pacientes que presentan enfermedad clínicamente evidente ha descendido drásticamente de manera que los pacientes clasificados como de “bajo riesgo” constituyen ahora la mitad de los nuevos diagnósticos hoy en día. Se usa el PSA como marcador tumoral para determinar la presencia de cáncer de próstata ya que niveles de PSA altos están asociados con cáncer de próstata. A pesar de una proporción creciente de pacientes con cáncer de próstata localizado que presentan características de bajo riesgo tales como enfermedad en estadio bajo (T1) , más del 90%

de los pacientes en EE.UU. se someten todavía a terapia definitiva, incluyendo prostatectomía o radiación. Sólo aproximadamente un 15% de estos pacientes desarrollarían enfermedad metastásica y morirían por su cáncer de próstata, incluso en ausencia de terapia definitiva. A. Bill-Axelson, et al., J Nat’1 Cancer Inst. 100 (16) :1144-1154 (2008) . Por tanto, la mayoría de los pacientes con cáncer de próstata están siendo sobretratados.

Las estimaciones de riesgo de recidiva y las decisiones de tratamiento en cáncer de próstata se basan en la actualidad principalmente en los niveles de PSA y/o el estadio tumoral. El documento WO 2010/056993 (A2) describe el uso de marcadores de expresión génica para evaluar la recidiva y el potencial metastásico del cáncer de próstata. Aunque se ha demostrado que el estadio tumoral tiene una asociación significativa con el desenlace suficiente como para incluirse en informes de patología, la declaración de consenso del College of American Pathologists indicó que existen variaciones en el enfoque para la adquisición, la interpretación, la notificación y el análisis de esta información. C. Compton, et al., Arch Pathol Lab Med 124:979-992 (2000) . Como consecuencia, se ha criticado que los métodos de estadificación patológica existentes carecen de reproducibilidad y por tanto pueden proporcionar estimaciones imprecisas del riesgo de pacientes individuales.

Sumario Esta solicitud da a conocer ensayos moleculares que implican la medición del/de los nivel (es) de expresión de uno o más genes, subconjuntos de genes, microARN o uno o más microARN en combinación con uno o más genes o subconjuntos de genes, a partir de una muestra biológica obtenida de un paciente con cáncer de próstata, y el

análisis de los niveles de expresión medidos para proporcionar información referente a la probabilidad de recidiva del cáncer. Por ejemplo, la probabilidad de recidiva del cáncer podría describirse en cuanto a una puntuación basada en intervalo libre de recidiva clínica o bioquímica.

Además, esta solicitud da a conocer ensayos moleculares que implican la medición del/de los nivel (es) de expresión 55 de uno o más genes, subconjuntos de genes, microARN o uno o más microARN en combinación con uno o más genes o subconjuntos de genes, a partir de una muestra biológica obtenida para identificar una clasificación de riesgo para un paciente con cáncer de próstata. Por ejemplo, los pacientes pueden estratificarse usando el/los nivel (es) de expresión de uno o más genes o microARN asociados, positiva o negativamente, con recidiva del cáncer o muerte por cáncer, o con un factor pronóstico. En una realización a modo de ejemplo, el factor pronóstico 60 es el patrón de Gleason.

La muestra biológica puede obtenerse a partir de métodos convencionales, incluyendo cirugía, biopsia o fluidos corporales. Puede comprender tejido tumoral o células cancerosas y, en algunos casos, tejido histológicamente normal, por ejemplo, tejido histológicamente normal adyacente al tejido tumoral. En realizaciones a modo de 65 ejemplo, la muestra biológica es positiva o negativa para una fusión de TMPRSS2.

En realizaciones a modo de ejemplo, se usan el/los nivel (es) de expresión de uno o más genes y/o microARN que están asociados, positiva o negativamente, con un desenlace clínico particular en cáncer de próstata para determinar el pronóstico y la terapia apropiada. Los genes dados a conocer en el presente documento pueden usarse solos o dispuestos en subconjuntos de genes funcionales, tales como de adhesión/migración celular,

respuesta al estrés inmediata-inicial y asociados a la matriz extracelular. Cada subconjunto de genes comprende los genes dados a conocer en el presente documento, así como genes que se coexpresan con uno o más de los genes dados a conocer. El cálculo puede realizarse en un ordenador, programado para ejecutar el análisis de expresión génica. Los microARN dados a conocer en el presente documento también pueden usarse solos o en combinación con uno cualquiera o más de los microARN y/o genes dados a conocer.

En realizaciones a modo de ejemplo, el ensayo molecular puede implicar niveles de expresión para al menos dos genes. Los genes, o subconjuntos de genes, pueden ponderarse según su fuerza de asociación con el pronóstico o microentorno tumoral. En otra realización a modo de ejemplo, el ensayo molecular puede implicar niveles de expresión de al menos un gen y al menos un microARN. La combinación de gen-microARN puede seleccionarse basándose en la probabilidad de que la combinación de gen-microARN interaccione funcionalmente.

Breve descripción del dibujo La figura 1 muestra la distribución de evaluaciones clínicas y de patología de la puntuación de Gleason de biopsia, el nivel de PSA inicial y el estadio T clínico.

Definiciones A menos que se defina otra cosa, los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el

mismo significado que entiende comúnmente un experto habitual en la técnica a la que pertenece esta invención. Singleton et al., Dictionar y of Microbiology and Molecular Biology 2ª ed., J. Wiley & Sons (Nueva York, NY 1994) , y March, Advanced Organic Chemistr y Reactions, Mechanisms and Structure 4ª ed., John Wiley & Sons (Nueva York, NY 1992) , proporcionan a un experto en la técnica orientación general para muchos de los términos usados en la presente solicitud.

Los términos “tumor” y “lesión” como se usan en el presente documento se refieren a todo crecimiento y proliferación de células neoplásicas, ya sean malignas o benignas, y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos. Los expertos en la técnica se darán cuenta de que una muestra de tejido tumoral puede comprender múltiples elementos biológicos, tales como una o más células cancerosas, células parciales o fragmentadas, tumores en diversos estadios, tejido de aspecto histológicamente normal circundante y/o tejido macro o micro-diseccionado.

Los términos “cáncer” y “canceroso” se refieren a o describen el estado fisiológico en mamíferos que se caracteriza normalmente por crecimiento celular no regulado. Los ejemplos de cáncer en la presente divulgación incluyen cáncer del tracto genitourinario, tal como cáncer de próstata.

La “patología” de cáncer incluye todos los fenómenos que ponen en peligro el bienestar del paciente. Esto incluye, sin limitación, crecimiento celular anómalo o incontrolable, metástasis, interferencia con el funcionamiento normal de células vecinas, liberación de citocinas u otros productos de secreción a niveles anómalos, supresión o agravamiento de la... [Seguir leyendo]

1. Método para determinar una probabilidad de recidiva de cáncer en un paciente con cáncer de próstata, que comprende:

medir un nivel de expresión de GSTM2 en una muestra biológica que comprende tejido prostático obtenido del paciente,

predecir una probabilidad de recidiva de cáncer para el paciente;

en el que un nivel aumentado de expresión de GSTM2 se asocia negativamente con un riesgo aumentado de recidiva.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dicho nivel de expresión se mide usando un transcrito de ARN de GSTM2.

3. Método según la reivindicación 1, que comprende además normalizar dicho nivel de expresión para obtener un nivel de expresión normalizado.

4. Método según la reivindicación 1, 2 ó 3, en el que la probabilidad de recidiva de cáncer se basa en el intervalo libre de recidiva clínica (ILRc) .

5. Método según la reivindicación 1, 2 ó 3, en el que la probabilidad de recidiva de cáncer se basa en el intervalo libre de recidiva bioquímica (ILRb) .

6. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica tiene un estado de fusión de TMPRSS2 positivo.

7. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica tiene un estado de fusión de TMPRSS2 negativo.

8. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el paciente tiene cáncer de próstata en estadio inicial.

9. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica comprende tejido de tumor de próstata con el patrón de Gleason primario para dicho tumor de próstata.

10. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica comprende tejido de tumor de próstata con el patrón de Gleason máximo para dicho tumor de próstata.

11. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica es tejido de tumor de próstata.

12. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica es tejido prostático no tumoral.

13. Método según cualquier reivindicación anterior, que comprende además determinar una probabilidad de aumento del grado o aumento del estadio en el paciente con cáncer de próstata, en el que un nivel aumentado de expresión de GSTM2 se asocia negativamente con un riesgo aumentado de aumento del grado/aumento del estadio.

14. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que la muestra biológica es una muestra de tejido fijada, incluida en parafina.